本发明专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，或者其为谷子基因组中含有SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的DNA片段。本发明专利技术还涉及该分子标记的引物、该分子标记在谷子生育期基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子生育期基因定位方法、以及一种谷子育种方法。本发明专利技术发现了与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记SVhd3，将谷子基因组DNA序列与谷子生育期基因联系起来，更有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立。
Molecular marker closely linked with millet growth stage gene SVhd3
The invention belongs to the field of molecular biology, relates to a molecular marker, specifically, relates to a gene with the growth period of millet closely linked molecular markers, the nucleotide sequence of SEQ ID NO:1 shows, or the millet genome contains SEQ ID NO:1 shows the nucleotide sequence of the DNA fragment. The invention also relates to a primer of the molecular marker, molecular marker, the use in the growth period of millet millet gene location and genetic breeding in a growth period of millet gene positioning method and a method for millet breeding. The present invention discovered the gene and the growth period of millet molecular markers closely linked to SVhd3, millet genome DNA sequence and gene linked to growth period of millet, millet more conducive to the establishment of molecular marker assisted breeding system.
【技术实现步骤摘要】
与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记SVhd3
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体地，涉及一种与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及该分子标记的引物、该分子标记在谷子生育期基因定位或谷子遗传育种中的用途、一种谷子生育期基因定位方法、以及一种谷子育种方法。
技术介绍
谷子起源于中国，是传统的优势作物、主食作物和抗旱耐瘠作物。谷子抗旱耐瘠、水份利用效率高、适应性广，不仅在目前旱作生态农业中有重要作用，而且针对日益严重的水资源短缺，谷子还是重要的战略储备作物。谷子去壳后的小米营养丰富且各种成分平衡，是具有营养保健作用的粮食作物，对人体有重要作用的食用粗纤维是大米的5倍，是近年来兴起的世界性杂粮热的主要作物。同时谷子秸秆粗蛋白含量在8％左右，饲草谷子秸秆粗蛋白含量在15％以上，是禾本科中最优质的饲草，在畜牧业发展中有重要作用。因此，加速谷子育种进程尤为重要。由于谷子属于小粟类作物，在遗传理论研究方面落后于玉米、小麦、谷子等禾谷类作物。如何应用先进科学的研究手段指导谷子育种是一个严峻的问题。随着分子生物学的发展，分子标记技术的出现，为谷子的遗传研究及育种开辟了新的思路和方法。开发与重要性状基因紧密连锁的分子标记并进行分子标记辅助选择育种，能显著提高我国谷子育种水平。谷子生育期与品种及产量密切相关。但目前还没有文献报道谷子生育期相关基因的定位研究。
技术实现思路
本专利技术人依据全基因组序列，经过大量的实验和不懈的努力，提供了一种与谷子(SetariaitalicaL.Beauv.)生育期基因紧密连锁的分子标记SVhd3，并由此提供了下述专利技术：本专利技术的一个方面涉及一种与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记SVhd3，其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示。109bp：GCTAAATCGCGAGACGAATCTATTAAGCCTAATTATTTGACAATGTGGTGCTACAGTGAACATATGTTAATGATGGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTCGCGATT(SEQIDNO：1)在本专利技术中，术语“与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记”是指这样的分子标记，在遗传连锁图谱中，该分子标记与谷子抗除草剂基因的遗传连锁距离小于2cM或者小于3cM。本专利技术的还一方面涉及本专利技术的分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示：正向引物：CCTTTGCTTTCTTGCTCGCT(SEQIDNO：2)反向引物：CAGCTTGGTTCGGCATCAGC(SEQIDNO：3)本专利技术的分子标记也可以为含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段；该DNA片段的长度为适当长度，但并不特别限定，例如，小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、或者小于800bp。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段)为谷子基因组中SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段，即所包含的SEQIDNO：1的5’端和/或3’端以外的核苷酸序列也是谷子基因组中的序列，优选地，为谷子基因组中SEQIDNO：1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测谷子基因组DNA中的该分子标记，必然能够在长生育期谷子中检测或扩增得到含有SEQIDNO：1所示的序列，或者在短生育期谷子中不能检测或扩增得到含有SEQIDNO：1所示的序列。SEQIDNO：1的5’端和/或3’端的上下游序列的长度为适当长度，并不特别限定，例如，满足分子标记的长度小于10,000bp、小于5,000bp、小于2,000bp、小于1,500bp、小于1,200bp、小于1,000bp、或者小于800bp。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的SEQIDNO：1的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、终止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本专利技术中定义为一种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于SEQIDNO：1的一个位置上，以致该控制序列指导SEQIDNO：1编码的多肽的产生。本专利技术的另一方面涉及一种重组载体，其含有本专利技术的分子标记。所述重组载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达载体或者克隆载体。本专利技术的还一方面涉及一种重组细胞，其含有该重组载体。本专利技术的还一方面涉及本专利技术的分子标记的制备方法，包括下述步骤：使用长生育期谷子的基因组DNA作为模板，以上述引物进行PCR扩增，得到的扩增产物即含有所述分子标记；优选地，还包括将PCR扩增产物进行纯化的步骤。在本专利技术的一个实施方案中，所述长生育期谷子为WD-2(晚熟，长生育期，116天)。对本领域技术人员而言，可以理解，也可以DNA化学合成的方法得到本专利技术的分子标记。本专利技术的还一方面涉及所述分子标记的检测方法，包括下述步骤：(1)根据本专利技术的分子标记的核苷酸序列设计引物；(2)以被检测谷子的基因组DNA作为模板进行扩增；(3)判断扩增产物中是否存在该分子标记。例如，可以以被检测谷子的基因组DNA为模板，以上述引物(SEQIDNO：2和SEQIDNO：3)进行PCR扩增，得到扩增产物。可以将得到的扩增产物进行测序或者凝胶电泳。本专利技术的还一方面涉及本专利技术的分子标记在谷子生育期基因定位或检测中的用途。本专利技术的还一方面涉及一种谷子生育期基因定位的方法，包括使用本专利技术的分子标记的步骤。本专利技术的还一方面涉及本专利技术的分子标记在谷子辅助育种中的用途。本专利技术的还一方面涉及一种谷子辅助育种方法，包括检测本专利技术的分子标记的步骤。本专利技术的分子标记可用于今后的分子标记辅助育种中，本领域技术人员可以理解，比如通过检测是否存在本专利技术的分子标记来筛选长生育期或短生育期的谷子。所述检测可以是PCR检测的方法，具体地，可以使用上述的本专利技术的分子标记引物。所述检测还可以通过测序方法进行。该谷子辅助育种方法具有简便、快速、高通量的优点。专利技术的有益效果本专利技术提供了与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记，并将谷子基因组DNA与谷子生育期基因联系起来，更有利于谷子分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与生育期基因的遗传紧密连锁距离为1cM。本专利技术的分子标记可以简便、快速、高通量地应用于谷子辅助育种。附图说明图1：分子标记引物(SEQIDNO：2和SEQIDNO：3)对215个重组自交系RIL株系(F6代)单株扩增的部分结果。其中：泳道1－5为RIL株系中长生育期单株的PCR扩增产物；泳道7－11为RIL株系中短生育期单株的PCR扩增产物。泳道6为marker，其分子量包括：2000bp、1000bp、750bp、500bp、250bp、以及100bp。结果显示：RIL株系中长生育期单株扩增产物条带为515bp，RIL株系中短生育期单株扩增产物条带为406bp。具体实施方式下面将结合实施例对本专利技术的实施方案进行详细描述，但是本领域技术人员将会理解，下列实施例仅用于说明本专利技术，而不应视为限定本专利技术的范围。实施例中未注明具体条件者，本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；或者其为含有SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的DNA片段。
【技术特征摘要】
1.一种与谷子生育期基因紧密连锁的分子标记，其核苷酸序列如SEQIDNO：1所示；或者其为含有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的DNA片段。2.一种重组载体，其含有权利要求1所述的分子标记。3.一种重组细胞，其含有权利要求2所述的重组载体。4.权利要求1所述的分子标记的引物，其核苷酸序列如SEQIDNO：2和SEQIDNO：3所示。5.权利要求1所述的分子标记的制备方法，包括下述步骤：使用长生育期谷子的基因组DNA作为模板，以权利要求4所述的引物进行PCR扩增；优选地，还包括将PCR扩增的产物进行纯化的...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪雪梅，蔡雪梅，雷雪静，黄聪，刘小菊，
申请(专利权)人：深圳华大农业与循环经济科技有限公司，深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东,44
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