本发明专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO:1所示序列。本发明专利技术还涉及扩增该分子标记的引物对、该分子标记的检测方法、该分子标记或者该引物对在谷子辅助育种或者谷子米粒颜色基因定位或检测中的用途、谷子辅助育种方法、筛选该分子标记的方法。本发明专利技术所提供的分子标记将基因组DNA序列与谷子米粒颜色基因联系起来，有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与谷子米粒颜色基因的遗传紧密连锁距离为1.2cM。本发明专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子育种实践和资源及品种鉴定。
【技术实现步骤摘要】
与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记SVmc3
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及该分子标记的引物、该分子标记在谷子米粒颜色基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子米粒颜色基因定位方法、以及一种谷子育种方法。
技术介绍
谷子(Setariaitalica(L.)Beauv.)起源于中国，是传统的优势作物、主食作物和抗旱耐瘠作物。谷子抗旱耐瘠、水份利用效率高、适应性广，不仅在目前旱作生态农业中有重要作用，而且针对日益严重的水资源短缺，谷子还是重要的战略储备作物。谷子去壳后的小米营养丰富且各种成分平衡，是具有营养保健作用的粮食作物，对人体有重要作用的食用粗纤维是大米的5倍，是近年来兴起的世界性杂粮热的主要作物。同时谷子秸秆粗蛋白含量在8％左右，饲草谷子秸秆粗蛋白含量在15％以上，是禾本科中最优质的饲草，在畜牧业发展中有重要作用。因此，加速谷子育种进程尤为重要。由于谷子属于小粟类作物，在遗传理论研究方面落后于玉米、小麦、水稻等禾谷类作物。如何应用先进科学的研究手段指导谷子育种是一个严峻的问题。随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现，为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和方法。开发与重要性状基因紧密连锁的分子标记并进行分子标记辅助选择育种，能显著提高我国谷子育种水平。随着生活水平的提高，大家在关注谷子产量的同时，更加注重其品质。米粒颜色与谷子的营养保健功效密切相关。但目前还没有文献报道谷子米色相关基因的定位研究。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术之缺陷，提供一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记、一种扩增与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对、一种谷子米粒颜色基因定位的方法、上述分子标记的检测方法、上述分子标记和引物对在谷子辅助育种或者谷子米粒颜色基因定位或检测中的用途、一种谷子辅助育种方法以及一种筛选上述分子标记的方法。本专利技术所提供的一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，其含有SEQIDNO:1所示序列；优选地，所述分子标记为SEQIDNO:1所示序列。本专利技术所提供的一种扩增与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，其引物1含有SEQIDNO:2所示序列，引物2含有SEQIDNO:3所示序列；优选地，引物1为SEQIDNO:2所示序列，引物2为SEQIDNO:3所示序列。本专利技术还提供了另一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，其是由上述引物对以黄色米粒的谷子基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。具体地，上述另一种分子标记为SEQIDNO:1所示序列。本专利技术所提供的一种谷子米粒颜色基因定位的方法，其包括使用上述任一种分子标记或者上述引物对的步骤。本专利技术所提供的上述分子标记的检测方法，其包括步骤：根据上述分子标记的核苷酸序列设计引物，以被检测谷子基因组DNA为模板进行扩增，并判断扩增产物中是否存在该分子标记。进一步地，上述检测方法中的引物为上述引物对。本专利技术还提供了上述分子标记或者上述引物对在谷子辅助育种或者谷子米粒颜色基因定位或检测中的用途。本专利技术所提供的一种谷子辅助育种方法，其包括检测上述分子标记或者用上述引物对进行检测的步骤。本专利技术所提供的一种筛选上述分子标记的方法，其包括以下步骤：(1)获得纯合型父本、母本基因组；(2)分别通过测序获得父本、母本基因组序列；(3)比较父本、母本基因组序列，获得差异位点；(4)构建遗传群体并收集表型数据；(5)对群体中的个体进行基因型分析；(6)结合基因型和表型数据，将谷子米粒颜色基因定位在基因组上；(7)在靠近目标基因的区段选择候选的分子标记。本专利技术具有以下有益效果：本专利技术提供了与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，该分子标记将基因组DNA序列与谷子米粒颜色基因联系起来，有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与谷子米粒颜色基因的遗传紧密连锁距离为1.2cM。本专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于谷子育种实践和资源及品种鉴定。附图说明图1为利用分子标记引物(SEQIDNO:2和SEQIDNO:3)对父本、母本、RIL群体281个单株进行扩增的扩增产物的部分电泳检测结果图。其中，泳道1-5为重组自交系RIL群体中5株米粒为黄色的谷子单株的PCR扩增产物；泳道7-11为重组自交系RIL群体中5株米粒为黑色的谷子单株的PCR扩增产物。泳道6为marker，其分子量包括：2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp、100bp。具体实施方式下面详细描述本专利技术的实施例。下面描述的实施例是示例性的，仅用于解释本专利技术，而不能理解为对本专利技术的限制。实施例中未注明具体技术或条件的，按照本领域内的文献所描述的技术或条件(例如参考J.萨姆布鲁克等著，黄培堂等译的《分子克隆实验指南》，第三版，科学出版社)或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品，例如可以采购自Illumina公司。实施例1：谷子RIL群体的构建父本：JZG，黄米。母本：MJG，黑米。父本和母本杂交得到F1，F1代通过单粒传法得到281个重组自交系RIL株系(F6代)。JZG、MJG、F1、重组自交系谷子种子均可在深圳华大农业与循环经济科技有限公司和张家口农科院谷子研究所购买。实施例2：基因组DNA的提取针对实施例1中获得的谷子RIL群体，用CTAB法分别提取父母本及RIL群体单株的基因组DNA，具体方法如下：(1)称取1.0g新鲜叶片，剪碎放入研钵，用液氮研磨后加入3mL1.5×CTAB，研磨成匀浆转入15mL的离心管中，然后往研钵中加入1mL1.5×CTAB冲洗再转入离心管中。混匀后于65℃水浴30min，期间不时缓慢摇匀。其中1.5×CTAB配方如下(1L)：CTAB15g1mol/L的Tris.Cl(pH为8.0)75mL0.5mol/L的EDTA30mLNaCl61.4g加去离子水定容至1L，使用前加入终浓度为0.2％(2ml)的巯基乙醇。(2)待冷却至室温，加入等体积氯仿/异戊醇(24:1)，轻轻混匀，至下层液变为深绿色。(3)4200rpm离心10min，将上层水相移到新的15mL离心管，加2倍体积预冷的无水乙醇，混合静止5min。于-20℃放置30min沉淀DNA。(4)4200rpm离心10min，弃掉上清，加入1mL75％乙醇洗涤沉淀1次，倒置离心管干燥DNA，加入200μLTE溶解DNA。(5)用0.8％的琼脂糖凝胶检测基因组DNA。(6)将得到的父母本及RIL群体单株的基因组DNA存于-20℃备用。实施例3：基因定位和分子标记开发(1)遗传图谱构建针对实施例2中获得的RIL个体的基因组DNA，基于RAD-seq的基因分型技术(http://www.bioon.com.cn/server/show_product.asp？id＝12291)对RIL群体的个体进行基因分型，获得RIL群体的基因型数据。用MapMaker3.0软件(ConstructinggeneticmapswithMAPMAKER/EXP3.0，SLincoln,MDaly,ELander-Cambridge,M本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记含有SEQ ID NO:1所示序列；优选地，所述分子标记为SEQ ID NO:1所示序列。
【技术特征摘要】
1.一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记含有SEQIDNO:1所示序列；优选地，所述分子标记为SEQIDNO:1所示序列。2.一种扩增与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的引物1含有SEQIDNO:2所示序列，引物2含有SEQIDNO:3所示序列；优选地，引物1为SEQIDNO:2所示序列，引物2为SEQIDNO:3所示序列。3.一种与谷子米粒颜色基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记是由权利要求2所述的引物对以黄色米粒的谷子基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。4.如权利要求3所述的分子标记，其特征在于，所述分子标记为SEQIDNO:1所示序列。5.一种谷子米粒颜色基因定位的方法，其特征在于，所述方法包括使用权利要求1、3、4中任一项所述的分子标记或者权利要求2所述的引物对的步骤。6.权利要求1所述的分子标记的检测方法，其特征在于，包括步骤：根据权...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪雪梅，蔡雪梅，雷雪静，雍建朋，肜君，
申请(专利权)人：深圳华大农业与循环经济科技有限公司，深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44
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