与番茄抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了与番茄抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP标记及其应用，并基于KASP技术开发的该SNP标记KASP‑Mi1的引物组合为：Primer X、Primer Y和Primer R。本发明专利技术利用KASP技术对与番茄抗根结线虫基因Mi1紧密连锁SNP位点进行基因快速分型鉴定，可以高、中、低通量的应用在商业化分子育种中；同时开发SNP标记表型的选择效率达到96.9％，可在番茄的不同种质资源中快速、精准的检测抗根结线虫基因Mi1；可在育种早期进行分子标记辅助选择，减小育种群体的田间种植规模，降低育种成本，加快育种进程。

【技术实现步骤摘要】
与番茄抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP标记及其应用
本专利技术涉及基因组序列及植物生物
，具体涉及番茄根结线虫抗性基因Mi1紧密连锁SNP位点的标记及其应用方法。
技术介绍
根结线虫是威胁世界农业生产的一类植物病原线虫，每年造成全球农作物高达数千亿美元的经济损失。根结线虫的防治措施主要采用化学防治、生物防治、农业措施及种植抗性品种等，其中选育番茄抗根结线虫品种是防治番茄根结线虫病的最为有效、环保的方法之一。在传统抗根结线虫病品种选育过程中，每代都需要采用田间接种病菌的方法鉴定中间材料的基因型，而且环境条件会影响到正确中间材料的选择，这样势必影响选育进程；同时如果接种过程操作不当还会造成病原扩散，不利于根结线虫病的综合防治，因此抗病品种选育难的问题一直没有彻底解决。分子标记辅助选择技术(Marker-assistedSelection，MAS)是现代分子生物学和传统遗传育种相结合的新型育种模式，可以利用分子标记在植物发育的任何时期从DNA水平对目标植株进行选择(Tanksley等，RFLPmappinginplantbreeding:Newtoolsforanoldscience.1989,Biotechnology,7:257-263)，从而弥补传统育种中出现的诸多弊端，因此成为解决抗病品种选育难这一问题的有效途径。其中，利用高通量分子检测平台进行分子标记辅助选择则是增加抗病育种准确度与提高育种效率的有效手段。单核苷酸多态性(Single-nucleotidepolymorphism，SNP)是指基因组核苷酸序列中由单个核苷酸水平上的变异而引起的基因组水平上的DNA序列多态性，主要包括单个碱基的缺失、插入、转换及颠换等(唐立群等，SNP分子标记的研究及其应用进展.2012,中国农学通报,28(12):154-158.)。SNP标记即为在此基础上发展起来的第三代分子标记，该标记类型具有突变频率低，遗传稳定性高；位点丰富，分布广泛；检测快速，筛选规模化等特点。与第二代分子标记相比，SNP标记不需要根据DNA片段大小进行分型，能够摆脱传统凝胶电泳这种步骤相对繁琐，低通量，价格又较贵的检测方法。因此，更加适用于现阶段飞速发展的高通量分子检测平台。在番茄根结线虫病抗性基因中，Mi1基因是抗病育种中使用最为广泛的基因。目前最为常用的检测番茄抗根结线虫病基因Mi1的分子标记有酶切标记引物对REXR1/REXR2(WilliamsonVM,HoJY,WuFF,etal.APCR-basedmarkertightlylinkedtothenematoderesistancegene,Mi,intomato[J].Theoretical&AppliedGenetics,1994,87(7):757-763.)、SCAR标记引物对Mi23F/Mi23R(GraciaBE,MejiaL,SalusMS,etal.Aco-dominantSCARmarker,Mi23,fordetectionoftheMi-1.2geneforresistancetoroot-knotnematodeintomatogermolasm[J].AppliedMechanicsandMaterials,2013,486:323-326)、INDEL标记引物对PMiF3/PMiR3(MejiaL,WilliamsonVM,VidavskiF,etal.PCR-BasedMethodsforTaggingtheMi1LocusforResistancetoRoot-KnotNematodeinBegomovirus-ResistantTomatoGermplasm[J].ActaHorticulturae,2005,695(695))。上述已经开发的Mi1基因连锁标记虽然可以用于分子标记辅助选择，但检测效率相对较低，并不适用于高通量的分子检测平台。因此，开发适合于高通量分子检测平台的番茄抗根结线虫病SNP标记对于推广普及分子标记技术的应用、提高我国的育种效率和育种水平具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与番茄抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP标记及其应用。本专利技术提供一种与抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP分子标记，所述分子标记是与抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP标记KASP-Mi1，所述KASP-Mi1是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸，序列表中SEQIDNo.4的第101位为s,用s表示C或G。所述与抗根结线虫基因Mi1紧密连锁的SNP分子标记在C1、C2、C3或C4中的应用也应在本专利技术的保护范围之内：C1、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性中的应用；C2、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性产品中的应用；C3、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在番茄辅助育种或制备番茄辅助育种产品中的应用；C4、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在选育抗根结线虫的番茄资源中的应用。本专利技术还提供一种鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性的方法，包括检测待测番茄的基因型，根据待测番茄的基因型鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性；所述基因型为番茄基因组中KASP-Mi1位点的基因型；所述记KASP-Mi1位点是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。其中，所述KASP-Mi1位点的基因型为GG基因型时，番茄根结线虫病抗性为感病或者候选为感病；所述KASP-Mi1位点的基因型为CG基因型或者CC基因型时，番茄根结线虫病抗性为抗病或者候选为抗病；其中，所述CC基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为C的纯合型；所述GG基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为G的纯合型；所述CG基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为C和G的杂合型。检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在A1、A2、A3或A4中的应用也应在本专利技术的保护范围之内：A1、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性中的应用；A2、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性产品中的应用；A3、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在番茄辅助育种或制备番茄辅助育种产品中的应用；A4、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在选育抗根结线虫的番茄资源中的应用。本专利技术还提供一种选育抗根结线虫的番茄资源的方法，包括选择KASP-Mi1位点的基因型为CG的番茄进行育种，其中，所述KASP本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性的方法，包括检测待测番茄的基因型，根据待测番茄的基因型鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性；所述基因型为番茄基因组中KASP-Mi1位点的基因型；所述记KASP-Mi1位点是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQ ID No.4的第101位核苷酸。/n

【技术特征摘要】
1.鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性的方法，包括检测待测番茄的基因型，根据待测番茄的基因型鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性；所述基因型为番茄基因组中KASP-Mi1位点的基因型；所述记KASP-Mi1位点是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸。


2.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述KASP-Mi1位点的基因型为GG基因型时，番茄根结线虫病抗性为感病或者候选为感病；所述KASP-Mi1位点的基因型为CG基因型或者CC基因型时，番茄根结线虫病抗性为抗病或者候选为抗病；其中，所述CC基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为C的纯合型；所述GG基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为G的纯合型；所述CG基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为C和G的杂合型。


3.检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在A1、A2、A3或A4中的应用；所述KASP-Mi1位点是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸：
A1、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性中的应用；
A2、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性产品中的应用；
A3、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在番茄辅助育种或制备番茄辅助育种产品中的应用；
A4、检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质在选育抗根结线虫的番茄资源中的应用。


4.选育抗根结线虫的番茄资源的方法，其特征在于，包括选择KASP-Mi1位点的基因型为CG的番茄进行育种，其中，所述KASP-Mi1位点是番茄基因组中的一个SNP位点，其核苷酸种类为C或G，为序列表中SEQIDNo.4的第101位核苷酸；所述CC基因型表示番茄基因组中所述KASP-Mi1位点的核苷酸种类为C的纯合型。


5.含有检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质的产品，为C1)-C4)中任一种产品：
C1)检测与番茄根结线虫病抗性相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
C2)鉴定或辅助鉴定番茄根结线虫病抗性的产品；
C3)用于番茄辅助育种的产品；
C4)用于选育抗根结线虫的番茄资源的产品。


6.权利要求5所述含有检测番茄基因组中KASP-Mi1位点的多态性或基因型的物质的产品在B1、B2、B3或B4中的应用：
B1、检测番茄基因组中K...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘宝平，王均帅，焦珍珍，单云鹏，霍秀爱，尹增奇，包格日乐，
申请(专利权)人：北京通州国际种业科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11