与鸡多趾性状相关的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种与鸡多趾性状相关的SNP分子标记及扩增其的引物，所述分子标记来自LMBR1基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第246bp处为突变位点，碱基为A或C。本发明专利技术还提供了一种检测鸡多趾性状基因型的方法和试剂盒。利用本发明专利技术提供的检测方法或试剂盒，检测北京油鸡和丝羽乌骨鸡是否携带多趾性状突变等位基因，可以确定北京油鸡和丝羽乌骨鸡鸡只多趾性状。在实际生产和育种中，可以根据需要选择保留或剔除多趾性状，剔除效果完全、准确。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物检测领域，具体地说，涉及与鸡多趾性状相关的SNP分子标记及其应用。
技术介绍
北京油鸡和丝羽乌骨鸡，以外形独特、肉蛋鲜美而著称，是我国珍贵的优良地方品种。在自然群体中，北京油鸡和丝羽乌骨鸡部分个体存在多趾性状，但其多趾性状并没有在群体中固定。近年来，由于自然环境的复杂多变，使得各种人畜共患病疾病爆发的频率越来越高，不但造成人类的伤亡，同时重创了家禽养殖业，在这种大环境下，各地方政府纷纷立法取消活禽交易。但屠宰后的北京油鸡和丝羽乌骨鸡很难从外观上同其他黄鸡和黑鸡区分开来，造成了养禽生产者和加工者很大的经济损失。因此，研究北京油鸡和丝羽乌骨鸡的多趾性状产生的机理并通过育种手段将多趾性状在北京油鸡和丝羽乌骨鸡群体中固定下来，作为北京油鸡和丝羽乌骨鸡优质鸡种鸡和为商品鸡提供屠体标识，从根本上保护育种单位的知识产权和消费者利益，这具有非常重大的经济意义和社会意义。根据Bond C J等(1920)研究发现，鸡只多趾性状受不完全显性的常染色体控制，传统育种方法很难固定鸡群中多趾性状。随着分子生物学技术和鸡基因组研究的飞快发展，育种更准确、进展更快的分子育种已经登上了历史的舞台，从分子生物学角度研究多趾性状产生的机理，并研究候选基因和分子遗传标记，运用标记辅助选择的方法可以快速、高效的达到育种的目的。多趾/指(polydactyly)是脊椎动物常见的一种肢体异常，鸡的多趾表型与人、鼠的多趾表型类似。鸡的正常趾表型为每侧的趾数为4，鸡的多趾的表型分为两种：一种是趾数目的增加；另一种是趾数目为4，但趾关节数目的增加，这是多趾性状表型的一种特殊形态(Warren,1944)。有研究发现在动物四肢的发育形成过程中，Shh基因的表达异常与多趾的发生有直接的关系(Riddle et al.,1993；Tickle,2003)。位于Shh基因上游Mb距离的LMBR1基因的内含子区域是可以特异性的调节Shh基因在四趾中的表达水平的高低。在人类、小鼠、猫的发育过程中LMBR1基因内含子5中单核苷酸的突变与Shh基因的异常表达和多趾性状表型的发生有显著的关联(Hill et al.,2003；Masuya et al.,2007)。SNP(single nucleotide polymophism)，即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致核苷酸序列多态。目前已有很多成熟的技术检测SNP，如单链构象多态性(PCR-SSCP)、DNA测序、限制性酶切片段多态性(PCR-RFLP)、等位基因特异寡聚核苷酸杂交、DNA芯片及TaqMan等。PCR-SSCP方法最为常用，但存在问题有：检测步骤较多；耗时较长(12-20小时)；易出现杂带，增加错判几率，结果的可信度较低。DNA测序、等位基因特异寡聚核苷酸杂交、DNA芯片和TaqMan方法虽然准确度都比较高，但检测费用搞，运用到实际育种比较困难。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一种与鸡多趾性状相关的SNP分子标记及其应用。为了实现本专利技术目的，本专利技术首先提供一种与鸡多趾性状相关的SNP分子标记，所述分子标记来自LMBR1基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第246bp处为突变位点，碱基为A或C。该位点同时为LMBR1基因(GenBank AccessionNumber NC_006089)的第5内含子的第4645位。进一步地，当所述突变位点的碱基为A时表现出多趾性状。本专利技术还提供了用于扩增所述SNP分子标记的引物对，所述引物对中，正向引物U如SEQ ID No.2所示、反向引物D如SEQ ID No.3所示。本专利技术还提供了用于检测所述SNP分子标记的试剂盒，所述试剂盒含有正向引物U如SEQ ID No.2所示、反向引物D如SEQ ID No.3所示。本专利技术还提供了一种检测鸡多趾性状基因型的方法，所述方法为：以待测鸡只的基因组DNA为模板，利用权利要求3所述的引物对，通过PCR反应进行扩增，用限制性内切酶BsrDI酶切所得的PCR扩增产物，电泳检测所得到的酶切产物，若电泳显示为两条条带，则待测鸡只的基因型为CC型；若电泳显示为一条条带，则待测鸡只的基因型为AA型；若电泳显示为三条条带，则待测鸡只的基因型为AC型。进一步地，若电泳显示为两条条带，序列长度分别为144bp、245bp，则待测鸡只的基因型为CC型，是野生型纯合体；若电泳显示为一条条带，序列长度为389bp，则待测鸡只的基因型为AA型，是突变型纯合体；若电泳显示为三条条带，序列长度分别为144bp、245bp及389bp，则待测鸡只的基因型为AC型，是杂合体。本专利技术还提供了一种检测鸡多趾性状基因型的试剂盒，所述试剂盒含有前述引物对和限制性核酸内切酶BsrDI。所述试剂盒还可包括进行PCR-RFLP所需的其它试剂，这些试剂均可从商业途径得到。本专利技术还提供了所述SNP分子标记在确定北京油鸡和丝羽乌骨鸡多趾性状中的应用。本专利技术还提供了前述检测鸡多趾性状基因型的方法在确定北京油鸡和丝羽乌骨鸡多趾性状中的应用。进一步地，当基因型为CC型的个体趾性状表现为4趾，基因型为AA型和AC型的个体趾性状表现为多趾。本专利技术的有益效果在于：本专利技术所提供的检测北京油鸡和丝羽乌骨鸡多趾性状基因型的方法或试剂盒，可确定待测鸡只的LMBR1基因(GenBank AccessionNumber NC_006089)的第5内含子的第4645位脱氧核苷酸是野生型C还是突变型A，从而确定北京油鸡和丝羽乌骨鸡多趾性状:野生型纯合体CC表现为四趾性状；突变型纯合体AA、杂合体AC表现为多趾性状。利用本专利技术提供的SNP分子标记、检测方法或试剂盒，检测北京油鸡和丝羽乌骨鸡是否携带多趾性状突变等位基因，可以确定北京油鸡和丝羽乌骨鸡鸡只多趾性状。在实际生产和育种中，可以根据需要选择保留或剔除多趾性状，剔除效果完全、准确。将多趾性状作为北京油鸡和丝羽乌骨鸡优质鸡种鸡和为商品鸡提供屠体标识，从根本上保护育种单位的知识产权和消费者利益，获得可观的经济效益。本发明为北京油鸡和丝羽乌骨鸡育种工作中针对多趾性状开展标记辅助选择，提供了一个分子标记检测方法，使用该方法和遗传标记对北京油鸡和丝羽乌骨鸡进行标记辅助选择，可大大降低分子育种花费，并可准确、完全剔除或保留实际生产中北京油鸡和丝本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与鸡多趾性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述分子标记来自LMBR1基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第246bp处为突变位点，碱基为A或C。

【技术特征摘要】
1.一种与鸡多趾性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述
分子标记来自LMBR1基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示，第
246bp处为突变位点，碱基为A或C。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述突变
位点的碱基为A时表现出多趾性状。
3.用于扩增权利要求1或2所述SNP分子标记的引物对，其特
征在于，所述引物对中，正向引物U如SEQ ID No.2所示、反向引物
D如SEQ ID No.3所示。
4.用于检测权利要求1或2所述SNP分子标记的试剂盒，其特
征在于，所述试剂盒含有正向引物U如SEQ ID No.2所示、反向引物
D如SEQ ID No.3所示。
5.一种检测鸡多趾性状基因型的方法，其特征在于，所述方法
为：
以待测鸡只的基因组DNA为模板，利用权利要求3所述的引物对，
通过PCR反应进行扩增，用限制性内切酶BsrDI酶切所得的PCR扩增
产物，电泳检测所得到的酶切产物，若电泳显示为两条条带，则待测
鸡只的基因型为CC型...

【专利技术属性】
技术研发人员：曲鲁江，张泽宾，陈余，贾亚雄，吕学泽，陈继兰，杨宁，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：北京;11