【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】调节性多核苷酸相关申请的交叉引用本申请要求2017年5月5日提交的美国临时专利申请号62/501,787,2017年5月18日提交的美国临时专利申请号62/507,923和2017年6月15日提交的美国临时专利申请号62/520,093的优先权，其各自内容通过引用整体并入本文。参考序列表本申请与序列表一起提交，序列表为ASCII文本文件的电子格式。序列表以ASCII文本文件的形式提供，标题为14482_155_228_SEQ_LIST_LISTING.txt，于2018年5月3日创建，大小为6,853,639字节。序列表通过引用整体并入本文。专利
本专利技术涉及用于AAV颗粒的设计、制备、制造、使用和/或配制的组合物、方法和过程，所述AAV颗粒包含调节性多核苷酸，例如编码至少一种靶向至少一种目标基因的小干扰RNA(siRNA)分子的多核苷酸。靶向目标基因可能会干扰基因表达以及由此产生的蛋白生产。可以将包含编码至少一个siRNA分子的调节性多核苷酸的AAV颗粒插入重组腺相关病毒(AAV)载体中。还公开了使用AAV颗粒抑制受试者中目标基因的表达的方法。专利技术背景MicroRNA(或miRNA或miR)是小的非编码单链核糖核酸分子(RNA)，其长度通常为19-25个核苷酸。在哺乳动物基因组中已经识别出了超过一千种microRNA。成熟microRNA通过与靶mRNA的互补序列部分或完全配对，主要结合于靶信使RNA(mRNA)的3’非翻译区(3’-UTR)，从而在转录后水平上促进目标mR...
【技术保护点】
1.一种腺相关病毒(AAV)病毒基因组，其包含位于2个反向末端重复序列(ITR)之间的核酸序列，其中所述核酸在表达时抑制或阻遏靶基因在细胞中的表达，其中所述核酸序列以5’至3’的顺序包括：编码第一有义链序列的第一区域、编码第一反义链序列的第二区域、编码第二有义链的第三区域和编码第二反义链序列的第四区域，其中第一和第二有义链序列包含至少15个连续核苷酸，并且第一和第二反义链序列与靶基因产生的mRNA互补并且包含至少15个连续核苷酸，并且其中所述第一有义链序列和第一反义序列链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域，并且所述第二有义链序列和第二反义链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域。/n
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170505 US 62/501,787;20170518 US 62/507,923;20171.一种腺相关病毒(AAV)病毒基因组，其包含位于2个反向末端重复序列(ITR)之间的核酸序列，其中所述核酸在表达时抑制或阻遏靶基因在细胞中的表达，其中所述核酸序列以5’至3’的顺序包括：编码第一有义链序列的第一区域、编码第一反义链序列的第二区域、编码第二有义链的第三区域和编码第二反义链序列的第四区域，其中第一和第二有义链序列包含至少15个连续核苷酸，并且第一和第二反义链序列与靶基因产生的mRNA互补并且包含至少15个连续核苷酸，并且其中所述第一有义链序列和第一反义序列链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域，并且所述第二有义链序列和第二反义链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域。
2.一种腺相关病毒(AAV)病毒基因组，其包含位于2个反向末端重复序列(ITR)之间的核酸序列，其中所述核酸在表达时抑制或阻遏第一靶基因和第二靶基因在细胞中的表达，其中所述核酸序列以5’至3’的顺序包含：编码第一有义链序列的第一区域、编码第一反义链序列的第二区域、编码第二有义链的第三区域和编码第二反义链序列的第四区域，其中第一和第二有义链序列包含至少15个连续核苷酸，并且第一反义链序列与第一靶基因产生的mRNA互补，并且第二反义链序列与第二靶基因产生的mRNA互补，并且包含至少15个连续核苷酸，并且其中所述第一有义链序列和第一反义链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域，并且所述第二有义链序列和第二反义链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域。
3.权利要求2所述的AAV病毒基因组，其还以5’至3’的顺序包含编码第三有义链序列的第五区域和编码第三反义链序列的第六区域，其中第三有义链序列包含至少15个连续核苷酸，并且第三反义链序列与第三靶基因产生的mRNA互补，并且包含至少15个连续核苷酸，并且其中所述第三有义链序列和第三反义链序列共有至少4个核苷酸的互补区域。
4.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其还以5’至3’的顺序包含编码第四有义链序列的第七区域和编码第四反义链序列的第八区域，其中第四有义链序列包含至少15个连续核苷酸，并且第四反义链序列与第四靶基因产生的mRNA互补，并且包含至少15个连续核苷酸，并且其中所述第四有义链序列和第四反义链序列共有至少4个核苷酸的互补区域。
5.权利要求2所述的AAV病毒基因组，其中第一靶基因与第二靶基因相同。
6.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第三靶基因与第一靶基因相同。
7.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第三靶基因与第二靶基因相同。
8.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第一靶基因、第二靶基因和第三靶基因相同。
9.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第一靶基因相同。
10.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第二靶基因相同。
11.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第三靶基因相同。
12.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第一靶基因和第二靶基因相同。
13.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第二靶基因和第三靶基因相同。
14.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四靶基因与第一靶基因、第二靶基因和第三靶基因相同。
15.权利要求1-14中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第一靶基因、第二靶基因、第三靶基因和/或第四靶基因是亨廷顿基因。
16.权利要求1-14中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第一靶基因、第二靶基因、第三靶基因和/或第四靶基因是SOD1。
17.权利要求1-14中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第一靶基因、第二靶基因、第三靶基因和/或第四靶基因是亨廷顿基因或SOD1。
18.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链和第一反义链之间的互补区域的长度为至少12个核苷酸。
19.权利要求18所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链和第一反义链之间的互补区域的长度为14至21个核苷酸。
20.权利要求19所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链和第一反义链之间的互补区域的长度为19个核苷酸。
21.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第二有义链和第二反义链之间的互补区域的长度为至少12个核苷酸。
22.权利要求21所述的AAV病毒基因组，其中第二有义链和第二反义链之间的互补区域的长度为14至21个核苷酸。
23.权利要求22所述的AAV病毒基因组，其中第二有义链和第二反义链之间的互补区域的长度为19个核苷酸。
24.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第三有义链和第三反义链之间的互补区域的长度为至少12个核苷酸。
25.权利要求24所述的AAV病毒基因组，其中第三有义链和第三反义链之间的互补区域的长度为14至21个核苷酸。
26.权利要求25所述的AAV病毒基因组，其中第三有义链和第三反义链之间的互补区域的长度为19个核苷酸。
27.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四有义链和第四反义链之间的互补区域的长度为至少12个核苷酸。
28.权利要求27所述的AAV病毒基因组，其中第四有义链和第四反义链之间的互补区域的长度为14至21个核苷酸。
29.权利要求25所述的AAV病毒基因组，其中第四有义链和第四反义链之间的互补区域的长度为19个核苷酸。
30.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链序列、第二有义链序列、第一反义链序列和第二反义链序列独立地为30个核苷酸或更少。
31.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链序列、第二有义链序列、第三有义链序列、第一反义链序列、第二反义链序列和第三反义链序列独立地为30个核苷酸或更少。
32.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链序列、第二有义链序列、第三有义链序列、第四有义链序列、第一反义链序列、第二反义链序列、第三反义链序列和第四反义链序列独立地为30个核苷酸或更少。
33.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链序列和第一反义链序列或第二有义链序列和第二反义链序列中的至少一个包含至少1个核苷酸的3’突出端。
34.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第一有义链序列和第一反义链序列或第二有义链序列和第二反义链序列中的至少一个包含至少2个核苷酸的3’突出端。
35.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第三有义链序列和第三反义链序列包含至少1个核苷酸的3’突出端。
36.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第三有义链序列和第三反义链序列包含至少2个核苷酸的3’突出端。
37.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四有义链序列和第四反义链序列包含至少1个核苷酸的3’突出端。
38.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第四有义链序列和第四反义链序列包含至少2个核苷酸的3’突出端。
39.权利要求1-38中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第一区域包含第一有义链序列的启动子5’，其后是第一有义链序列，并且第二区域包含第一反义链序列，其后是第一反义链序列的启动子终止子3’；或第三区域包含第二有义链序列的启动子5’，其后是第二有义链序列，并且第四区域包含第二反义链序列，其后是第二反义链序列的启动子终止子3’。
40.权利要求1-38中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第一区域包含第一有义链序列的启动子5’，其后是第一有义链序列，并且第二区域包含第一反义链序列，其后是第一反义链序列的启动子终止子3’；并且第三区域包含第二有义链序列的启动子5’，其后是第二有义链序列，并且第四区域包含第二反义链序列，其后是第二反义链序列的启动子终止子3’。
41.权利要求3-40中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第五区域包含第三有义链序列的启动子5’，其后是第三有义链序列，并且第六区域包含第三反义链序列，其后是第三反义链序列的启动子终止子3’。
42.权利要求4-41中任一项所述的AAV病毒基因组，其中第七区域包含第四有义链序列的启动子5’，其后是第四有义链序列，并且第八区域包含第四反义链序列，其后是第四反义链序列的启动子终止子3’。
43.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第五区域是第四区域的3’。
44.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第七区域是第六区域的3’。
45.权利要求39-44中任一项所述的AAV病毒基因组，其中启动子是PolIII启动子，并且启动子终止子是PolIII启动子终止子。
46.权利要求45所述的AAV病毒基因组，其中PolIII启动子是U3、U6、U7、7SK、H1或MRP、EBER、硒代半胱氨酸tRNA、7SL、腺病毒VA-1或端粒酶基因启动子，并且PolIII启动子终止子是U3、U6、U7、7SK、H1或MRP、EBER、硒代半胱氨酸tRNA、7SL、腺病毒VA-1或端粒酶基因启动子终止子。
47.权利要求46所述的AAV病毒基因组，其中PolIII启动子是H1启动子，并且PolIII启动子终止子是H1启动子终止子。
48.权利要求1-47中任一项所述的AAV病毒基因组，其中AAV病毒基因组是单特异性多顺反子AAV病毒基因组。
49.权利要求1-47中任一项所述的AAV病毒基因组，其中AAV病毒基因组是双特异性多顺反子AAV病毒基因组。
50.权利要求1或2所述的AAV病毒基因组，其中第一区域和第二区域编码第一siRNA分子，并且第三区域和第四区域编码第二siRNA分子，其中第一和第二siRNA分子靶向不同的靶基因。
51.权利要求3所述的AAV病毒基因组，其中第五区域和第六区域编码第三siRNA分子，其中第一siRNA分子、第二siRNA分子和第三siRNA分子各自靶向不同的靶基因。
52.权利要求4所述的AAV病毒基因组，其中第七区域和第八区域编码第四siRNA分子，其中第一siRNA分子、第二siRNA分子、第三siRNA分子和第四siRNA分子各自靶向不同的靶基因。
53.一种腺相关病毒(AAV)病毒基因组，其包含位于两个反向末端重复序列(ITR)之间的核酸序列，其中所述核酸序列包含第一分子支架区和第二分子支架区，其中所述第一分子支架区包括第一分子支架核酸序列，其编码：
(f)第一茎和环以形成第一茎-环结构，所述第一茎-环结构的序列从5’至3’包含：
x.第一UG基序，其位于第一茎-环结构的第一5’茎的基部处或附近；
xi.第一5’茎臂，其包含第一有义链和任选的第一5’间隔区，
其中所述第一5’间隔区当存在时位于所述第一UG基序和所述第一有义链之间；
xii.第一环区，其在所述第一环区的5’端包含第一UGUG基序；
xiii.第一3’茎臂，其包含第一反义链和任选的第一3’间隔区，
其中尿苷存在于所述第一反义链的5’端，并且其中所述第一3’间隔区当存在时具有足以形成一个螺旋转角的长度；
(g)第一5’侧翼区，其位于所述第一茎-环结构的5’；和
(h)第一3’侧翼区，其位于所述第一茎-环结构的3’，所述第一3’侧翼区包含CNNC基序，和
第二分子支架区，其包含第二分子支架核酸序列，其编码
(i)第二茎和环以形成第二茎-环结构，所述第二茎-环结构的序列从5’至3’包括：
xiv.第二UG基序，其位于第二茎-环结构的第二5’茎的基部或附近；
xv.第二5’茎臂，其包含第二有义链和任选的第二5’间隔区，
其中所述第二5’间隔区当存在时位于所述第二UG基序和所述第二有义链之间；
xvi.第二环区，其在所述第二环区的5’端包含第二UGUG基序；
xvii.第二3’茎臂，其包含第二反义链和任选的第二3’间隔区，
其中尿苷存在于所述第二反义链的5’端，并且其中所述第二3’间隔区当存在时具有足以形成一个螺旋转角的长度；
(j)第二5’侧翼区，其位于所述第二茎-环结构的5’；和
(k)第二3’侧翼区，其位于所述第二茎-环结构的3’，所述第二3’侧翼区包含CNNC基序，并且
其中所述第一反义链和所述第一有义链形成第一siRNA双链体，并且所述第二反义链和所述第二有义链形成第二siRNA双链体，其中第一siRNA双链体在表达时抑制或阻遏第一靶基因在细胞中的表达，并且第二siRNA双链体在表达时抑制或阻遏第二靶基因在细胞中的表达，其中第一和第二有义链序列包含至少15个核苷酸，第一反义链序列与第一靶基因产生的mRNA互补，并且第二反义链序列与第二靶基因产生的mRNA互补，并且其中所述第一有义链序列和第一反义链序列共有至少4个核苷酸长度的互补区域，并且所述第二有义链序列和第二反义链序列共有至少...
【专利技术属性】
技术研发人员：侯金兆，王鑫，周鹏程，任晓琴，D·WY·沙，
申请(专利权)人：沃雅戈治疗公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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