【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及用于制备目标核酸序列的分子库的方法以及其组合物和用途。
技术介绍
技术实现思路
1、提供用于制备目标核酸序列的分子库的方法，以及其组合物和用途。方法包含使核酸样品与多个衔接子接触，所述衔接子能够在其中目标核酸经历第一扩增的条件下扩增一个或多个目标核酸序列；消化所得第一扩增产物；修复被消化的目标扩增子；以及在第二扩增中扩增被修复的产物，由此产生目标核酸序列的分子库。多种衔接子组合物中的每一种包含固定结构和目标核酸序列以及任选的一个或多个标签序列。所提供的方法可以在单一、仅添加型工作流程反应中进行，实现高度多重化的目标分子库的快速产生，所述分子库任选地包括独特标签序列。所得分子库组合物适用于多种应用，包括测序应用。
2、本专利技术的一个方面包含用于制备目标核酸序列的分子库的方法。在某些实施例中，所述方法包含使核酸样品与多个衔接子接触，其中一对衔接子中的每一个能够在其中目标核酸经历第一扩增的条件下扩增样品中的一个或多个目标核酸序列。所述方法进一步包含消化所得第一扩增产物以减少或消除任何引起反应的引物二聚体，并且制备部分消化的扩增子，由此制备所得有间隙的、双链部分消化的扩增子。所述方法进一步包含修复部分消化的目标扩增子；接着，使用通用引物在第二扩增中扩增被修复的产物，由此产生目标核酸序列的分子库。所提供的方法中使用多个衔接子中的每一个均包含5'通用固定结构序列和3'目标核酸序列以及可裂解部分。包括两对或更多对目标特异性衔接子以用于所提供的方法中，其中每个3'目标特异性序列包含
3、在本专利技术的另一方面中，提供用于制备具有独特标签序列的目标核酸序列的分子库的方法。在某些实施例中，所述方法包含使核酸样品与多个衔接子接触，其中一对衔接子中的每一个能够在其中目标核酸经历第一扩增的条件下扩增样品中的一个或多个目标核酸序列。所述方法进一步包含消化所得第一扩增产物以减少或消除任何引起反应的引物二聚体，并且制备部分消化的扩增子，由此制备所得有间隙的、双链部分消化的扩增子。所述方法进一步包含修复部分消化的目标扩增子；接着，使用通用引物在第二扩增中扩增被修复的产物，由此产生目标核酸序列的分子库。所提供的方法中使用多个衔接子中的每一个均包含5'通用固定结构序列、一个或多个独特标签序列和3'目标核酸序列以及可裂解部分。包括两对或更多对目标特异性衔接子以用于所提供的方法中，其中每个3'目标特异性序列包含可裂解部分，每个标签序列由可裂解部分侧接，并且每个通用固定结构不具有可裂解部分。
4、在另一方面中，提供组合物。在某些实施例中，提供一种组合物，其包含由本文中所描述的方法产生的核酸分子库。在其它实施例中，提供包含多个核酸衔接子的组合物，其中多个衔接子中的每一个均包含5'通用固定结构序列、一个或多个独特标签序列以及3'目标核酸序列，其中每个衔接子包含可裂解部分。在某些实施例中，衔接子的目标核酸序列包括至少一个可裂解部分，所包括的可裂解部分侧接标签序列的任一个末端并且通用固定结构序列不包括可裂解部分。在某些实施例中，组合物包括至少两对并且可高达十万对目标特异性衔接子。
5、此外，使用所提供的组合物和包含所提供的组合物的试剂盒分析核酸分子库的序列是本专利技术的其它方面。在一些实施例中，对所得分子库的序列能够检测相关样品中的低频率出现的等位基因进行分析。
6、本说明书中提及的所有公开案、专利案和专利申请案都以引用的方式并入本文中，其引用的程度如同每个单独的公开案、专利案或专利申请案经特定并且单独地指示以引用的方式并入一般。
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1.一种组合物，其包含多个核酸衔接子，其中多个衔接子中的每一对包括具有两个5’通用固定结构序列的正向衔接子，以及具有两个5’通用固定结构序列、任选一个或多个标签序列和3’目标核酸序列的反向衔接子，其中每个衔接子包含可裂解部分；
2.权利要求1的组合物，其中至少一个衔接子中包括一个或多个任选的标签序列，并且侧接标签序列的任一个末端的衔接子序列中包括可裂解部分。
3.根据权利要求1或权利要求2的组合物，其中每个通用序列的熔融温度高于存在的每个目标核酸序列和每个标签序列的熔融温度。
4.前述权利要求中任一项的组合物，其中组合物另外包括核酸样品和任选的第一扩增产物。
5.前述权利要求中任一项的组合物，其中多个衔接子的每个目标特异性对包括高达16,777,216个不同衔接子组合，其包含不同标签序列。
6.前述权利要求中任一项的组合物，其中可裂解部分：
7.前述权利要求中任一项的组合物，其中一种或多种可裂解部分中的每一种是不在相关目标序列中天然存在的经修饰的核苷酸、核苷或核碱基。
8.前述权利要求中任一项的组
9.一种试剂盒，其包含前述权利要求中任一项的衔接子组合物，
10.权利要求1-9中任一项的组合物或试剂盒用于制备目标核酸序列的分子库的用途，其包括：
11.一种制备目标核酸序列的分子库的方法，所述方法包括：
12.根据权利要求11的方法，其中至少一个衔接子中包括一个或多个任选的标签序列，并且侧接标签序列的任一个末端的衔接子序列中包括可裂解部分。
13.根据权利要求11或权利要求12的方法，其中每个通用序列的熔融温度高于存在的每个目标核酸序列和每个标签序列的熔融温度。
14.根据权利要求11或权利要求12的方法，其在单一、仅添加型工作流程反应中进行，实现高度多重化的目标分子库的快速产生。
15.根据权利要求12的方法，其中所有衔接子包含带有侧接标签序列的任一个末端的可裂解基团的标签序列。
...【技术特征摘要】
1.一种组合物，其包含多个核酸衔接子，其中多个衔接子中的每一对包括具有两个5’通用固定结构序列的正向衔接子，以及具有两个5’通用固定结构序列、任选一个或多个标签序列和3’目标核酸序列的反向衔接子，其中每个衔接子包含可裂解部分；
2.权利要求1的组合物，其中至少一个衔接子中包括一个或多个任选的标签序列，并且侧接标签序列的任一个末端的衔接子序列中包括可裂解部分。
3.根据权利要求1或权利要求2的组合物，其中每个通用序列的熔融温度高于存在的每个目标核酸序列和每个标签序列的熔融温度。
4.前述权利要求中任一项的组合物，其中组合物另外包括核酸样品和任选的第一扩增产物。
5.前述权利要求中任一项的组合物，其中多个衔接子的每个目标特异性对包括高达16,777,216个不同衔接子组合，其包含不同标签序列。
6.前述权利要求中任一项的组合物，其中可裂解部分：
7.前述权利要求中任一项的组合物，其中一种或多种可裂解部分中的每一种是不在相关目标序列中天然存在的经修饰的核苷酸、核苷或核碱基。
8.前述权利要求...
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