rRNA捕获探针及其应用制造技术

本发明专利技术实施例公开了一种rRNA捕获探针及其应用方法。其中，所述rRNA捕获探针选自如下三组探针序列中的一种或者多种：5SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.1和SEQ ID No.2；16SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.3至SEQ ID No.24；23SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.25至SEQ ID No.76。以该捕获探针为基础，可以有效去除转录产物中90％以上的核糖体RNA序列，克服了原核生物mRNA不含polyA尾巴，无法通过oligo dT富集分离的技术难题，极大的节省了测序数据量和成本。

RRNA capture probe and its application

【技术实现步骤摘要】
rRNA捕获探针及其应用
本专利技术涉及生物工程
，尤其涉及一种rRNA捕获探针及其应用。
技术介绍
核糖体RNA(rRNA)是细胞内含量最高的一类RNA，占胞内所有RNA总量的80％以上。其与蛋白质结合形成核糖体，在mRNA的序列引导下转运特定的氨基酸合成蛋白质肽链。在原核生物中，核糖体RNA主要分为5SrRNA(约120nt)、16SrRNA(约1540nt)和23SrRNA(约2900nt)三大类，真核生物主要分为5SrRNA(约120nt)、5.8SrRNA(约160nt)、18SrRNA(约1900nt)和28S(约4700nt)rRNA。由于核糖体RNA的占比含量极高，在总RNA测序研究其它功能性RNA的表达丰度、修饰状态等，核糖体RNA将侵占大量的可用数据，如何在检测前针对不同物种有效的去除核糖体RNA，或精准分离目标类型RNA进行相应检测，已成为“转录组学”研究和“表观转录组学”研究样本前期制备的核心技术问题。在实现本专利技术过程中，专利技术人发现相关技术存在以下问题：在真核生物中通常会利用oligodT磁珠钓取含有polyA尾巴的总mRNA，然后通过文库构建进行高通量测序分析细胞或组织mRNA的表达情况。但原核生物的mRNA含量极低，约占总RNA的2％-5％左右。而且，绝大多数原核生物mRNA都不存在3’端的poly(A)结构。因此，对原核生物的mRNA分离并进行检测非常困难。
技术实现思路
针对上述技术问题，本专利技术实施例提供了一种rRNA捕获探针及其应用，以解决现有rRNA去除方法中存在的一种或者多种的问题。本专利技术实施例的第一方面提供一种蓝细菌的rRNA捕获探针。其中，所述rRNA捕获探针选自如下三组探针序列中的一种或者多种；其中，5SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.1和SEQIDNo.2；16SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.3至SEQIDNo.24；23SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.25至SEQIDNo.76。可选地，每条rRNA捕获探针的长度范围为30bp-120bp；相邻的rRNA捕获探针之间的长度间距小于30bp。可选地，所述rRNA捕获探针还包括生物素标记。本专利技术实施例的第二方面提供一种全转录组测序检测方法。其中，所述方法包括应用如上所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。本专利技术实施例的第三方面提供了一种RNA修饰的高通量检测方法。其中，所述方法包括应用如上所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。可选地，每种rRNA捕获探针的摩尔浓度为0.1uM-1uM；所述样本总RNA的投入量为50ug-10ng，浓度大于等于5ng/uL。可选地，每种所述rRNA捕获探针的摩尔浓度为0.5uM。可选地，所述通过所述rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA，具体包括：在杂交缓冲体系中，将所述rRNA捕获探针与所述样本总RNA进行杂交，形成DNA-RNA杂合链；在杂交完成后，在核糖核酸酶H的作用下，特异性的消化DNA-RNA杂合链中的rRNA；在脱氧核糖核酸酶I的作用下，特异性的消化所述rRNA捕获探针。可选地，所述通过所述rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA，具体包括：在杂交缓冲体系中，将所述rRNA捕获探针与所述样本总RNA进行杂交，形成DNA-RNA杂合链；在杂交完成后，在双链特异性核酸酶的选择性降解下，去除杂交后形成的所述DNA-RNA杂合链。可选地，通过所述混合后的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA，具体包括：在杂交缓冲体系中，将所述rRNA捕获探针与所述样本总RNA进行杂交，形成DNA-RNA杂合链；其中，所述rRNA捕获探针带有生物素标记；通过生物素-链霉素亲和捕获，将杂交后形成的所述DNA-RNA杂合链从所述样本总RNA中去除。本专利技术实施例提供的技术方案中，设计了特异性的rRNA捕获探针，可以此为基础，有效去除转录产物中90％以上的核糖体RNA序列，克服了原核生物mRNA不含polyA尾巴，无法通过oligodT富集分离的技术难题，极大的节省了测序数据量和成本。由于rRNA捕获探针仅捕获rRNA序列。因此，在用于转录组测序分析等高通量测序时，除了检测到mRNA外，还可以检测到非编码RNA，lncRNA、tRNA、circleRNA和小RNA等。另外，在RNA修饰检测时，只需要微量的总RNA(约2ug)即可检测哺乳动物rRNA外的其它RNA修饰情况，还可以进一步的用于分析植物、微生物等其它物种的修饰水平，具有良好的应用前景。附图说明图1为本专利技术实施例的全转录组测序检测的的一个实施例示意图；图2为本专利技术实施例的RNA修饰的高通量检测方法的一个实施例示意图。SEQIDNo.1和SEQIDNo.2是针对5SrRNA设计的捕获探针；SEQIDNo.3至SEQIDNo.24是针对16SrRNA设计的捕获探针；SEQIDNo.25至SEQIDNo.76是针对23SrRNA设计的捕获探针。具体实施方式下面将结合本专利技术实施例中的附图，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。需要说明的是，当元件被表述“固定于”另一个元件，它可以直接在另一个元件上、或者其间可以存在一个或多个居中的元件。当一个元件被表述“连接”另一个元件，它可以是直接连接到另一个元件、或者其间可以存在一个或多个居中的元件。本说明书所使用的术语“垂直的”、“水平的”、“左”、“右”、“上”、“下”、“内”、“外”、“底部”等指示的方位或位置关系为基于附图所示的方位或位置关系，仅是为了便于描述本专利技术和简化描述，而不是指示或暗示所指的装置或元件必须具有特定的方位、以特定的方位构造和操作，因此不能理解为对本专利技术的限制。此外，术语“第一”、“第二”等仅用于描述目的，而不能理解为指示或暗示相对重要性。除非另有定义，本说明书所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本说明书中在本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施方式的目的，不是用于限制本专利技术。本说明书所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。此外，下面所描述的本专利技术不同实施方式中所涉及的技术特征只要彼此之间未构成冲突就可以相互结合。本专利技术实施例提供了一种rRNA捕获探针。该rRNA捕获探针以蓝细菌的5S，16S以及23SrRNA序列为参考序列，按照碱基互补配对的原则进行设计，获得三组探针，分别可以5S，16S以及23SrRNA与rRNA特异性结合，形成RNA-D本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种蓝细菌的rRNA捕获探针，其特征在于，所述rRNA捕获探针选自如下三组探针序列中的一种或者多种；其中，/n5SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.1和SEQ ID No.2；/n16SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.3至SEQ ID No.24；/n23SrRNA探针序列组包括：SEQ ID No.25至SEQ ID No.76。/n

【技术特征摘要】
1.一种蓝细菌的rRNA捕获探针，其特征在于，所述rRNA捕获探针选自如下三组探针序列中的一种或者多种；其中，
5SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.1和SEQIDNo.2；
16SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.3至SEQIDNo.24；
23SrRNA探针序列组包括：SEQIDNo.25至SEQIDNo.76。


2.根据权利要求1所述的rRNA捕获探针，其特征在于，每条rRNA捕获探针的长度范围为30bp-120bp；相邻的rRNA捕获探针之间的长度间距小于30bp。


3.根据权利要求1所述的rRNA捕获探针，其特征在于，所述rRNA捕获探针还包括生物素标记。


4.一种全转录组测序检测方法，其特征在于，应用如权利要求1所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。


5.一种RNA修饰的高通量检测方法，其特征在于，应用如权利要求1所述的rRNA捕获探针捕获并去除样本总RNA中的rRNA。


6.根据权利要求4或5所述的方法，其特征在于，每种rRNA捕获探针的摩尔浓度为0.1uM-1uM；所述样本总RNA的投入量为50ug-10ng，浓度大于等于5ng/uL。


7.根据权利要求6所述的方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：王君文，胡琪，苏锦玲，高飞，
申请(专利权)人：深圳市易基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44