湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用技术

本申请涉及一种湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用，其中方法通过建立多因素线性回归模型，以候选遗传变异集为自变量，准确预测与湖羊群体代表性个体的IBS系数，利用IBS系数评估湖羊个体之间的遗传关系通过矫正后的IBS系数预测湖羊待检群体或待测个体的纯种鉴定分类，提高湖羊种质资源保护的科学性和效率性。提高湖羊种质资源保护的科学性和效率性。提高湖羊种质资源保护的科学性和效率性。

【技术实现步骤摘要】
湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用


[0001]本申请涉及品种鉴定
，特别是涉及一种湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用。

技术介绍

[0002]湖羊是我国著名的白色羔皮用绵羊地方品种，具有早熟、两年三胎、每胎多羔、泌乳性能好、生长发育快、适合舍饲等优良性状。近些年，由于市场需求的改变，湖羊产业的重点由羊皮转向羊肉生产。为了适应市场的需求转变，部分湖羊养殖户陆续引进其他肉用品种进行杂交，尽管一定程度上提高了湖羊的肉用性能，却导致了传统养殖区内的纯种湖羊受到外来血统的侵蚀，越来越多的湖羊基因混杂、品种特征衰减、种质退化，纯种湖羊数量骤降，家系混乱、血缘不清，造成优质种质资源流失。
[0003]由于高代杂交羊与纯种湖羊仅根据形态特征对其进行鉴定有一定困难，准确性低。为了更好的保护湖羊种质资源，以及更好地提高湖羊种质资源保护的科学性和效率性，建立一种准确、快速、客观的鉴定方法对于湖羊产业具有重要意义。

技术实现思路

[0004]基于此，有必要针对根据形态特征对湖羊纯种进行鉴定的准确性低点的问题，提供一种湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用。
[0005]本申请提供一种湖羊纯种鉴定方法，所述湖羊纯种鉴定方法包括：
[0006]基于预设的候选遗传变异集对待测个体样本或待测群体样本进行基因测序，并获得由候选遗传变异集所关联的染色体的测序数据构成的测序结果；
[0007]将所述测序结果输入至一个纯种鉴定模型，运行所述纯种鉴定模型，获取所述纯种鉴定模型输出的鉴定结果；
[0008]所述纯种鉴定模型为多因素线性回归模型，所述纯种鉴定模型的自变量为候选遗传变异集，所述纯种鉴定模型的因变量为特定的IBS分数。
[0009]进一步地，所述候选遗传变异集如下表所示：
[0010][0011][0012]进一步地，所述纯种鉴定模型的建立方法包括：
[0013]对所述候选遗传变异集中的候选SNP位点进行SNP分型，排除检测率低于预设检测阈值的候选SNP位点；
[0014]对SNP分型后的候选遗传变异集中的候选SNP位点进行主成分分析；
[0015]采用IBS分数计算以评估不同个体之间的遗传关系；
[0016]以遗传标记作为自变量标记，IBS分数作为因变量建立纯种鉴定模型。
[0017]进一步地，在所述采用IBS分数计算以评估不同个体之间的遗传关系之后，所述纯种鉴定模型的建立方法还包括：
[0018]通过逐步分析的方法，保留与IBS显著相关的SNP位点作为候选遗传变异集。
[0019]进一步地，所述逐步分析后的候选遗传变异集如下表所示：
[0020][0021][0022]进一步地，所述纯种鉴定模型的详细信息如下表所示：
[0023]标记系数标准差t
‑
valP值显著常数项0.7610790.00138550.2.00E
‑
***P306595500.0051520.001005.124.22E
‑
***P153473960.0101120.002074.881.01E
‑
***P371842750.0058750.001454.020.0001***P223703680.0036500.000983.710.0004***P15346217
‑
0.0077030.00217
‑
3.530.0008***P553840710.0037050.001083.40.0012**P192038130.0026190.000892.920.0051**P647571220.0032390.0011092.910.0051**P64630486
‑
0.0045330.00158
‑
2.850.0061**P646292740.0045840.001612.830.0064**P50194226
‑
0.0024590.00094
‑
2.60.0120*P15347178
‑
0.0042100.00181
‑
2.310.0245*P741697170.0021770.001012.150.0357*P903330290.0019480.000952.030.0470*P695238580.0019630.001061.840.0712.P182354450.0021880.001211.800.0772.
[0024]进一步地，所述的获取方法包括：
[0025]通过高通量测序方法，鉴定出湖羊群体具有特定群体频率的候选遗传变异；
[0026]比较湖羊群体与其他群体遗传变异的频率建立评分并进行排序，依据遗传变异在羊群中存在的特征参数构建纯种评估模型，获取所述纯种评估模型输出的初始遗传变异集；
[0027]选取初始遗传变异集中变异位点的排序情况、位点引物设计及位点的基因组联锁
情况选取的若干变异位点作为候选遗传变异集。
[0028]进一步地，所述特征参数包括湖羊群体变异检测率、湖羊群体变异频率、其他羊群内变异频率、位于功能区域特征、LD
‑
SNPs的个数及变异碱基数中的一种或多种。
[0029]本申请还提供一种鉴定终端，包括存储器和处理器，所述存储器与所述处理器耦接；其中，所述存储器用于存储程序数据，所述处理器用于执行所述程序数据以实现如前述内容所述的湖羊纯种鉴定方法。
[0030]本申请还提供了如前述内容所述的湖羊纯种鉴定方法在湖羊群体分型和湖羊个体纯种鉴定中的应用。
[0031]本申请涉及一种湖羊纯种鉴定方法、鉴定终端及应用，其中方法通过建立多因素线性回归模型，以候选遗传变异集为自变量，准确预测与湖羊群体代表性个体的IBS系数，利用IBS系数评估湖羊个体之间的遗传关系通过矫正后的IBS系数预测湖羊待检群体或待测个体的纯种鉴定分类，提高湖羊种质资源保护的科学性和效率性。
附图说明
[0032]图1为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法的流程示意图。
[0033]图2为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中SNP在基因组的分布图。
[0034]图3为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中InDels在基因组的分布图。
[0035]图4为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中InDels长度的数量分布图。
[0036]图5为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中群体主成分分析结果图(第一主成分和第二主成分)。
[0037]图6为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中群体主成分分析结果图(第一主成分和第三主成分)。
[0038]图7为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中80个样本的系统进化树示意图。
[0039]图8为本申请一实施例提供的湖羊纯种鉴定方法中四个羊群体的群体结构示意图。
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，所述湖羊纯种鉴定方法包括：基于预设的候选遗传变异集对待测个体样本或待测群体样本进行基因测序，并获得由候选遗传变异集所关联的染色体的测序数据构成的测序结果；将所述测序结果输入至一个纯种鉴定模型，运行所述纯种鉴定模型，获取所述纯种鉴定模型输出的鉴定结果；所述纯种鉴定模型为多因素线性回归模型，所述纯种鉴定模型的自变量为候选遗传变异集，所述纯种鉴定模型的因变量为特定的IBS分数。2.根据权利要求1所述的湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，所述候选遗传变异集如下表所示：
。3.根据权利要求1所述的湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，所述纯种鉴定模型的建立方法包括：对所述候选遗传变异集中的候选SNP位点进行SNP分型，排除检测率低于预设检测阈值的候选SNP位点；对SNP分型后的候选遗传变异集中的候选SNP位点进行主成分分析；采用IBS分数计算以评估不同个体之间的遗传关系；以遗传标记作为自变量标记，IBS分数作为因变量建立纯种鉴定模型。4.根据权利要求1所述的湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，在所述采用IBS分数计算以评估不同个体之间的遗传关系之后，所述纯种鉴定模型的建立方法还包括：通过逐步分析的方法，保留与IBS显著相关的SNP位点作为候选遗传变异集。5.根据权利要求4所述的湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，所述逐步分析后的候选遗传变异集如下表所示：
。6.根据权利要求1所述的湖羊纯种鉴定方法，其特征在于，所述纯种鉴定模型的详细信息如下表所示：标记系数标准差t
‑
valueP值显著性常数项0.76107990.0013815550.912.00E
‑
16***P306595500.00515270.00100475.1284.22E
‑
06***P153473960.0101120.00207224.881.01E
‑
05***P371842750.00587540.0014594.0270.000181***P2237036800.00365070.00098343.7120.000494***P15346217
‑
0.00770360.0021783
‑
3.5370.000851***P5538...

【专利技术属性】
技术研发人员：费中华，郭良勇，陈金丽，张云超，陈曦，王争光，
申请(专利权)人：浙江大学，
类型：发明
国别省市：