用于自动重复测序的系统和方法技术方案

本发明专利技术涉及一种用于对靶多核苷酸进行测序的方法，该方法包括检测与该靶多核苷酸的至少一部分互补的第一系列核苷酸掺入

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于自动重复测序的系统和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求于
2020
年
11
月
14
日提交的美国临时申请号
63/113,869
的权益，该美国临时申请全文以引用方式并入本文
。


[0003]一般而言，本公开涉及用于对靶多核苷酸进行测序的系统和方法
。

技术介绍

[0004]基因测序越来越多地被用作研究和临床环境中的工具
。
例如，对疾病的起源
、
物种的分化
、
微生物群系的特征的研究以及对细菌和病毒病原体二者的研究正在使用基因测序进行
。
在另一个示例中，基因检测越来越多地用于检测癌症
、
跟踪病毒感染
、
开具饮食处方以及修改处方集
。
这种研究和检测通常依赖于基因样品中的小偏差或差异的检测
。
因此，准确性是确定测序技术的适用性的因素
。
[0005]此外，检测的可用性通常由影响成本的因素驱动，这些因素诸如设备
、
试剂的成本以及技术人员的手工操作时间
。
提高准确性的常规方法也增加了技术人员的手工操作时间以及昂贵试剂的使用
。
[0006]因此，准确的
、
低成本的解决方案将是所期望的
。
附图说明
[0007]通过参考附图，可以更好地理解本公开，并且本公开的许多特征和优点对于本领域的技术人员而言变得显而易见
。
[0008]图1包括示出用于改善的基因测序的示例性方法的方框流程图
。
[0009]图2包括示例性测序系统的图示
。
[0010]图3包括示例性系统的图示，该系统包括传感器阵列
。
[0011]图4包括示例性传感器和相关的孔的图示
。
[0012]图5包括用于制备测序装置的示例性方法的图示
。
[0013]图6展示了用于制备珠粒组装件的示例性示意图
。
[0014]图7包括示例性测序系统的图示
。
[0015]图8包括示例性仪器的图示
。
[0016]图9包括仪器的示例性台板的图示
。
[0017]图
10
和图
11
包括示例性传感器装置的图示
。
[0018]图
12、
图
13
和图
14
包括示例性流体联接器的图示
。
[0019]图
15
和图
16
包括传感器装置与流体联接器之间的示例性互连件的图示
。
[0020]图
17
和图
18
包括与传感器装置交互的示例性机械系统的图示
。
[0021]图
19
和图
20
包括与机械系统一起使用的示例性滑块机构的图示
。
[0022]图
21
包括在流体联接器与传感器装置之间提供流体连接的示例性机械组装件的
图示
。
[0023]图
22
和图
23
包括示例性流体歧管的图示
。
[0024]图
24
包括用于使用机械系统与传感器装置交互的示例性方法的方框流程图
。
[0025]图
25、
图
26、
图
27
和图
28
包括示例性装载装置的图示
。
[0026]图
29
包括示例性电子接口的图示
。
[0027]图
30
包括服务器系统组件的示意图
。
[0028]图
31
包括分析流水线的方框图
。
[0029]图
32
包括生成测定定义文件的示意图
。
[0030]图
33
包括测定定义文件打包的示例的示意图
。
[0031]图
34
包括根据一个实施方案用于通过两个测序步骤产生的信号数据的分析流水线的方框图，该两个测序步骤使用相同的流程顺序来进行
。
[0032]图
35
包括根据一个实施方案用于通过两个测序步骤产生的信号数据的分析流水线的方框图，该两个测序步骤使用用于对具有分子标签的扩增子进行测序的不同的流程顺序来进行
。
[0033]在不同的附图中使用相同的附图标记指示类似或相同的项
。
具体实施方式
[0034]在一个实施方案中，该方法包括检测以靶多核苷酸为特征的一系列核苷酸掺入
。
例如，可以延伸与靶多核苷酸杂交的引物，并且可以利用与合成测序相关的技术来检测一系列核苷酸掺入
。
靶多核苷酸可以与设置在仪器的测序区中的基板缔合
。
在检测一系列核苷酸掺入后，可以将与靶多核苷酸缔合的基板移动到仪器内的模板化区
。
例如，可以使用机械子系统将基板从测序区自动移动到模板化区
。
在模板化区中，可以使与延伸的引物杂交的靶多核苷酸变性，使延伸的引物被移除，留下与基板缔合的单链靶多核苷酸
。
在一个示例中，延伸的引物可以通过熔化，例如，通过提高杂交的靶多核苷酸周围的溶液的温度而去杂交
。
在另一个示例中，靶多核苷酸和延伸的引物可以利用离子强度的变化进行去杂交
。
在变性后，新引物可以与多核苷酸杂交，并且酶
(
诸如聚合酶
)
可以与引物
/
靶多核苷酸杂合体缔合
。
可以将基板
(
包括靶多核苷酸
)
自动移动到仪器的测序区
。
任选地，新引物的杂交或酶的缔合可以在模板化区中发生或者可以在将基板移动到测序区后发生
。
在测序区中，可以检测第二系列核苷酸掺入，例如，当使用合成测序技术使引物与靶多核苷酸互补地延伸时
。
[0035]来源于核苷酸掺入检测的信号可以用于确定靶多核苷酸中的核苷酸的顺序
。
例如，第一组信号可以来源于第一系列核苷酸掺入的检测，并且第二组信号可以来源于第二系列核苷酸掺入的检测
。
在一个示例中，可以在进行碱基识别之前对相应的信号求平均值
。
在一个特定示例中，可以使用加权平均值
。
[0036]图1包括展示出用于确定靶多核苷酸的基因序列的示例性方法
10
的方框流程图
。
方法...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种用于对靶多核苷酸进行测序的方法，所述方法包括：检测与所述靶多核苷酸的至少一部分互补的第一系列核苷酸掺入，所述第一系列核苷酸掺入形成第一互补多核苷酸，所述靶核苷酸被固定到设置在组装件的测序区中的基板；将所述靶核苷酸所固定到的所述基板移动到所述组装件的模板化区；当所述基板设置在所述组装件的所述模板化区处时，移除所述第一互补多核苷酸，所述靶多核苷酸保持固定到所述基板；在所述移除后，将所述靶多核苷酸所固定到的所述基板移动到所述测序区；以及检测与所述靶多核苷酸的至少一部分互补的第二系列核苷酸掺入，所述第二系列核苷酸掺入形成第二互补多核苷酸
。2.
根据权利要求1所述的方法，其中所述第二系列核苷酸掺入与所述第一系列核苷酸掺入至少
97
％相同
。3.
根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述第二系列核苷酸掺入与所述第一系列核苷酸掺入至少
99
％相同
。4.
根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中移除包括使用离子强度的变化进行变性以使所述第一互补多核苷酸和所述靶多核苷酸解离
。5.
根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中移除包括通过升高温度熔化以使所述第一互补多核苷酸和所述靶多核苷酸解离
。6.
根据权利要求1至5中任一项所述的方法，还包括在移除之后添加与所述靶多核苷酸至少部分互补的引物
。7.
根据权利要求6所述的方法，其中添加所述引物包括在将所述基板设置在所述模板化区中时添加所述引物
。8.
根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中检测所述第一系列核苷酸掺入使用核苷酸的第一流程顺序来进行，并且所述第二系列核苷酸掺入使用核苷酸的第二流程顺序来进行
。9.
根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述第一流程顺序不同于所述第二流程顺序
。10.
根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中检测所述第一系列核苷酸掺入和检测所述第二系列核苷酸掺入产生第一组信号和第二组信号，所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：C，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：