一种检测染色体非整倍体的质控品及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种检测染色体非整倍体的质控品。总体而言，本发明专利技术的质控品包括非整倍体DNA片段和整倍体DNA片段，其中，所述非整倍体DNA片段和/或整倍体DNA片段通过非特异性复制方法获得。本发明专利技术的质控品经济、简便、有效地解决染色体非整倍体检测试剂盒的质量检定和性能评价问题。

A quality control product for detecting chromosomal aneuploidy and its application

The invention relates to a quality control product for detecting chromosomal aneuploidy. In general, the quality control products of the present invention include aneuploidy DNA fragments and aneuploidy DNA fragments, in which the aneuploidy DNA fragment and / or aneuploidy DNA fragment are obtained by a non specific replication method. The quality control product of the invention is economical, simple and effective in solving the problem of quality verification and performance evaluation of chromosome aneuploidy detection kit.

【技术实现步骤摘要】
一种检测染色体非整倍体的质控品及其应用
本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及一种检测染色体非整倍体的质控品及其应用。
技术介绍
染色体疾病主要指由于染色体数目、结构异常所引起的疾病，临床上以21三体、18三体、13三体等染色体非整倍体疾病最为常见，三种综合征在新生儿中发病率分别为1/800～1/600、1/7000～1/3500和1/6000～1/5000。患儿多表现为智力障碍、发育迟缓、多发畸形或成年后生育障碍等，目前尚无有效的治疗手段。产前筛查胎儿染色体非整倍体疾病对于预防出生缺陷和优生优育具重要意义。这有利于提高人口质量，实现优生优育，尤其对高龄孕妇(大于35岁)的胎儿进行产前筛查，以防止染色体异常患儿的出生。无创产前检测(Non-invasivePrenatalTesting，NIPT)是新型的产前检测技术，此技术使用高通量测序方法，通过对孕妇血液中游离DNA片段进行全基因组测序，统计不同染色体的数据，以检测其中胎儿的染色体三体异常。做为一个新型的检测方法，NIPT技术需要配备适宜的质控品，用于检测试剂和质量以及实验的流程准确性。然而现有的质控品或者需要采集孕妇血浆，或者需要使用真实人类血浆与三体基因组片段化的DNA混合合成，两者均存在造价过于昂贵，来源稳定性差，难以定量控制胎儿DNA片段浓度，制造和运输过程中血浆样本操作及储存条件严苛等问题。此外还有利用人类基因组DNA片段进行片段化来模拟游离DNA片段，以制备NIPT质控品的方法。但是由基因组DNA片段酶切或物理打断方法得到的DNA片段，由于缺少自然形成的游离DNA片段的特征，如凋亡特征等，因此用于NIPT检测中将出现检测值异常，检测结果难以与真实游离DNA片段检测结果一致，导致检测结果的准确性降低。
技术实现思路
鉴于上述现有技术中存在的问题，本专利技术的目的在于提供一种检测染色体非整倍体的质控品及其应用。本专利技术为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：通过使用复制的非整倍体DNA片段和/或整倍体DNA片段代替直接人体采样或人体来源的离体样本途径获得的DNA片段，并通过一定比例进行混合，即可以达到与目前染色体非整倍体检测的质控品相同的目的。即，本专利技术包括：1.一种检测染色体非整倍体的质控品，其包括非整倍体DNA片段和整倍体DNA片段，其中，所述非整倍体DNA片段和/或整倍体DNA片段通过非特异性复制方法获得。2.根据项1所述的质控品，其含有0～100％(基于DNA片段总量的质量百分比)的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段。3.根据项1或2所述的质控品，所述非整倍体DNA片段的大小与所述整倍体DNA片段的大小范围一致。4.根据项1～3任一项所述的质控品，所述非整倍体DNA片段为1～21三体DNA片段、XXX三体DNA片段、XXY三体DNA片段和XYY三体DNA片段中的任意一种或任意两种以上的组合。5.根据项1～4任一项所述的质控品，所述非整倍体DNA片段为21三体DNA片段、18三体DNA片段和13三体DNA片段中任意一种或任意两种以上的组合。6.根据项1～5任一项所述的质控品，其中，所述整倍体DNA片段来源于人类。7.根据项1～6任一项所述的质控品，其中，所述整倍体DNA片段来源于女性。8.根据项1～7任一项所述的质控品，其中，所述整倍体DNA片段来源于正常未孕女性。9.根据项1～8任一项所述的质控品，其中，所述整倍体DNA片段来源于来源于正常未孕女性的血浆游离DNA。10.根据项1～9任一项所述的质控品，其中，所述整倍体DNA片段大小为150～200bp。11.根据项1～10任一项所述的质控品，包括阳性质控品和阴性质控品，所述阳性质控品含有0.5％(基于DNA片段总量的质量百分比)以上的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段，所述阴性质控品含有70％(基于DNA片段总量的质量百分比)以上的整倍体DNA片段和余量的非整倍体DNA片段。12.根据项11所述的质控品，其中，阳性质控品含有1％(基于DNA片段总量的质量百分比)以上至30％(基于DNA片段总量的质量百分比)以下的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段。13.根据项11所述的质控品，其中，阴性质控品含有100％的整倍体DNA片段。14.根据项1～13任一项所述的质控品，其特征在于，所述非特异性复制方法包括以下步骤：步骤B：将经过处理的希望复制的DNA片段加接头，得到加接头的DNA片段；步骤C：使用与所述接头的序列相结合的的引物对所述加接头的DNA片段进行PCR扩增，得到PCR产物；步骤D：采用切割试剂将PCR产物进行切割，得到与希望进行复制的DNA片段基本相同的复制的DNA片段。其中，所述引物为具有切割位点的引物。15.根据项14所述的质控品，其中，所述切割位点在所述引物的3'端。16.根据项14或15所述的质控品，其中，所述切割位点为至少1bp的核苷酸序列。17.根据项14～16任一项所述的质控品，其中，所述切割位点为脱氧尿嘧啶。18.根据项14～17任一项所述的质控品，其中，所述切割位点的引物为具有一个脱氧尿嘧啶的引物，如SEQIDNO：3所示核苷酸序列和SEQIDNO：4所示核苷酸序列；SEQIDNO：3序列：5'-(N)e(N)'b(N)'aU-3'，SEQIDNO：4序列：5'--3'，其中，N选自A、T、C、G四种碱基中的任意一种，(N)a与(N)'a核苷酸序列反向互补，(N)'b与(N)b核苷酸序列反向互补，e、f为自然数，a、b和c分别为5以上的自然数，优选的a为5～30，更优选的a为10～20，优选的b为5～20，更优选的b为10～20，优选的c为10～20，优选的e为0～20，f为0～20，更优选e为0，f为0。19.根据项14～18任一项所述的质控品，其中，步骤B中所述接头为由如SEQIDNO：1和SEQIDNO：2所示的核苷酸序列经退火反应形成的产物，SEQIDNO：1序列：5'-A(N)a(N)b-3'，SEQIDNO：2序列：5'-(N)c(N)'aT-3'，其中，N选自A、T、C、G四种碱基中的任意一种，(N)a与(N)'a核苷酸序列反向互补，a、b和c分别为5以上的自然数，优选的a为5～30，更优选的a为10～20，优选的b为5～20，更优选的b为10～20，优选的c为10～20。20.根据项14～19任一项所述的质控品，其中，步骤D中所述切割为至少一次的酶切。21.根据项14～20任一项所述的质控品，其中，步骤D中所述切割试剂为至少一种具有切割功能的酶。22.根据项21所述的质控品，其中，所述具有切割功能的酶为具有脱氧尿嘧啶切割功能的酶和具有单链特异性切割功能的酶。23.根据项22所述的质控品，其中，所述具有脱氧尿嘧啶切割功能的酶为UDG或EndonucleaseVIII和UDG的混合物。24.根据项22所述的质控品，其中，所述具有单链特异性切割功能的酶选自绿豆核酸酶和/或S1核酸酶。25.根据项14～24任一项所述的质控品，其中，步骤B中所述希望进行复制的DNA片段的量为0.1～100ng。26.根据项14～25任一项所述的质控品，其中，还包括步骤B之前进行的步骤A-2：将希望进行复制的DNA片段进行末端修复，得到经过处理的希望本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测染色体非整倍体的质控品，其包括非整倍体DNA片段和整倍体DNA片段，其中，所述非整倍体DNA片段和/或整倍体DNA片段通过非特异性复制方法获得。

【技术特征摘要】
1.一种检测染色体非整倍体的质控品，其包括非整倍体DNA片段和整倍体DNA片段，其中，所述非整倍体DNA片段和/或整倍体DNA片段通过非特异性复制方法获得。2.根据权利要求1所述的质控品，其含有0～100％(基于DNA片段总量的质量百分比)的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段，优选的所述非整倍体DNA片段的大小与所述整倍体DNA片段的大小范围一致。3.根据权利要求1所述的质控品，所述非整倍体DNA片段为1～21三体DNA片段、XXX三体DNA片段、XXY三体DNA片段和XYY三体DNA片段中的任意一种或任意两种以上的组合，优选的所述非整倍体DNA片段为21三体DNA片段、18三体DNA片段、13三体DNA片段中任意一种或任意两种以上的组合，优选的所述整倍体DNA片段来源为人类，更优选的所述整倍体DNA片段来源为女性，更优选的所述整倍体DNA片段来源为未孕女性，更优选的所述整倍体DNA片段来源为正常未孕女性的血浆游离DNA，优选的所述整倍体DNA片段的大小为150～200bp。4.根据权利要求1所述的质控品，包括阳性质控品和阴性质控品，所述阳性质控品含有0.5％(基于DNA片段总量的质量百分比)以上的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段，优选的阳性质控品含有1％以上至30％(基于DNA片段总量的质量百分比)以下的非整倍体DNA片段和余量的整倍体DNA片段，所述阴性质控品含有70％(基于DNA片段总量的质量百分比)以上的整倍体DNA片段和余量的非整倍体DNA片段，优选地的阴性质控品含有100％的整倍体DNA片段。5.根据权利要求1～4任一项所述的质控品，其特征在于，所述非特异性复制方法包括以下步骤：步骤B：将经过处理的希望复制的DNA片段加接头，得到加接头的DNA片段；步骤C：使用与所述接头的序列相结合的的引物对所述加接头的DNA片段进行PCR扩增，得到PCR产物；步骤D：采用切割试剂将PCR产物进行切割，得到与希望进行复制的DNA片段基本相同的复制的DNA片段。其中，所述引物为具有切割位点的引物。6.根据权利要求5述的质控品，其特征在于，所述切割位点在所述引物的3'端，优选地所述切割位点为至少1bp的核苷酸序列，更优选地所述切割位点为脱氧尿嘧啶，更优选地具有切割位点的引物为具有一个脱氧尿嘧啶的...

【专利技术属性】
技术研发人员：张介中，姜锋，杜洋，玄兆伶，李大为，梁峻彬，陈重建，
申请(专利权)人：安诺优达基因科技北京有限公司，浙江安诺优达生物科技有限公司，安诺优达义乌医学检验有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11