用于结肠直肠癌预后的方法和试剂盒技术

本发明专利技术涉及用于结肠直肠癌预后的方法和试剂盒，尤其是方法，其包含：a)获得外周血样品并从所述血液样品中提取总RNA，b)使所述总RNA与至少一种对至少一种NK细胞基因特异的试剂和不多于25种对25种NK细胞基因特异的试剂接触，c)确定所述至少一种NK细胞基因和最多25种NK细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱，d)用之前临床分类为好的预后的患者的NK细胞基因表达谱和之前分类为差的预后的患者的NK细胞基因表达谱对所述患者的表达谱进行分析，其中-如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为差的预后的患者的表达谱聚类，则确定所述患者具有差的预后，和-如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为好的预后的患者的表达谱聚类，则确定所述患者具有好的预后。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及结肠直肠癌的预后，具体涉及用于这种癌症预后的方法和试剂盒。
技术介绍
结肠直肠癌(CRC)，也被称为结肠癌或大肠癌，在美国是第五最常见的癌症形式，在中国是第四常见癌症而在欧洲是引起癌症相 关死亡的第三主要原因。CRC的早期发现仍然是公共健康的主要挑战。事实上，CRC通常是可治愈的，特别是在早期阶段被诊断时。在不同国家已采取若干筛查策略。常规CRC筛查测试包括粪便隐血测试(F0BT)、乙状结肠镜检、结肠镜检、气钡双重造影或直肠指检。它们都具有优点和局限性，但依从性仍低于预期，主要是由于后勤(logistics)或患者的不适。数年来，寻找用于早期检测CRC的血液标记物成为焦点，特别是因为其便利性。同时，非常少量的研究支持了基于血液的测试的可行性，其表明血液中的基因生物标记物可区分CRC患者与对照。这些研究基于流式细胞术，其为计数并检验微观颗粒例如细胞的技术(通过将它们悬浮于液体流并使其通过电子检测装置)。本专利技术人已发现，差异表达基因主要与免疫细胞活化和运输相关。特别地，他们证明天然杀伤细胞(NK细胞)代表外周血样品中重要的生物标记物。他们没有使用经典的流式细胞技术，而是在全血中确定差异表达基因。通过在全血中分析转录本确定基因表达水平是不常见的，因为本领域技术人员普遍承认当稀释于复杂的RNA混合物(总RNA)中时，在没有特异性纯化步骤的情况下获取特定信息是困难的。本方法的优点是其还避免了纯化RNA的步骤。因此，本专利技术涉及用于在来自患者的外周血样品中确定结肠直肠癌预后的方法，所述方法包括a)获得所述外周血样品并从所述血液样品提取总RNA，b)使所述总RNA与至少一种对至少一种NK细胞基因特异的试剂和不多于25种对25种NK细胞基因特异的试剂接触，c)确定所述至少一种NK细胞基因和至多25种NK细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱，d)用之前临床分类为好的预后的患者的NK细胞基因表达谱和之前分类为差的预后的患者的NK细胞基因表达谱对所述患者的表达谱进行分析,其中-如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为差的预后的患者的表达谱聚类(cluster),则确定所述患者具有差的预后,和-如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为好的预后的患者的表达谱聚类，则确定所述患者具有好的预后。具体地，在上述步骤b)中，使总RNA与至少一种对至少一种NK细胞基因特异的试剂和不多于25种对25种NK细胞基因特异的试剂接触，所述NK细胞基因包括SEQ IDNO: 1-12所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对选自以下的至少一种NK细胞基因特巳升:(i)KLRBl基因，其包含例如SEQ ID NO:1所示的全长序列，(ii)KLRC2基因，其包含例如SEQ ID NO:2、3或4所示的全长序列，(iii)KLRC3基因，其包含例如SEQ ID NO:5、6或7所示的全长序列，(iv)KLRDl基因，其包含例如SEQ ID N0:8、9、10、ll或12所示的全长序列，和(V)KLRKl基因，其包含例如SEQ ID NO: 13所示的全长序列，和在步骤c)中确定所述至少一种NK细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱。 如在实验数据中所详述的，至少一种上述基因的表达水平对预测CRC风险是足够的信息。在一个实施方案中，在步骤b)中使所述总RNA与对至少5种NK细胞基因和不多于25种NK细胞基因的组合特异的试剂接触，其中所述试剂至少包括对以下的NK细胞基因特异的试剂(i)KLRBl基因，其包含例如SEQ ID NO:1所示的全长序列，(ii)KLRC2基因，其包含例如SEQ ID NO:2、3或4所示的全长序列，(iii)KLRC3基因，其包含例如SEQ ID N0:5、6或I所示的全长序列，(iv)KLRDl基因，其包含例如SEQ ID N0:8、9、10、ll或12所示的全长序列，和(V)KLRKl，其包含例如SEQ ID NO: 13所示的全长序列，在步骤c)中确定至少所述4种NK细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱。另外,在步骤b)中,可使所述总RNA与至少一种对至少一种祀细胞基因特异的试剂和不多于5种对5种靶细胞基因特异的试剂接触，所述靶细胞基因包括SEQ ID NO: 12-24所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对至少一种选自以下的靶细胞基因特异(i)GZMB基因，其包含例如SEQ ID NO: 14、15、16或17所示的全长序列，(ii)CD247基因，其包含例如SEQ ID NO: 18、19或20所示的全长序列，(iii)RRAS2基因，其包含例如SEQ ID NO:21或22所示的全长序列，和(iv)SH2DlB基因，其包含例如SEQ ID NO: 23或24所示的全长序列，和(V) LCK基因，其包含例如SEQ ID NO: 25、26、27、28、29或30所示的全长序列，和在步骤c)中确定所述至少一种靶细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱；而在一个实施方案中，使所述总RNA与对5种靶细胞基因的组合特异的试剂接触，其中所述试剂对以下靶细胞基因特异(i)GZMB基因，其包含例如SEQ ID NO: 14、15、16或17所示的全长序列，(ii)CD247基因，其包含例如SEQ ID NO: 18、19或20所示的全长序列，(iii)RRAS2基因，其包含例如SEQ ID NO:21或22所示的全长序列，和(iv)SH2DlB基因，其包含例如SEQ ID NO: 23或24所示的全长序列，和(V) LCK基因，其包含例如SEQ ID NO: 25、26、27、28、29或30所示的全长序列，和在步骤c)中确定所述至少5种细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱。在另一个实施方案中，在步骤b)中，进一步使所述总RNA与至少一种对至少一种靶细胞基因特异的试剂和不多于100种对100种靶细胞基因特异的试剂接触，所述靶细胞基因包括SEQ ID NO:25-59所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对选自以下的至少一种靶细胞基因特异(i)MRPS6基因，其包含例如SEQ ID NO:31、32或33所示的全长序列，(ii)SPRY4基因，其包含例如SEQ ID NO:34所示的全长序列，(iii)NEATl基因，其包含例如SEQ ID NO:35所示的全长序列，(iv)CYBB基因，其包含例如SEQ ID NO:36所示的全长序列，(v)DUSP2基因，其包含例如SEQ ID NO:37所示的全长序列，(vi)PDEAD基因，其包含例如SEQ ID NO:38或39所示的全长序列，(vii)SH2D2A基因，其包含例如SEQ ID N0:40、41或42所示的全长序列，(viii) INSR基因，其包含例如SEQ ID N0:43或44所示的全长序列， (ix) ITGAM基因，其包含例如SEQ ID NO:45所示的全长序列，(X) VCAN基因，其包含例如SEQ ID N0:46、47、48或49所示的全长序列，(xi)CD163基因，其包含例如SEQ ID NO:50或51所示的全长序列，(xii)P2RY10基因，其包含例如SEQ ID NO:52或53所示的全长序列，(xii)CD226基因，其包本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.方法，其用于在来自患者的外周血样品中确定结肠直肠癌预后，所述方法包括 a)获得所述外周血样品并从所述血液样品中提取总RNA， b)使所述总RNA与至少一种对至少一种NK细胞基因特异的试剂和不多于25种对25种NK细胞基因特异的试剂接触， c)确定所述至少一种NK细胞基因和至多25种NK细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱， d)用之前临床分类为好的预后的患者的NK细胞基因表达谱和之前分类为差的预后的患者的NK细胞基因表达谱对所述患者的表达谱进行分析,其中 -如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为差的预后的患者的表达谱聚类，则确定所述患者具有差的预后，和 -如果所述患者的表达谱与来自之前临床分类为好的预后的患者的表达谱聚类，则确定所述患者具有好的预后。2.权利要求1的方法，其中在步骤b)中使所述总RNA与至少一种对至少一种NK细胞基因特异的试剂和不多于25种对25种NK细胞基因特异的试剂接触，所述NK细胞基因包括SEQ ID NO: 1-12所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对选自以下的至少一种NK细胞基因特异 (i)KLRBl基因，其包含例如SEQID NO:1所示的全长序列， (ii)KLRC2基因，其包含例如SEQID NO:2、3或4所示的全长序列， (iii)KLRC3基因，其包含例如SEQID NO:5、6或7所示的全长序列， (iV)KLRDl基因，其包含例如SEQ ID N0:8、9、10、ll或12所示的全长序列，和 (v)KLRKl基因，其包含例如SEQ ID NO: 13所示的全长序列，和 在步骤c)中确定所述至少一种NK细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。3.权利要求2的方法，其中在步骤b)中使所述总RNA与对至少5种NK细胞基因和不多于25种NK细胞基因的组合特异的试剂接触，其中所述试剂至少包括对以下NK细胞基因特异的试剂 (i)KLRBl基因，其包含例如SEQID NO:1所示的全长序列， (ii)KLRC2基因，其包含例如SEQID NO:2、3或4所示的全长序列， (iii)KLRC3基因，其包含例如SEQID NO:5、6或7所示的全长序列， (iV)KLRDl基因，其包含例如SEQ ID N0:8、9、10、ll或12所示的全长序列，和 (V)KLRKl，其包含例如SEQ ID NO: 13所示的全长序列， 在步骤c)中确定至少所述4种NK细胞基因的表达水平以获得患者的表达谱。4.权利要求3的方法，其中在步骤b)中进一步使所述总RNA与至少一种对至少一种靶细胞基因特异的试剂和不多于5种对5种靶细胞基因特异的试剂接触，所述靶细胞基因包括SEQ ID NO: 12-24所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对选自以下的至少一种靶细胞基因特异 (i)GZMB基因，其包含例如SEQID NO: 14、15、16或17所示的全长序列， (ii)⑶247基因，其包含例如SEQID NO: 18、19或20所示的全长序列， (iii)RRAS2基因，其包含例如SEQID NO:21或22所示的全长序列，和 (iv)SH2DlB基因，其包含例如SEQID NO:23或24所示的全长序列，和(V) LCK基因，其包含例如SEQ ID NO: 25、26、27、28、29或30所示全长序列，和 在步骤c)中确定所述至少一种靶细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。5.权利要求4的方法，其中在步骤b)中使所述总RNA与对5种靶细胞基因的组合特异的试剂接触，其中所述试剂对以下靶细胞基因特异 (i)GZMB基因，其包含例如SEQID NO: 14、15、16或17所示的全长序列， (ii)⑶247基因，其包含例如SEQID NO: 18、19或20所示的全长序列， (iii)RRAS2基因，其包含例如SEQID NO:21或22所示的全长序列，和 (iv)SH2DlB基因，其包含例如SEQID NO:23或24所示的全长序列，和 (V) LCK基因，其包含例如SEQ ID NO: 25、26、27、28、29或30所示的全长序列，和 在步骤c)中确定所述至少5种细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。6.权利要求5的方法，其中在步骤b)中进一步使所述总RNA与至少一种对至少一种靶细胞基因特异的试剂和不多于100种对100种靶细胞基因特异的试剂接触，所述靶细胞基因包括SEQ ID NO:25-59所示的核酸序列，其中所述至少一种试剂对选自以下的至少一种靶细胞基因特异 (i)MRPS6基因，其包含例如SEQID NO:31、32或33所示的全长序列， (ii)SPRY4基因，其包含例如SEQID NO:34所示的全长序列， (iii)NEATl基因，其包含例如SEQID NO:35所示的全长序列， (iv)CYBB基因，其包含例如SEQID NO:36所示的全长序列， (v)DUSP2基因，其包含例如SEQID NO:37所示的全长序列， (Vi)TOEAD基因，其包含例如SEQ ID NO:38或39所示的全长序列， (vii)SH2D2A基因，其包含例如SEQID N0:40、41或42所示的全长序列， (viii)INSR基因，其包含例如SEQ ID NO:43或44所示的全长序列， (ix)ITGAM基因，其包含例如SEQ ID NO:45所示的全长序列， (X) VCAN基因，其包含例如SEQ ID N0:46、47、48或49所示的全长序列， (xi)⑶163基因，其包含例如SEQID NO:50或51所示的全长序列， (xii)P2RY10基因，其包含例如SEQID NO:52或53所示的全长序列， (xii)CD226基因，其包含例如SEQ ID NO:54所示的全长序列， (Xiii)MRPLlO基因，其包含例如SEQ ID NO:55或56所示的全长序列， (xiv) ITPRIPL2基因，其包含例如SEQ ID NO:57所示的全长序列， (XV)⑶2基因，其包含例如SEQ ID NO:58所示的全长序列，和 (xvi)NUDT16基因，其包含例如SEQ ID NO:59所示的全长序列，和 在步骤c)中确定所述至少一种靶细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。7.权利要求6的方法，其中在骤b)中使所述总RNA与对至少17种靶细胞基因和不多于100种靶细胞基因的组合特异的试剂接触，其中所述试剂至少包括对以下靶细胞基因特异的试剂 (i)MRPS6基因，其包含例如SEQID NO:31、32或33所示的全长序列， (ii)SPRY4基因，其包含例如SEQID NO:34所示的全长序列， (iii)NEATl基因，其包含例如SEQID NO:35所示的全长序列， (iv)CYBB基因，其包含例如SEQID NO:36所示的全长序列，(v)DUSP2基因，其包含例如SEQ ID NO:37所示的全长序列， (Vi)TOEAD基因，其包含例如SEQ ID NO:38或39所示的全长序列， (vii)SH2D2A基因，其包含例如SEQID N0:40、41或42所示的全长序列， (viii)INSR基因，其包含例如SEQ ID N0:43或44所示的全长序列， (ix)ITGAM基因，其包含例如SEQ ID N0:45所示的全长序列， (X) VCAN基因，其包含例如SEQ ID N0:46、47、48或49所示的全长序列， (xi)⑶163基因，其包含例如SEQID NO:50或51所示的全长序列， (xii)P2RY10基因，其包含例如SEQID NO:52或53所示的全长序列， (xii)CD226基因，其包含例如SEQ ID NO:54所示的全长序列， (Xiii)MRPLlO基因，其包含例如SEQ ID NO:55或56所示的全长序列， (xiv) ITPRIPL2基因，其包含例如SEQ ID NO:57所示的全长序列， (XV)⑶2基因，其包含例如SEQ ID NO:58所示的全长序列，和 (xvi)NUDT16基因，其包含例如SEQ ID NO:59所示的全长序列，和 在步骤c)中确定所述至少17种靶细胞基因的表达水平以获得所述患者的表达谱。8.前述权利要求中任一项的方法，其中步骤b)中所述的至少一种特异性试剂包括至少一种杂交探针。9.权利要求8的方法，其中...

【专利技术属性】
技术研发人员：叶迅，吴非，徐清华，刘芳，孟夏，B·穆然，
申请(专利权)人：生物梅里埃公司，
类型：
国别省市：