一种基于比率的生物标记物对及其选择方法技术

本发明专利技术涉及一种选择生物标记物对的方法，包括测定生物样品中ncRNA的种类，测定生物样品中ncRNA的含量，计算每个生物样品中任意两种ncRNA的比率，根据生物样品组的平均ncRNA水平计算任意两种ncRNA的组间比率，采用支持向量机循环特性选择(SVM‑RFE)算法选择最佳ncRNAs对，以ncRNAs对的比率作为将样品分组的指标。本发明专利技术所述方法能够解决ncRNA作为生物标志物时的数据标准化困难的问题。本发明专利技术基于比率获得的NcRNAs对作为生物标记物优于内源性和外源性miRNA对照。

A ratio based biomarker pair and a method of selecting the same

The invention relates to a method for selection of biomarkers, including species determination of ncRNA in biological samples, determination of ncRNA in biological samples, calculate the ratio each in biological samples of two kinds of ncRNA, calculation of arbitrary two ncRNA according to the average level of ncRNA biological sample group group ratio, using support cycle characteristics selection of support vector machines (SVM RFE) algorithm to choose the best of ncRNAs, as the ratio of ncRNAs to the sample grouping index. The method of the invention can solve the problem of the standardization of data when ncRNA is used as a biomarker. The present ratio based NcRNAs is superior to endogenous and exogenous miRNA as a biomarker.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物检测方法领域，具体涉及一种一种基于比率的生物标记物对及其选择方法，更具体的涉及一种选择血浆中ncRNAs对的方法，尤其涉及一种能够区分健康对照和肺腺癌的ncRNAs对及其具体选择方法。
技术介绍
miRNAs是内生的，小非编码RNAs，通常18-25个核苷酸长度。它们被发现在mRNA转录后调节起着至关重要的作用。miRNAs在细胞分化、增殖、凋亡中发挥关键作用，并且参与许多类型的疾病包括癌症,糖尿病,心脑血管和神经疾病。除了miRNAs,还有一些其它小非编码RNAs，在调节基因表达的很多层面中发挥重要作用，如染色质结构、转录、mRNA稳定及翻译,ncRNAs包括小snoRNAs，Piwi-相互作用RNAs(piRNAs)，短干扰RNAs(siRNAs)及tRNAs，这些ncRNAs在癌症和其他疾病中被扰乱。例如，snoRNAs包含一个高度丰富的小ncRNAs组，和一个在基因剪接和沉默中有ncRNA-相似功能的数量有限的snoRNAs组。近期有报道指出3个snoRNAs在非小细胞肺癌病人中显示差异表达，在肿瘤形成中最近的研究表明，三个snoRNAs显示改变表达式在非本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种选择生物标记物对的方法，包括以下步骤(1)确定生物样品中ncRNAs的种类；(2)确定生物样品中ncRNAs的含量；(3)计算每个生物样品中任意两种ncRNA之间的比率；(4)根据多个生物样品组中每种ncRNA的组平均值，计算任意两种ncRNA组平均值之间的比率；(5)采用支持向量机循环特性选择(SVM‑RFE)算法选择最佳ncRNAs对；(6)以ncRNAs对的比率作为将样品分组的指标。

【技术特征摘要】
1.一种选择生物标记物对的方法，包括以下步骤(1)确定生物样品中ncRNAs的种类；(2)确定生物样品中ncRNAs的含量；(3)计算每个生物样品中任意两种ncRNA之间的比率；(4)根据多个生物样品组中每种ncRNA的组平均值，计算任意两种ncRNA组平均值之间的比率；(5)采用支持向量机循环特性选择(SVM-RFE)算法选择最佳ncRNAs对；(6)以ncRNAs对的比率作为将样品分组的指标。2.如权利要求1所述的选择生物标记物对的方法，其特征在于：所述生物样品为血浆；所述生物样品组至少包括正常样品组、疾病样品组，优选所述疾病样品组包括癌症样品组、良性肿瘤样品组；所述ncRNA包括miRNA、snoRNA、piRNA、siRNA及tRNA。3.如权利要求1所述的选择生物标记物对的方法，其特征在于：所述步骤(1)包括RNA提取和小分子RNA测序。4.如权利要求3所述的选择生物标记物对的方法，其特征在于：所述RNA提取是将血浆用TRIzol试剂提取，加入二氧化硅膜封闭柱内吸附，清洗后收集吸附的RNA。5.如权利要求3所述的选择生物标记物对的方法，其特征在于：通过SMARTersmRNA-seq法进行测序，具体包括将RNA样本进行3’接头连接、5’RT引物退火、5’接头连接、反转录、PCR扩增。6.如权利要求1所述的选择生物标记物对的方法，其特征在于：所述步骤(2)中通过反转录和PCR定量(RT-qPCR)确定血浆ncRNAs的含量，优选使用TaqmanmiRNA试剂盒进行RT-qPCR检测。7....

【专利技术属性】
技术研发人员：邓友平，王红卫，
申请(专利权)人：上海汇真生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：上海;31