一种检测核酸降解组的通用探针芯片方法技术

一种检测核酸降解组的通用探针方法，包括如下步骤：1）采用生物信息学方法预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）设计一端部的部分核酸序列与目标核酸降解组mRNA断裂处的部分核酸序列互补的检测探针；3）将检测探针固定在生物芯片基质上形成生物芯片；4）提取待检测样本RNA，在其5’端接上一段接头，并进行反转录；5）采用与接头序列互补的正向引物以及与反转录产物部分互补的反向引物对反转录产物进行PCR扩增；6）将PCR扩增产物和通用报告探针混入杂交液中与生物芯片杂交；7）洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。本发明专利技术能够高通量的检测小分子RNA介导的靶基因mRNA降解产物，且操作简便，价格低廉，具有高性价比，利于推广。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术特别涉及一种用于核酸降解组检测的通用探针检测方法，属于核酸分子检测

技术介绍
内源性非编码小 RNA (small non-protein-coding RNA, 12_24nt)广泛存在于高等和低等生物体内，通过对靶基因mRNA直接切除或抑制其翻译在转录及转录后水平对基因表达起调节作用。已知的小RNA主要分为两大类:一类是微小RNA (miRNA, microRNA),一类是小干扰 RNA(siRNA, small interfering RNA)。参阅图1,植物 miRNA、siRNA 以及部分动物miRNA、siRNA主要通过与靶基因mRNA进行完全或近乎完全的配对形成沉默复合体RISC (RNA-1nduced silencing complex),从而降解祀基因mRNA并调控其表达,且大量实验数据表明小分子RNA介导的靶基因断裂发生在与mRNA的互补区，主要发生在对应小分子RNA序列5’端的第十、十一位之间。并且。断裂后靶基因mRNA的5’端含有磷酸基团，有利于RNA连接酶的连接。常规的靶基因查找主要采用生物信息学方法在全基因组水平上进行预测和筛选。由本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测核酸降解组的通用探针芯片方法，其特征在于，它包括如下步骤：1）采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA；2）提供检测探针，且至少所述检测探针一端部的部分核酸序列与目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补；3）将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片；4）提取待检测样本RNA，并利用RNA连接酶在其5’端连接一段接头，之后对该待检测样本RNA进行反转录；5）采用至少与所述接头中的部分核酸序列互补的正向引物以及至少与步骤（4）所得反转录产物的部分核酸序列互补的反向引物对所述反转录产物进行PCR扩增，并对PCR扩增产物进行纯化；6）将步骤5）所得PCR...

【技术特征摘要】
1.一种检测核酸降解组的通用探针芯片方法，其特征在于，它包括如下步骤: 1)采用生物信息学方法，预测可能被小分子RNA降解的目标核酸降解组mRNA； 2)提供检测探针，且至少所述检测探针一端部的部分核酸序列与目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补； 3)将所述检测探针固定在生物芯片基质上，形成生物芯片； 4)提取待检测样本RNA，并利用RNA连接酶在其5’端连接一段接头，之后对该待检测样本RNA进行反转录； 5)采用至少与所述接头中的部分核酸序列互补的正向引物以及至少与步骤(4)所得反转录产物的部分核酸序列互补的反向引物对所述反转录产物进行PCR扩增，并对PCR扩增产物进行纯化； 6)将步骤5)所得PCR扩增产物和通用报告探针混入杂交液中与所述生物芯片杂交，其中，所述通用报告探针中至少部分核酸序列至少与所述待检测样本RNA接头中紧邻断裂处的部分核酸序列互补； 7)洗涤杂交后的生物芯片，检测杂交结果。2.根据权利要求1所述的检测核酸降解组的通用探针芯片方法，其特征在于，所述检测探针长度为25-40mer，其中与目标核酸降解组mRNA断裂处的核酸序列互补的核酸序列长度为15-30mer。3.根据权利要求1所述的检测核酸降解组的通用探针芯片方法，其特征在于，该方法中对应于每一目标核酸降解组mRNA设计有一组探针池,每一组探针池包括数个检测探针，其中每个检测探针对应每一目标核酸降解组mRNA的一个可能的断裂位点。4.根据权利要求3所述的检...

【专利技术属性】
技术研发人员：李炯，沈叶，郑克孝，赵转，
申请(专利权)人：中国科学院苏州纳米技术与纳米仿生研究所，
类型：发明
国别省市：