胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一系列可以用于胰腺导管腺癌标记物及检测产品。本发明专利技术的cfDNA甲基化标志物，可以有效鉴别胰腺导管腺癌：本专利保护的PDAC甲基化标志物在正常人群的cfDNA和PDAC患者人群的ctDNA中，其水平有显著的差异，因此可用于判断受检对象患有PDAC的风险。本发明专利技术可以用于准确地检测受检人提供的样本中，所有panel对应的PDAC甲基化标志物的实际水平：使用本试剂盒提供的试剂、panel、接头和建库流程，可从少量cfDNA或ctDNA样本制备高丰度、高多样性的DNA甲基化文库，准确地测定本专利中包括的PDAC甲基化标志物的信号水平，用于评估受检对象是否患有PDAC。受检对象是否患有PDAC。

【技术实现步骤摘要】
胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物医学
，具体涉及一种胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物及其应用。

技术介绍

[0002]胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,简称PDAC)是实体肿瘤中预后最差的恶性肿瘤之一，5年总体生存率不到5％。早期诊断并行手术切除是唯一可能治愈PDAC的手段。在我国经济发达地区，PDAC新发估计病例数列男性第7位，女性第6位，并且呈快速上升趋势。
[0003]早期PDAC起病隐匿、进展迅速且对化疗高度耐药，死亡率高，迫切需要可靠精准的早期诊疗手段，及早发现。晚期PDAC病人治疗前通常也需要有明确的病理学诊断。获取组织或细胞行病理学诊断的途径通常为超声内镜(EUS)或者CT引导下的细针穿刺(FNA)。由于组织取材量受限，即便是EUS-FNA，其检测准确性也有较大的改善空间。对于影像学表现典型而EUS-FNA活检阴性的病人，往往需要再行EUS-FNA活检，进一步增加了对病人的创伤。
[0004]因此亟需发掘新的准确性高、无创、简单的筛查方法及方式。

技术实现思路

[0005]为了克服现有技术中所存在的问题，本专利技术的目的在于提供一种胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物及其应用。
[0006]为了实现上述目的以及其他相关目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0007]本专利技术的第一方面，提供胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物或者能检测所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物的物质用于制备胰腺导管腺癌检测产品的用途；以人类参考基因组Hg19的序列为基准，所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物包括如下基因靶点中的任一个或多个：
[0008][0009]可选择的，所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物还包括如下基因靶点中的任一个或多个：
[0010]基因靶点编号染色质编号起始坐标终点坐标tget_46chr102650547726505676tget_47chr175641048256410681tget_48chr142464115824641357tget_49chr165071519050715389tget_50chr12133485709133485908tget_51chr6106547142106547341tget_52chr6158402071158402270tget_53chr2177025102177025301tget_54chr21154624911546448tget_55chr125752961957529818。
[0011]本专利技术第二方面，提供一种胰腺导管腺癌检测用探针组合，所述探针组合包括以下特征中的一项或多项：(1)tget_01的探针；(2)tget_02的探针；(3)tget_03的探针；(4)tget_04的探针；(5)tget_05的探针；(6)tget_06的探针；(7)tget_07的探针；(8)tget_08的探针；(9)tget_09的探针；(10)tget_10的探针；(11)tget_11的探针；(12)tget_12的探针；(13)tget_13的探针；(14)tget_14的探针；(15)tget_15的探针；(16)tget_16的探针；(17)
tget_17的探针；(18)tget_18的探针；(19)tget_19的探针；(20)tget_20的探针；(21)tget_21的探针；(22)tget_22的探针；(23)tget_23的探针；(24)tget_24的探针；(25)tget_25的探针；(26)tget_26的探针；(27)tget_27的探针；(28)tget_28的探针；(29)tget_29的探针；(30)tget_30的探针；(31)tget_31的探针；(32)tget_32的探针；(33)tget_33的探针；(34)tget_34的探针；(35)tget_35的探针；(36)tget_36的探针；(37)tget_37的探针；(38)tget_38的探针；(39)tget_39的探针；(40)tget_40的探针；(41)tget_41的探针；(42)tget_42的探针；(43)tget_43的探针；(44)tget_44的探针；(45)tget_45的探针；可选的，还包括以下特征中的一项或多项：(46)tget_46的探针；(47)tget_47的探针；(48)tget_48的探针；(49)tget_49的探针；(50)tget_50的探针；(51)tget_51的探针；(52)tget_52的探针；(53)tget_53的探针；(54)tget_54的探针；(55)tget_55的探针。
[0012]本专利技术第三方面提供胰腺导管腺癌检测试剂盒，所述试剂盒中包括前述的胰腺导管腺癌检测用探针组合。
[0013]本专利技术第四方面提供一种胰腺导管腺癌诊断用装置，包括：
[0014]样本PDAC生物标志物的甲基化水平数据矩阵形成模块，用于将样本PDAC生物标志物的甲基化水平形成数据矩阵，所述样本PDAC生物标志物选自前述的用途中的所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物；
[0015]PDAC诊断模块，用于将样本PDAC生物标志物的甲基化水平数据矩阵输入PDAC诊断模型，计算受检者患有PDAC的可能性。
[0016]本专利技术第五方面提供一种设备，所述设备选自计算机可读存储介质或计算机处理设备或电子终端；所述计算机可读存储介质上存储有计算机程序，该程序被处理器执行时实现胰腺导管腺癌诊断方法，所述方法包括以下步骤：
[0017]S1，将样本PDAC生物标志物的甲基化水平形成数据矩阵，所述样本PDAC生物标志物选自前述的胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物；
[0018]S2，将样本PDAC生物标志物的甲基化水平数据矩阵输入PDAC诊断模型，计算受检者患有PDAC的可能性。
[0019]所述计算机处理设备，包括处理器及前述的计算机可读存储介质，所述处理器执行所述计算机可读存储介质上的计算机程序，实现所述胰腺导管腺癌诊断方法。
[0020]所述电子终端，包括：处理器、存储器、及通信器；所述存储器用于存储计算机程序，所述通信器用于与外部设备进行通信连接，所述处理器用于执行所述存储器存储的计算机程序，以使所述终端执行所述胰腺导管腺癌诊断方法。
[0021]与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
[0022]本专利技术的cfDNA甲基化标志物，可以有效鉴别胰腺导管腺癌：本专利保护的PDAC甲基化标志物在正常人群的cfDNA和PDAC患者人群的ctDNA中，其水平有显著的差异，因此可用于判断受检对象是否已经患有PDAC。
[0023]本专利技术可以用于准确地检测受检人提供的样本中，所有panel对应的PDAC甲基化标志物的实际水平：使用本试剂盒提供的试剂、panel、接头和建库流程，可从少量cfDNA或ctDNA样本制备高丰度、高多样性的DNA甲本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物或者能检测所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物的物质用于制备胰腺导管腺癌检测产品的用途；以人类参考基因组Hg19的序列为基准，所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物包括如下基因靶点中的任一个或多个：
可选择的，所述胰腺导管腺癌的DNA甲基化标志物还包括如下基因靶点中的任一个或多个：2.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，还包括以下特征中的一项或多项：1)所述胰腺导管腺癌检测产品用于胰腺导管腺癌的判断、诊断；2)所述胰腺导管腺癌检测产品用于检测样本中的DNA，所述样本选自血浆；3)所述胰腺导管腺癌检测产品包括以下特征中的一项或多项：(1)特异性探查tget_01甲基化水平的物质、(2)特异性探查tget_02甲基化水平的物质、(3)特异性探查tget_03甲基化水平的物质、(4)特异性探查tget_04甲基化水平的物质、(5)特异性探查tget_05甲基化水平的物质、(6)特异性探查tget_06甲基化水平的物质、(7)特异性探查tget_07甲基化水平的物质、(8)特异性探查tget_08甲基化水平的物质、(9)特异性探查tget_09甲基化水平的物质、(10)特异性探查tget_10甲基化水平的物质、(11)特异性探查tget_11甲基化水平的物质、(12)特异性探查tget_12甲基化水平的物质、(13)特异性探查tget_13甲基化水平的物质、(14)特异性探查tget_14甲基化水平的物质、(15)特异性探查tget_15甲基化水平的物质、(16)特异性探查tget_16甲基化水平的物质、(17)特异性探查tget_17甲基化水平的物质和(18)特异性探查tget_18甲基化水平的物质、(19)特异性探查tget_19甲基化水平的物质、(20)特异性探查tget_20甲基化水平的物质、(21)特异性探查tget_21甲基化水平的物质、(22)特异性探查tget_22甲基化水平的物质、(23)特异性探查tget_23甲基化水平的物质、(24)特异性探查tget_24甲基化水平的物质、(25)特异性探查tget_25甲基化水平的物质、(26)特异性探查tget_26甲基化水平的物质、(27)特异性探查tget_27甲基化水平的物质、(28)特异性探查tget_28甲基化水平的物质、(29)特异性探查tget_29甲基化水平的物质、(30)特异性探查tget_30甲基化水平的物质、(31)特异性探查tget_31甲基化水平的物质、(32)特异性探查tget_32甲基化水平的物质、(33)特异性探查tget_33甲基化水平的物质、(34)特异性探查tget_34甲基化水平的物质、(35)特异性探查tget_35甲基化水平的物质、(36)特异性探查tget_36甲基化水平的物质、(37)特异性探查tget_37甲基化水
平的物质、(38)特异性探查tget_38甲基化水平的物质、(39)特异性探查tget_39甲基化水平的物质、(40)特异性探查tget_40甲基化水平的物质、(41)特异性探查tget_41甲基化水平的物质、(42)特异性探查tget_42甲基化水平的物质、(43)特异性探查tget_43甲基化水平的物质、(44)特异性探查tget_44甲基化水平的物质、(45)特异性探查tget_45甲基化水平的物质；可选择地，还包括以下特征中任一项或多项的组合：(46)特异性探查tget_46甲基化水平的物质、(47)特异性探查tget_47甲基化水平的物质、(48)特异性探查tget_48甲基化水平的物质、(49)特异性探查tget_49甲基化水平的物质、(50)特异性探查tget_50甲基化水平的物质、(51)特异性探查tget_51甲基化水平的物质、(52)特异性探查tget_52甲基化水平的物质、(53)特异性探查tget_53甲基化水平的物质、(54)特异性探查tget_54甲基化水平的物质、(55)特异性探查tget_55甲基化水平的物质。3.根据权利要求2所述的用途，其特征在于，还包括以下特征中的一项或多项：(1)所述特异性探查tget_01甲基化水平的物质包括tget_01的探针；(2)所述特异性探查tget_02甲基化水平的物质包括tget_02的探针；(3)所述特异性探查tget_03甲基化水平的物质包括tget_03的探针；(4)所述特异性探查tget_04甲基化水平的物质包括tget_04的探针；(5)所述特异性探查tget_05甲基化水平的物质包括tget_05的探针；(6)所述特异性探查tget_06甲基化水平的物质包括tget_06的探针；(7)所述特异性探查tget_07甲基化水平的物质包括tget_07的探针；(8)所述特异性探查tget_08甲基化水平的物质包括tget_08的探针；(9)所述特异性探查tget_09甲基化水平的物质包括tget_09的探针；(10)所述特异性探查tget_10甲基化水平的物质包括tget_10的探针；(11)所述特异性探查tget_11甲基化水平的物质包括tget_11的探针；(12)所述特异性探查tget_12甲基化水平的物质包括tget_12的探针；(13)所述特异性探查tget_13甲基化水平的物质包括tget_13的探针；(14)所述特异性探查tget_14甲基化水平的物质包括tget_14的探针；(15)所述特异性探查tget_15甲基化水平的物质包括tget_15的探针；(16)所述特异性探查tget_16甲基化水平的物质包括tget_16的探针；(17)所述特异性探查tget_17甲基化水平的物质包括tget_17的探针；(18)所述特异性探查tget_18甲基化水平的物质包括tget_18的探针；(19)所述特异性探查tget_19甲基化水平的物质包括tget_19的探针；(20)所述特异性探查tget_20甲基化水平的物质包括tget_20的探针；(21)所述特异性探查tget_21甲基化水平的物质包括tget_21的探针；(22)所述特异性探查tget_22甲基化水平的物质包括tget_22的探针；(23)所述特异性探查tget_23甲基化水平的物质包括tget_23的探针；(24)所述特异性探查tget_24甲基化水平的物质包括tget_24的探针；(25)所述特异性探查tget_25甲基化水平的物质包括tget_25的探针；(26)所述特异性探查tget_26甲基化水平的物质包括tget_26的探针；(27)所述特异性探查tget_27甲基化水平的物质包括tget_27的探针；(28)所述特异性探查tget_28甲基化水平的物质包括tget_28的探针；
(29)所述特异性探查tget_29甲基化水平的物质包括tget_29的探针；(30)所述特异性探查tget_30甲基化水平的物质包括tget_30的探针；(31)所述特异性探查tget_31甲基化水平的物质包括tget_31的探针；(32)所述特异性探查tget_32甲基化水平的物质包括tget_32的探针；(33)所述特异性探查tget_33甲基化水平的物质包括tget_33的探针；(34)所述特异性探查tget_34甲基化水平的物质包括tget_34的探针；(35)所述特异性探查tget_35甲基化水平的物质包括tget_35的探针；(36)所述特异性探查tget_36甲基化水平的物质包括tget_36的探针；(37)所述特异性探查tget_37甲基化水平的物质包括tget_37的探针；(38)所述特异性探查tget_38甲基化水平的物质包括tget_38的探针；(39)所述特异性探查tget_39甲基化水平的物质包括tget_39的探针；(40)所述特异性探查tget_40甲基化水平的物质包括tget_40的探针；(41)所述特异性探查tget_41甲基化水平的物质包括tget_41的探针；(42)所述特异性探查tget_42甲基化水平的物质包括tget_42的探针；(43)所述特异性探查tget_43甲基化水平的物质包括tget_43的探针；(44)所述特异性探查tget_44甲基化水平的物质包括tget_44的探针；(45)所述特异性探查tget_45甲基化水平的物质包括tget_45的探针；可选择地，还包括以下特征中任一项或多项的组合：(46)所述特异性探查tget_46甲基化水平的物质包括tget_46的探针；(47)所述特异性探查tget_47甲基化水平的物质包括tget_47的探针；(48)所述特异性探查tget_48甲基化水平的物质包括tget_48的探针；(49)所述特异性探查tget_49甲基化水平的物质包括tget_49的探针；(50)所述特异性探查tget_50甲基化水平的物质包括tget_50的探针；(51)所述特异性探查tget_51甲基化水平的物质包括tget_51的探针；(52)所述特异性探查tget_52甲基化水平的物质包括tget_52的探针；(53)所述特异性探查tget_53甲基化水平的物质包括tget_53的探针；(54)所述特异性探查tget_54甲基化水平的物质包括tget_54的探针；(55)所述特异性探查tget_55甲基化水平的物质包括tget_55的探针。4.根据权利要求3所述的用途，其特征在于，包括以下特征中的一项或多项：(1)所述tget_01的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示；(2)所述tget_02的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；(3)所述tget_03的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；(4)所述tget_04的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；(5)所述tget_05的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示；(6)所述tget_06的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；(7)所述tget_07的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示；(8)所述tget_08的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；(9)所述tget_09的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示；(10)所述tget_10的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；
(11)所述tget_11的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示；(12)所述tget_12的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；(13)所述tget_13的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示；(14)所述tget_14的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；(15)所述tget_15的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示；(16)所述tget_16的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；(17)所述tget_17的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示；(18)所述tget_18的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示；(19)所述tget_19的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示；(20)所述tget_20的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；(21)所述tget_21的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示；(22)所述tget_22的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示；(23)所述tget_23的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示；(24)所述tget_24的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.24所示；(25)所述tget_25的探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示；(26)所述tget_26的探针的核苷酸序列如SEQ ID N...

【专利技术属性】
技术研发人员：梁智勇，吴焕文，刘笑玎，戴梦华，李雅彤，张志文，刘晓倩，
申请(专利权)人：中国医学科学院北京协和医院，
类型：发明
国别省市：