一种稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记及其方法与应用技术

本发明专利技术公开了一种稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记，所述SNP位点位于水稻基因组11号染色体第6525745位核苷酸，该位点核苷酸由C突变为T，氨基酸由半胱氨酸（Cys）突变为酪氨酸（Tyr），由引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出来的核苷酸序列，经特异性酶切之后电泳检测，与稻瘟病抗性基因Pia呈特异性带型的分子标记。还公开了所述稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记PiaSNP的检测方法及其应用，本发明专利技术的Pia功能特异性分子标记以PCR技术为基础，不仅能区分水稻品种的基因型，而且能够方便、快捷、直接地实现了目标基因Pia在水稻种质资源以及育种后代中的鉴定，特别是等位基因之间的鉴别，且不受环境以及人为因素的影响。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记及其方法与应用，属于分子生物学和水稻育种领域。 
技术介绍
稻瘟病是水稻最严重的病害之一。由子囊菌Magnaportheoryzae引起的稻瘟病是一种世界性的水稻流行性病害，全球每年因稻瘟病水稻产量损失约占总产量的10%-15%，稻瘟病还导致稻米品质下降，每年经济损失高达50亿美元。稻瘟病是我国三大水稻病害之一，每年都有不同程度的发生。近年，在西南、长江中游和东北等稻区严重发生，年发病面积330万-570万公顷，产量损失达数亿公斤，严重影响我国水稻生产和粮食安全。防治稻瘟病最有效、最经济、最根本的控制措施是发掘水稻自身的抗性基因资源，培育和利用持久、高抗品种资源。 全基因组关联分析（Genome-wideAssociationStudy，GWAS）是一种对全基因组范围内的常见遗传变异（单核苷酸多态性和拷贝数）总体关联分析的方法，它能够在全基因组范围内进行整体研究，能够一次性对疾病进行轮廓性概览，适用于复杂疾病的研究。在全基因组层面上，开展大样本、反复验证的基因与疾病的关联研究，可以全面揭示疾病发生本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP位点位于水稻基因组11号染色体第6525745位核苷酸（Chr11_6525745），该位点核苷酸由C突变为T，氨基酸由半胱氨酸（Cys）突变为酪氨酸（Tyr），由引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出来的核苷酸序列，经特异性酶切之后电泳检测，从而确定稻瘟病抗性基因Pia的功能特异性分子标记PiaSNP。

【技术特征摘要】
1.一种稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记，其特征在于：所述SNP位点
位于水稻基因组11号染色体第6525745位核苷酸（Chr11_6525745），该位点核
苷酸由C突变为T，氨基酸由半胱氨酸（Cys）突变为酪氨酸（Tyr），由引物对
SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从水稻基因组DNA中扩增出来的核苷酸序列，经
特异性酶切之后电泳检测，从而确定稻瘟病抗性基因Pia的功能特异性分子标记
PiaSNP。
2.如权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记，其特征在于，
所述引物对的核苷酸序列如下所示：
SEQ ID NO.1：5’-GCTCCTTCTTCAATTACTGGGAATGGTCGA-3’；
SEQ ID NO.2：5’-CTTGCAGTATCTCAAACTGG-3’。
3.如权利要求1所述的稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记，其特征在于：
所述的特异性酶切为SalI酶切。
4.根据权利要求2或3任一项所述的稻瘟病抗性基因Pia的SNP分子标记
检测方法，其特征在于：使用805,158个高质量的SNP对IN366群体进行全基
因组关联分析，获得能与稻瘟病抗性基因Pia紧密连锁的1处SNP位点
（Chr11_6525745），再通过引物设计分别得到SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，对
水稻DNA扩增得到Pia功能特异性分子标记PiaSNP。
5.根据权利要求4所述的检测方法，...

【专利技术属性】
技术研发人员：魏兴华，王彩红，徐群，冯跃，袁筱萍，
申请(专利权)人：中国水稻研究所，
类型：发明
国别省市：浙江;33