强直性脊柱炎易感性检测方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种检测强直性脊柱炎易感性的方法，它包括检测该个体的ＴＡＰ１基因或转录本，并与正常的ＴＡＰ１基因或转录本相比较，同时检测该个体的ＬＭＰ２基因或转录本，并与正常的ＬＭＰ２基因或转录本相比较；其中，存在差异就表明该个体患强直性脊柱炎的可能性高于正常人群。本发明专利技术还公开了相应的检测试剂盒。

Method and kit for detecting susceptibility to ankylosing spondylitis

The invention discloses a method for detecting the susceptibility of ankylosing spondylitis, which includes the detection of TAP1 gene transcripts or the individual, and the normal TAP1 gene or transcript compared to the simultaneous detection of LMP2 gene or transcript of the individual, and with normal LMP2 genes or transcripts which are compared; the difference is that the individuals suffering from ankylosing spondylitis the possibility of higher than that of normal people. The invention also discloses a corresponding detection kit.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学和医学领域。更具体地涉及抗原肽转运蛋白1 (Transporter of Antigen P印tides 1 ， TAP1)和低分子量多肽2 (lowmolecular mass polyp印tide-2 ， LMP2)的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism, SNP)及其与强直性脊柱炎的相关性。本专利技术还涉及检测这些SNP的方法和试剂盒。
技术介绍
强直性脊柱炎又名别赫捷列夫氏(VonBechterev)病或马-施二氏(Maritstrumpell)病，是一种慢性、进行性，中轴关节受累的慢性炎症性疾病。主要影响骨盆的骶髂关节、脊柱关节和椎旁组织。主要症状为下腰痛、脊椎僵硬及运动范围受限、X线显示两侧骶髂关节炎(sacroilitis)为其特征。由于该病一般先侵犯骶髂关节，并重点累及脊柱，最终导致脊柱骨性强直，故目前国内外多称之为强直性脊柱炎(Ankglosing Spondytitis， AS)。强直性脊柱炎有明显的种族性，在不同民族中发病率的差异很大。印第安人发病率最高，北美印第安人发病率为2.7%~6.3%。其次为白种人，白种人中发病率为0.1% 1.4%。黄种人低于白种人,我国约为0.3%。而黑人发病率最低，约为白人的1/4,在非洲仅为0.2%。强直性脊柱炎好发于20至40岁的成年人，尤其是20 30岁的青年男性。强直性脊柱炎呈常染色体显性遗传,有明显的家族遗传倾向，遗传因素〉90%。据调査，强直性脊柱炎病人亲属发病率比一般人高一倍左右，同胞复发风险比为82。 90n/。以上的AS病人具有HLA-B27阳性,在正常人群中阳性率为8。/。；子女HLA-B27阳性占50。/。，发生强直性脊柱炎的占25%。目前基本上已有定论，HLA-B27作为独立的致病基因在AS的发病中起作用。因为在HLA-B27阳性个体中只有iyo 5。/。发展成为AS，提示还有其他基因参与AS的发病。近年来，单核苷酸多态性(SNP)和单倍型(haplotype)概念在多基因疾病研究中的广泛运用，为在分子水平上研究强直性脊柱炎的发生和发展的机制开辟了全新的思路。同时，高通量、低成本的SNP检测手段的不断出现也为SNP大规模快速分型提供了可能。SNP的存在与否以及等位基因频率存在人种及地域的差异，这就提示多基因疾病遗传异质性的存在，即同一疾病或性状在不同的人群中可能是不同的遗传因素造成的。另外，不同人群中SNP及其单倍型的类型和频率存在的这种差异可能与不同人群对药物及环境因素的反应性不同密切相关。强直性脊柱炎作为一种遗传因素起较大作用的疾病，寻找其相关基因进而阐明强直性脊柱炎发病的遗传机制已经成为目前研究的热点。虽然已有许多关于各种基因多态性与强直性脊柱炎的研究，但没有证实TAP1基因与强直性脊柱炎相关性的报道，更没有证实本专利技术所述的TAP1基因SNP与强直性脊柱炎相关性的报道。综上所述，为了尽早诊断强直性脊柱炎，本领域迫切需要寻找强直性脊柱炎易感基因，并开发检测强直性脊柱炎的方法和试剂盒。
技术实现思路
本专利技术的目的就是提供一种辅助诊断(尤其是早期诊断)强直性脊柱炎的方法及检测试剂盒。本专利技术的另一目的是提供一种新的治疗强直性脊柱炎的方法。在本专利技术的第一方面，提供了一种体外检测样品是否存在抗原肽转运蛋白l(TAPl)的单核苷酸多态性的方法，包括步骤(a) 用TAPl基因特异性引物扩增样品的TAPl基因，得到第一扩增产物，以及用LMP2基因特异性引物扩增样品的LMP2基因，得到第二扩增产物；和(b) 检测第一扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性-366位G—缺失；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1;和检测第二扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性-在另一优选例中，所述的TAP1基因特异性引物具有SEQ ID N0:2和3的序列，而所述的LMP2基因特异性引物具有SEQ ID N0:5和6的序列。在另一优选例中，所述的第一扩增产物的长度为100-2000bp且含有SEQ IDN0:l中第621位；并且所述的第二扩增产物的长度为100-2000bp且含有SEQ IDN0:4中第185和601位。在本专利技术的第二方面，提供了一种检测强直性脊柱炎的试剂盒，它包括特异性扩增TAP1基因或转录本的引物，所述的引物扩增出长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:l中第621位的扩增产物；以及特异性扩增LMP2基因或转录本的引物，所述的引物扩增出长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:4中第185和601位的扩增产物。在另一优选例中，所述的试剂盒还含有选自下组的试剂(a) 与SEQ ID N0:l中第621位、SEQ ID N0:4中第185和601位的突变结合的探针；(b) 识别SEQ ID N0:l中第621位、SEQ ID N0:4中第185和601位的突变限制性内切酶。在另一优选例中，所述的突变是同时存在以下的单核苷酸多态性366位G—缺失；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1;以及185位G—A和601位G—A;其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:4。在另一优选例中，所述的TAP1基因特异性引物具有SEQ ID NO:2和3的序列，而所述的LMP2基因特异性引物具有SEQ ID N0:5和6的序列。在本专利技术的第三方面，提供了一种对个体的强直性脊柱炎易感性进行诊断的方法，它包括步骤检测该个体的TAP1基因或转录本，并与正常的TAP1基因或转录本相比较，同时检测该个体的LMP2基因或转录本，并与正常的LMP2基因或转录本相比较；其中，存在差异就表明该个体患强直性脊柱炎的可能性高于正常人群。在另一优选例中，检测的是TAP1的基因和LMP2基因，并与正常TAP1和LMP2的核苷酸序列比较差异。在另一优选例中，所述的差异是同时存在以下的单核苷酸多态性366位G—缺失；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1;以及185位G—A禾口601位G—A;其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:4。在另一优选例中，所述的个体是人。具体实施例方式本专利技术人经过深入而广泛的研究，对大量候选基因的SNP进行了测定和分析。首次发现和证明了TAP1的基因组序列与强直性脊柱炎密切相关，其中关联研究结果显示，在TAP1的SEQ ID N0:1中第621位的SNP(366位G—缺失)(记为rs3216794)和LMP2基因内含子1的SNP 1765A/G和内含子2的SNP rs2071535相互连锁，该3个位点构成的连锁变化(即GGG — —AA)，在对照组和病例组中的分布存在显著性差异(代O. 05)，因此可作为辅助性检测强直性脊柱炎(或其易感性)的一个辅助指标。在此基础上完成了本专利技术。TAP1基因抗原肽转运蛋白l (Transporter of Antigen P印tides 1， TAP1)的序列是已知，其详细序列和一些相关信息可参见网址http:〃www. ncbi. nlm. nih. gov/Genebank/; http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP。为了方便起见，在SEQ ID NO:1给出TAP1中与本专利技术S本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种体外检测样品是否存在抗原肽转运蛋白１（ＴＡＰ１）的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，包括步骤：　（ａ）用ＴＡＰ１基因特异性引物扩增样品的ＴＡＰ１基因，得到第一扩增产物，以及用ＬＭＰ２基因特异性引物扩增样品的ＬＭＰ２基因，得到第二扩 增产物；和　（ｂ）检测第一扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性：　３６６位Ｇ→缺失；　其中，核苷酸位置编号基于ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１；　和检测第二扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性：　１８５位Ｇ→Ａ和６０１位 Ｇ→Ａ；　其中，核苷酸位置编号基于ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：４。

【技术特征摘要】
1.一种体外检测样品是否存在抗原肽转运蛋白1(TAP1)的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，包括步骤(a)用TAP1基因特异性引物扩增样品的TAP1基因，得到第一扩增产物，以及用LMP2基因特异性引物扩增样品的LMP2基因，得到第二扩增产物；和(b)检测第一扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性366位G→缺失；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID NO1；和检测第二扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性185位G→A和601位G→A；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID NO4。2. 如权利要求l所述的方法，其特征在于，所述的TAP1基因特异性引物具有SEQ ID N0:2和3的序列，而所述的LMP2基因特异性引物具有SEQ ID N0:5和6的序列。3. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的第一扩增产物的长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:l中第621位；并且所述的第二扩增产物的长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:4中第185和601位。4. 一种检测强直性脊柱炎的试剂盒，其特征在于，它包括特异性扩增TAP1基因或转录本的引物，所述的引物扩增出长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:1中第621位的扩增产物；以及特异性扩增LMP2基因或转录本的引物，所述的引物扩增出长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:4中第185和601位的扩增产物。5. 如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，它还含有选自下组...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄薇，雷蓉，牛振民，
申请(专利权)人：上海人类基因组研究中心，
类型：发明
国别省市：31[中国|上海]