本发明专利技术公开了番茄斑萎病抗性基因Sw‑5b紧密连锁SNP位点获取及标记开发。本发明专利技术提供了检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw‑5b基因中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw‑5b基因产品中的应用；本发明专利技术的实验证明了，本发明专利技术开发了与番茄斑萎病抗性基因Sw‑5b连锁的SNP标记SNP724，该SNP标记可以用于高通量的分子检测平台，与第二代分子标记相比，检测方式更为简便、准确，检测效率更高。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物
，尤其涉及基因组序列及植物生物
，具体涉及番茄斑萎病抗性基因Sw-5b紧密连锁SNP位点获取及标记开发。
技术介绍
番茄斑萎病是由番茄斑萎病毒侵染引起的一种严重病害，威胁番茄正常生产。选育番茄抗斑萎病品种是防治番茄斑萎病的最为有效的方法之一。在传统抗斑萎病品种选育过程中，每代都需要采用田间接种病菌的方法鉴定中间材料的基因型，而且环境条件会影响到正确中间材料的选择，这样势必影响选育进程；同时如果接种过程操作不当还会造成病毒扩散，不利于斑萎病的综合防治，因此抗病品种选育难的问题一直没有彻底解决。分子标记辅助选择技术(Marker-assisted Selection，MAS)是现代分子生物学和传统遗传育种相结合的新型育种模式，可以利用分子标记在植物发育的任何时期从DNA水平对目标植株进行选择(Tanksley等，RFLP mapping in plant breeding:New tools for an old science.1989,Biotechnology,7:257-263)，从而弥补传统育种中出现的诸多弊端，因此成为解决抗病品种选育难这一问题的有效途径。其中，利用高通量分子检测平台进行分子标记辅助选择则是增加抗病育种准确度与提高育种效率的有效手段。单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism，SNP)是指基因组核苷酸序列中由单个核苷酸水平上的变异而引起的基因组水平上的DNA序列多态性，主要包括单个碱基的缺失、插入、转换及颠换等(唐立群等，SNP分子标记的研究及其应用进展.2012,中国农学通报,28(12):154-158.)。SNP标记即为在此基础上发展起来的第三代分子标记，该标记类型具有突变频率低，遗传稳定性高；位点丰富，分布广泛；检测快速，筛选规模化等特点。与第二代分子标记相比，SNP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法。因此，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。在番茄斑萎病抗性基因中，Sw-5对斑萎病毒具有广谱抗性，是抗病育种中使用最为广泛的基因。该基因是由Sw-5a到Sw-5e五个相互连锁的基因拷贝组成的基因家族，其中Sw-5a和Sw-5b已经被克隆且序列已经登录到GenBank中，登录号AY007366(Spassova等，The tomato gene Sw5 is a member of the coiled coil,nucleotide binding,leucine-rich repeat class of plant resistance genes and confers resistance to TSWV in tobacco.2001,Molecular Breeding,7(2):151-161)。2016年，已经发现针对Sw-5基因已经开发了不同类型的连锁标记，包括RFLP(restriction fragment length polymorphism)标记CT71和CT220，RAPD(random amplified polymorphic DNA)标记421R，SCAR(sequence characterized amplified regions)标记Sw-5-2以及CAPs(cleaved amplified polymorphic sequence)标记等(Stevens等，Mapping the Sw-5locus for Tomato spotted wilt virus resistance in tomatoes using RAPD and RFLP analyses.1995，Theoretical and Applied Genetics,90:451-456；Chague等，Identification and mapping on chromosome 9of RAPD markers linked to Sw-5in tomato by bulked segregant analysis.1996,Theoretical and Applied Genetics,92:1045-1051；Smiech等，New RAPD markers of tomato spotted wilt virus(TSWV)resistance in Lycopersiconesculentum Mill.2000,ActaPhysiologiaeApalantarum,22:299-303；Langella等，Molecular marker assisted transfer of resistance to TSWV in tomato elite lines.2004,Journal of Horticultural Science&Biotechnology,79:806-810；Dianese等，Development of a locus-specific,co-dominant SCAR marker for assisted-selection of the Sw-5(Tospovirus resistance)gene cluster in a wide range of tomato accessions.2010,Molecular Breeding,25(1):133-142.)。上述已经开发的Sw-5基因连锁标记虽然可以用于分子标记辅助选择，但检测效率相对较低，并不适用于高通量的分子检测平台。因此，开发适合于高通量分子检测平台的番茄抗斑萎病SNP标记对于推广普及分子标记技术的应用、提高我国的育种效率和育种水平具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术一个目的是提供检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质的用途。本专利技术提供了检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw-5b基因中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw-5b基因产品中的应用；所述SNP724位点为序列1第59位，所述SNP位点的基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合。本专利技术第二个目的是提供检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质的用途。本专利技术提供了检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄是否抗斑萎病中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄是否抗斑萎病产品中的应用；所述SNP724位点为序列1第59位，所述SNP位点的基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合。上述应用中，所述检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质为如下1)或2)：1)、扩增所述SNP724位点的成套引物；2)、含有所述成套引物的PCR试剂或试剂盒。上述应用中，所述成套引物由序列2-4所示的单链DNA分子组成。本专利技术第3个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测番茄基因本文档来自技高网...
【技术保护点】
检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw‑5b基因中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw‑5b基因产品中的应用；所述SNP724位点为序列1第59位，所述SNP位点的基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合。
【技术特征摘要】
1.检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw-5b基因中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw-5b基因产品中的应用；所述SNP724位点为序列1第59位，所述SNP位点的基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合。2.检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄是否抗斑萎病中的应用；或检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄是否抗斑萎病产品中的应用；所述SNP724位点为序列1第59位，所述SNP位点的基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合。3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：所述检测番茄基因组中SNP724位点的多态性或基因型的物质为如下1)或2)：1)、扩增所述SNP724位点的成套引物；2)、含有所述成套引物的PCR试剂或试剂盒。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述成套引物由序列2-4所示的单链DNA分子组成。5.一种鉴定或辅助鉴定待测番茄基因组中是否含有抗斑萎病Sw-5b基因的方法，包括如下步骤：检测待测番茄基因组SNP724位点基因型为A/A纯合、G/G纯合或A/G杂合，若所述待测番茄基因组SNP724位点基因型为A/A纯合或A/G杂合，则所述待测番茄含有或候选含有抗斑萎病Sw-5b基因；若所述待测番...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘宝平，王喜萍，李常保，王铭堂，张东峰，王亚楠，马俊召，周明，刘海燕，杜敏敏，
申请(专利权)人：北京通州国际种业科技有限公司，北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11
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