提取胰腺癌诊断生物标志物的方法、用于该方法的计算装置、胰腺癌诊断生物标志物以及包含该生物标志物的胰腺癌诊断装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法、用于所述方法的计算装置、胰腺癌诊断用生物标志物以及包含该生物标志物的胰腺癌诊断用装置。更具体地，本发明专利技术公开了利用在胰腺癌患者中特异性表达的基因或者获自血液或组织的与所述基因配对的微RNA来提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法、用于所述方法的计算装置、胰腺癌诊断用生物标志物以及包含该生物标志物的胰腺癌诊断用装置。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及一种提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法、用于该方法的计算装置、胰腺癌诊断用生物标志物以及包含该生物标志物的胰腺癌诊断用装置，且更具体地涉及利用获自血液或组织的微RNA(microRNA)来提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法、用于该方法的计算装置、胰腺癌诊断用生物标志物以及包含该生物标志物的胰腺癌诊断用装置。
技术介绍
胰腺是具有分泌消化酶(消化酶降解所摄入的食物中的糖类、脂肪和蛋白质)的外分泌功能以及分泌激素(例如胰岛素和胰高血糖素)的内分泌功能的器官。胰腺癌是由胰腺中产生的癌细胞组成的肿瘤团块，其通常是指胰管腺癌并且包括胰腺的囊腺癌和内分泌肿瘤等。胰腺癌没有特定的早期症状，且因而其难以在早期检测到。胰腺厚度小，约为2cm，且仅被薄膜包围，并且与肠系膜上动脉(其为小肠和将小肠所吸收的养分转运至肝脏的门静脉提供氧气)紧密接触，因此易于被癌侵袭。另外，在胰腺后部的神经束和淋巴腺上可能发生早期转移。特别地，胰腺癌细胞生长迅速。在大多数情况下，胰腺癌患者在病发后仅能存活4个月至8个月。即使手术取得了总体成功且症状得到减轻，预后仍不佳，5年以上的存活率低，即约17％至24％。胰腺癌的诊断可以通过超声波检查术、计算机断层扫描(CT)、磁共振成像(MRI)、内镜逆行胰胆管造影(ERCP)、内镜超声(EUS)和正电子发射断层扫描(PET)等来进行。然而，这些成像诊断方法所需诊断成本高，较为复杂，且对于早期诊断无用。因此，需要简单、所需成本低且能进行早期诊断的方法。在这方面，在过去20年间已报导了数十种与其它癌相关的生物标志物，且已知蛋白标志物CA19-9和CEA等是针对胰腺癌的生物标志物。然而，这些蛋白生物标志物具有相当低的实际诊断应用性，因为其灵敏度低且特异性为约60％。特别地，缺乏组织特异性且不表达Lewis抗原的血型存在CA19-9不增加的问题。因此，越来越亟需开发出因灵敏度和特异性高而能实现可靠诊断的生物标志物。同时，微RNA(miRNA)是指由约17至25个核苷酸组成的短单链非编码RNA分子。已知微RNA通过阻断靶mRNA(基因)的转录或使mRNA降解来控制蛋白生成性基因的表达。已知微RNA存在于血液和组织中。另外，需要开发出利用组织或血液样品进行简易管理和诊断的生物标志物。特别地，血液样品是有利的。
技术实现思路
[技术问题]设计用来解决上述问题的本专利技术的一个目的在于提供一种提取包括对胰腺癌患者具有特异性的基因的组合的胰腺癌诊断用生物标志物的方法，或者一种利用获自血液或组织的微RNA来提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法，以及用于所述方法的计算装置。设计用来解决上述问题的本专利技术的另一个目的在于提供胰腺癌诊断用生物标志物以及包括其的胰腺癌诊断用装置。本领域技术人员应该理解，本专利技术所能实现的目的不限于上文特别说明的那些，并且本专利技术能实现的上述目的和其他目的将从下文的具体说明中得到更为清楚的理解。[技术方案]本专利技术的目的可以通过提供一种提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法来实现，所述方法包括：计算以数字形式表示微RNA和基因之间的互补结合能力的相互作用评分；确定n个微RNA-基因对，其中每对在上述相互评分中都具有较高的相互作用评分；和从所述n个微RNA-基因对中提取出与胰腺癌患者中特异性表达的基因配对的微RNA。在本专利技术的另一方面，本文提供了胰腺癌诊断用生物标志物，包括ANO1、C19orf33、EIF4E2、FAM108C1、IL1B、ITGA2、KLF5、LAMB3、MLPH、MMP11、MSLN、SFN、SOX4、TMPRSS4、TRIM29和TSPAN1。在本专利技术的另一方面，本文提供了利用组织作为生物样品的胰腺癌诊断用生物标志物，所述生物标志物包括hsa-let-7g-3p、hsa-miR-7-2-3p、hsa-miR-23a-5p、hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-92a-1-5p、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-122-5p、hsa-miR-154-3p、hsa-miR-183-5p、hsa-miR-204-5p、hsa-miR-208b-3p、hsa-miR-425-5p、hsa-miR-510-5p、hsa-miR-520a-5p、hsa-miR-552-3p、hsa-miR-553、hsa-miR-557、hsa-miR-608、hsa-miR-611、hsa-miR-612、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-1200、hsa-miR-1275、hsa-miR-1276和hsa-miR-1287-5p。在本专利技术的另一方面，本文提供了利用血液作为生物样品的胰腺癌诊断用生物标志物，所述生物标志物包括hsa-miR-27a-5p、hsa-miR-183-5p和hsa-miR-425-5p。在本专利技术的另一方面，本文提供了包括上文所述的任一种生物标志物的胰腺癌诊断用装置。本领域技术人员可以理解，本专利技术所提出的各方面不限于上文具体说明的那些，并且本文未说明的其它方面将从下文的详细说明中得到更清楚的理解。[有利效果]本专利技术提供了一种提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法。本专利技术提供了对诊断胰腺癌具有高特异性和灵敏度的生物标志物。另外，本专利技术提供了包括上述生物标志物的胰腺癌诊断用装置。本领域技术人员应该理解，本专利技术所能实现的效果不限于上文已特别说明的那些，并且本文未说明的其它效果将从下文的详细说明中得到更清楚的理解。附图说明包括附图以提供对本专利技术的进一步理解，附图说明了本专利技术的实施方式，并且与说明书共同起到解释本专利技术的原理的作用。附图中：图1是说明本专利技术的计算装置的方框图；图2是说明计算miRNA和基因之间的相互作用评分的实例的概念图；图3是说明计算相互作用评分的方法的流程图；图4是说明利用相似性数据库计算相似miRNA和特定基因之间的相关系数的方法的概念图；图5是说明利用相似性数据库计算相似miRNA和特定基因之间的相关系数的方法的流程图；图6是说明利用miRNA聚类数据库计算相邻miRNA和特定基因之间的相关系数的方法的概念图；图7是说明利用miRNA聚类数据库计算相邻miRNA和特定基因之间的权重的方法的流程图；图8是说明利用转录因子数据库计算特定miRNA和转录调控基因之间的相关系数的方法的概念图；图9是说明利用转录因子数据库计算特定miRNA和转录调控基因之间的权本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法，所述方法包括：计算以数字形式表示微RNA和基因之间的互补结合能力的相互作用评分；确定n个微RNA‑基因对，其中每对的相互作用评分在上述相互作用评分中都较高；和从所述n个微RNA‑基因对中提取出与在胰腺癌患者中特异性表达的基因相同的基因或与所述基因配对的微RNA。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2013.04.17 KR 10-2013-0042329;2013.10.15 KR 10-2011.一种提取胰腺癌诊断用生物标志物的方法，所述方法包括：
计算以数字形式表示微RNA和基因之间的互补结合能力的相互作用评分；
确定n个微RNA-基因对，其中每对的相互作用评分在上述相互作用评分中都较
高；和
从所述n个微RNA-基因对中提取出与在胰腺癌患者中特异性表达的基因相同的
基因或与所述基因配对的微RNA。
2.如权利要求1所述的方法，其中，所述计算步骤包括：
获取以统计学方式获自微RNA和基因之间的预测评分的一个或多个数据库；
由微RNA和基因之间的所述预测评分计算出归一化评分；
基于所述归一化评分，计算出各微RNA相对于每个基因的结合排位以及各基因
相对于每个微RNA的结合排位；和
基于微RNA的所述结合排位和基因的所述结合排位计算出所述相互作用评分。
3.如权利要求2所述的方法，其中，所述数据库利用微RNA靶预测工具生成。
4.如权利要求3所述的方法，其中，所述微RNA靶预测工具包括Targetscan、
miRDB、DIANA-microT、PITA、miRanda、MicroCosm、RNAhybrid、PicTar和RNA22
中的至少一种。
5.如权利要求2所述的方法，其中，所述归一化评分中的每一个都基于所述微
RNA-基因对在所述数据库中的预测评分的排位来计算。
6.如权利要求5所述的方法，其中，所述归一化评分根据以下等式1来计算：
[等式1]
Σi=1n(Ti+1-Ri,j)Ti]]>其中，i代表第i个数据库，n代表数据库的数目，Ti代表第i个数据库中的miRNA-
基因对的总数，且Ri,j代表第j对miRNA-基因对在第i个数据库中的预测评分排位。
7.如权利要求5所述的方法，其中，所述相互作用评分中的每一个都基于微RNA
相对于每个基因的基于所述归一化评分的排位和基因相对于每个微RNA的基于所述
归一化评分的排位来计算。
8.如权利要求7所述的方法，其中，所述相互作用评分根据以下等式2来计算：
[等式2]
(tmi+1-rmitmi)×(tgj+1-rgjtgj)]]>其中，tmi代表第i个miRNA与各基因之间配对的数目(miRNAi-基因的数目)，tgj...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔亨硕，许智渊，崔龙镇，鱼海锡，
申请(专利权)人：LG电子株式会社，延世大学校产学协力团，
类型：发明
国别省市：韩国;KR