微生物相关的重要性指数指标制造技术

例如用于表征至少一种微生物相关状况的方法和/或系统的实施方式，可以包括：确定微生物分类群集合与至少一种微生物相关状况之间的关联集合(例如，正关联如正相关性、负关联如负相关性、非关联如无相关性或最小相关性等)；确定所述微生物分类群集合的参考特征集合(例如，参考丰度范围等)；和基于所述关联集合和所述参考特征集合确定一个或更多个重要性指数指标。

Index of importance related to microorganisms

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】微生物相关的重要性指数指标相关申请的交叉引用本申请要求2017年9月14日提交的美国临时申请系列号62/558,489的权益，通过引用以其整体合并在本文中。
本公开内容一般地涉及基因组学和微生物学。
技术介绍
微生物组可以包括与生物体相关联的共栖、共生和致病性微生物的生态群落。人类微生物组的表征是一种复杂的过程。人类微生物组包括超过人类细胞10倍的微生物细胞，但是例如由于样品处理技术、遗传分析技术和处理大量数据的资源中的限制，人类微生物组的表征仍然处于初期阶段。目前的知识已经清楚地确立了微生物组与多种健康状况的关联的作用，并已成为宿主遗传和环境因素对人类疾病发展的日益重视的媒介。怀疑微生物组在许多健康/疾病相关状态中起到至少部分的作用。此外，微生物组可以介导环境因素对人类、植物和/或动物健康的影响。考虑到微生物组在影响用户的健康方面深刻的牵连，应当继续进行与表征微生物组相关的工作。然而，例如用于相对于一种或更多种微生物组相关状况分析微生物组的常规方法还留有许多未解决的问题。附图的简要说明图1-2包括方法的实施方式的变体的流程图示；图3包括系统的实施方式的变体；图4包括方法的实施方式的变体的流程图示；图5包括方法的实施方式的变体中重要性指数指标(significantindexmetric)频率的图示；图6包括方法的实施方式的变体中克罗恩氏病(Crohn'sdisease)预测机器学习模型的指标的图示；图7A-7E包括方法的实施方式的变体中咖啡因消耗者预测机器学习模型的指标的图示；图8A-8D包括通知的具体实施例，所述通知包括重要性指数指标；图9包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；图10包括使用一种或更多种模型确定重要性指数指标的变体；图11包括方法的实施方式的变体中的促成治疗干预；图12包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；图13包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；图14包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；图15包括所述方法的实施方式的变体的示意图示；图16包括所述方法的实施方式的变体的示意图示。具体实施方式以下对实施方式的说明不意图限制所述实施方式，而是使任何本领域技术人员能够制造和使用。1.概述如图1-2、4和9所示，方法100(例如，用于表征至少一种微生物相关状况，等)的实施方式可以包括：确定微生物分类群(microorganismtaxa)集合与至少一种微生物相关状况之间的关联集合(例如，正关联如正相关性、负关联如负相关性、非关联如无相关性或最小相关性等)S110；针对所述微生物分类群集合确定参考特征(例如，参考丰度范围等)集合S120；和基于所述关联集合与所述参考特征集合确定一个或更多个重要性指数指标S130。在具体实施例中，所述方法100(例如，用于表征至少一种微生物相关状况，等)可以包括：确定微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合，其中所述关联集合包括正关联、负关联和非关联中的至少一种；与所述至少一种微生物相关状况相关联；为所述微生物分类群集合确定参考丰度范围集合，其中所述参考丰度范围与所述至少一种微生物相关状况相关联；和/或基于所述关联集合和所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围，确定与所述微生物分类群集合和所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合的表征相关联的重要性指数指标。所述方法100的实施方式可以额外地或替代地包括以下一个或更多个：基于所述一个或更多个重要性指数指标促成对一种或更多种微生物相关状况的诊断S140；基于所述一个或更多个重要性指数指标促成对所述一种或更多种微生物相关状况的治疗干预S150；和/或任何其他适合的过程。所述方法100和/或系统200的实施方式可以起起到确定一个或更多个指标(例如，重要性指数指标)的作用，该一个或更多个指标表征一个或更多个分类群与一种或更多种微生物相关状况之间的关联(例如，其中所述指标可以提供微生物的组合与一种或更多种微生物相关状况之间的关联的客观量度；等)。在具体的实施例中，重要性指数指标可以用于表征一个或更多个用户(例如，基于来自所述用户的新的用户样品；等)；促成诊断；促成治疗干预；揭露关于一个或更多个分类群与一种或更多种微生物相关状况之间的关系的见解；和/或赋予任何其他适合的效益。在具体的实施例中，所述方法100(例如，用于相对于用户表征至少一种微生物相关状况等)可以包括：从用户采集样品，其中所述样品包括与所述至少一种微生物相关状况相关联的微生物；基于所述样品，确定与所述微生物相关联的用户微生物组组成特征；和/或基于与微生物分类群集合相关联的所述用户微生物组组成特征(例如，所述微生物分类群集合的用户丰度；等)、参考微生物组组成特征(例如，所述微生物分类群集合的参考丰度和/或丰度范围；等)、以及所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合，为所述用户确定重要性指数指标，所述重要性指数指标表征用户微生物组与所述至少一种微生物相关状况之间的关联。在变体中，采集样品、确定微生物组特征(例如，微生物组组成特征)和/或所述方法100的实施方式的适合的过程可以按照2018年8月28日提交的16/115,542号美国申请中描述的和/或与之类似的任何适合的方式来进行，该美国申请通过引用以它们的整体合并在本文中。额外地或替代地，所述方法100和/或系统200的实施方式可以起到鉴定与一种或更多种微生物相关状况相关联的(例如，与之正相关的、与之负相关的等)微生物组特征、补充特征(例如，从补充数据得到的等)和/或其他适合的数据的作用，例如用于确定重要性指数、用作生物标志物(例如，用于诊断过程、用于治疗过程等)、用于诊断和/或治疗、和/或用于其他适合的目的。在实施例中，微生物相关状况(和/或重要性指数和/或其他适合的方面)可以与微生物组组成(例如，微生物组组成多样性等)、微生物组功能(例如，微生物组功能多样性等)和/或其他适合的微生物组相关方面中的至少一种或更多种相关联。额外地或替代地，所述方法100和/或系统200的实施方式可以起到确定微生物相关状况的面板(panel)(例如，通过状况类型分类的面板；等)的一个或更多个指标(例如，重要性指数指标)，例如，相对于表征多个分类群与多个微生物相关状况之间的多个关联(例如，其中任何数量的分类群都可以在任何适合的数值关系方面与任何数量的微生物相关状况相关联；等)。额外地或替代地，实施方式可以执行本文描述的任何适合的功能。在变体中，来自用户群体的数据(例如，与一种或更多种微生物相关状况相关联的受试者群体；与一种或更多种微生物相关状况正相关的、负相关的、不相关的；从例如科学同行评议文章的信息源得到的数据；等)可以用于确定重要性指数指标，例如用于表征随后的用户，例如用于指示健康和/或改善区的微生物相关状态(例如，用于诊断目的，等)，和/或用来促成治疗干预(例如，提出(prom本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种表征至少一种微生物相关状况的方法，所述方法包括：/n确定微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合，其中所述关联集合包含正关联、负关联和非关联中的至少一种；/n确定所述微生物分类群集合的参考丰度范围集合，其中所述参考丰度范围与所述至少一种微生物相关状况相关联；和/n基于所述关联集合和所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围，确定重要性指数指标，所述重要性指数指标与所述微生物分类群集合和所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的表征相关联。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20170914 US 62/558,4891.一种表征至少一种微生物相关状况的方法，所述方法包括：
确定微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的关联集合，其中所述关联集合包含正关联、负关联和非关联中的至少一种；
确定所述微生物分类群集合的参考丰度范围集合，其中所述参考丰度范围与所述至少一种微生物相关状况相关联；和
基于所述关联集合和所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围，确定重要性指数指标，所述重要性指数指标与所述微生物分类群集合和所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的表征相关联。


2.根据权利要求1所述的方法，其中确定所述重要性指数指标包括：
基于所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围集合，确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的影响大小指标；和
基于所述影响大小指标，确定所述重要性指数指标。


3.根据权利要求2所述的方法，
其中确定所述影响大小指标包括基于元分析，确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的相关系数集合，并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于所述相关系数集合确定所述重要性指数指标。


4.根据权利要求2所述的方法，
其中确定所述影响大小指标包括
确定所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述关联集合的z-分值集合；和
基于所述微生物分类群集合的所述参考丰度范围、以及所述微生物分类群集合与所述至少一种微生物相关状况之间的所述正关联和所述负关联中的至少一种，来修改所述z-分值集合；并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于修改的所述z-分值集合确定所述重要性指数指标。


5.根据权利要求2所述的方法，
其中确定所述影响大小指标包括基于所述参考丰度范围以及从所述微生物分类群集合的丰度的随机集合得出的校准曲线进行内插过程，并且
其中基于所述影响大小指标确定所述重要性指数指标包括基于所述内插过程确定所述重要性指数指标。


6.根据权利要求2所述的方法，其中确定所述重要性指数指标包括基于所述影响大小指标和所述微生物分类群集合的用户丰度，确定描述用户微生物组与所述至少一种微生物相关状况之间的关联的用户的倾向性分值。


7.根据权利要求6所述的方法，其中确定所述重要性指数指标包括基于所述微生物分类群集合的经验丰度范围集合将所述倾向性分值归一化。


8.根据权利要求1所述的方法，其中确定所述重要性指数指标包括：
确定用户样品的标签集合，其中确定所述标签集合包括，基于相对于所述分类群的参考丰度范围的、所述分类群的用户丰度的丰度满足条件，以及基于所述分类群与所述至少一种微生物相关状况之间的、所述关联集合中的关联的、关联满足类型条件，来确定所述微生物分类群集合的分类群的、所述标签集合的标签，以及
基于所述标签集合来确定与所述用户样品相关联的用户的所述重要性指数指标。


9.根据权利要求1所述的方法，其中确定所述重要性指数指标包括基于用户微生物组组成特征和从所述关联集合和所述参考丰度范围集合得到的机器学习模型，针对所述至少一种微生物相关状况确定与用户的健康状态相关联的微生物相关状况分类。


10.根据权利要求1所述的方法，还包括基于所述重要性指数指标和包含与所述微生物分类群集合相关联的微生物的用户样品，针对所述至少一种微生物相关状况促成对所述用户的诊断。


11.根据权利要求1所述的方法，还包括基于所述重要性指数指标和包含与所述微生物分类群集合相关联的微生物的用户样品，针对所述至少一种微生物相关状况促成对所述用户的治疗干预。


12.一种用于相对于用户表征至少一种微生物相关状况的方法，所述方法包括：
从用户采集样品，其中所述样品包含与所述至少一种微生物相关状况相关联的微生物；
基于所述样品确定与所述微生物相关联的用户微生物组组成特征；和
基于所述用户微生物组组成特征、与微生物分类群集合相关联的参考微生物组组成特征、以及所述微生物分类群集合与所述至...

【专利技术属性】
技术研发人员：扎迦利·阿普特，杰西卡·里奇曼，丹尼尔·阿尔莫纳西德，帕特里西奥·拉各斯，里卡多·卡斯特罗，帕兹·塔皮亚，
申请(专利权)人：普梭梅根公司，
类型：发明
国别省市：美国;US