一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法技术

本发明专利技术涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，属于分子遗传技术领域。本发明专利技术提供的林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法包括以下步骤：1)获得林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对所述步骤3)中的lncRNA及二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系。本发明专利技术预测方法能够高效、稳定地检测lncRNA及其靶基因的作用区段，并且能够显著提高林木lncRNA靶基因预测的准确性。

Method for predicting long coded RNA target gene of forest long fragment

The invention relates to a method for predicting long coded RNA target genes of forest trees, belonging to the field of molecular genetic technology. The prediction method of tree fragments provided non RNA encoding target gene comprises the following steps: 1) to obtain forest lncRNA sequence; 2) using blast prediction method to get target genes after the initial screening of lncRNA; 3) using RNAplex prediction method to get two times after the screening of lncRNA target gene; 4) of the step 3) gene expression patterns were detected in lncRNA and lncRNA two after screening of tissue specificity, calculate the correlation between the expression of the two, to determine the interaction between lncRNA and its target gene. The prediction method of the invention can effectively and stably detect the function section of lncRNA and its target genes, and can remarkably improve the accuracy of the prediction of lncRNA target genes in forest trees.

【技术实现步骤摘要】
一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法
本专利技术涉及分子遗传学
，尤其涉及一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法。
技术介绍
长片段非编码RNA(lncRNA)是一类长度大于200个核苷酸，无蛋白编码能力或编码能力极低的RNA转录本。研究表明，lncRNA可以在转录、转录后水平以及表观遗传学水平影响基因的表达，进而影响植物的生理与生化过程，例如，植物开花时间的调控等。在植物中发现，lncRNA主要通过序列互补的形式，与其靶基因进行结合，从而促进或者抑制基因的表达。例如，拟南芥lncRNAHID1(HIDDENTREASURE1)通过与PIF3(PHYTOCHROME-INTERACTINGFACTOR3)启动子区碱基互补配对结合，进而抑制了PIF3的表达。由于多年生林木基因组杂合度高，DNA序列多态性丰富，多利用生物信息学分析手段预测lncRNA及其靶基因的序列互补区段，同时检测lncRNA及其靶基因的表达相关性。现有技术中，植物lncRNA靶基因的预测，只考虑到序列互补的原则，且预测方法的阈值参数较低，造成预测的靶基因存在假阳性。现有技术缺乏一种准确性更高的植物ln本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，包括以下步骤：1)提供林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法将所述lncRNA序列与具有蛋白编码功能的基因进行序列比对，参数设置为：E‑value<1E‑10，得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法对所述步骤2)得到的lncRNA的靶基因再次进行筛选，参数设置为：E‑value<‑60，得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对lncRNA和所述步骤3)中二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系；所述计算用公式...

【技术特征摘要】
1.一种林木长片段非编码RNA靶基因的预测方法，包括以下步骤：1)提供林木lncRNA序列；2)利用blast预测方法将所述lncRNA序列与具有蛋白编码功能的基因进行序列比对，参数设置为：E-value<1E-10，得到初步筛选后的lncRNA的靶基因；3)利用RNAplex预测方法对所述步骤2)得到的lncRNA的靶基因再次进行筛选，参数设置为：E-value<-60，得到二次筛选后的lncRNA的靶基因；4)对lncRNA和所述步骤3)中二次筛选后的lncRNA的靶基因的组织特异性表达模式进行检测，计算两者的表达相关性，确定lncRNA及其靶基因之间的相互作用关系；所述计算用公式如下：

【专利技术属性】
技术研发人员：张德强，权明洋，肖亮，
申请(专利权)人：北京林业大学，
类型：发明
国别省市：北京,11