一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法技术

本发明专利技术涉及一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，按照以下步骤进行：建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将taxonomy信息导入到Greengenes数据库中。利用改良的序列比对方法和信息全面的比对数据库，能够从高通量数据中获得更加详实的实验结果。分析者能够根据结果找到与更多实验密切相关的菌种，有利于推进医疗、卫生、环境科学的发展。

【技术实现步骤摘要】
一种优化的16SrDNA高通量测序物种比对方法
本专利技术涉及一种优化的16SrDNA高通量测序物种比对方法。
技术介绍
随着测序技术的成熟和成本的降低，人体微生物菌群研究积累了越来越多的微生物基因序列及微生物菌群方便特征与人类健康、疾病的关系数据。但这些微生物检验序列数据、菌群特征及其与人类健康的关系等数据分散在不同的科学文献、公共数据库里，数据存储、呈现方式给不相同，很难实现不同数据来源直接数据的比较及集成归纳。有必要建立一个对不同来源的数据进行统一化处理、集中储存管理的数据库，实现以大数据为基础的数据比对及分析。细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5SrRNA、16SrRNA、23SrRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。16SrRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16SrDNA。16SrDNA鉴定是指用利用细菌16SrDNA序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。包括细菌基因组DNA提取、16SrDNA特异引物PCR扩增、扩增产物纯化、DNA测序、序列比对等步骤，是一种快速获得细菌种属信息的方法。16SrDNA普遍存在于原核生物中。rDNA参与生物蛋白质的合成过程，其功本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，其特征在于，按照以下步骤进行：1)、建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；2)、将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；3)、分别将步骤1)中的NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；4)、分别将步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中的t...

【技术特征摘要】
1.一种优化的16SrDNA高通量测序物种比对方法，其特征在于，按照以下步骤进行：1)、建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI16SrDNA数据库；2)、将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；3)、分别将步骤1)中的NCBI16SrDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；4)、分别将步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将NCBI16SrDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将NCBI16SrDNA...

【专利技术属性】
技术研发人员：陆敏，朱永亮，
申请(专利权)人：苏州普瑞森基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：江苏,32