一种乳腺癌多基因检测panel、试剂盒及其应用制造技术

本发明专利技术属于乳腺癌肿瘤多基因检测领域，公开了一种乳腺癌肿瘤检测的多基因panel、试剂盒及其应用。本发明专利技术通过挑选TCGA数据库、METABRIC数据库、MSKCC

【技术实现步骤摘要】
一种乳腺癌多基因检测panel、试剂盒及其应用


[0001]本专利技术属于乳腺癌多基因检测
，涉及基于一种乳腺癌多基因检测panel、试剂盒及其应用。

技术介绍

[0002]GLOBOCAN 2020数据显示，在中国整体人群中，女性乳腺癌新发病例数为416 371例，为第四大发病原因(9.1％)，仅次于肺癌(17.9％)、结直肠癌(12.2％)和胃癌(10.5％)。乳腺癌死亡病例数为117 174例，在全癌症死亡原因中居第七位。我国的乳腺癌疾病负担不断加重，发病率和死亡率均居于前列。
[0003]肿瘤基因诊断基于分子生物标记物，有较高的分辨率、较早的观测时间窗口和复发转移监测的便捷性，可用于早筛、早诊、辅助诊断、伴随诊断等全周期管理。前主要有荧光PCR、荧光原位杂交、免疫组化和NGS技术，目前应用较多的是荧光PCR。基于NGS技术的肿瘤液体活检和伴随诊断，为肿瘤患者提供了更加精确的用药指导和肿瘤治疗方案以及肿瘤愈后监控评估患者复发肿瘤的危险程度。肿瘤基因检测仍在发展早期，目前仍是辅助手段。多基因检测不仅仅应用在判断肿瘤病因，预测疾病的预后和转归、寻找药物有效治疗靶点，在未来可能会是协助医生进行治疗方式选择的重要工具因此，开发一种能够基于二代测序技术进行高通量检测乳腺癌的方法是十分有必要的。

技术实现思路

[0004]本专利技术通过挑选TCGA数据库、METABRIC数据库、MSKCC
‑
IMPACT数据库、美国乳腺癌560例WGS数据库以及肿瘤医院乳腺研究所数据库中与乳腺癌发生发展及靶向治疗密切相关的基因，基于二代测序技术，利用生物素探针杂交法富集其中108个基因的重要外显子区域与部分内含子区域，并进行高深度测序，从而精准检测其中与乳腺癌有明确临床相关性的基因突变、拷贝数变异等事件，并将该多基因筛选列表做成探针，通过DNA测序针对性地检测高危基因，可以更高效地检测出对诊断、治疗有指导意义的基因突变，对肿瘤患者进行精准分型，同时也可能帮助某些肿瘤患者参加到临床试验中。对临床的诊断和发现靶向治疗的靶点具有重要指导意义。有针对性地检测突变基因，也可以降低患者基因检测的成本。
[0005]第一方面，本专利技术提供了一种乳腺癌多基因检测panel，所述基因检测panel包括MTOR、KDM5A、BRCA1、TGFBR2、HDAC2、CYP2C19、ARID1A、RAD52、SPOP、SETD2、ROS1、HRAS、JAK1、CACNA1C、RNF43、RHOA、ESR1、CTNNA2、DPYD、KRAS、STK11、PBRM1、SYNE1、CDK6、NOTCH2、ERBB3、CYP4F3、ATR、EGFR、NEB、NTRK1、CDK4、PPP2R1A、PIK3CA、MET、TTN、DDR2、FLT3、ALK、SOX2、SMO、PRKDC、GATA3、BRCA2、MSH6、FGFR3、BRAF、FGFR2、RET、RB1、SF3B1、PDGFRA、PREX2、TP53、PTEN、AKT1、IDH1、FBXW7、CDKN2A、SMAD4、MUC6、RAD51、ERBB4、TERT、AQP7、NFE2L2、CCND1、IDH2、UGT1A1、MAP3K1、PTCH1、GNAS、FGF19、TSC2、RUNX1、PIK3R1、TSC1、DGKB、FGF4、CBFB、CHEK2、APC、MED12、CYP3A4、FGF3、CDH1、NEFH、RAD50、ATRX、CSMD1、ATM、NF1、NF2、NOTCH4、NRAS、FGFR1、CBL、OMG、CYP2D6、KIF6、CTNNB1、MYC、CHEK1、ERBB2、VHL、TTK、KIT、ATP2B3。
[0006]第二方面，本专利技术提供了一种检测乳腺癌的探针panel，所述探针panel为针对第一方面所述的多基因产生的突变、拷贝数变异的检测探针。
[0007]在某些实施例中，所述的检测探针偶联有或带有可检测标记。
[0008]在某些实施例中，所述可检测标记选自下组：生色团、化学发光基团、荧光团、同位素或酶。
[0009]第三方面，本专利技术还提供了本专利技术第一方面所述的多基因panel或本专利技术第二方面所述的探针panel在制备乳腺癌检测装置中的应用。
[0010]在某些实施例中，所述装置为测序仪器或者试剂盒。
[0011]第四方面，本专利技术还提供了一种乳腺癌的检测装置，包括：
[0012]测序模块，用于对待测样本的DNA进行提取，并进行高通量测序，获得测序结果；
[0013]对比模块，用于对高通量测序的结果进行处理，并将数据与本专利技术第一方面所述的多基因panel进行比对，获得基因变化信息；
[0014]分析模块，用于分析获得的突变信息，得出用药方案。
[0015]在某些实施例中，所述基因变化信息包括多基因产生的突变或拷贝数变异。
[0016]第五方面，本专利技术还提供了一种乳腺癌的诊断检测方法，包括以下步骤，
[0017]步骤S1：获得检测样本DNA(所述样本DNA包括血液样本的DNA组织样本DNA及cfDNA)，提取病人的病灶组织及癌旁或血液组织进行DNA提取，石蜡包埋组织亦可。
[0018]步骤S2：样本DNA文库的构建，将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段，然后采用KAPA文库构建试剂盒进行文库制备。主要步骤有：DNA打断，末端补平，3
’
端加“A”，接头连接，纯化，文库扩增，纯化。文库制备完成后将其置于
‑
20℃保存。
[0019]步骤S3：构建本专利技术所述检测panel的检测探针，优先为RNA探针，与DNA文库杂交捕获，并测序；也可直接进行全基因组或者全外显子组测序。
[0020]步骤S4：对测序结果进行生物学信息分析，获得样本突变结果。
[0021]其中，所述测序结果为fastq文件，使用Broad发布的获取基因突变的算法分析测序结果，得到基因突变的结果并注释。主要步骤有fastq文件的质量控制，基因组联配，体细胞突变(somatic mutation)及胚细胞突变(germline mutation)的分析，进行注释。用到的软件分别有：fastqc和fastx_toolkit用来做质量控制；bwa做联配，gatk及mutect2获得体细胞突变；HaplotypeCaller方法获得胚细胞突变；ANNOVAR做注释。
[0022]步骤S5：将样本突变结果与所述检测panel进行比对，得到该样本基因突变结果，结合临床信息得到最终诊断。
[0023]本专利技术相对于现有技术具有的有益效果：
[0024]1)本专利技术基于二代测序技术，利用生物探针杂交法富集与乳腺癌相关的108个基因的重要外显子区域与部分内含子区域，检测和分析内容包括体基因突变，拷贝数变异等，旨在达到精准检测。
[0025]2)将该多基因筛选列表做成探针，通过杂交捕获测序针对性地检测乳腺癌相关的高危基因，可以更高效地检测出本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种乳腺癌多基因检测panel，其特征在于，所述基因检测panel包括MTOR、KDM5A、BRCA1、TGFBR2、HDAC2、CYP2C19、ARID1A、RAD52、SPOP、SETD2、ROS1、HRAS、JAK1、CACNA1C、RNF43、RHOA、ESR1、CTNNA2、DPYD、KRAS、STK11、PBRM1、SYNE1、CDK6、NOTCH2、ERBB3、CYP4F3、ATR、EGFR、NEB、NTRK1、CDK4、PPP2R1A、PIK3CA、MET、TTN、DDR2、FLT3、ALK、SOX2、SMO、PRKDC、GATA3、BRCA2、MSH6、FGFR3、BRAF、FGFR2、RET、RB1、SF3B1、PDGFRA、PREX2、TP53、PTEN、AKT1、IDH1、FBXW7、CDKN2A、SMAD4、MUC6、RAD51、ERBB4、TERT、AQP7、NFE2L2、CCND1、IDH2、UGT1A1、MAP3K1、PTCH1、GNAS、FGF19、TSC2、RUNX1、PIK3R1、TSC1、DGKB、FGF4、CBFB、C...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄薇，施锦绣，
申请(专利权)人：上海人类基因组研究中心，
类型：发明
国别省市：