DNA序列的靶标特异性RNA转录方法技术

本文公开了使用直接从靶标合成的RNA中间体进行长距离靶标特异性扩增和测序以消除早期合成错误的克隆扩增的方法。方法允许鉴定靶标相邻序列，如与重复元件靶标相邻的序列。本文还公开了用于扩增和测序的组合物和试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】DNA序列的靶标特异性RNA转录方法相关申请本申请要求于2016年2月12日提交的美国临时申请序列号62/294,875的权益，该临时申请的内容通过引用以其全文并入于此。
技术介绍
本文的公开内容涉及分子生物学领域，如核酸样品中与重复序列相邻的核酸序列的扩增和鉴定。PCR或PCR技术的变型以及杂交捕获是靶向测序的主要方法。虽然广泛使用，但二者均对长读取测序仪具有限制。杂交捕获使用带有生物素的短RNA或DNA探针与靶DNA杂交并“拉下”感兴趣的序列。对于长靶序列，这种方法是低效的，这既是因为需要许多寡核苷酸探针，又是因为该过程往往导致在拉下过程中长DNA分子的物理剪切。这些缺陷限制了使用单分子技术的连续测序仪读取的长度。长距离PCR已被用作备选方案，但也提出了挑战。长距离PCR难以多路化(multiplex)。通常，由于在目标区域之外的相反链上需要相反的PCR引物，因而失去了检测大染色体事件如易位的能力。另外，PCR的克隆扩增限制了检测非均相样品如肿瘤中的低频率体细胞变异的灵敏度，并且可能从反应的早期循环开始传播聚合酶错误，如点突变或易位。此外，长距离PCR有时展现出模板转换，从而在扩增产物本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定与感兴趣的核酸序列相邻的核酸序列的方法，其包括：(a)将包含靶向序列和启动子的靶向核酸序列插入所述感兴趣的核酸序列中的一个或多个特定位置，(b)指导从所述启动子合成核酸，以及(c)对所合成的核酸进行测序。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2016.02.12 US 62/294,8751.一种确定与感兴趣的核酸序列相邻的核酸序列的方法，其包括：(a)将包含靶向序列和启动子的靶向核酸序列插入所述感兴趣的核酸序列中的一个或多个特定位置，(b)指导从所述启动子合成核酸，以及(c)对所合成的核酸进行测序。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶向序列包含成簇的规律间隔的短回文重复(CRISPR)序列、锌指核酸酶(ZFN)序列和转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN)序列中的至少一种。3.根据权利要求2所述的组合物，其中所述CRISPR序列包含具有包含SEQIDNO:3的序列的指导RNA。4.根据权利要求1所述的方法，其中所述启动子包含细菌启动子、病毒启动子和真核启动子中的至少一种。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述细菌启动子包含araBAD、trp、lac和Ptac中的至少一种。6.根据权利要求4所述的方法，其中所述病毒启动子包含T7、T7lac、SP6、pL、CMV、SV40和CaMV35S中的至少一种。7.根据权利要求4所述的方法，其中真核启动子包含EF1a、PGK1、Ubc、β肌动蛋白、CAG、TRE、UAS、Ac5、多角体蛋白、CaMKIIa、GAL1、GAL10、TEF1、GDS、ADH1、Ubi、H1和U6中的至少一种。8.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含低复杂性核酸序列。9.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含重复核酸序列。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含三核苷酸重复序列、串联重复序列和人白细胞抗原基因中的至少一种。11.根据权利要求1所述的方法，其中所述感兴趣的序列包含可动遗传元件。12.根据权利要求11所述的方法，其中所述可动遗传元件包含转座子、反转录转座子、DNA转座子、插入序列、质粒、噬菌体、II组内含子、I组内含子、Alu元件、MIR元件、内质网池内A粒子(IAP)、ETn、病毒或其片段。13.根据权利要求12所述的方法，其中所述反转录转座子包含转座因子、LINE、SINE及其片段中的至少一种。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：基斯·布朗，
申请(专利权)人：嘉普科德基因组学公司，
类型：发明
国别省市：美国,US