在一些实施方案中，本公开内容提供了用于产生核酸片段群体的组合物、系统、方法和试剂盒。在一些实施方案中，群体中的至少一个核酸片段是未被标记的。在一些实施方案中，可将核酸酶促片段化。例如，用于产生核酸片段群体的方法可包括核酸切口产生反应。在一个实施方案中，所述方法可包括切口平移反应。切口产生反应可在双链核酸的任一条链上的随机位置处引入切口。切口平移反应可将切口位置移至新的位置，以便两个切口的新位置是对齐的，以产生双链断裂。切口平移反应可利用未标记的核苷酸来进行，以产生未标记的核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法可包括，将片段化的核酸的至少一个末端连接至一个或多个寡核苷酸接头。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法可包括，将核酸与核酸结合蛋白结合。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利摘要】在一些实施方案中，本公开内容提供了用于产生核酸片段群体的组合物、系统、方法和试剂盒。在一些实施方案中，群体中的至少一个核酸片段是未被标记的。在一些实施方案中，可将核酸酶促片段化。例如，用于产生核酸片段群体的方法可包括核酸切口产生反应。在一个实施方案中，所述方法可包括切口平移反应。切口产生反应可在双链核酸的任一条链上的随机位置处引入切口。切口平移反应可将切口位置移至新的位置，以便两个切口的新位置是对齐的，以产生双链断裂。切口平移反应可利用未标记的核苷酸来进行，以产生未标记的核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法可包括，将片段化的核酸的至少一个末端连接至一个或多个寡核苷酸接头。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法可包括，将核酸与核酸结合蛋白结合。【专利说明】本申请要求2011年5月27日提交的美国临时申请61/490，982，2011年9月15日提交的61/535，281，2011年12月22日提交的61/579，109和2012年2月21日提交的61/601，148的申请日权益。在整个本申请中，参考了各种出版物，专利和/或专利申请。这些出版物、专利和/或专利申请的公开内容通过引用整体并入本申请，以更详细地描述本专利技术所属领域的技术水平状态。领域在一些实施方案中，本公开内容提供了用于操作双链核酸以产生核酸片段群体的方法。引言核酸操作通常可包括片段化步骤。核酸片段可用于多种过程和方法，包括用于制备用于测序的核酸。核酸片段的测序常见于毛细管电泳的、基于杂交的、基于连接的以及边合成碱基边测序(sequence-by-synthesis-bases)的测序方法中。片段化样品核酸可用于新一代测序方法，其中可同时平行地对大量相对小的核酸片段进行测序。用于新一代测序法的许多样品和文库制备法包括片段化步骤作为流程的一部分。概述在一些实施方案中，本公开内容提供了用于产生核酸片段群体的组合物、系统、方法及试剂盒。在一些实施方案中 ，本公开内容提供了用于将至少一个双链断裂引入样品核酸的组合物、系统、方法和试剂盒。在一些实施方案中，本公开内容提供了用于产生双链断裂，从而导致形成至少两个来源于原始双链样品核酸的核酸片段的组合物、系统、方法和试剂盒。在一些实施方案中，样品核酸可包括单链或双链核酸。任选地,所述方法包括,将样品核酸经历产生切口(nicking)的条件。在一些实施方案中，产生切口的条件包括，将一个或多个切口引入样品核酸。在一些实施方案中，产生切口的条件包括，向双链样品核酸的每一条链上引入至少一个切口。在一些实施方案中，将切口引入样品核酸的随机位置。任选地,所述方法包括,将样品核酸经历切口平移(nick translating)条件。在一些实施方案中，所述方法包括平移至少一个切口。在一些实施方案中，切口迁移条件包括，在双链样品核酸的每一条链上平移至少一个切口。在一些实施方案中，切口平移条件包括彼此相向地平移位于相反核酸链上的至少两个切口。在一些实施方案中，切口平移条件包括将一条链上的第一切口的位置平移至可与相反链中的第二切口、断裂或其它缺口对齐的新位置。在一些实施方案中，切口、断裂或缺口的对齐可在样品核酸中导致双链断裂或片段化位点。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:使核酸产生切口 ；和切口平移所述切口。任选地，切口平移条件可包括标记或未标记的核苷酸或两者的混合物。在一些实施方案中，利用未标记的核苷酸进行的切口平移条件产生未标记的核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括将至少一个双链断裂引入样品核酸以产生未标记的核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:在每一条链上使核酸产生切口至少一次；和切口平移所述切口，从而产生双链断裂，以产生核酸片段。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:通过下列来在样品核酸中引入双链断裂(裂口):在每一条链上使核酸样品产生切口至少一次；和切口平移所述切口从而产生双链断裂，以产生核酸片段。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:提供具有第一条链和第二条链的双链核酸；使第一条链和第二条链产生切口。任选地可使第一条链产生切口至少一次以产生第一切口，可使第二条链产生切口至少一次以产生第二切口。任选地，所述方法还包括彼此相向地切口平移第一切口和第二切口，从而产生双链断裂以产生核酸片段。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:在双链核酸的每一条链上引入一个或多个切口。任选地，所述方法包括，通过沿着它们各自的链移动至少两个切口的位置来产生至少一个双链断裂，从而将双链核酸切割成至少两个核酸片段。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:将两个或更多个不同的双链核酸经历切口产生条件，从而形成至少两个不同的带切口的双链核酸。在一些实施方案中，至少两个不同的带切口的双链核酸的每一个在每一条链中包括至少一个切口。任选地，所述方法包括平移每一条链中的至少一个切口以对齐相反链上的切口。在一些实施方案中，平移包括将至少两个不同的带切口的双链核酸经历切口平移条件。在一些实施方案中，用于产生核酸片`段群体的方法包括:将两个或更多个不同的双链核酸经历切口产生条件，从而形成至少两个不同的带切口的双链核酸。在一些实施方案中，两个或更多个不同的双链核酸中的每一个在每一条链中包含至少一个切口。任选地，所述方法包括切割至少两个不同的带切口的双链核酸，其中切割包括在至少两个不同的带切口的双链核酸的每一个中产生至少一个双链断裂。在一些实施方案中，产生包括切口平移每一条链中的至少一个切口，从而产生核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:将至少两个不同的双链核酸分子切割成核酸片段。在一些实施方案中，切割包括，通过将至少两个不同的双链核酸分子经历切口产生条件，来将至少一个切口引入至少两个不同的双链核酸分子的每一条链，从而形成带切口的双链核酸分子。任选地，所述方法包括，通过切口平移带切口的双链核酸分子的第一条链中的一个或多个切口以及第二条链中的一个或多个切口直至相反链上的至少两个切口对齐，来在带切口的双链核酸分子中产生一个或多个双链断裂。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:将两个或更多个不同的双链核酸经历切口产生条件，从而形成至少两个不同的带切口的双链核酸，每一个双链核酸在每一条链上包括至少一个切口 ；切割至少两个不同的带切口的双链核酸，其中切割包括在至少两个不同的带切口的双链核酸的每一个中产生至少一个双链断裂，其中产生包括切口平移每一条链中的至少一个切口，从而产生核酸片段群体。在一些实施方案中，用于产生核酸片段群体的方法包括:将至少两个不同的双链核酸分子切割成核酸片段，其中切割包括通过将至少两个不同的双链核酸分子经历切口产生条件来将至少一个切口引入至少两个不同的双链核酸分子的每一条链，从而形成带切口的双链核酸分子；和通过切口平移带切口的双链核酸分子的第一条链中的一个或多个切口以及第二条链中的一个或多个切口直至相反链上的至少两个切口对齐，来在带切口的双链核酸分子中产生一个或多个双链断裂。在一些实施方案中，所述方法包括调整产生切口的条件，以调整核酸片段的平均大小。在一些本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种用于产生核酸片段群体的方法，包括：通过将包含多个核酸的样品经历切口产生条件来将一个或多个切口引入核酸；和在至少一个核酸中产生至少一个双链断裂。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：陈宙涛，X·段，K·朴，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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