一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法技术

本发明专利技术公开了一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法，具体包括如下步骤：（1）从公共序列库中获取林木基因组序列；（2）开发SSR标记预测程序htmSSR；（3）将htmSSR程序对步骤（1）的林木基因组进行SSR搜索；（4）根据搜索到的SSR序列进行引物设计，经引物多态性检测，得到多态性引物，即为基因组SSR标记。本发明专利技术所述方法与传统方法相比，开发效率提高4~6倍，极大减少了工作量和财力消耗，缩短了研发时间，降低了开发成本，同时可为林木高精度的遗传连锁图、精确的品种鉴定等研究提供了大量的有效SSR标记。本发明专利技术方法对林木没有特异性，只要该物种基因组已经测序，即可采用本发明专利技术方法，故具有广泛的适用性。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因工程
，具体涉及一种从林木基因组中高通量开发SSR标记的方法。
技术介绍
■ Ι·歹IjM(simple sequence repeat, SSR), iii^itJlM(microsatellite), 是指以广6个核苷酸为单位在基因组中多次串联重复的DNA序列(Alikaya M, Bhagwata A, Cregan B. 1992. Length polymorphisms of simple repeat DNA in soybean. Genetics. 132: 1131-1139)。SSR标记与其它分子标记技术相比，具有易检测、共显性遗传、重复性好、 数量丰富和多态性高以及遍布整个基因组等优点，因此在植物遗传研究的众多方面受到重视(Schlotterer C .2004. The evolution of molecular markers- just a matter of fashion. Nat Rev Genet. 5: 63-69)。SSR可分为基因组 SSR和 EST-SSR。传统的基因组 SSR标记开发一般是经过基因组DNA文库本文档来自技高网...

【技术保护点】
１．一种从林木基因组中高通量开发ＳＳＲ标记的方法，其特征在于包括如下步骤：（１）从公共序列库中获取林木基因组序列；（２）开发ＳＳＲ标记预测程序ｈｔｍＳＳＲ；（３）将ｈｔｍＳＳＲ程序对步骤（１）的林木基因组进行ＳＳＲ搜索；（４）根据搜索到的ＳＳＲ序列进行引物设计，经引物多态性检测，得到多态性引物，即为基因组ＳＳＲ标记。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：林元震，莫晓勇，陈晓阳，刘纯鑫，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：81