本发明专利技术属于生物学领域，涉及单碱基突变。更具体地，本发明专利技术涉及CYP2C9基因对应于SEQ?ID?NO.2的第146位的突变位点，所述位点由野生型的A突变为G，包含该突变位点的核酸片段、其编码的蛋白质片段及其应用。本发明专利技术还提供了检测所述突变位点的等位基因特异性寡核苷酸、试剂盒和检测方法。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物学领域，涉及单碱基突变。更具体地，本专利技术涉及CYP2C9基因相对于SEQ ID NO.1的第1001位或SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点，包含该突变位点的核酸片段及其相应编码的蛋白质片段。本专利技术还涉及鉴定所述突变位点的试剂和检测方法，以及鉴定该位点在指导用药中的应用。
技术介绍
CYP2C9是细胞色素P450酶大家族CYP2C亚家族中最重要的一员，约占人肝微粒体CYP酶总量的20%。有大约10 16%临床常用药物经由CYP2C9氧化代谢，其中主要包括甲苯磺丁脲、S-华法林、苯妥英、格列吡嗪、格列苯脲、托拉噻咪、氯沙坦、厄贝沙坦和许多非甾体类抗炎药物(如布洛芬、氯诺昔康、双氯芬酸和萘普生)等药物(参见参考文献1-5)。CYP2C9基因具有高度多态性。目前为止，国际上已命名的等位基因共有35种(http://www. cypalleles. k1. se),除去野生型(CYP2C9*1)外，共有34种突变类型可引起CYP2C9蛋白氨基酸组成发生改变，另外还有多种新发现的突变尚未被命名。研究较多且临床意义较大的突变类型主要包括以下10种:CYP2C9*2、*3、*5、*6、*8、*11、*12、*13、*14、*16，其中人种分布最广、研究最多、中国人群研究资料相对最丰富的突变型是CYP2C9*2(430C> T)、CYP2C9*3 (1075A > C)(参见参考文献 6-17,20)。根据目前的临床研究显示，CYP2C9基因的这种多态性是造成CYP2C9酶活性在个体之间极大不同的主要原因，因此在携带不同CYP2C9基因型的个体间可引起药物疗效的极大差异，甚至产生严重的药物毒副作用或治疗不充分。因此，研究CYP2C9基因多态性对药物疗效的影响将对临床合理用药提供重要的科学依据(参见参考文献18、19、21、22)。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供CYP2C9基因的新的单碱基突变位点，包含该突变位点的核酸片段、其编码的蛋白质片段及鉴定该突变位点在用药指导中的应用。本专利技术的第一个方面是提供核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQ IDN0.1的第1001位的突变位点，且是SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是G ;或者所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点，且是SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第146位的核苷酸是G ;或者为上述核酸片段的互补序列。本专利技术的第二个方面是提供与含有对应于SEQ ID NO.1的第1001位或对应于SEQID NO. 2的第146位的突变位点的等位基因片段或其互补序列全部或部分杂交的等位基因特异性寡核苷酸，其中SEQ ID NO.1的第1001位或SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点的核苷酸是G ;所述等位基因片段是SEQID NO.1或SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或其互补序列。本专利技术的第三个方面是提供用于检测和/或分析单碱基突变的试剂盒，所述试剂盒包含本专利技术的核酸片段或等位基因特异性寡核苷酸，或包含SEQ IDN0. 4和/或SEQ IDNO. 5和/或SEQ ID NO. 16所示的序列片段。本专利技术的第四个方面是提供本专利技术的核酸片段或寡核苷酸在检测CYP2C9基因突变中的应用，其中所述核酸片段或寡核苷酸用作探针或引物。本专利技术的第五个方面是提供一种用药指导，包括检测待测样品中CYP2C9基因的对应于SEQ ID NO.1的第1001位或SEQ ID NO. 2的第146位的单碱基突变；根据检测到的突变，调整由CYP2C9代谢的药物的给药量。 本专利技术的第六个方面是提供分析核酸的方法，所述方法包括分析待测样品中的包含对应于SEQ ID NO.1的序列的核酸中对应于第1001位的核苷酸，或分析待测样品中的包含对应于SEQ ID NO. 2的序列的核酸中对应于第146位的核苷酸。本专利技术的第七个方面是提供CYP2C9蛋白或其片段或变异体，所述蛋白序列为SEQID NO. 3所示的序列；所述片段或变异体包含对应于SEQ ID NO. 3的第49位的甘氨酸，并且为SEQ ID NO. 3所示的氨基酸序列的至少10个连续氨基酸。本专利技术提供了包含新的单碱基突变的CYP2C9基因和编码序列。该基因在对应于SEQ ID NO. 2的第146位核苷酸由A突变为G(146A>G)，从而引起其编码的氨基酸由天冬氨酸突变为甘氨酸，即对应于SEQ ID NO. 3的第49位的甘氨酸。该突变的CYP2C9蛋白(命名为D49G)对药物代谢活性下降。该单碱基突变对携带此突变位点的个体的用药具有指导意义。附图说明图1是本专利技术的SEQ ID `NO.1的第1001位核苷酸测序图谱。具体实施例方式通过下述具体实施方式说明本专利技术，但本
技术实现思路
不限于此。如无其它说明，本专利技术的“核酸片段”由核苷酸或其类似物组成，可以是DNA、RNA或其类似物的片段；可以是单链或双链；可以是天然的(如基因组的)或合成的。本专利技术中，“突变”指在检测的基因，即CYP2C9基因中存在与野生型CYP2C9基因序列不同的核苷酸位点。“突变位点”指碱基发生突变的位置。在本专利技术中，所述突变位点是对应于SEQ ID NO.1所示序列的第1001位或SEQ ID NO. 2所示序列中的第146位。在本专利技术中，“等位基因特异性”指特异地与等位基因杂交，如在严谨条件下进行杂交，使得鉴定对应于SEQ ID NO.1所示序列的第1001位或SEQ IDN0. 2所示序列的第146位核苷酸为G。本
技术实现思路
涉及CYP2C9基因的非同义突变。由于该突变位点位于基因的编码序列中，因此，本领域技术人员可知，所述突变位点既可以在基因组DNA中表现，也可以在编码序列(即CDS，对应于mRNA序列)中表现。本领域技术人员根据待检测样品，可以在基因组DNA或mRNA水平上对该突变位点进行检测。本申请中，SEQ ID NO.1是以本申请的突变位点为中心、前后各Ikb的基因组DNA序列，即SEQ ID NO.1的第1001位是本专利技术涉及的突变位点。SEQ ID NO. 2是具有所述突变位点的CYP2C9基因的编码序列，其中第146位是本专利技术涉及的突变位点。本领域技术人员可知，在本文中，对应于SEQID NO. 2的第146位位点和对应于SEQ ID NO.1的第1001位位点同义互用。本专利技术中，核苷酸和氨基酸的缩写采用本领域公知的缩写方式，如核苷酸中A表示腺嘌呤，G表示鸟嘌呤，C表示胞嘧啶，T表示胸腺嘧啶。氨基酸中，A表示丙氨酸，R表示精氨酸，N表示天冬酰胺，D表示天冬氨酸，C表示半胱氨酸，Q表示谷氨酰胺，E表示谷氨酸，G表示甘氨酸，H表示组氨酸，I表示异亮氨酸，L表示亮氨酸，K表示赖氨酸，M表示蛋氨酸，F表不苯丙氨酸,P表不脯氨酸，S表不丝氨酸,T表不苏氨酸，W表不色氨酸，Y表不酪氨酸，V表示缬氨酸。本专利技术的内容是基于CYP2C9基因的新的单碱基突变位点。所述突变位点是位于CYP2C9基因的编码区内，对应于SEQ ID NO. 2的第146位，该位点由野生型的A突变为G本文档来自技高网...
【技术保护点】
核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQ?ID?NO.1的第1001位的突变位点，且是SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是G；或者所述核酸片段包含对应于SEQ?ID?NO.2的第146位的突变位点，且是SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第146位的核苷酸是G；或者为所述核酸片段的互补序列。
【技术特征摘要】
1.核酸片段，所述核酸片段包含对应于SEQID NO.1的第1001位的突变位点，且是SEQID NO.1所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第1001位的核苷酸是G ;或者所述核酸片段包含对应于SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点，且是SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸，其中第146位的核苷酸是G ;或者为所述核酸片段的互补序列。2.根据权利要求1所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的长度是10-100、100-200,200-500或500-1000个核苷酸；优选地，所述核酸片段的长度是10-20、20_30、30-40,40-50,50-60,60-100或100-300个核苷酸；进一步优选地，所述核酸片段是SEQ IDNO.1、2、24-31所示的序列。3.等位基因特异性寡核苷酸，所述寡核苷酸与含有对应于SEQID NO.1的第1001位或对应于SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点的等位基因片段或其互补序列全部或部分杂交，其中SEQ ID NO.1的第1001位或SEQ ID NO. 2的第146位的突变位点的核苷酸是G ;所述等位基因片段是SEQ ID NO.1或SEQ ID NO. 2所示的核苷酸序列中的至少10个连续核苷酸或其互补序列。4.根据权利要求3所述的等位基因特异性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是探针或引物；优选地，当所述寡核苷酸是探针时，所述寡核苷酸的长度是5-100个核苷酸；当所述寡核苷酸是引物时，所述寡核苷酸的长度是15-40个核苷酸；优选地，当所述寡核苷酸是探针时，所述突变位点位于探针序列的中心或大约中心处；当所述寡核苷酸是引物时，所述突变位点位于引物的3’末端。5.根据权利要求4所示的等位基因特异性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是如SEQ ...
【专利技术属性】
技术研发人员：胡国新，蔡剑平，戴大鹏，徐仁爱，杨丽萍，
申请(专利权)人：胡国新，
类型：发明
国别省市：
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