用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物及其应用制造技术

本发明专利技术公开了一种用于预测中期结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物及其应用。所述环状RNA分子标记物包括circRNA13452，hsa_circ_0008039，hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391；其cDNA序列如依次如SEQ ID NO：1～4所示。通过检测上述四个环状RNA分子在中期结直肠癌患者组织中的表达水平，并通过相应的预测模型，达到预测患者预后及死亡风险的目的，提高了通过结直肠癌患者组织标本预测预后及死亡风险的准确性，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。

Cyclic RNA markers for predicting prognosis and mortality risk of colorectal cancer and their applications

The present invention discloses a cyclic RNA molecular marker for predicting the prognosis and mortality risk of medium-term colorectal cancer and its application. The cyclic RNA molecular markers include circRNA13452, hsa_circ_0008039, hsa_circ_0079480 and hsa_circ_0087391, and the sequence of cDNA is, in turn, as shown by SEQ ID ID NO:1 to 4. By detecting the expression level of these four circular RNA molecules in the tissues of patients with colorectal cancer, and through the corresponding prediction model, the prognosis and risk of death are predicted, and the accuracy of predicting prognosis and death risk through the tissue specimens of colorectal cancer patients is improved, and the further diagnosis and treatment scheme for patients is made. It is of great significance to prolong the survival period of the patients.

【技术实现步骤摘要】
用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物及其应用
本专利技术属于生物医学
，更具体地，公开了一种用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物及其应用。
技术介绍
结直肠癌(Colorectalcarcinoma，CRC)是世界十大恶性肿瘤之一，也是我国最常见的恶性肿瘤之一。在我国，结直肠癌的发病率和死亡率都位居恶性肿瘤的前列。根据全国范围的死亡原因调查发现，结直肠癌在因恶性肿瘤死亡中位居男性和女性死亡原因的第五位和第四位。由于结直肠癌早期症状不明显，且多数患者缺乏普查意识，往往出现症状才到医院就诊，而此时多已是中晚期结直肠癌，即使对其进行了以手术治疗为主，放化疗为辅的综合治疗，仍会有50％的患者出现复发转移，严重影响了结直肠癌患者的预后。因此，针对结结直肠癌患者新的预后标志物的发现，能够较准确的预测患者的预后风险和死亡风险，为患者的进一步诊治提供依据，对结直肠癌的诊断和治疗的有重大意义。近年来，非编码RNA(non-codingRNA，ncRNA)的研究越来越引起人们的关注。基因组中编码蛋白质的区域不超过整个基因组的3％，其余部分都不参与编码蛋白质或者多肽，但大量转录组测序的研究表明，基因组的非编码序列是可以表达的，其表达产物就是非编码RNA，并且具有生物学功能。目前，已经有越来越多的研究来探究非编码RNA的生物学功能。其中，环状RNA(circularRNA，circRNA)作为一类特殊的非编码RNA分子，正成为非编码RNA研究领域的热点。与线性RNA不同的是，环状RNA是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子，通过针对环形结构等的实验设计，结合新一代高通量测序技术，已经有越来越多的环状RNA分子被鉴定出来，并且有许多环状RNA分子研究已经证明了环状RNA具有包括竞争性内源RNA，编码多肽等多种生物学功能，影响各种疾病包括肿瘤的发生发展。环状RNA由可变剪切产生，大量存在于真核细胞的细胞质中，且具有高度保守型，同时具有一定的组织、时空和疾病特异性。由于其封闭环形结构，使其具有不易被核酸外切酶RNaseR降解，比线性RNA更加稳定。以上特点使得环状RNA分子具有成为疾病诊断分子标志物的潜能。专利CN201510160436.1、CN201510160437.6、CN201510160145.2、CN201610518307.X和CN201610533247.9均公开了与结直肠癌相关的环状RNA分子，但都是通过单个环状RNA分子进行检测，且针对的都是有无罹患结直肠癌的预测或诊断；目前，还未见有利用环状RNA分子对已患病的中期结直肠癌患者进行预后及死亡风险预测的报道。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是克服环状RNA分子在中期结直肠癌预后及死亡风险预测方面存在的缺陷和不足，提供一组用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物circRNA13452、hsa_circ_0008039、hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391，通过综合分析上述四个环状RNA分子在中期结直肠癌患者组织中的表达水平，通过建立预后模型，达到预测患者预后及死亡风险的目的。本专利技术的目的是提供一种用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物。本专利技术的另一个目的是提供所述环状RNA分子标记物的应用。本专利技术的上述目的是通过以下技术方案给予实现的：一组用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物，包括circRNA13452，hsa_circ_0008039，hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391，其cDNA序列依次如SEQIDNO：1～4所示。本专利技术还请求保护上述环状RNA分子标记物在制备预测结直肠癌预后及死亡风险的试剂盒或构建预测结直肠癌预后及死亡风险的模型中的应用。一种用于检测权利要求1所述环状RNA分子标记物的荧光定量PCR引物组，包括分别检测circRNA13452，hsa_circ_0008039，hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391的上下游引物，其序列依次如SEQIDNO：5～12所示。本专利技术还提供一种用于预测结直肠癌预后及死亡风险的模型，所述模型为通过检测circRNA13452，hsa_circ_0008039，hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391的表达量来计算中期结直肠癌组织样本的预后评分指数，预后评分指数＝(0.4461×circRNA13452)+(-0.3879×hsa_circ_0008039)+(0.2159×hsa_circ_0079480)+(0.4461×hsa_circ_0087391)。本专利技术还提供一种用于预测结直肠癌预后及死亡风险的试剂盒，包含检测上述环状RNA分子标记物的荧光定量PCR引物组。优选地，所述试剂盒检测待测样本的10μL体系为：2×GoTaqqPCRMasterMix5μL，上游引物0.2μL，下游引物0.2μL，无酶水3.6μL，cDNA1μL，共10μL。优选地，所述试剂盒检测待测样本的PCR反应程序为：95℃2min；95℃15sec，60℃，1min，重复循环40次；4℃保存。优选地，所述试剂盒还包含荧光定量PCR所需试剂。本专利技术还提供利用上述试剂盒进行中期结直肠癌预后及死亡风险的方法为：S1.提取中期结直肠癌组织样品RNA，逆转录成cDNA；S2.利用上述引物组对S1的样本cDNA进行荧光定量PCR扩增反应，计算环状RNA分子的表达量。S3.根据预后风险模型-预后评分指数＝(0.4461×circRNA13452)+(-0.3879×hsa_circ_0008039)+(0.2159×hsa_circ_0079480)+(0.4461×hsa_circ_0087391)计算出中期结直肠癌组织样本的预后评分指数，以预测中期结直肠癌的预后情况。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术公开了一种用于预测中期结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子，所述环状RNA分子包括circRNA13452，hsa_circ_0008039，hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391；其cDNA序列如依次如SEQIDNO：1～4所示。通过检测上述四个环状RNA分子在中期结直肠癌患者组织中的表达水平，并通过相应的预测模型，达到预测患者预后及死亡风险的目的，提高了通过结直肠癌患者组织标本预测预后及死亡风险的准确性，对患者的进一步诊治方案和延长患者生存期具有重大意义。附图说明图1为本专利技术实施例1中利用所述4个环状RNA分子对内部验证集样本判别的总生存及无进展生存的生存曲线图。图A为对内部训练集样本判别的总生存曲线图，图B为对内部训练集样本判别的无进展生存曲线图，图C为对内部验证集样本判别的总生存曲线图，图D为对内部验证集样本判别的无进展生存曲线图。具体实施方式以下结合说明书附图和具体实施例来进一步说明本专利技术，但实施例并不对本专利技术做任何形式的限定。除非特别说明，本专利技术采用的试剂、方法和设备为本
常规试剂、方法和设备。除非特别说明，以下实施例所用试本文档来自技高网...

【技术保护点】
一组用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物，其特征在于，包括circRNA13452、hsa_circ_0008039、hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391，其cDNA序列依次如SEQ ID NO：1～4所示。

【技术特征摘要】
1.一组用于预测结直肠癌预后及死亡风险的环状RNA分子标记物，其特征在于，包括circRNA13452、hsa_circ_0008039、hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391，其cDNA序列依次如SEQIDNO：1～4所示。2.权利要求1所述的环状RNA分子标记物在制备预测结直肠癌预后及死亡风险的试剂盒或构建预测结直肠癌预后及死亡风险的模型中的应用。3.一种用于检测权利要求1所述环状RNA分子标记物的荧光定量PCR引物组，其特征在于，包括分别检测circRNA13452、hsa_circ_0008039、hsa_circ_0079480和hsa_circ_0087391的上下游引物，其序列依次如SEQIDNO：5～12所示。4.一种用于预测结直肠癌预后及死亡风险的模型，其特征在于，所述模型为通过检测circRNA13452、hsa_circ_0008039、hsa_circ_0079480和hsa_circ_008...

【专利技术属性】
技术研发人员：徐瑞华，鞠怀强，赵齐，李婷，
申请(专利权)人：中山大学肿瘤防治中心，
类型：发明
国别省市：广东,44