本发明专利技术属于生物技术领域，涉及一种用于KIT信号相关基因检测的QPCR芯片。一种KIT信号相关基因QPCR芯片，其特征在于：所述芯片以Akt1、Bcl2、Cbl、Ccnd3、Ccnd3-ps、Csf1、Crk、Ecm1、Fes、Fyn、Grb7、Hras1、Jak1、Kitl、Lyn、Map2k、Matk、Myb、Nr0b2、Ntrk1、Pdgfa、Pik3ca、Ppp1r13b、Prkcc、Raf1、Sh2b2、Shc1、Snai2、Soat1、Stat1、Zhx2基因为检测位点，以Actb为内参。本发明专利技术针对现有技术的缺陷及KIT信号研究的实际需求提供一种KIT信号相关基因QPCR芯片，该KIT信号相关基因QPCR芯片可以用于检测KIT信号相关基因表达丰度的变化，还可以根据不同信号通路的要求对个别基因加以修改，具有一定的灵活性，解决了现有的基因芯片针对性差、通量高而价格昂贵的技术缺陷。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物
，涉及一种用于KIT信号相关基因检测的QPCR芯片。
技术介绍
人KIT原癌基因起源于HZ4猫肉瘤病毒，位于人染色体4ql2，在4号染色体长臂中心体周围区域，是白色斑点显性基因的等位基因。在小鼠中该基因位于第5号染色体距着丝粒约42cM处。人类KIT基因组DNA全长大约891Λ，包括21个外显子。KIT基因编码的蛋白质被称为KIT或c-kit受体，是一个分子量为145kD的I型跨膜性糖蛋白，属于III 型蛋白酪氨酸激酶受体超家族成员，分布于细胞膜表面。其结构类似于巨噬细胞集落刺激因子和血小板源生长因子受体，由胞外结构域、单一跨膜区及胞内酪氨酸激酶区域三部分组成。胞外区包含5个免疫球蛋白样结构域，开始的3个是SCF(干细胞因子)结合区，第 4、5个结构域在稳定SCF及诱导KIT受体二聚化方面起重要作用。Broudy等研究发现第5 个结构域还与KIT受体从细胞膜上的溶蛋白性裂解有关。胞内部分则包含了由ATP结合区和磷酸转移酶区组成的具有酪氨酸激酶活性的结构域。其配体为肥大细胞生长因子、干细胞生长因子、steel因子等，以分泌型和膜结合型两种方式与KIT受体结合。分泌型可使 KIT受体激活、内化、降解；膜结合型则能维持KIT受体较长的激活状态。KIT受体与配体特异性结合可触发其同源二聚化和细胞膜内酪氨酸残基的磷酸化，产生停泊位点，捕获含SH2 结构域的信号分子，还能直接激活蛋白激酶C、MAP激酶、Racl.JNK, Raf-I、JAK2等，通过多种信号因子的参与将细胞外的信号转导到细胞内部，引发某些基因的特异性表达。SCF/KIT 共同参与多种细胞信号的转导，如Jak/STAT信号途径、PII途径、Src家族激酶途径、Ras/ Raf/MEK/ERK信号途径等，是各种底物激酶的酪氨酸磷酸化和丝/苏氨酸激酶磷酸化的整合步骤，并且存在着多种信号转导途径之间的交互作用(cross-talking)，从而精确地调控细胞的增殖和分化。Kit基因突变不仅仅影响黑素细胞的迁徙与分化而导致斑驳病的产生， 也会影响原始生殖细胞的发育而导致不孕不育，以及影响造血细胞生成而导致贫血及肥大细胞缺乏等，严重的Kit基因突变还会导致纯合致死，同时，Kit基因是一个重要的原癌基因，Kit基因高表达会导致粒细胞白血病、精原细胞瘤及消化系统间质肿瘤。SCF/KIT共同参与的多种细胞信号转导与上述病变密切相关，这些疾病病理发育过程中相关信号过程的变化是近年来kit信号转导研究中的热点问题。QPCR(Real-Time Quantitative PCR)在基因表达水平、病原体及产前诊断等方面得到广泛运用。其原理是在PCR指数扩增期间通过连续监测荧光信号强弱的变化即时测定特异性产物的量，并据此推断目的基因的初始量，常用的两种方法为STOR Green (荧光染料掺入法)和iTaqman probe (探针法)。SYBR Green荧光染料特异性地掺入DNA双链后，发射荧光信号。荧光染料的优势在于它能监测任何dsDNA序列的扩增，不需要探针的设计，使检测方法变得简便，同时也降低了检测的成本。然而正是由于荧光染料能和任何dsDNA结合，因此它也能与非特异的dsDNA(如引物二聚体)结合，使实验容易产生假阳性信号。引物二聚体的问题目前可以用带有熔解曲线(melting curve)分析的软件加以解决。相关论文最早发表于1996年，随后在实验方法、仪器设备上进行了一系列改善，已经在科研和临床诊断领域得到了越来越广泛的应用。近年来，对于荧光定量PCR的要求越来越规范化。从 RNA的提取一RNA完整性和纯度的鉴定一逆转录一反应体系的优化一最后的数据分析都有一套严格的标准，从而增加了荧光定量PCR结果的可靠程度，也使实验的可重复性得到提高。QPCR芯片是在仪器设备更新的基础上发展起来的，将近百个或数百个QPCR反应设计在一块板子上同时进行扩增，以检测相关基因的表达丰度。基因芯片是“高通量”现代生物技术的标志，其原理是基于核酸分子杂交，用荧光染料标记样本DNA或cDNA，与基因芯片杂交，经激光共聚焦荧光显微镜检出杂交信号，通过计算机处理、分析，得到所需信息。突出特点在于高通量、微型化和自动化。但它存在三个方面的缺点1、费用高；2、难以检测低丰度表达的基因；3、偏重高通量(一次检测上万个甚至几万个基因)，缺少针对如皮肤、海马组织或某种肿瘤等特定组织类型的表达“芯片”。与基因芯片相比，QPCR芯片的通量显著减低，一次至多检测96个或384个基因， 基本相当于基因芯片通量的1%，但是QPCR芯片的扩增对象经过仔细选择，是某一组织或病变类型高度相关的基因，更便于数据的分析处理，检测基因还可以随研究需要加以改动， 便于操作，而且价格低廉。基因芯片和QPCR芯片的原理不同，但对于基因表达谱而言，他们的检测对象(mRNA或cDNA)到实验结果(表达丰度)，QPCR芯片与基因芯片都高度一致，许多研究者都把这两种方法作为互相印证的手段，而对于几十个甚至几百个基因的表达丰度检测，QPCR技术完全可以取代基因芯片。计算机预测是将基因表达水平的数据与分子信号过程进行联系的关键步骤，广泛运用的软件是I^attiwa於tudio。根据基因表达量的变化，计算机结合已知信号通路的信息，将“宏观表型”与分子信号过程结合。由于这一软件预测的基础是已知信号过程，并不能预测新的未知信号过程，所以对基因芯片的海量数据的利用率有限。而在QPCR芯片的设计过程中，研究者依据已知的信号过程选择检测对象，尽管选择的基因总数不多，但可能都是预测软件的参考基因，同样会得到较好的结果。也就是说， 被检测基因的“质量”而不是基因信息的通量才是信号通路预测的关键。
技术实现思路
本专利技术针对现有技术的缺陷及KIT信号研究的实际需求提供一种KIT信号相关基因QPCR芯片，该KIT信号相关基因QPCR芯片可以用于检测KIT信号相关基因表达丰度的变化，还可以根据不同信号通路的要求对个别基因加以修改，具有一定的灵活性，解决了现有的基因芯片针对性差、通量高而价格昂贵的技术缺陷。本专利技术的上述技术问题是通过以下技术方案得以实施的一种KIT信号相关基因QPCR芯片，其特征在于所述芯片以Aktl、Bcl2、Cbl、 Ccnd3、Ccnd3_ps、Csf1、Crk、Ecml、Fes、Fyn、Grb7、Hrasl、Jakl、Kitl、Lyn、Map2k、Matk、Myb、 NrOb2> Ntrkl、Pdgfa、Pik3ca> Ppplrl3b、Prkcc> RafU Sh2b2、Shcl、Snai2> SoatU StatU 3^2基因为检测位点，以Actb为内参，以以下32个基因的上游引物和下游引物为基础检测特定基因的表达水平权利要求1. 一种KIT信号相关基因QPCR芯片，其特征在于所述芯片以Aktl、Bcl2、Cbl、 Ccnd3、Ccnd3-ps、Csfl、Crk、Ecml、Fes、Fyn、Grb7、Hrasl、Jakl、Kitl、Lyn、Map2k、Matk、Myb、 NrOb2> Ntrkl、Pdgfa、Pik3ca> Ppplrl3b、Prkcc> Ra本文档来自技高网...
【技术保护点】
１．一种ＫＩＴ信号相关基因ＱＰＣＲ芯片，其特征在于：所述芯片以Ａｋｔ１、Ｂｃｌ２、Ｃｂｌ 、Ｃｃｎｄ３、Ｃｃｎｄ３－ｐｓ、Ｃｓｆ１、Ｃｒｋ、Ｅｃｍ１、Ｆｅｓ、Ｆｙｎ、Ｇｒｂ７、Ｈｒａｓ１、Ｊａｋ１、Ｋｉｔｌ、Ｌｙｎ、Ｍａｐ２ｋ、Ｍａｔｋ、Ｍｙｂ、Ｎｒ０ｂ２、Ｎｔｒｋ１、Ｐｄｇｆａ、Ｐｉｋ３ｃａ、Ｐｐｐ１ｒ１３ｂ、Ｐｒｋｃｃ、Ｒａｆ１、Ｓｈ２ｂ２、Ｓｈｃ１、Ｓｎａｉ２、Ｓｏａｔ１、Ｓｔａｔ１、Ｚｈｘ２基因为检测位点，以Ａｃｔｂ为内参，以以下３２个基因的上游引物和下游引物为基础检测特定基因的表达水平：基因名称上游引物下游引物ＡｃｔｂＦ：?ＡＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＴＣＡＴＧＴＴＴＧＡＧＡＲ：?ＡＧＡＴＧＡＣＣＣＡＧＡＴＣＡＴＧＴＴＴＧＡＧＡ Ａｋｔ１ Ｆ：ＴＧＡＧＧＡＧＣＧＧＧＡＡＧＡＡＴＧＧ ?Ｒ：ＧＧＴＧＡＧＣＣＴＧＡＴＣＧＧＡＡＧＴＣＢｃｌ２ Ｆ：?ＧＡＧＧＣＴＧＧＧＡＴＧＣＣＴＴＴＧＴ ?Ｒ：ＣＣＡＧＧＴＡＴＧＣＡＣＣＣＡＧＡＧＴＧＡＣｂｌＦ：?ＧＡＧＣＧＣＣＧＧＣＧＧＴＧＧＴＴＧＣ ?Ｒ：ＧＧＡＡＴＧＧＡＧＣＣＧＧＧＣＧＡＧＡＡＧＧＡ ?Ｃｃｎｄ３ Ｆ：?ＴＧＣＧＴＧＣＡＡＡＡＧＧＡＧＡＴＣＡＡ Ｒ：?ＣＡＣＡＣＡＣＣＴＣＣＡＧＣＡＴＣＣＡＧＴＡＣｃｎｄ３－ｐｓＦ：?ＣＣＴＧＴＣＴＣＴＧＣＣＣＡＧＴＧＧＴＴ Ｒ：?ＣＣＡＡＡＡＡＧＴＣＴＧＧＧＣＡＴＧＣＴ ?ＣｒｋＦ：ＣＣＡＡＣＣＣＡＧＣＧＴＣＡＡＣＡＣＴ ?Ｒ：ＧＣＴＣＡＣＣＧＡＣＣＴＣＣＡＡＡＧＣ ?Ｃｓｆ１Ｆ：?ＧＣＡＧＣＡＧＴＴＧＡＴＣＧＡＣＡＧＴＣＡ Ｒ：?ＣＧＣＡＴＧＧＴＣＴＣＡＴＣＴＡＴＴＡＴＧＴＣＴＴＧ Ｅｃｍ１Ｆ：?ＴＧＣＣＧＣＡＧＣＧＡＣＡＣＡＡ ?Ｒ：?ＣＡＴＴＧＣＡＴＣＣＴＣＣＣＡＣＡＣＡＡＧＦｅｓＦ：?ＡＧＣＡＡＧＧＡＴＣＣＴＧＡＡＡＣＡＧＴＡＣＡＡ Ｒ：?ＴＧＴＧＣＡＧＡＣＣＣＣＧＡＴＧＡＧＡ ?Ｆｙｎ ?Ｆ：ＣＣＡＴＡＣＣＣＡＧＧＣＡＴＧＡＡＣＡＡＣ ?Ｒ：ＧＴＧＧＧＣＡＧＧＧＣＡＴＣＣＴＡＴＡＧ ? Ｇｒｂ７Ｆ：?ＣＴＧＧＡＴＧＣＡＣＡＡＡＣＡＧＧＣＡＴＡ Ｒ：?ＴＧＣＡＧＧＡＡＧＣＣＣＴＧＧＡＴＣＴＨｒａｓ１Ｆ：?ＣＡＡＧＣＴＧＧＣＧＴＧＧＡＧＧＡＴＲ：?ＣＧＣＡＡＴＴＴＡＴＧＣＴＧＣＣＧＡＡＴＪａｋ１Ｆ：?ＣＣＧＣＡＴＧＡＧＧＴＴＣＴＡＣＴＴＴＡＣＣＡＲ：?ＴＧＴＣＧＣＣＡＴＡＣＡＧＡＣＴＧＴＴＣＧＴＫｉｔｌＦ：?ＧＣＡＣＡＧＴＧＧＣＴＧＧＴＡＡＣＡＧＴＴＣＲ：?ＧＡＡＣＡＧＧＴＡＡＧＧＡＴＧＡＧＧＴＣＴＧＴＣＡＬｙｎＦ：ＣＴＡＣＧＴＧＧＣＣＡＡＧＧＴＣＡＡＣＡ ?Ｒ：ＣＴＧＴＣＧＣＴＣＴＧＣＡＴＣＴＴＴＣＣＴＭａｐ２ｋＦ：?ＡＣＡＧＡＧＡＴＧＴＧＡＡＧＣＣＣＴＣＣＡＡＲ：?ＣＣＣＣＧＡＡＧＴＣＡＣＡＣＡＧＣＴＴＡＡＭａｔｋＦ：?ＧＣＡＧＴＴＴＧＣＴＣＴＴＣＡＴＧＴＴＧＣＴＲ：?ＣＡＡＧＴＣＣＴＣＡＧＡＧＡＣＣＡＧＧＡＴＧＴＭｙｂＦ：?ＣＴＧＡＡＣＣＣＴＧＡＡＣＴＣＡＴＣＡＡＡＧＧＲ：?ＧＡＣＣＡＡＣＧＣＴＴＣＧＧＡＣＣＡＴＡＮｒ０ｂ２Ｆ：?ＧＡＧＣＴＧＧＧＴＣＣＣＡＡＧＧＡＧＴＡＴＲ：ＧＣＡＣＡＴＣＴＧＧＧＴＴＧＡＡＧＡＧＧＡＴＮｔｒｋ１Ｆ：?ＴＣＴＧＧＧＡＧＡＴＣＴＴＣＡＣＣＴＡＴＧＧＡＲ：?ＣＧＡＴＣＧＣＣＴＣＡＧＴＧＴＴＧＧＡＰｄｇｆａＦ：?ＧＴＧＣＧＡＣＣＴＣＣＡＡＣＣＴＧＡＡＲ：ＧＣＴＣＡＴＣＴＣＡＣＣＴＣＡＣＡＴＣＴＧＴＣＴＰｉｋ３ｃａＦ：?ＣＧＡＧＡＴＡＴＡＴＧＡＴＧＣＡＧＣＣＡＴＴＧＲ：?ＡＧＡＴＡＡＡＧＧＴＴＧＣＣＡＣＧＣＡＧＴＡＣＰｐｐ１ｒ１３ｂＦ：?ＴＧＣＴＧＧＡＣＴＴＴＧＧＴＧＴＣＡＡＴＧＲ：?ＧＣＡＡＧＡＧＧＣＡＧＣＡＣＡＡＴＧＣＰｒｋｃｃＦ：ＡＧＣＡＡＣＴＧＧＧＣＡＡＧＴＴＴＡＡＧＧＡＲ：?ＧＡＡＧＡＡＧＡＧＧＣＣＴＡＴＧＧＣＧＡＴＴＲａｆ１Ｆ：?ＡＧＣＴＴＣＣＣＴＡＣＧＣＣＣＡＣＡＴＲ：ＡＣＣＣＡＣＧＧＣＣＴＡＣＣＡＴＧＡＳｅｒｐｉｎａ１ｃＦ：?ＣＴＧＧＡＣＣＡＡＧＡＣＡＣＡＧＴＴＴＴＣＧＲ：?ＧＣＴＴＣＴＴＣＣＡＴＴＴＧＣＣＴＴＴＡＡＡＧＡＳｈ２ｂ２Ｆ：?ＴＣＣＧＣＣＴＧＧＡＧＴＴＣＴＴＣＧＴＲ：?ＧＴＧＴＴＧＴＣＣＴＴＴＴＣＡＧＧＣＡＴＴＴＣＳｈｃ１Ｆ：?ＧＣＣＧＡＣＴＧＣＡＡＡＣＡＧＡＴＣＡＴＴＲ：ＣＣＡＣＣＧＧＡＣＧＣＧＡＡＡＧＳｎａｉ２Ｆ：ＣＡＣＡＣＡＧＴＴＡＴＴＡＴＴＴＣＣＣＣＡＴＡＴＣＴＣＴＲ：ＣＧＡＧＧＴＧＡＧＧＡＴＣＴＣＴＧＧＴＴＴＴＳｏａｔ１Ｆ：?ＡＧＡＡＴＡ...
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：吴宝金，
申请(专利权)人：杭州师范大学，
类型：发明
国别省市：86
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