本申请公开了一种高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片。本申请的基因芯片，包括芯片基片和探针；芯片基片分为HPV检测区、阳性质控区、阴性质控区、PCR内对照区和定位区；HPV检测区固定样品检测的人乳头瘤病毒特异性检测探针，阳性质控区含至少三个并排重复阳性质控探针检测点，定位区含至少三个重复定位点，阴性质控区含至少三个重复阴性质控探针检测点，PCR内对照区含至少三个重复PCR内对照探针检测点。本申请的基因芯片，对芯片结构进行分区布置，提高了检测准确性；增加阳性和阴性质控，避免假阳性假阴性，提高检测质量。并且，能实现34种HPV分型检测，为HPV分型检测提供了一种快速、灵敏、高通量的新检测途径。
【技术实现步骤摘要】
本申请涉及人乳头癌病毒检测领域，特别是涉及一种高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片。
技术介绍
人乳头瘤病毒(Human Pappillomavirus，HPV)是一类感染人类皮肤粘膜上皮细胞DNA的病毒，到目前为止已经发现了大约100多种HPV型，其中有40多种型别可感染人类的泌尿生殖道。根据HPV基因组E6、E7和L1区开放阅读框核苷酸顺序同源性不超过90％的定义，一些型别根据上述区域同源性在90％-98％，而不超过98％还可进一步分为不同的亚型。HPV可以引起人全身各部位的皮肤或者粘膜感染，导致多种上皮组织疾病，例如皮肤寻常疣、扁平疣和外生殖器的尖锐湿疣等。宫颈上皮组织长期感染的某些型别的HPV可能引起基因突变，导致感染部位发生癌变。没有HPV感染不可能导致宫颈癌，而有HPV感染不一定会导致疾病和宫颈癌。因为HPV感染大多数是一过性感染，即在感染后短期内靠自身免疫力恢复转归，不会导致疾病。只有少数转为持续性感染，也只有少数可能存在反复性的感染。据统计，80％的女性一生有可能至少感染HPV一次。目前根据导致宫颈癌风险的高低将这些HPV分为高危型HPV和低危型HPV，前者被认为具有引发妇女发生宫颈癌的型别，主要包括HPV 16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68、26、53、66、67、69、73、82等。低危性HPV主要引起尖锐湿疣，包括HPV6、11、40、42、43、44、54、55、57、61、71、81、83等。由于HPV目前还不能进行体外培养，免疫学的抗体检测缺乏可靠一致的结果，HPV的检测主要依赖于细胞学和分子生物学的基因检测方法。目前基于PCR对多种型别HPV的检测方法，主要是反向点杂交法，在一张较大的约几个厘米至十多厘米的膜条或其他基质上附着HPV检测的DNA探针，这种方法无法做到对更多型别的多指标大样本量进行平行的高通量的快检测。生物芯片(biochip或bioarray)是采用能够并行处理生物样本中的多个信息的微处理单元形成的集合体，根据生物分子间特异相互作用的原理，将生物分子分析过程集成于芯片表面，从而实现对DNA、RNA、多肽、蛋白质以及其他生物成分的高通量快速检测。狭义的生物芯片概念是指通过不同方法将生物分子，如寡核苷酸、cDNA、genomic DNA、多肽、抗体、抗原等，固着于硅片、
玻璃片、玻璃珠、塑料片、塑料珠、凝胶、尼龙膜等固相递质上形成的生物分子点阵。基因芯片和DNA微阵列技术是生物芯片的一个种类，采用以阵列方式设定在平面基质载体上，形成能够并行处理生物样本中多个基因信息的微处理单元，它具有微型化和并行处理的特征，点阵排布点直径在500μm以内，相邻两个点的中心点间距在1000μm以内。微阵列芯片体积小，点径为微米级别，可实现对更多型别、更多指标及大样本量进行平行的高通量的快检测。目前针对高危型HPV和低危型HPV已经有多个试剂盒，其中已获得授权的CN103409553A专利披露了检测29种高危型HPV和低危型HPV的基因芯片和相关试剂。但是，如前面提到，目前已经发现约100多种HPV型中可感染人类的泌尿生殖道有大约40多种型别；因此，仅针对29种高危型HPV和低危型HPV的检测试剂盒或试剂已经不能满足实际检测和研究的需求。并且，现有的基因芯片结构设计不尽合理，检测结果准确性欠佳。
技术实现思路
本申请的目的是提供一种新的高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片。为了实现上述目的，本申请采用了以下技术方案：本申请公开了一种高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片，包括芯片基片，和固定于芯片基片上的探针；芯片基片分为HPV检测区1、阳性质控区2、阴性质控区3、PCR内对照区4和定位区5；HPV检测区1固定有用于样品检测的人乳头瘤病毒特异性检测探针，阳性质控区2含有至少三个并排重复的阳性质控探针的检测点，定位区5含有至少三个并排重复的定位点，阴性质控区3含有至少三个并排重复的阴性质控探针的检测点，PCR内对照区4含有至少三个并排重复的PCR内对照探针的检测点。其中，阳性质控探针(缩写PC)和杂交质控品为互补的核苷酸序列，选自Arabidopsis thaliana homeobox-leucine zipper protein HAT1mRNA基因。需要说明的是，本申请的基因芯片采用特殊的微阵列结构设计，将三个重复的定位点设计在一个定位区里面，与CN103409553A专利的在芯片基片的右上角、右下角和左上角分别设置一个定位点的结构相比，本申请的设计结构更为合理。本申请的基因芯片对一个指标提供3次重复检测，提高了准确性；增加质控点，包括阳性质控和阴性质控，如果阳性质控检测结果为阴性，可以判断杂交阴性检测结果无效，避免假阴性产生；如果阴性质控检测结果为阳性，可以判断杂交阳性检测结果无效，可以避免假阳性产生。优选的，人乳头瘤病毒特异性检测探针包括分别与人乳头癌病毒61、70、
72、81和83型的核苷酸杂交的特异性检测探针，与人乳头癌病毒61型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.1所示序列和/或Seq ID No.2所示序列，与人乳头癌病毒70型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.3所示序列和/或Seq ID No.4所示序列，与人乳头癌病毒72型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.5所示序列和/或Seq ID No.6所示序列，与人乳头癌病毒81型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.7所示序列和/或Seq ID No.8所示序列，与人乳头癌病毒83型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.9所示序列和/或Seq ID No.10所示序列。优选的，人乳头瘤病毒特异性检测探针包括分别与34种型别的人乳头癌病毒核苷酸杂交的型特异性杂交检测探针，这些型特异性杂交检测探针为Seq ID No.1所示序列和/或Seq ID No.2所示序列的特异性杂交探针、Seq ID No.3所示序列和/或Seq ID No.4所示序列的特异性杂交探针、Seq ID No.5所示序列和/或Seq ID No.6所示序列的特异性杂交探针、Seq ID No.7所示序列和/或Seq ID No.8所示序列的特异性杂交探针、Seq ID No.9所示序列和/或Seq ID No.10所示序列的特异性杂交探针，以及Seq ID No.14所示序列至Seq ID No.42所示序列的特异性杂交探针。需要说明的是，本申请的基因芯片是对人乳头癌病毒分型进行检测的，因此，本申请的优选方案中，对所能够检测的人乳头癌病毒分型的具体探针序列进行了限定。其中，人乳头癌病毒61、70、72、81和83型的核苷酸杂交的特异性检测探针是本申请特别研究设计的探针，Seq ID No.14所示序列至Seq ID No.42所示序列的29条特异性杂交探针是本申请之前申请的专利CN103409553A中记载的探针。可以理解，本申请的五种型别的探针彼此之间以及与CN103409553A专利所述29种高危型HPV和低危型HPV不会有交叉反应，并且具有很好的一致性，因此可以制备到一张基因芯片上，实现人乳头瘤病毒三十四种型别的高通量本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片，其特征在于：包括芯片基片，和固定于芯片基片上的探针；所述芯片基片分为HPV检测区(1)、阳性质控区(2)、阴性质控区(3)、PCR内对照区(4)和定位区(5)；所述HPV检测区(1)固定有用于样品检测的人乳头瘤病毒特异性检测探针，所述阳性质控区(2)含有至少三个并排重复的阳性质控探针的检测点，所述定位区(5)含有至少三个并排重复的定位点，所述阴性质控区(3)含有至少三个并排重复的阴性质控探针的检测点，所述PCR内对照区(4)含有至少三个并排重复的PCR内对照探针的检测点。
【技术特征摘要】
1.一种高通量检测人乳头癌病毒分型的基因芯片，其特征在于：包括芯片基片，和固定于芯片基片上的探针；所述芯片基片分为HPV检测区(1)、阳性质控区(2)、阴性质控区(3)、PCR内对照区(4)和定位区(5)；所述HPV检测区(1)固定有用于样品检测的人乳头瘤病毒特异性检测探针，所述阳性质控区(2)含有至少三个并排重复的阳性质控探针的检测点，所述定位区(5)含有至少三个并排重复的定位点，所述阴性质控区(3)含有至少三个并排重复的阴性质控探针的检测点，所述PCR内对照区(4)含有至少三个并排重复的PCR内对照探针的检测点。2.根据权利要求1所述的基因芯片，其特征在于：所述人乳头瘤病毒特异性检测探针包括分别与人乳头癌病毒61、70、72、81和83型的核苷酸杂交的特异性检测探针，与人乳头癌病毒61型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.1所示序列和/或Seq ID No.2所示序列，与人乳头癌病毒70型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.3所示序列和/或Seq ID No.4所示序列，与人乳头癌病毒72型杂交的特异性检测探针为Seq ID No.5所示序列和/或Seq ID No.6所示序列，与人乳头癌病毒81型杂交的特异性检测探针为Seq ID N...
【专利技术属性】
技术研发人员：黄明辉，黄鹤，李勐，赵雷，
申请(专利权)人：港龙生物技术深圳有限公司，
类型：新型
国别省市：广东;44
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