基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法技术

本发明专利技术公开了一种基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，包括如下步骤：1）采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）提供检测探针，所述检测探针的一部分核酸序列与通用报告探针互补，另一部分核酸序列至少与所述目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补；3）将所述检测探针固定在生物芯片基质上形成生物芯片；4）将待检测样本的RNA和通用报告探针一起混入杂交液中与生物芯片杂交；5）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。本发明专利技术能够高通量的检测小分子RNA介导的靶基因mRNA降解产物，可对已被生物信息学预测到的大量靶基因进行验证，且操作简便，利于推广，价格低廉，具有高性价比。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术具体涉及一种用于核酸降解组检测的通用探针检测方法，属于核酸分子检测
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技术介绍
内源性非编码小RNA (small non-protein-coding RNA, 12_24nt,简称“小 RNA”)广泛存在于高等和低等生物体内，通过对靶基因mRNA直接切除或抑制其翻译在转录及转录后水平对基因表达起调节作用。已知的小RNA主要分为两大类:一类是微小RNAUiRNA，microRNA), 一类是小干扰 RNA (siRNA, small interfering RNA)。参阅图1,植物 miRNA、siRNA以及部分动物miRNA、siRNA主要通过与靶基因mRNA进行完全或近乎完全的配对形成沉默复合体RISC (RNA-1nduced silencing complex),从而降解祀基因mRNA并调控其表达，且大量实验数据表明小分子RNA介导的靶基因断裂发生在与mRNA的互补区，主要发生在对应小分子RNA序列5’端的第十、十一位之间。常规的靶基因查找主要采用生物信息学方法在全基因组水平上进行预测和筛选。由于预测方法无法区分预测靶基因的真伪，所有预测结果必须经实验证本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，它包括如下步骤：1）采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）提供检测探针，所述检测探针的一部分核酸序列与通用报告探针互补，另一部分核酸序列至少与所述目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补；3）将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片；4）将待检测样本的RNA和通用报告探针一起混入杂交液中与所述生物芯片杂交；5）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。

【技术特征摘要】
1.一种基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，它包括如下步骤: 1)采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA； 2)提供检测探针，所述检测探针的一部分核酸序列与通用报告探针互补，另一部分核酸序列至少与所述目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补； 3)将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片； 4)将待检测样本的RNA和通用报告探针一起混入杂交液中与所述生物芯片杂交； 5)洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。2.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针长度为18-42mer，其中与通用报告探针互补部分的核酸序列长度为3-12mer,与核酸降解组mRNA的断裂处互补部分的核酸序列长度为15_30mer。3.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，所述检测探针中与通用报告探针互补的一部分核酸序列紧邻与所述目标核酸降解组mRNA的断裂处互补的另一部分核酸序列。4.根据权利要求1所述的基于生物芯片的检测核酸降解组mRNA的通用探针方法，其特征在于，该方法中对应于每一目标核酸降解组mRNA设计有一组探针池，每一组探针池包括数个检测探针...

【专利技术属性】
技术研发人员：李炯，沈叶，郑克孝，赵转，
申请(专利权)人：中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所，
类型：发明
国别省市：