一种检测海洋环境中细菌群落的基因芯片制造技术

本发明专利技术提供一种检测海洋环境中细菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境中的细菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测。本发明专利技术芯片所使用的探针可以快速、高通量地对海水中的18个门的细菌群落进行检测，最大可以检测55个科的细菌信息，从而为海洋环境细菌群落的监测提供了有力的技术支持，为建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系奠定了坚实的基础。

Gene chip for detecting bacterial community in marine environment

The invention provides a gene chip for detecting bacterial communities in marine environment, can be parallel, fast and high throughput detection in the marine environment bacterial community, make better use of gene chip technology in marine environmental monitoring. The probe used in this invention the chip can fast and high throughput of 18 gates in the seawater bacterial community were detected, the maximum bacterial information detection of 55 families, provides strong technical support for marine environment monitoring and bacterial community, to establish, to lay a solid foundation and improve the near shore waters comprehensive the marine environmental quality assessment system.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子检测
，具体涉及一种检测海洋环境中细菌群落的基因芯片。
技术介绍
海洋环境检测是保护海洋生态环境可持续健康发展的重要环节。海洋环境监测包括化学监测和生物监测。生物监测主要是对海洋环境中的浮游生物、底栖生物、海草、红树植物、珊瑚、大肠杆菌等生物种类组成和数量分布进行监测，目前，缺少对海洋细菌群落的监测。细菌作为一类多样性最高的生命形式，在海洋环境中承担着重要的生态功能(碳循环，氮循环，硫循环，磷循环和金属循环等)。细菌复杂的群落结构、功能、相互作用和动态变化对海洋生态功能的维持有着重要意义。因此，增加对海洋环境各个细菌种类组成和数量分布的监测，将海洋细菌群落结构及多样性纳入海洋质量监测的指标对建立、健全近岸海域海洋环境质量综合评价体系来说十分必要。目前针对海洋大肠杆菌的监测主要是利用传统的分离培养方法。这种监测方法繁琐、耗时、耗力，不适合对多种细菌同时进行监测。亟需发展高通量、高效、便捷的海洋细菌群落监测技术。基因芯片技术是采用原位合成或显微点样技术将大量DNA探针有序地固化于支持物上，然后与标记的样品杂交，通过对杂交信号的检测分析，获得样品的基因序列、基因表达信息等遗传信息。具有高通量、并行性；采用荧光标记，检测的准确性高、检测时间短，可完全实现自动化及快速检测。在芯片制备和结果检测以及信号分析、处理过程中采用计算机控制，分析、检测结果更为客观、准确。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是提供一种检测海洋环境常见细菌群落的基因芯片，即可平行、快速、高通量的检测海洋环境中的细菌群落，使基因芯片技术更好的应用于海洋环境监测，以弥补现有检测技术的不足。本专利技术的基因芯片，包括有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中的Acanthopleuribacteraceae菌、Desulfurobacteriaceae菌、Chlamydiaceae菌、Chlorobiaceae菌、Anaerolineaceae菌、Caldilineaceae菌、Chloroflexaceae菌、Deferribacteraceae菌、Deferribacterales_incertae_sedis菌、Deinococcaceae菌、Thermaceae菌、Trueperaceae菌、Fibrobacteraceae菌、Alicyclobacillaceae菌、Bacillaceae菌、Bacillales(Exiguobacterium-marinum)菌、Clostridiaceae菌、Clostridiales_Incertae Sedis菌、Erysipelotrichaceae菌、Lachnospiraceae菌、Lactobacillaceae菌、Leuconostocaceae菌、Listeriaceae菌、Paenibacillaceae菌、Peptococcaceae菌、Planococcaceae菌、Ruminococcaceae菌、Staphylococcaceae菌、Thermoanaerobacteraceae菌、Veillonellaceae菌、Fusobacteriaceae菌、Gemmatimonadaceae菌、Lentisphaeraceae菌、Victivallaceae菌、phycisphaeraceae菌、Planctomycetaceae菌、Leptospiraceae菌、Spirochaetaceae菌、Acholeplasmataceae菌、Opitutaceae菌、Puniceicoccaceae菌、Verrucomicrobiaceae菌、Bacteriovoracaceae菌、Bdellovibrionaceae菌、Cystobacteraceae菌、Desulfobacteraceae菌、Desulfobulbaceae菌、Desulfovibrionaceae菌、Desulfurellaceae菌、Desulfuromonadaceae菌、Haliangiaceae菌、Myxococcaceae菌、Nannocystaceae菌、Campylobacteraceae菌、Helicobacteraceae菌的探针。共计55个科，18个门。其中用于检测Acanthopleuribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1-3中的任一种或几种；其中用于检测Desulfurobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:4-6中的任一种或几种；其中用于检测Chlamydiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:7-9中的任一种或几种；其中用于检测Chlorobiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:10-12中的任一种或几种；其中用于检测Anaerolineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:13-15中的任一种或几种；其中用于检测Caldilineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:16-20中的任一种或几种；其中用于检测Chloroflexaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:21-23中的任一种或几种；其中用于检测Deferribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:24-26中的任一种或几种；其中用于检测Deferribacterales_incertae_sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:27-29中的任一种或几种；其中用于检测Deinococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:30-31中的任一种或几种；其中用于检测Thermaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:32-34中的任一种或几种；其中用于检测Trueperaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:35-37中的任一种或几种；其中用于检测Fibrobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:38-40中的任一种或几种；其中用于检测Alicyclobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:41-43中的任一种或几种；其中用于检测Bacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:44-46中的任一种或几种；其中用于检测Bacillales(Exiguobacterium-marinum)菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:47-49中的任一种或几种；其中用于检测Clostridiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:50-52中的任一种或几种；其中用于检测Clostridiales_Incertae Sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:53-55中的任一种或几种；其中用于检测Erysipelotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:56-58中的任一种或几种；其中用于检测Lachnospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:59-61本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中的Acanthopleuribacteraceae菌、Desulfurobacteriaceae菌、Chlamydiaceae菌、Chlorobiaceae菌、Anaerolineaceae菌、Caldilineaceae菌、Chloroflexaceae菌、Deferribacteraceae菌、Deferribacteralesincertae sedis菌、Deinococcaceae菌、Thermaceae菌、Trueperaceae菌、Fibrobacteraceae菌、Alicyclobacillaceae菌、Bacillaceae菌、Bacillales(Exiguobacterium‑marinum)菌、Clostridiaceae菌、Clostridiales_Incertae Sedis菌、Erysipelotrichaceae菌、Lachnospiraceae菌、Lactobacillaceae菌、Leuconostocaceae菌、Listeriaceae菌、Paenibacillaceae菌、Peptococcaceae菌、Planococcaceae菌、Ruminococcaceae菌、Staphylococcaceae菌、Thermoanaerobacteraceae菌、Veillonellaceae菌、Fusobacteriaceae菌、Gemmatimonadaceae菌、Lentisphaeraceae菌、Victivallaceae菌、phycisphaeraceae菌、Planctomycetaceae菌、Leptospiraceae菌、Spirochaetaceae菌、Acholeplasmataceae菌、Opitutaceae菌、Puniceicoccaceae菌、Verrucomicrobiaceae菌、Bacteriovoracaceae菌、Bdellovibrionaceae菌、Cystobacteraceae菌、Desulfobacteraceae菌、Desulfobulbaceae菌、Desulfovibrionaceae菌、Desulfurellaceae菌、Desulfuromonadaceae菌、Haliangiaceae菌、Myxococcaceae菌、Nannocystaceae菌、Campylobacteraceae菌、Helicobacteraceae菌的探针；其中用于检测Acanthopleuribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1‑3中的任一种或几种；用于检测Desulfurobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:4‑6中的任一种或几种；用于检测Chlamydiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:7‑9中的任一种或几种；用于检测Chlorobiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:10‑12中的任一种或几种；用于检测Anaerolineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:13‑15中的任一种或几种；用于检测Caldilineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:16‑20中的任一种或几种；用于检测Chloroflexaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:21‑23中的任一种或几种；用于检测Deferribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:24‑26中的任一种或几种；用于检测Deferribacterales incertae sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:27‑29中的任一种或几种；用于检测Deinococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:30‑31中的任一种或几种；用于检测Thermaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:32‑34中的任一种或几种；用于检测Trueperaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:35‑37中的任一种或几种；用于检测Fibrobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:38‑40中的任一种或几种；用于检测Alicyclobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:41‑43中的任一种或几种；用于检测Bacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:44‑46中的任一种或几种；用于检测Bacillales(Exiguobacterium‑marinum)菌的核酸探针，其...

【技术特征摘要】
1.一种基因芯片，其特征在于，所述的基因芯片包含有芯片载体，以及固定在芯片载体上的，用于检测海水中的Acanthopleuribacteraceae菌、Desulfurobacteriaceae菌、Chlamydiaceae菌、Chlorobiaceae菌、Anaerolineaceae菌、Caldilineaceae菌、Chloroflexaceae菌、Deferribacteraceae菌、Deferribacteralesincertae sedis菌、Deinococcaceae菌、Thermaceae菌、Trueperaceae菌、Fibrobacteraceae菌、Alicyclobacillaceae菌、Bacillaceae菌、Bacillales(Exiguobacterium-marinum)菌、Clostridiaceae菌、Clostridiales_Incertae Sedis菌、Erysipelotrichaceae菌、Lachnospiraceae菌、Lactobacillaceae菌、Leuconostocaceae菌、Listeriaceae菌、Paenibacillaceae菌、Peptococcaceae菌、Planococcaceae菌、Ruminococcaceae菌、Staphylococcaceae菌、Thermoanaerobacteraceae菌、Veillonellaceae菌、Fusobacteriaceae菌、Gemmatimonadaceae菌、Lentisphaeraceae菌、Victivallaceae菌、phycisphaeraceae菌、Planctomycetaceae菌、Leptospiraceae菌、Spirochaetaceae菌、Acholeplasmataceae菌、Opitutaceae菌、Puniceicoccaceae菌、Verrucomicrobiaceae菌、Bacteriovoracaceae菌、Bdellovibrionaceae菌、Cystobacteraceae菌、Desulfobacteraceae菌、Desulfobulbaceae菌、Desulfovibrionaceae菌、Desulfurellaceae菌、Desulfuromonadaceae菌、Haliangiaceae菌、Myxococcaceae菌、Nannocystaceae菌、Campylobacteraceae菌、Helicobacteraceae菌的探针；其中用于检测Acanthopleuribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:1-3中的任一种或几种；用于检测Desulfurobacteriaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:4-6中的任一种或几种；用于检测Chlamydiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:7-9中的任一种或几种；用于检测Chlorobiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:10-12中的任一种或几种；用于检测Anaerolineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:13-15中的任一种或几种；用于检测Caldilineaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:16-20中的任一种或几种；用于检测Chloroflexaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:21-23中的任一种或几种；用于检测Deferribacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:24-26中的任一种或几种；用于检测Deferribacterales incertae sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:27-29中的任一种或几种；用于检测Deinococcaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:30-31中的任一种或几种；用于检测Thermaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:32-34中的任一种或几种；用于检测Trueperaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:35-37中的任一种或几种；用于检测Fibrobacteraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:38-40中的任一种或几种；用于检测Alicyclobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:41-43中的任一种或几种；用于检测Bacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:44-46中的任一种或几种；用于检测Bacillales(Exiguobacterium-marinum)菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:47-49中的任一种或几种；用于检测Clostridiaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:50-52中的任一种或几种；用于检测Clostridiales_Incertae Sedis菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:53-55中的任一种或几种；用于检测Erysipelotrichaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:56-58中的任一种或几种；用于检测Lachnospiraceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO:59-61中的任一种或几种；用于检测Lactobacillaceae菌的核酸探针，其核苷酸序列为SEQ ID NO...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵维，王敬敬，黄志勇，
申请(专利权)人：中国科学院天津工业生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：天津;12