【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及海岛棉枯萎病功能基因gbpp2c80的分子标记及其应用。
技术介绍
1、棉花是重要的天然纤维作物和油料作物，在纺织业和油料生产以及战略储备上都具有重要的价值。海岛棉是广泛种植的栽培棉种之一，其纤维品质极其优良，具有长、细、强等突出特点。随着种植面积的迅速扩大和连作年限的延长，枯萎病越来越严重。棉花枯萎病是一种土传性真菌维管束病害，由尖孢镰刀菌(fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum)通过木质部完成根-茎-叶脉-叶片的侵染。从棉花苗期到成株期均可发生，以现蕾期前后到达发病高峰。由于枯萎病病害的病原菌顽强、传播迅速，对棉花生产的危害日益加剧。因此，抗枯萎病棉花品种的快速筛选是解决这一问题的重要手段。
2、随着棉花基因组测序技术和生物信息学的发展，获得了一些与棉花枯萎病抗性连锁的分子标记，但是鉴定到的海岛棉抗枯萎病功能基因较少，可直接用于辅助育种的选择标记更少。
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的问题是如何鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性。
2、为了解决以上技术问题，本专利技术提供了indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用。
3、本专利技术提供的indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用中，所述indel分子标记是一条链的核苷酸序列是序列1的第2至12位的双链dna分子；所述应用可为下述任一种：
4、1)indel分子标记或检测所述indel分子
5、2)indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质在海岛棉育种中的应用。
6、上述应用中，所述物质含有扩增包含所述indel分子标记在内的海岛棉基因组dna片段的pcr引物。
7、所述indel分子标记(简称indel-11)存在两种等位变异类型gbpp2c80-aa(in)和gbpp2c80-bb(del)，在所述indel-11分子标记区域，所述gbpp2c80-aa(in)类型为在gbpp2c80启动子区第1159561位至1159571位存在核苷酸序列为5’-attttttcagc-3’插入类型，将此indel标记的等位变异类型称为gbpp2c80-bb(del)；在所述indel-11分子标记区域，所述gbpp2c80-bb(del)类型为在gbpp2c80启动子区第1159561位至1159571位的核苷酸序列为5’-attttttcagc-3’缺失类型，将此indel标记的等位变异类型为gbpp2c80-bb(del)。
8、上述应用中，所述海岛棉可为海岛棉品种。
9、上述应用中，所述pcr引物为引物对，所述引物对由正向引物和反向引物组成，所述正向引物为与海岛棉基因组dna中所述indel分子标记的上游特异结合的单链dna，所述反向引物为与海岛棉基因组dna中所述indel分子标记的下游特异结合的单链dna。
10、在一个具体的实施例中，所述正向引物序列如序列3或序列5所示，所述反向引物序列如序列4所示。
11、所述正向引物序列3为：5’-tattttttcagctgttcgagtttta-3’；
12、所述正向引物序列5为：5’-ggttgttcgagttttgtcttattatta-3’；
13、所述反向引物序列4为：5’-tttcaaggttcctattctttgttca-3’。
14、所述序列3和序列4组成特异引物组1。若所述引物组1扩增出长度为900bp左右的片段，经测序验证，长度为900bp左右的片段为924bp，核苷酸序列为seq id no.1，即分子标记indel-11的等位变异类型为gbpp2c80-aa(in)；
15、所述序列5和序列4组成特异引物组2。若所述引物组2扩增出扩增出长度为900bp左右的片段，经测序，长度为900bp左右的片段为913bp，核苷酸序列为seq idno.2，即分子标记indel-11的等位变异类型为gbpp2c80-bb(del)。
16、本专利技术还提供了海岛棉育种的方法，所述方法包括选择基因组dna中不含有前文所述indel分子标记的海岛棉作为亲本进行育种。
17、本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性的方法，包括以下步骤：
18、检测待鉴定海岛棉的基因组dna中是否含有前文所述indel分子标记，基因组dna中不含有所述indel分子标记的待鉴定海岛棉的枯萎病抗性强于或候选强于基因组dna中含有所述indel分子标记的待鉴定海岛棉。
19、本专利技术还提供了一种鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性的方法，包括以下步骤：
20、(1)以待鉴定海岛棉基因组dna为模板，利用前文所述引物对进行pcr扩增，得到pcr产物；
21、(2)根据所述pcr产物是否含有前文所述的indel分子标记来鉴定海岛棉枯萎病抗性；
22、所述pcr产物不含有前文所述的indel分子标记的所述待鉴定海岛棉的枯萎病抗性强于或候选强于所述pcr产物含有前文所述的indel分子标记的所述待鉴定海岛棉。
23、本专利技术中，所述pcr扩增的反应体系为：在10μl反应体系中加入500ng·μl-1dna模板0.5μl，10μm上下游引物各0.4μl，pcr master mix(with dye)5μl(翌圣生物科技(上海)股份有限公司)和3.7μl ddh2o。
24、所述pcr扩增程序为：预变性，94℃，5分钟；变性，94℃，30秒；引物组1退火60℃，引物组2退火62℃，30秒；延伸，56秒；72℃，30秒；循环35次，再72℃延伸10分钟。待温度降至4℃，取出pcr产物，在1％的琼脂糖凝胶上检测。
25、本专利技术还提供了一种产品，所述产品含有检测所述indel分子标记的物质，所述产品可为下述任一种：
26、c1)检测海岛棉枯萎病抗性相关的分子标记多态性或基因型的产品；
27、c2)鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性的产品；
28、c3)用于海岛棉育种的产品。
29、上述产品中，所述物质可为如下d1)、d2)或d3)：
30、d1)所述物质为扩增包括所述分子标记在内的海岛棉基因组dna片段的引物组合物；
31、d2)所述物质为含有d1)所述引物组合物的pcr试剂；
32、d3)所述物质为含有d1)所述引物组合物或d2)所述pcr试剂的试剂盒。
33、在一个具体的实施例中，所述引物组合物为引物组1和引物组2。
34、所述引物组1由所述序列3和序列4组成。其中序列3为：5’-tattttttcagctgttcgagtttta-3’；序列4为：5’-tttcaaggttcctattctttgttca-3’。若所本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.InDel分子标记或检测所述InDel分子标记的物质的应用，其特征在于，所述InDel分子标记是一条链的核苷酸序列是序列1的第2至12位的双链DNA分子；所述应用为下述任一种：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质含有扩增包含所述InDel分子标记在内的海岛棉基因组DNA片段的PCR引物。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述PCR引物为引物对，所述引物对由正向引物和反向引物组成，所述正向引物为与海岛棉基因组DNA中所述InDel分子标记的上游特异结合的单链DNA，所述反向引物为与海岛棉基因组DNA中所述InDel分子标记的下游特异结合的单链DNA。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述正向引物序列如序列3或序列5所示，所述反向引物序列如序列4所示。
5.海岛棉育种的方法，其特征在于，所述方法包括选择基因组DNA中不含有权利要求1中所述InDel分子标记的海岛棉作为亲本进行育种。
6.一种鉴定或辅助鉴定海岛棉枯萎病抗性的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.一种鉴定或辅助
8.产品，其特征在于：所述产品含有权利要求1中检测所述InDel分子标记的物质，所述产品为下述任一种：
9.权利要求8所述的产品，其特征在于：所述物质为如下D1)、D2)或D3)：
10.权利要求1中所述的InDel分子标记。
...【技术特征摘要】
1.indel分子标记或检测所述indel分子标记的物质的应用，其特征在于，所述indel分子标记是一条链的核苷酸序列是序列1的第2至12位的双链dna分子；所述应用为下述任一种：
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述物质含有扩增包含所述indel分子标记在内的海岛棉基因组dna片段的pcr引物。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述pcr引物为引物对，所述引物对由正向引物和反向引物组成，所述正向引物为与海岛棉基因组dna中所述indel分子标记的上游特异结合的单链dna，所述反向引物为与海岛棉基因组dna中所述indel分子标记的下游特异结合的单链dna。
4.根据权利要求3所述的应用，其特...
【专利技术属性】
技术研发人员：华金平，赵楠，王为然，孔杰，阿里甫·艾尔西，王萌，朱家辉，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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