用于分析体细胞可动因子的方法及其用途技术

本发明专利技术提供了与使用可动因子插入及其相邻基因组序列有关的方法和组合物。本文公开了使用MEI作为细胞增殖的标志物、作为药物的靶标、作为组织指纹分析的标志物的方法以及相关的方法和组合物。方法和组合物涉及对细胞增殖事件、癌症以及老化中的有害效应的检测、处理和持续监测，并且涉及用于应对这些状况的治疗方案的选择、使用以及监测该方案的成功。使用以及监测该方案的成功。使用以及监测该方案的成功。

【技术实现步骤摘要】
用于分析体细胞可动因子的方法及其用途
本申请是申请日为2015年02月27日、申请号为201580022555.9、专利技术名称为“用于分析体细胞可动因子的方法及其用途”的中国专利申请(其对应PCT申请的申请日为2015年02月27日、申请号为PCT/US2015/018115)的分案申请。交叉引用
[0001]本申请要求于2014年2月27日提交的美国临时申请序列号61/945,791的权益，该申请通过引用全文并入本文。援引并入
[0002]本说明书中提到的所有出版物、专利和专利申请均通过引用而并入本文，其程度犹如特别地且单独地指出每个单独的出版物、专利或专利申请通过引用而全文并入。

技术实现思路

[0003]一些实施方案涉及鉴定可动因子插入(MEI)标记的细胞增殖的方法，该方法包括以下步骤：定量测量第一核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平，定量测量第二核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平，以及如果第一核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平与第二核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平显著(substantially)不同，则将所述第一MEI插入位点鉴定为标记MEI标记的细胞增殖。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品包含基本相似量的核酸。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品中存在基本相似量的对照核酸。所述方法的一些方面包括鉴定与所述第一MEI插入位点相邻的序列。所述方法的一些方面包括选择与应对与所述第一MEI插入位点相邻的序列中的缺陷的功效相关的治疗。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品在第一时间点和第二时间点从相同(common)个体获得。在所述方法的一些方面，所述第一时间点和第二时间点被施用于所述个体的治疗隔开。在所述方法的一些方面，所述治疗包括癌症疗法。在所述方法的一些方面，所述第一时间点和第二时间点相隔至少6个月。在所述方法的一些方面，所述第一时间点和第二时间点相隔至少1年。在所述方法的一些方面，所述第一时间点和第二时间点相隔至少2年。在所述方法的一些方面，所述第一时间点和第二时间点相隔至少5年。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品从血液中提取。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品包含循环游离核酸。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品和所述第二核酸样品包含循环游离基因组DNA。在所述方法的一些方面，所述第一核酸样品从个体的第一位置获得，而所述第二核酸样品从该个体的第二位置获得。在所述方法的一些方面，所述第一位置包含第一癌性组织。在所述方法的一些方面，所述第二位置包含健康组织。在所述方法的一些方面，所述第二位置包含第二癌性组织。在所述方法的一些方面，所述第二癌性组织和所述第一癌性组织来源于相同的癌。所述方法的一些方面包括生成报告，该报告披露第一核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平和第二核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平。在所述方法的一些方面，所述报告提供给所述个体。在所述方法的一些方面，所述报告提供给医疗保健专业人员。在所述方法的一些方面，所述报告是保密的。
[0004]一些实施方案涉及可动因子插入(MEI)监测方案，其包括以下步骤：从个体获得包含多个MEI插入边界的基因组序列信息，考察所述多个MEI插入边界以鉴定与癌基因相邻的边界，以及随时间监测与所述癌基因相邻的MEI边界的定量丰度。在所述方法的一些方面，所述随时间监测与所述癌基因相邻的MEI边界的定量丰度包括在第一时间点获得第一血液样品，确定在所述第一时间点所述第一血液样品中所述MEI边界的定量丰度，在第二时间点获得第二血液样品，以及确定所述在第二时间点所述第二血液样品中所述MEI边界的定量丰度。在所述方法的一些方面，所述随时间监测与所述癌基因相邻的MEI边界的定量丰度包括在第一时间点获得第一组织样品，确定在所述第一时间点所述第一组织样品中所述MEI边界的定量丰度，在第二时间点获得第二组织样品，以及确定在所述第二时间点所述第二组织样品中所述MEI边界的定量丰度。在所述方法的一些方面，所述第一组织样品和所述第二组织样品包含肿瘤组织。所述方法的一些方面包括选择应对与所述癌基因中的缺陷有关的癌症的治疗。所述方法的一些方面包括如果从所述第一时间点到所述第二时间点，样品中MEI插入位点的定量丰度增加高于阈值，则施用所述应对与所述癌基因中的缺陷有关的癌症的治疗。在所述方法的一些方面，所述阈值为10％的增加。在所述方法的一些方面，所述阈值为20％的增加。在所述方法的一些方面，所述阈值为30％的增加。在所述方法的一些方面，所述阈值为50％的增加。所述方法的一些方面包括在第一时间点前施用第一剂量的所述应对与所述癌基因中的缺陷有关的癌症的治疗，并且如果从所述第一时间点到所述第二时间点，样品中MEI插入位点的定量丰度未能降低至阈值以下，则增加剂量。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的90％。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的80％。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的70％。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的60％。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的50％。在所述方法的一些方面，所述阈值为所述第一时间点的量的10％。在所述方法的一些方面，所述治疗包括化疗。在所述方法的一些方面，所述治疗包括放疗。在所述方法的一些方面，所述治疗包括针对与MEI插入相邻的序列中的缺陷的药物。在所述方法的一些方面，所述治疗包括针对由与MEI插入位点相邻的序列编码的蛋白质参与的途径的误调节的药物。在所述方法的一些方面，所述治疗包括特异性结合MEI插入接合点(junction)的核酸。在所述方法的一些方面，所述核酸包括piRNA。在所述方法的一些方面，所述核酸包括siRNA。在所述方法的一些方面，所述核酸包括CRISPR核酸。在所述方法的一些方面，所述核酸引导MEI插入边界的甲基化。
[0005]一些实施方案涉及用于癌组织的体内可视化的组合物，该组合物包含与检测元件偶联的、跨越与癌基因相邻的MEI边界的核酸探针。在所述组合物的一些方面，所述检测元件包含荧光团。在所述组合物的一些方面，所述检测元件包含光可激发的部分。在所述组合物的一些方面，所述探针穿过细胞膜。在所述组合物的一些方面，所述探针穿过细胞核膜。在所述组合物的一些方面，探针荧光依赖于探针与包含与癌基因相邻的MEI边界的靶核酸序列的结合。在所述组合物的一些方面，所述探针通过手持荧光团激发装置可视化。
[0006]一些实施方案涉及用于监测基因组老化的方法，该方法包括以下步骤：在第一时间段定量测量第一核酸样品中MEI插入位点的数目，在第一时间段定量测量第一核酸样品中MEI插入位点的数目，以及将MEI插入边界的增加与基因组老化的增加相关联。在所述方法的一些方面，MEI插入位点数目的10％的增加表明基因组老化。在所述方法的一些方面，
MEI插入位点数目的20％的增加表明基因组老化。在所述方法的一些方面，MEI插入位点数目的30％的增加表明基因组老本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴定可动因子插入(MEI)标记的细胞增殖的方法，该方法包括以下步骤：定量测量第一核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平；定量测量第二核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平；以及如果第一核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平与第二核酸样品中第一MEI插入位点处的MEI水平显著不同，则将所述第一MEI插入位点鉴定为标记MEI标记的细胞增殖。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一核酸样品和所述第二核酸样品包含基本相似量的核酸。3.根据权利要求1
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2中任一项所述的方法，其中所述第一核酸样品和所述第二核酸样品中存在基本相似量的对照核酸。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的方法，其包括鉴定与所述第一MEI插入位点相邻的序列。5.根据权利要求4所述的方法，其包括选择与应对与所述第一MEI插入位点相邻的序列中的缺陷的功效相关的治疗。6.一种可动因子插入(MEI)监测方案，其包括以下步骤：从个体获得包含多...

【专利技术属性】
技术研发人员：基斯，
申请(专利权)人：嘉普科德基因组学公司，
类型：发明
国别省市：