强直性脊柱炎易感性检测方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种检测强直性脊柱炎易感性的方法，它包括检测个体的抗原肽转运蛋白１（ＴＡＰ１）、转录本和／或蛋白与正常相比是否存在变异，存在变异就表明该个体患强直性脊柱炎的可能性大于正常人群。本发明专利技术还公开了相应的检测试剂盒。

Method and kit for detecting susceptibility to ankylosing spondylitis

The invention discloses a method for detecting the susceptibility of ankylosing spondylitis, which includes the detection of transporter of antigenic peptides (TAP1), 1 individual transcripts and / or protein compared with the normal existence of variation, there is variation in which the individual is suffering from ankylosing spondylitis likely in normal population. The invention also discloses a corresponding detection kit.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子生物学和医学领域。更具体地涉及抗原肽转运蛋白1 (Transporter of Antigen P印tides 1， TAP1)的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)及其与强直性脊柱炎的相关性。本专利技术还涉及 检测这些SNP的方法和试剂盒。
技术介绍
强直性脊柱炎又名别赫捷列夫氏(VonBechterev)病或马-施二氏(Maritstrumpell) 病，是一种慢性、进行性，中轴关节受累的慢性炎症性疾病。主要影响骨盆的骶 髂关节、脊柱关节和椎旁组织。主要症状为下腰痛、脊椎僵硬及运动范围受限、 X线显示两侧骶髂关节炎(sacroilitis)为其特征。由于该病一般先侵犯骶髂关节，并 重点累及脊柱，最终导致脊柱骨性强直，故目前国内外多称之为强直性脊柱炎 (Ankglosing Spondytitis， AS)。强直性脊柱炎有明显的种族性，在不同民族中发病率的差异很大。印第安人 发病率最高，北美印第安人发病率为2.7% 6.3%。其次为白种人，白种人中发病 率为0.1% 1.4%。黄种人低于白种人，我国约为0.3%。而黑人发病率最低，约为 白人的1/4,在非洲仅为0.2%。强直性脊柱炎好发于20至40岁的成年人，尤其是20 30岁的青年男性。强直性脊柱炎呈常染色体显性遗传,有明显的家族遗传倾向,遗传因素>90%。 据调查，强直性脊柱炎病人亲属发病率比一般人高一倍左右，同胞复发风险比为 82。 90。/。以上的AS病人具有HLA-B27阳性,在正常人群中阳性率为8y。；子女HLA-B27阳性占50n/。，发生强直性脊柱炎的占25%。目前基本上己有定论，HLA-B27作 为独立的致病基因在AS的发病中起作用。因为在HLA-B27阳性个体中只有in/。5。/o发展成为AS,提示还有其他基因参与AS的发病。近年来，单核苷酸多态性(SNP)和单倍型(haplotype)概念在多基因疾病研究 中的广泛运用，为在分子水平上研究强直性脊柱炎的发生和发展的机制开辟了全4新的思路。同时，高通量、低成本的SNP检测手段的不断出现也为SNP大规模快速分型提供了可能。SNP的存在与否以及等位基因频率存在人种及地域的差异，这就提示多基因 疾病遗传异质性的存在，即同一疾病或性状在不同的人群中可能是不同的遗传因 素造成的。另外，不同人群中SNP及其单倍型的类型和频率存在的这种差异可能与不同 人群对药物及环境因素的反应性不同密切相关。强直性脊柱炎作为一种遗传因素起较大作用的疾病，寻找其相关基因进而阐 明强直性脊柱炎发病的遗传机制已经成为目前研究的热点。虽然已有许多关于各种基因多态性与强直性脊柱炎的研究，但没有证实TAP1 基因与强直性脊柱炎相关性的报道，更没有证实本专利技术所述的TAP1基因SNP与强 直性脊柱炎相关性的报道。综上所述，为了尽早诊断强直性脊柱炎，本领域迫切需要寻找强直性脊柱炎 易感基因，并开发检测强直性脊柱炎的方法和试剂盒。
技术实现思路
本专利技术的目的就是提供一种辅助诊断(尤其是早期诊断)强直性脊柱炎的方 法及检测试剂盒。本专利技术的另一目的是提供一种新的治疗强直性脊柱炎的方法。在本专利技术的第一方面，提供了一种对个体的强直性脊柱炎易感性进行诊断的 方法，它包括步骤检测该个体的TAP1基因、转录本和/或蛋白，并与正常的TAP1基因、转录本 和/或蛋白相比较，存在差异就表明该个体患强直性脊柱炎的可能性高于正常人群。在另一优选例中，所述的方法中检测的是TAP1的基因或转录本，并与正常 TAP1核苷酸序列比较差异。在另一优选例中，所述的差异是以下的单核苷酸多态性 621位G—T; 其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1。在本专利技术的第二方面，提供了一种检测样品是否存在抗原肽转运蛋白1(TAP1)的单核苷酸多态性的方法，包括步骤-(a) 用TAPl基因特异性引物扩增样品的TAPl基因，得到扩增产物；和(b) 检测扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性621位G—T; 其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1。在另一优选例中，所述的基因特异性引物具有SEQ ID N0:2和3的序列。 在另一优选例中，所述的扩增产物的长度为100-2000bp，且含有SEQ ID N0:l中第621位。在本专利技术的第三方面，提供了一种检测强直性脊柱炎的试剂盒，它包括特异 性扩增TAP1基因或转录本的引物，更佳地，所述的引物扩增出长度为100-2000bp，且含有SEQ ID NO:l中第621位的扩增产物。在另一优选例中，所述试剂盒还含有选自下组的试剂(a) 与SEQ ID NO:l中第621位的突变结合的探针；(b) 识别SEQ ID NO:l中第621位的突变限制性内切酶。 在另一优选例中，所述的突变选自以下单核苷酸多态性621位G—T; 其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID N0:1。具体实施例方式本专利技术人经过深入而广泛的研究，对大量候选基因的SNP进行了测定和分 析。首次发现和证明了TAP1的基因组序列与强直性脊柱炎密切相关，其中关联研 究结果显示，在TAP1的SEQ ID N0:1中第621位的SNP(621位G—T)(记为RS4148881) 在对照组和病例组中的分布存在显著性差异(代O. 05)，因此可作为辅助性检测强 直性脊柱炎(或其易感性)的特异性SNP。在此基础上完成了本专利技术。TAP1基因抗原肽转运蛋白l (Transporter of Antigen P印tides 1, TAP1)的序列是已 知，其详细序列和一些相关信息可参见网址http:〃www. ncbi. nlm. nih. gov/ Genebank/; http:〃丽.ncbi. nlm. nih. gov/SNP。为了方便起见，在SEQ ID NO: 1给出TAP1中与本专利技术SNP相关的核苷酸序列。TAP1基因位于6P21.3，大小为8.7k，共有ll个外显子。其编码的蛋白属于 ABC(ATP-结合盒)超家族的MDR/TAP亚家族。TAP是一类转运蛋白，分为TAP1和TAP2两种形式，表达于内质网膜表面，参与内源性抗原肽的处理和加工。蛋白酶 体水解产生的肽段在TAP1和TAP2组成的异二聚体的作用下转运至内质网腔，经由 内质网泵入膜分隔区，与HLAI类分子结合，形成稳定的HLA-Ag复合物，然后才能 表达于细胞表面并提呈给T细胞。抗原多肽可能就是这样呈递给CD8 + T淋巴细胞 受体而导致了关节炎的产生。TAP的多态性可使不同的肽转运至内质网。现有的研究已发现TAP1基因与糖尿病、多发性硬化、原发性开角型青光眼、 青少年特发性关节炎、桥本氏甲状腺炎、牛皮癣、'白癜风等多种自身免疫性疾病 及肿瘤的发生发展密切相关。其与AS(ankylosing spondylitis,强直性脊柱炎) 的关系也是值得探讨的研究方向。国外有研究发现TAP1某些位点在HLA-B27阳性 者和具有脊柱外疾病的AS患者中增加。我国有学者在安徽人群中的研究发现HLA-B27阳性个体中TAP1 333位Val/Val表型频率可能具有显著的AS抗性。本专利技术人对TAP1基因中的几乎整个区域进行了测序，发现了许多SNP，其本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种体外检测样品是否存在抗原肽转运蛋白１（ＴＡＰ１）的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，包括步骤：　（ａ）用ＴＡＰ１基因特异性引物扩增样品的ＴＡＰ１基因，得到扩增产物；和　（ｂ）检测扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性：　 ６２１位Ｇ→Ｔ；　其中，核苷酸位置编号基于ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ：１。

【技术特征摘要】
1.一种体外检测样品是否存在抗原肽转运蛋白1(TAP1)的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，包括步骤(a)用TAP1基因特异性引物扩增样品的TAP1基因，得到扩增产物；和(b)检测扩增产物中是否存在以下单核苷酸多态性621位G→T；其中，核苷酸位置编号基于SEQ ID NO1。2. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的基因特异性引物具有SEQ ID N0:2和3的序列。3. 如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的扩增产物的长度为IOO-2000bp且含有SEQ ID N0:l中第621位。4. 一种检测强直性脊柱炎的试剂盒，其特征在于，它包括特异性扩增TAP1基 因或转录本的引物，所述的引物扩增出长度为100-2000bp且含有SEQ ID N0:1中 第621位的扩增产物。5. 如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于，它还含有选自下组的试剂(a) 与SEQ ID N0:l中第621位...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄薇，雷蓉，牛振民，
申请(专利权)人：上海人类基因组研究中心，
类型：发明
国别省市：31[中国|上海]