组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法技术

本发明专利技术揭示了一种组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，基于各种高通量测序平台数据的图形化HLA分型软件，在临床或生物医学上均具有重要的意义。相比传统的PCR-SBT方法测序方法，高通量测序技术无论在经济成本还是时间成本上，均具有显著的优势。高通量测序技术只需通过一次实验就能够读取数千份样本的HLA序列数据，并一次性达到HLA分型的高分辨率，同时还可发现新的等位基因。在检测通量、数据质量、成本控制等方面都有质的飞跃，真正做到了“低分价格，高分数据”，能避免多次配型给患者造成的额外经济负担，同时快捷的分型方法，也能减少查找与患者HLA匹配的供者的周期，为治疗争取了宝贵的时间。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种基因测序及分型方法，尤其涉及一种组织相容性抗原决定簇基因的高通量测序及HLA基因分型方法。
技术介绍
HLA所在位点超过200个基因，在人类免疫系统中有着关键的作用。HLA具有高度的多态性，包括约7000个已知的等位基因(http://www.eb1.ac.uk/imgt/hla/)。在骨髓和其它器官移植中，供者和受者之间HLA基因型的匹配程度越高，排斥反应的发生率就越低，移植成功率和移植器官长期存活率就越高。反之，就越容易发生排斥反应。Stephanie J.Lee等人在2007年的一项大规模研究中，分析了美国国家骨髓库(National Marrow DonorsProgram)记录的自1988年到2003年的3857起移植数据，发现8个HLA相关等位基因完全匹配的患者存活率最高。这8个等位基因分别为HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1、-DQA1、-DPBI和-DPA1，其中HLA-A、-B、-C或-DRBl中任意一个的不匹配，都会带来较高的致死率:1年内的存活率从8个完全匹配时的52%降到43%。而两个或更多位点的不匹配，会显著加剧这种风险(Le本文档来自技高网...

【技术保护点】
组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，针对已知并已被收录的HLA等位基因型，其特征在于包括步骤：Ⅰ、采用高通量测序平台扩增测序得到reads序列片段；Ⅱ、以最新的IMGT/HLA数据库中包含的HLA等位基因为参考序列，将步骤Ⅰ测序得到的reads序列片段与参考序列采用核酸序列比对工具进行比对，得到比对结果；Ⅲ、对比对结果进行错配、最佳匹配、长度和/或尾端匹配的多重筛选、过滤优化；Ⅳ、定义central?reads、所有reads的最小测序覆盖深度MCOR、central?reads的最小测序覆盖深度MCCR，计算经步骤Ⅲ过滤后每条参考序列的MCOR和MCCR值，并舍弃MCOR...

【技术特征摘要】
1.组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，针对已知并已被收录的HLA等位基因型，其特征在于包括步骤: I.采用高通量测序平台扩增测序得到reads序列片段； I1、以最新的IMGT/HLA数据库中包含的HLA等位基因为参考序列，将步骤I测序得到的reads序列片段与参考序列采用核酸序列比对工具进行比对，得到比对结果； II1、对比对结果进行错配、最佳匹配、长度和/或尾端匹配的多重筛选、过滤优化； IV、定义centralreads、所有reads的最小测序覆盖深度MCOR、central reads的最小测序覆盖深度MCCR，计算经步骤III过滤后每条参考序列的MCOR和MCCR值，并舍弃MCOR小于20且MCCR小于10的参考序列，对余下的参考序列，列出同一 HLA基因座位所有的可能组合，包括单一序列的纯合子及两两组合的杂合子，计算每种组合的不同reads的数目，reads数目最多的组合判定为相应的HLA等位基因型,其中central reads指的是在某个给定位点，参与比对的reads在给定位点左边的序列长度与右边的长度之比在0.5^2之间。2.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于:所述高通量测序平台至少包括Roche 454, Illumina Solexa, LifeTechnologies 1n torrent PGM。3.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于:所述核酸序列比对工具至少为BLASTN。4.根据权利要求1所述的组织相容性抗原决定簇基因高通量测序的HLA基因分型方法，其特征在于:步骤III中所述错配筛选是指去除比对中含有错配或者...

【专利技术属性】
技术研发人员：王申俊，其他发明人请求不公开姓名，
申请(专利权)人：苏州晶因生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：