【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于治疗与葡萄糖神经酰胺酶
β
缺陷相关的神经病症的组合物和方法
[0001]相关申请
[0002]本申请要求
2020
年7月
27
日提交的美国临时申请号
63/057,265
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[0003]序列表
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135333
‑
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2021
年7月
23
日,并且大小为
6,773,307
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专利
[0005]本文描述了涉及多核苷酸,例如编码葡萄糖神经酰胺酶
β
(GBA)
蛋白和肽的多核苷酸的组合物和方法,所述多核苷酸用于治疗帕金森病
(Parkinson Disease
,
PD)
和相关病症,包括戈谢病
(Gaucher Disease)
和路易体痴呆
(
统称为“GBA
相关病症”)。
在一些实施方案中,组合物可以在腺相关病毒
(AAV)
载体中递送
。
在其它实施方案中,本文所描述的组合物可以用于治疗有需要的受试者,诸如经诊断患有
G
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种包含编码
β
‑
葡糖脑苷脂酶
(GBA)
蛋白的转基因的经分离
(
例如,重组
)
的核酸,其中编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列包含与
SEQ ID NO
:
1773
的核苷酸序列至少
90
%同一的核苷酸序列
。2.
如权利要求1所述的经分离的核酸,其中编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列包含
SEQ ID NO
:
1773
的核苷酸序列,或与
SEQ ID NO
:
1773
至少
95
%同一的核苷酸序列
。3.
如权利要求1或2所述的经分离的核酸,所述核酸还包含编码
miR
结合位点的核苷酸序列,所述
miR
结合位点降低表达相应
miRNA
的细胞或组织中由所述核酸编码的所述
GBA
蛋白的表达,任选地其中所述经编码的
miRNA
结合位点与
DRG、
肝脏
、
造血系统或它们的组合的细胞或组织中表达的
miRNA
互补,例如,完全互补或部分互补
。4.
一种经分离
(
例如,重组
)
的病毒基因组,所述病毒基因组包含含有编码
GBA
蛋白的转基因的核酸,并且还包含编码
miR
结合位点的核苷酸序列,所述
miR
结合位点调节
(
例如,降低
)DRG、
肝脏
、
造血谱系或它们的组合的细胞或组织中所述经编码的
GBA
蛋白的表达
。5.
如权利要求3所述的经分离的核酸或如权利要求4所述的病毒基因组,其中所述经编码的
miR
结合位点包括
miR183
结合位点
、miR122
结合位点
、miR
‑
142
‑
3p
或它们的组合,任选地其中:
(i)
所述经编码的
miR183
结合位点包含
SEQ ID NO
:
1847
的核苷酸序列,或与其具有至少
85
%
、90
%
、92
%
、95
%
、97
%
、98
%或
99
%序列同一性的核苷酸序列;或具有
SEQ ID NO
:
1847
的至少一个
、
两个
、
三个
、
四个
、
五个
、
六个或七个修饰但不超过十个修饰的核苷酸序列;
(ii)
所述经编码的
miR122
结合位点包含
SEQ ID NO
:
1865
的核苷酸序列,或与其具有至少
85
%
、90
%
、92
%
、95
%
、97
%
、98
%或
99
%序列同一性的核苷酸序列;或具有
SEQ ID NO
:
1865
的至少一个
、
两个
、
三个
、
四个
、
五个
、
六个或七个修饰但不超过十个修饰的核苷酸序列;和
/
或
(iii)
所述经编码的
miR
‑
142
‑
3p
结合位点包含
SEQ ID NO
:
1869
的核苷酸序列,或与其具有至少
70
%
、75
%
、80
%
、85
%
、90
%
、92
%
、95
%
、97
%
、98
%或
99
%序列同一性的核苷酸序列;或具有
SEQ ID NO
:
1869
的至少一个
、
两个
、
三个
、
四个
、
五个
、
六个或七个修饰但不超过十个修饰的核苷酸序列
。6.
如权利要求1‑3中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求4或5所述的病毒基因组,其中所述核酸进一步编码增强元件,其中经编码的增强元件包含以下一者
、
两者或全部:
(a)
鞘脂激活蛋白原多肽
、
鞘脂激活蛋白
C
多肽或其功能片段或变体,任选地包含
SEQ ID NO
:
1789、1758、1750、1752、1754、1756
‑
1758、1784
或
1785
的氨基酸序列,相对于
SEQ ID NO
:
1789、1758、1750、1752、1754、1756
‑
1758、1784
或
1785
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(b)
细胞穿透肽,任选地包含
SEQ ID NO
:
1794、1796
或
1798
中的任一者的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1794、1796
或
1798
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;或
(c)
溶酶体靶向序列,任选地包含
SEQ ID NO
:
1800、1802、1804、1806
或
1808
中的任一者
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1800、1802、1804、1806
或
1808
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列
。7.
一种包含编码
GBA
蛋白和增强元件的转基因的经分离
(
例如,重组
)
的核酸,其中经编码的增强元件包含以下一者
、
两者或全部:
(a)
鞘脂激活蛋白
C
多肽或其功能片段或变体,任选地包含
SEQ ID NO
:
1789
或
1758
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(b)
细胞穿透肽,任选地包含
SEQ ID NO
:
1794、1796
或
1798
中的任一者的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1794、1796
或
1798
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;或
(c)
溶酶体靶向序列,任选地包含
SEQ ID NO
:
1800、1802、1804、1806
或
1808
中的任一者的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1800、1802、1804、1806
或
1808
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列
。8.
如权利要求6或7所述的经分离的核酸,或如权利要求6所述的病毒基因组,其中:
(i)
所述经编码的增强元件包含
SEQ ID NO
:
1789
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1789
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;
(ii)
编码所述增强元件的核苷酸序列包含
1787
的核苷酸序列,或与其至少
85
%同一的核苷酸序列或核苷酸序列;
(ii)
所述经编码的增强元件包含
1802
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1802
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;
(iii)
编码所述增强元件的核苷酸序列包含
1801
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1801
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的核苷酸序列;
(iv)
所述经编码的增强元件包含
1794
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1794
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;或
(v)
编码所述增强元件的核苷酸序列包含
1793
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1793
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的核苷酸序列
。9.
如权利要求7或8所述的经分离的核酸,或如权利要求4‑6或8中任一项所述的病毒基因组,其中编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列包含
SEQ ID NO
:
1773、1777
或
1781
中的任一者的核苷酸序列,或与其至少
90
%
(
例如,至少
92
%
、95
%
、97
%
、98
%或
99
%
)
同一的核苷酸序列
。10.
如权利要求6‑9中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求6或8‑9中任一项所述的病毒基因组,其中所述经编码的增强元件和所述经编码的
GBA
蛋白直接连接
(
例如,在无连接子的情况下
)
或经由经编码的连接子连接
。11.
如权利要求
10
所述的经分离的核酸或病毒基因组,其中:
(i)
所述经编码的连接子包含
SEQ ID NO
:
1854、1855、1843、1845
中的任一者的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854、1855、1843、1845
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的氨基酸序列;
(ii)
编码所述连接子的核苷酸序列包含表2的核苷酸序列中的任一者,或相对于表2的序列具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的核苷酸序列;
(iii)
编码所述连接子的核苷酸序列包含
SEQ ID NO
:
1724、1726、1729
或
1730
中的任一者的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1724、1726、1729
或
1730
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代
(
例如,保守取代
)
的核苷酸序列;
(iv)
所述经编码的连接子包含弗林蛋白酶裂解位点;
(v)
所述经编码的连接子包含
T2A
多肽;
(vi)
所述经编码的连接子包含
(Gly4Ser)n
连接子,其中
n
是1‑
10
,例如,
n
是
3、4
或5;和
/
或
(vii)
所述经编码的连接子包含
(Gly4Ser)3
连接子
。12.
如权利要求6‑
11
中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求6或8‑
11
中任一项所述的病毒基因组,其中:
(i)
编码所述增强元件的核苷酸序列位于相对于编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列的5′
处;和
/
或
(ii)
编码所述增强元件的核苷酸序列位于相对于编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列的3′
处
。13.
如权利要求1‑3或5‑
12
中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求4‑6或8‑
12
中任一项所述的病毒基因组,其进一步编码信号序列,任选地其中:
(i)
所述经编码的信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
或
1857
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;和
/
或
(ii)
编码所述信号序列的核苷酸序列位于相对于编码所述
GBA
蛋白的核苷酸序列的5′
处;和
/
或相对于所述经编码的增强元件的5′
处
。14.
如权利要求1‑3或5‑
13
中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求4‑6或8‑
13
中任一项所述的病毒基因组,其中:
(i)
所述核酸按5′
至3′
的顺序包含:编码信号序列的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含
SEQ ID NO
:
1850
的核苷酸序列,或与其至少
85
%同一的核苷酸序列;以及编码
GBA
蛋白的核苷酸序列,所述核苷酸序列包含
SEQ ID NO
:
1773
的核苷酸序列,或与其至少
85
%同一的核苷酸序列;或
(ii)
所述核酸按5′
至3′
的顺序编码:信号序列,所述信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;以及
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列
。15.
如权利要求7‑
13
中任一项所述的经分离的核酸,或如权利要求4‑6或8‑
13
中任一项所述的病毒基因组,其中所述核酸按5′
到3′
的顺序编码:
(i)
信号序列,所述信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1800
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1800
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
ID NO
:
1854
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
T2A
多肽,所述
T2A
多肽包含
SEQ ID NO
:
1855
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1855
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第二信号序列,所述第二信号序列包含
SEQ ID NO
:
1857
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1857
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1789
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(ix)
第一信号序列,所述第一信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;弗林蛋白酶裂解位点,所述弗林蛋白酶裂解位点包含
SEQ ID NO
:
1854
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
T2A
多肽,所述
T2A
多肽包含
SEQ ID NO
:
1855
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1855
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第二信号序列,所述第二信号序列包含
SEQ ID NO
:
1857
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1857
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1758
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(x)
信号序列,所述信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;连接子,所述连接子包含
SEQ ID NO
:
1845
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1845
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1796
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(xi)
信号序列,所述信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1794
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1794
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;连接子,所述连接子包含
SEQ ID NO
:
1845
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1845
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(xii)
信号序列,所述信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1808
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1808
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
(xiii)
第一信号序列,所述第一信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;第一增强元件,所述第一增强元件包含
SEQ ID NO
:
1802
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;弗林蛋白酶裂解位点,所述弗林蛋白酶裂解位点包含
SEQ ID NO
:
1854
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854
具有至少一个
、
两
个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
T2A
多肽,所述
T2A
多肽包含
SEQ ID NO
:
1855
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1855
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第二信号序列,所述第二信号序列包含
SEQ ID NO
:
1857
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1857
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及第二增强元件,所述第二增强元件包含
SEQ ID NO
:
1789
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
(xiv)
第一信号序列,所述第一信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;连接子,所述连接子包含
SEQ ID NO
:
1845
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1845
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第一增强元件,所述第一增强元件包含
SEQ ID NO
:
1798
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1798
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;弗林蛋白酶裂解位点,所述弗林蛋白酶裂解位点包含
SEQ ID NO
:
1854
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
T2A
多肽,所述
T2A
多肽包含
SEQ ID NO
:
1855
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1855
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第二信号序列,所述第二信号序列包含
SEQ ID NO
:
1857
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1857
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1789
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;或
(xv)
第一信号序列,所述第一信号序列包含
SEQ ID NO
:
1853
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;第一增强元件,所述第一增强元件包含
SEQ ID NO
:
1802
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;
GBA
蛋白,所述
GBA
蛋白包含
SEQ ID NO
:
1775
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列;连接子,所述连接子包含
SEQ ID NO
:
1845
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1845
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第一增强元件,所述第一增强元件包含
SEQ ID NO
:
1798
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1798
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;弗林蛋白酶裂解位点,所述弗林蛋白酶裂解位点包含
SEQ ID NO
:
1854
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1854
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;
T2A
多肽,所述
T2A
多肽包含
SEQ ID NO
:
1855
的氨基酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1855
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;第二信号序列,所述第二信号序列包含
SEQ ID NO
:
1857
的核苷酸序列,或相对于
SEQ ID NO
:
1857
具有至少一个
、
两个或三个但不超过四个修饰,例如取代的氨基酸序列;以及增强元件,所述增强元件包含
SEQ ID NO
:
1789
的氨基酸序列,或与其至少
85
%同一的氨基酸序列
。16.
一种经分离
(
例如,重组
)
的病毒基因组,所述病毒基因组包含可操作地连接至如权利要求1‑3或7‑
15
中任一项所述的核酸的启动子
。17.
如权利要求4‑6或7‑
15
所述的病毒基因组,所述病毒基因组还包含可操作地连接至包含编码所述
GBA
蛋白的所述转基因的所述核酸的启动子,其中所述启动子包含组织特异性启动子或泛在启动子
。18.
如权利要求
16
或
17
所述的病毒基因组,其中所述启动子包含:
(i)
鸡
β
‑
肌动蛋白
(CBA)
启动子和
/
或其衍生物
CAG、EF
‑
1a
启动子
、CMV
立即早期增强子和
/
或启动子
、
β
葡萄糖醛酸苷酶
(GUSB)
启动子
、
泛素
C(UBC)
启动子
、
神经元特异性烯醇酶
(NSE)、
血小板源性生长因子
(PDGF)
启动子
、
血小板源性生长因子
B
链
(PDGF
‑
β
)
启动子
、
细胞间粘附分子
2(ICAM
‑
2)
启动子
、
突触蛋白
(Syn)
启动子
、
甲基
‑
CpG
结合蛋白
2(MeCP2)
启动子
、Ca2+/
钙调蛋白依赖性蛋白激酶
II(CaMKII)
启动子
、
代谢型谷氨酸受体
2(mGluR2)
启动子
、
神经丝轻
(NFL)
或重
(NFH)
启动子
、
β
‑
球蛋白小基因
n
β2启动子
、
前脑啡肽原
(PPE)
启动子
、
脑啡肽
(Enk)
和兴奋性氨基酸转运子
2(EAAT2)、
神经胶质纤维酸性蛋白
(GFAP)
启动子
、
髓鞘碱性蛋白
(MBP)
启动子
、
心血管启动子
(
例如,
α
MHC、cTnT
和
CMV
‑
MLC2k)、
肝脏启动子
(
例如,
hAAT、TBG)、
骨骼肌启动子
(
例如,结蛋白
、MCK、C512)
或其片段
(
例如,截短
)
或功能变体;和
/
或
(ii)SEQ ID NO
:
1832、1833、1834、1835、1836、1839、1840
中的任一者的核苷酸序列,或与其至少
95
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