【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物
，具体地，本专利技术涉及核酸探针及其制备方法和应用，更具体地，本专利技术涉及制备探针的方法、核酸探针、核酸探针在制备测序文库中的用途、制备宏基因组测序文库的方法、宏基因组测序文库以及确定宏基因组序列信息的方法。
技术介绍
·目前，宏基因组学已经成为基因组学中的一个新兴的重要科学研究領域，是研究直接从环境样本例如人类胃肠道、土壌等中直接提取基因组遗传物质，并进行相关分析的学科。宏基因组学研究的快速发展，使得大規模的宏基因组学研究相继展开，大量新的微生物种群和新的基因将得以发现，对人类健康将有积极的现实意义，为后续研究肠道微生物与人的肥胖、肠炎、糖尿病等疾病的关系提供非常重要的理论依据，达到预防和监控的目的。然而，宏基因组所研究的样本在提取过程中很难避免宿主基因组的污染，例如人肠道环境的宿主基因组污染约2%-3%，而在口腔、生殖道、皮肤、呼吸道等部位获取的样本DNA中宿主基因组污染的比例均达到80%甚至90%以上。样本中大量宿主外源污染的存在使得有效数据的测序成本相对大大増加。第二代高通量测序使得从全基因组角度研究环境样本中各个组分成为可能...
【技术保护点】
一种制备探针的方法，其特征在于，包括以下步骤：将DNA样本进行片段化，以便获得第一DNA片段；将所述第一DNA片段进行平端化，以便获得经过平端化的第一DNA片段；将所述经过平端化的第一DNA片段与接头进行连接，以便获得连接接头的第一DNA片段；利用PCR引物组对所述连接接头的第一DNA片段进行扩增，以便得到第一扩增产物，所述PCR引物组包括第一PCR引物和第二PCR引物，所述第一PCR引物和第二PCR引物的5’末端碱基均被生物素标记，所述第一扩增产物构成双链DNA探针。
【技术特征摘要】
1.一种制备探针的方法，其特征在于，包括以下步骤 将DNA样本进行片段化，以便获得第一 DNA片段； 将所述第一 DNA片段进行平端化，以便获得经过平端化的第一 DNA片段； 将所述经过平端化的第一 DNA片段与接头进行连接，以便获得连接接头的第一 DNA片段； 利用PCR引物组对所述连接接头的第一 DNA片段进行扩增，以便得到第一扩增产物，所述PCR引物组包括第一 PCR引物和第二 PCR引物，所述第一 PCR引物和第二 PCR引物的5’末端碱基均被生物素标记，所述第一扩增产物构成双链DNA探针。2.根据权利要求I所述的方法，其特征在于，所述DNA样本含有至少ー种生物的基因组DNA, 任选地，所述DNA样本是从人基因组DNA提取的， 任选地，所述片段化是通过高压气体雾化处理、超声处理、以及水力剪切处理的至少ー种而进行的， 任选地，所述第一 DNA片段的长度为100-200bp， 任选地,所述第一 PCR 引物的核苷酸序列为5’ -CCACTACGCCTCCGCTTTCCTCTCTATG-3’，所述第二 PCR引物的核苷酸序列为5’ -CTGCCCCGGGTTCCTCATTCT-3’， 任选地，进ー步包括对所述双链DNA探针进行变性处理，以便得到单链DNA探针， 任选地，进ー步包括将所述单链DNA探针与链霉亲和素包被的磁珠连接。3.核酸探针，其特征在于，所述核酸探针是根据权利要求1-2任一项所述的方法获得的。4.权利要求3所述的核酸探针在制备测序文库中的用途。5.ー种制备宏基因组测序文库的方法，其特征在于，包括 根据权利要求1-2任一项所述的方法，利用宿主基因组DNA，制备探针； 将用于构建测序文库的宏基因组DNA进行片段化，以便获得第二 DNA片段； 将所述第二 DNA片段进行平端化，以便获得经过平端化的第二 DNA片段； 在所述经过平端化的第二 DNA片段的3’末端添加碱基A，以便获得3’末端添加碱基A的第二 DNA片段； 将所述3’末端添加碱基A的第二 DNA片段与接头进行连接，以便获得连接接头的第二DNA片段；以及 将所述连接接头的第二 DNA片段进行扩增，以便获得第二扩增产物，所述第二扩增产物构成所述宏基因组测序文库， 其中， 利用所述探针对文库构建中间产物进行筛选以便获得经过纯化的文库构建中间...
【专利技术属性】
技术研发人员：耿春雨，韩鸿雁，卢志远，章文蔚，祝珍珍，
申请(专利权)人：深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：
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