基于竞争性等位基因特异性PCR技术的FLC1特异SNP分子标记及应用制造技术

本发明专利技术公开了基于竞争性等位基因特异性PCR技术的FLC1特异SNP分子标记及应用，本发明专利技术提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态中的应用。本发明专利技术的实验证明了，开发的SNP标记特异引物可以对抽薹性状良好分型，具有良好的应用价值，可实现对抗抽薹遗传材料的预先选择和辅助育种。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物技术
，涉及基于竞争性等位基因特异性PCR技术的FLC1特异SNP分子标记及应用。
技术介绍
白菜类作物是我国栽培面积最大的蔬菜作物，在我国菜篮子工程中的作用举足轻重。近年，随着人们生活水平的提高，白菜生产已由保证数量供给为主转向以提高品质、满足周年生产供应和高端需求为主。食用品质优良、能满足多元化需求的特色大白菜品种如春播白菜、娃娃菜和快菜等在市场中越来越走俏，使得春白菜及高寒地区的春夏白菜栽培面积逐年扩大。先期抽薹是制约我国春大白菜及高海拔地区春夏白菜生产的主要限制因素，其对白菜生产最重要的影响是抑制叶片中营养物质积累，导致产量和品质下降。筛选抗抽薹遗传资源，培育抗抽薹新品种是解决白菜先期抽薹开花的根本途径，也是目前白菜最重要的育种目标之一。抽薹开花是受复杂基因网络调控的数量性状，并且该网络中的很多基因都受表观遗传水平上的调控。FLC是控制植物开花的关键调控因子。白菜BrFLC家族共有BrFLC1-3和BrFLC5四个基因，在拟南芥和大白菜中过量表达这些BrFLC均可导致开花延迟，这说明BrFLC的功能与拟南芥FLC类似(Schranzetal.,2002；Kimetal.,2007；黄细松等,2007)。最近研究显示位于A02染色体的BrFLC2是调控白菜开花的重要基因(Zhaoetal.,2010；Xiaoetal.,2013)；也有研究显示，BrFLC1的可变剪切与开花时间密切相关(原玉香等,2008；Yuanetal.,2009)。在育种实践及相关生物学研究的过程中，分子标记起着极其重要的作用。其在目标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因，基因聚合，品种鉴定等方面的应用越来越广泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。不同物种全基因组的序列测定及比较表明，SNP在基因组上的分布极其丰富，相比于目前育种中常用的SSR标记要广泛得多。SNP突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传稳定性要比SSR等遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(LaboratoryoftheGovernmentChemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。该方案的核心是KASP技术，即CompetitiveAllele-SpecificPCR。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(InsertionsandDeletions，插入和缺失)。分子标记在基于分子标记辅助选择(MAS)技术的抗性育种工作中起着越来越重要的作用。然而与目的基因紧密连锁的分子标记在应用过程中有可能受到遗传背景的限制，在不同的群体中需对亲本的多态性进行检测；此外，在减数分裂过程中，该类型的分子标记仍然存在着因染色体发生交换而失去了与目的基因紧密连锁关系的可能性，这使得在目的基因鉴定过程中会出现错选或漏选的情况(Hayashietal.,2006；Ingvardsenetal.,2008)。因此开发功能基因的分子标记显得尤为重要。
技术实现思路
本专利技术的一个目的是提供检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质的用途。本专利技术提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态中的应用；或本专利技术提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态产品中的应用。本专利技术的第二个目的是提供检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质的用途。本专利技术提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜中的应用；或本专利技术提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜产品中的应用。上述应用中，所述检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质包括由序列1所示的单链DNA分子、序列2所示的单链DNA分子和序列3所示的单链DNA分子组成的引物组。上述物质可以是引物组或含有引物组的试剂或试剂盒等。本专利技术第三个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜品种的方法。本专利技术提供的方法，包括如下步骤：检测待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为AA、GG或GA，若所述待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为AA，则所述待测白菜为或候选为早抽薹白菜；若所述待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为GG或GA，则所述待测白菜为或候选为晚抽薹白菜。抽薹指数0-33.3为晚抽薹材料，77.7-100为早抽薹材料。上述方法中，所述检测待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型的方法为如下：1)直接测序；2)用引物对待测白菜进行等位基因特异性PCR；所述引物由序列1所示的单链DNA分子、序列2所示的单链DNA分子和序列3所示的单链DNA分子组成。上述方法中，所述FLC1-13859895G/ASNP位点为序列表中序列4中第182位核苷酸。本专利技术第四个目的是提供鉴定或辅助鉴定待测白菜抽薹的引物。本专利技术提供的引物，由序列1所示的单链DNA分子、序列2所示的单链DNA分子和序列3所示的单链DNA分子组成。本专利技术第五个目的是提供鉴定或辅助鉴定待测白菜抽薹的PCR试剂。本专利技术提供的PCR试剂，为含有上述的引物的PCR试剂；所述引物中的每条引物在所述PCR试剂中的终浓度均为10μM；本专利技术第六个目的是提供鉴定或辅助鉴定待测白菜抽薹的试剂盒。本专利技术提供的试剂盒，为含有上述的引物或上述的试剂盒。本专利技术第七个目的是提供一种鉴定或辅助鉴定待测白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜品种的方法。本专利技术提供的方法，包括如下步骤：用上述的引物对待测引物进行等位基因特异性PCR，若所述待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为AA，则待测白菜本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测白菜基因组中FLC1‑13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态中的应用；或检测白菜基因组中FLC1‑13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态产品中的应用。

【技术特征摘要】
1.检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态中的应用；
或检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态产品中的应用。
2.检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜中的应用；
或检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜产品中的应用。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：所述检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质包括由序列1所示的单链DNA分子、序列2所示的单链DNA分子和序列3所示的单链DNA分子组成的引物组。
4.一种鉴定或辅助鉴定待测白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜品种的方法，包括如下步骤：检测待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为AA、GG或GA，若所述待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为AA，则所述待测白菜为或候选为早抽薹白菜；若所述待测白菜基因组FLC1-13859895G/ASNP位点基因型为GG或GA，则所述待测白菜为或候选为晚抽薹白菜。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在...

【专利技术属性】
技术研发人员：苏同兵，于拴仓，张凤兰，余阳俊，赵岫云，张德双，卢桂香，隋光磊，
申请(专利权)人：北京市农林科学院，
类型：发明
国别省市：北京;11