SIGMAR1基因新突变及其应用制造技术

本发明专利技术公开了两个位于SIGMAR1基因的远端遗传性运动神经病致病新突变及其应用。本发明专利技术提供了一种SIGMAR1蛋白突变体，由序列表中序列1所示的SIGMAR1蛋白发生如下(a)和(b)所示突变中至少一种后得到：(a)第138位氨基酸由谷氨酸突变为谷氨酰胺；(b)第150位氨基酸由谷氨酸突变为赖氨酸。本发明专利技术结合全基因组图谱以及外显子测序技术寻找到了远端型遗传性运动神经病的两个新的致病突变，本发明专利技术对于丰富远端型遗传性运动神经病的临床基因检测范围具有重要意义。

【技术实现步骤摘要】
SIGMAR1基因新突变及其应用
本专利技术属于生物医药领域，涉及两个位于SIGMAR1基因的远端遗传性运动神经病致病新突变及其应用。
技术介绍
远端型遗传性运动神经病(dHMNs)是遗传性运动神经病(HMN)的一种，包括了一系列进行性神经系统疾病，这些疾病是由于二级远端肌肉无力与萎缩引起的下运动神经元的退化。从基因组学的角度来看，由于遗传异质性，远端型遗传性运动神经病体现出常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传以及伴X染色体遗传的特点。在过去10年中，先后有18个基因中的突变位点被发现与HMN的发生有关，分别是HSPB1、HSPB8、BSCL2、IGHMBP2、SETX、GARS、DYNC1H1、DCTN1、ATP7A、TRPV4、SLC5A7、HSPB3、REEP1、HSJ1、BICD2、MYH14、AARS和FBXO38[RossorAM,PolkeJM,HouldenH,ReillyMM.ClinicalimplicationsofgeneticadvancesinCharcot-Marie-Toothdisease.NaturereviewsNeurology.2013Oct；9(10):562-71.SumnerCJ,d'YdewalleC,WooleyJ,etal.AdominantmutationinFBXO38causesdistalspinalmuscularatrophywithcalfpredominance.Americanjournalofhumangenetics.2013Nov7；93(5):976-83.]，这些基因编码的蛋白与不同的细胞学过程相关，如蛋白质量控制、未折叠蛋白应答、RNA加工、轴突运输以及通道功能异常等，这些研究结果证明多种病理机制都能够引起dHMNs中运动神经的变性。虽然已有一系列针对dHMNs的基因组学研究成果，但是这些已发现的突变仅存在于20％的dHMNs患者体内，更多的异质性致病突变仍有待发现。另外还有5个未定位到致病基因上的染色体位点也已被报道，分别是显性遗传模式的4q34-q35、7q34-q36和2q14以及隐性遗传模式的9p21.1-p12和11q13[RossorAM,KalmarB,GreensmithL,ReillyMM.Thedistalhereditarymotorneuropathies.Journalofneurology,neurosurgery,andpsychiatry.2012Jan；83(1):6-14.]。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供一种SIGMAR1蛋白突变体。本专利技术所提供的SIGMAR1蛋白突变体，具体由序列表中序列1所示的SIGMAR1蛋白(野生型)发生如下(a)和(b)所示突变中至少一种后得到：(a)第138位氨基酸由谷氨酸突变为谷氨酰胺；(b)第150位氨基酸由谷氨酸突变为赖氨酸。本专利技术的第二个目的是提供一种SIGMAR1基因突变体。本专利技术所提供的SIGMAR1基因突变体，具体由序列表中序列2所示的SIGMAR1基因(野生型)发生如下(c)和(d)所示突变中至少一种后得到：(c)第412位由G突变为C；(d)第448位由G突变为A。本专利技术的三个目的是提供一种用于鉴定或辅助鉴定远端型遗传性运动神经病患者或携带者的试剂盒。本专利技术所提供的用于鉴定或辅助鉴定远端型遗传性运动神经病(dHMNs)患者或携带者的试剂盒，含有用于检测所述SIGMAR1蛋白突变体或所述SIGMAR1基因突变体的物质。所述试剂盒中还含有记载有如下(e)或(f)的说明书：(e)若待测者的所述SIGMAR1蛋白发生了所述(a)和/或所述(b)所示的变化，且所述待测者基因型表现为纯合突变，则所述待测者为或候选为远端型遗传性运动神经病患者；若待测者的所述SIGMAR1蛋白发生了所述(a)或所述(b)所示的变化，且所述待测者基因型表现为杂合突变，则所述待测者为或候选为远端型遗传性运动神经病携带者；(f)若待测者的所述SIGMAR1基因发生了所述(c)和/或所述(d)所示的变化，且所述待测者基因型表现为纯合突变，则所述待测者为或候选为远端型遗传性运动神经病患者；若待测者的所述SIGMAR1基因发生了所述(c)或所述(d)所示的的变化，且所述待测者基因型表现为杂合突变，则所述待测者为或候选为远端型遗传性运动神经病携带者。另外，若所述SIGMAR1蛋白发生了所述(a)和所述(b)所示的变化，且所述待测者基因型表现为复合杂合突变(即同源染色体上的SIGMAR1基因分别发生了所述(c)和所述(d)所示的变化)，则推测所述待测者为或候选为远端型遗传性运动神经病患者。对于所述复合杂合突变这种情况，可以通过全基因组测序的方式进行检测。用于检测所述SIGMAR1蛋白突变体或所述SIGMAR1基因突变体的物质，在制备用于鉴定或辅助鉴定远端型遗传性运动神经病患者或携带者的试剂盒中的应用也属于本专利技术的保护范围。在本专利技术中，用于检测所述SIGMAR1蛋白是否发生了所述(a)所示突变和/或用于检测所述SIGMAR1基因是否发生了所述(c)所示突变的物质为引物对1；用于检测所述SIGMAR1蛋白是否发生了所述(b)所示突变和/或用于检测所述SIGMAR1基因是否发生了所述(d)所示突变的物质为引物对2；所述引物对1具体为由序列表中序列3和序列4所示的两条单链DNA分子组成的引物对；所述引物对2具体为由序列表中序列5和序列6所示的两条单链DNA分子组成的引物对。在本专利技术中，检测所述待测者是否发生了所述(a)或所述(c)所示突变，以及突变为纯合还是杂合，具体是按照包括如下(A1)-(A2)步骤的方法进行的：(A1)以所述待测者的基因组DNA为模板，采用所述引物对1进行PCR扩增，得到PCR产物；(A2)若所述PCR产物为如下(a1)，则所述待测者发生了所述(a)和所述(c)所示突变，且突变为纯合；若所述PCR产物为如下(a2)，则所述待测者未发生所述(a)或所述(c)所示突变；若所述PCR产物为如下(a3)，则所述待测者发生了所述(a)和所述(c)所示突变，且突变为杂合：(a1)单一PCR产物：核苷酸序列为序列表中序列7所示的DNA片段；(a2)单一PCR产物：核苷酸序列为将序列表中序列7的第140位的C替换为G后所示的DNA片段；(a3)两种PCR产物：核苷酸序列为序列表中序列7所示的DNA片段，以及核苷酸序列为将序列表中序列7的第140位的C替换为G后所示的DNA片段。在本专利技术中，检测所述待测者是否发生了所述(b)或所述(d)所示突变，以及突变为纯合还是杂合，具体是按照包括如下(B1)-(B2)步骤的方法进行的：(B1)以所述待测者的基因组DNA为模板，采用所述引物对2进行PCR扩增，得到PCR产物；(B2)若所述PCR产物为如下(b1)，则所述待测者发生了所述(b)和所述(d)所示突变，且突变为纯合；若所述PCR产物为如下(b2)，则所述待测者未发生所述(b)或所述(d)所示突变；若所述PCR产物为如下(b1)，则所述待测者发生了所述(b)和所述(d)所示突变，且突变为杂合：(b1)单一PCR产物：核苷酸序列为序列表中序列8所示的DNA片段；(b2)单一PCR产本文档来自技高网...

【技术保护点】
SIGMAR1蛋白突变体，其特征在于：所述SIGMAR1蛋白突变体为SIGMAR1蛋白的第138位和/或第150位发生了突变；所述SIGMAR1蛋白突变体，具体为由序列表中序列1所示的SIGMAR1蛋白发生如下(a)和(b)所示突变中至少一种后得到：(a)第138位氨基酸由谷氨酸突变为谷氨酰胺；(b)第150位氨基酸由谷氨酸突变为赖氨酸。

【技术特征摘要】
1.SIGMAR1蛋白突变体，其特征在于：所述SIGMAR1蛋白突变体为SIGMAR1蛋白的第138位和/或第150位发生了突变；所述SIGMAR1蛋白突变体，具体为由序列表中序列1所示的SIGMAR1蛋白发生如下（a）和（b）所示突变中至少一种后得到：（a）第138位氨基酸由谷氨酸突变为谷氨酰胺；（b）第150位氨基酸由谷氨酸突变为赖氨酸。2.SIGMAR1基因突变体，为编码权利要求1所述SIGMAR1蛋白突变体的基因；所述SIGMAR1基因突变体，具体由序列表中序列2所示的SIGMAR1基因发生如下（c）和（d）所示突变中至少一种后得到：（c）第412位由G突变为C；（d）第448位由G突变为A。3.含有权利要求1所述SIGMAR1蛋白突变体或权利要求2所述SIGMAR1基因突变体的宿主细胞。4.一种用于鉴定或辅助鉴定远端型遗传性运动神经病患者或携带者的试剂盒，含有用于检测权利要求1所述SIGMAR1蛋白突变体或权利要求2所述SIGMAR1基因突变体或权利要求3所述宿主细胞的物质。5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：用于检测所述SIGMAR1蛋白是否发生了所述（a）所示突变和/或用于检测所述SIGMAR1基因是否发生了所述（c）所示突变的物质为引物对1；用于检测所述SIGMAR1蛋白是否发生了所述（b）所示突变和/或用于检测所述SIGMAR1基因是否发生了所述（d）所示突变的物质为引物对2；所述引物对1为由...

【专利技术属性】
技术研发人员：方明艳，乔万尼·瓦扎，艾丽莎·格雷基尼，王海荣，李周璇，王俊，汪建，杨焕明，
申请(专利权)人：深圳华大基因股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44