本发明专利技术涉及一株ＨＩＶ病毒（艾滋病毒）的全基因组，它具有ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５所示的核苷酸全序列，其中一些部分的核苷酸序列可应用于ＨＩＶ的疫苗设计和作为重要的疫苗开发材料的应用。本发明专利技术提供的序列与公布的Ｕ７１１８２、ＤＱ００７９０２、ＤＱ００７９０３、ＤＱ００７９０１和ＡＹ１８０９０５等５株序列同源性在９１％－９６％范围，本序列与其它Ｂ’亚型病毒基因组序列的差异部分为本专利的特征，该差异所产生的核酸以及氨基酸水平的功能变化将直接或间接的影响后续的药物和疫苗设计，依据本序列所开发的疫苗和治疗药物将可能对我国的艾滋病防控产生积极影响。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一株HIV病毒(艾滋病毒)的全基因组，该全基因组命名为05CNHB-hp3，含有该全长基因组的质粒保存于大肠杆菌Top10中，该大肠杆菌命名为Top10/05CNHB-hp3(Escherichia coli Top10/05CNHB-hp3)，由中国典型培养物保藏中心保藏，保藏日期是2006年6月20日，保藏号为CCTCC NOM206056。
技术介绍
目前，国内外研究者曾测定多株HIV的病毒全基因组序列，范围涉及HIV病毒的多个亚型。艾滋病的疫苗具有一定的亚型特异性，不同亚型的毒株之间难以产生有效的免疫保护，因此中国的艾滋病疫苗设计必须基于中国流行株的基因序列。据查，流行于中国的B’亚型的HIV病毒全基因组序列最初见于1998年广西的一株毒株RL42(序列号U71182)，其后是4株来自我国河南地区采供血感染人群的毒株序列(序列号DQ007902，DQ007903，DQ007901，AY180905)。以上流行于我国的5株B’亚型病毒株基因组序列均未作专利申请。另外，各亚型病毒的酶和配体组份对于艾滋病治疗药物的敏感性以及耐药变异特性也不尽相同，为了今后有效控制中国可能出现的耐药毒株，可能需要针对国内流行毒株进行特征性的治疗药物设计。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是基于以上两方面应用的设想，提供一株HIV病毒的全基因组，以便希望以此序列和此序列表达的蛋白为目标开展疫苗和治疗药物研究，从而对我国艾滋病毒防控产生积极影响。本专利技术解决其技术问题采用以下的技术方案本专利技术提供的一株HIV病毒的全基因组，它具有SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列。SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列与上述公布的U71182、DQ007902、DQ007903、DQ007901和AY180905序列相比，其同源性为91～96％。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第786至2291核苷酸序列编码病毒的核蛋白(gag)融合蛋白，其在成熟HIV颗粒组装中被裂解为P24、P17、P9、P6等蛋白，依据该序列所得到的各蛋白被应用于和作为疫苗开发材料的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第2084至5095核苷酸序列编码病毒多聚酶(pol)融合蛋白，在成熟病毒颗粒组装中被切割为蛋白酶、逆转录酶和整合酶，依据该序列所得到的各蛋白被用于HIV的疫苗设计和作为重要的疫苗开发材料，以及重要的药物靶点的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第6232至8811核苷酸序列编码病毒的膜蛋白(env)融合蛋白，在病毒成熟和包装过程中被切割为GP120糖蛋白和GP41糖蛋白，依据该序列所得的蛋白被用于HIV的疫苗设计和应用，以及作为重要的疫苗开发材料的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第5040至5618核苷酸序列编码病毒的Vif蛋白，第5558至5848核苷酸序列编码病毒的Vpr蛋白，第5829至6043以及第8395至8485核苷酸序列编码病毒的Tat蛋白，第5968至6043以及第8395至8669核苷酸序列编码病毒的Rev蛋白，第8813至9427核苷酸序列编码病毒的Nef蛋白，依据以上序列所得蛋白被用于HIV的疫苗设计和应用，以及作为重要的疫苗开发材料和药物靶点的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第1至632以及第9096至9641核苷酸序列编码病毒的LTR(长末端重复序列)序列，该序列在病毒复制中与病毒增殖能力密切相关，该LTR核苷酸序列被应用于艾滋病药物的研究与应用，以及作为艾滋病药物的重要靶点的应用。本专利技术涉及毒株基因组序列与以上公布的U71182、DQ007902、DQ007903、DQ007901和AY180905等5株序列同源性在91％-96％范围，本序列与其它B’亚型病毒基因组序列的差异部分为本专利的特征，该差异所产生的核酸以及氨基酸水平的功能变化将直接或间接的影响后续的药物和疫苗设计，依据本序列所开发的疫苗和治疗药物将可能对我国的艾滋病防控产生积极影响。附图说明图1是本专利技术的技术流程图。图2为p05CNHB_hp3 cut in MluI and NotI(质粒p05CNHB_hp3被MluI和NotI内切酶切割)照片。用限制性内切酶MluI和NotI酶切质粒WHiov06。泳道1酶切质粒WHiov06后有9.8kb片段切出；泳道2DNA分子量标记。图3为9kb-PCR product(9kb长度的PCR产物)照片。以引物1和引物2、扩增经分离的病毒株05CNHBhp感染健康人外周血单核淋巴细胞(PBMC)提取的细胞DNA产生的片段。泳道1long PCR扩增DNA 3′产生的目的片段，9040bp；泳道2DNA分子量标记。图4为1.8kb-PCR product(1.8kb长度的PCR产物)照片。以引物3和引物4泳道扩增经分离的病毒株05CNHBhp感染健康人外周血单核淋巴细胞(PBMC)提取的细胞DNA产生的片段。泳道1扩增病毒DNA 5′产生的目的片段，1831bp；泳道2DNA分子量标记。具体实施例方式本专利技术通过提取病毒培养细胞的DNA，用HIV病毒特征性的引物进行PCR扩增该毒株的全基因组序列，经回收PCR产物所得DNA序列经全序列测定和分析，最终得到所需的该基因组全序列。本专利技术收集的样本来源于通过母婴传播感染的儿童，其母因有偿采供血途径被HIV感染。通过将健康人外周血单核淋巴细胞(PBMC)与分离的HIV病毒进行共培养的方式扩增病毒基因组拷贝数，提取培养细胞的DNA采用PCR技术扩增目标病毒的全基因组，最后通过序列测定方法获得该毒株的全基因组序列。下面结合实例及附图对本专利技术作进一步说明。一.一株HIV病毒的全基因组及其应用它具有SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列。该序列与上述公布的U71182、DQ007902、DQ007903、DQ007901和AY180905序列相比，其同源性为91～96％。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第786至2291核苷酸序列编码病毒的核蛋白(gag)融合蛋白，在成熟HIV颗粒组装中被裂解为P24、P17、P9、P6等蛋白，依据该序列所得到的各蛋白被应用于和作为疫苗开发材料的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第2084至5095核苷酸序列编码病毒多聚酶(pol)融合蛋白，在成熟病毒颗粒组装中被切割为蛋白酶、逆转录酶和整合酶，依据该序列所得到的各蛋白被用于HIV的疫苗设计和作为重要的疫苗开发材料，以及重要的药物靶点的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第6232至8811核苷酸序列编码病毒的/的病毒膜蛋白(env)融合蛋白，在病毒成熟和包装过程中被切割为GP120糖蛋白和GP41糖蛋白，依据该序列所得的蛋白被用于HIV的疫苗设计和应用，以及作为重要的疫苗开发材料的应用。本专利技术提供的SEQ ID NO.5所示的核苷酸全序列，其第5040至5618核苷酸序列编码病毒的Vif蛋白，第5558至5848核苷酸序列编码病毒的Vpr蛋白，第5829至60本文档来自技高网...
【技术保护点】
一株ＨＩＶ病毒的全基因组，它具有ＳＥＱＩＤＮＯ．５所示的核苷酸全序列。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：杨荣阁，童骁，谭建新，
申请(专利权)人：中国科学院武汉病毒研究所，
类型：发明
国别省市：83[中国|武汉]
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