用于微生物相关表征过程的控制过程制造技术

诸如用于改进微生物相关表征过程的方法和/或系统的实施方式，可以包括：制备对照样品集合(例如，从个体样本)；基于所述对照样品集合的一个或多个对照样品，确定一个或多个参考微生物相关参数(例如，微生物分类群集合的相对丰度的截止参考范围)；以及基于一个或多个参考微生物相关参数和针对所述对照样品集合的一个或多个对照样品的一种或多种对照样品表征，针对所述微生物相关表征确定一个或多个变异性参数。

Control process for microbial related characterization process

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于微生物相关表征过程的控制过程相关申请的交叉引用本申请要求2017年11月6日提交的美国临时申请序列号62/582,172和2018年5月15日提交的美国临时申请序列号62/671,435的权益，其全部内容各自通过引用合并在此。
本公开总体上涉及基因组学和微生物学。
技术介绍
16SrRNA(“16S”)基因的测序可以用于生物样本(specimen)和/或适当样品(simple)的微生物组分析，以便确定诸如粪便或土壤的生物样品中存在哪些微生物。该16S基因包括可以用于识别微生物(例如，对应于微生物的分类群(taxa)等)的高度可变的(highlyvariable)DNA序列。例如，细菌和古细菌基因组包括该基因的一个或多个副本(copy)，并且该基因的DNA序列在微生物群(例如，微生物分类群等)之间不同。因此，该基因的DNA序列可以用于确定细菌、古细菌、和/或适当微生物属于哪个分类单元(taxon)(例如，属(genus)、种(species)等)。在实施例中，数据库包括对应于不同微生物分类群(例如，各种微生物种和菌株)的16S本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种用于改进微生物相关表征过程的方法，所述方法包括：/n从个体样本制备对照样品集合；/n基于第一处理操作、使用来自所述对照样品集合的第一对照样品子集，确定参考微生物丰度参数集合，其中，所述第一处理操作与所述微生物相关表征过程相关联；/n基于所述微生物相关表征过程、使用第二对照样品子集和来自用户的目标样品，针对来自所述对照样品集合的所述第二对照样品子集确定对照样品表征；和/n基于所述对照样品表征和所述参考微生物丰度参数集合之间的比较，针对微生物相关表征过程确定变异性参数。/n

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】20171106 US 62/582,172;20180515 US 62/671,4351.一种用于改进微生物相关表征过程的方法，所述方法包括：
从个体样本制备对照样品集合；
基于第一处理操作、使用来自所述对照样品集合的第一对照样品子集，确定参考微生物丰度参数集合，其中，所述第一处理操作与所述微生物相关表征过程相关联；
基于所述微生物相关表征过程、使用第二对照样品子集和来自用户的目标样品，针对来自所述对照样品集合的所述第二对照样品子集确定对照样品表征；和
基于所述对照样品表征和所述参考微生物丰度参数集合之间的比较，针对微生物相关表征过程确定变异性参数。


2.根据权利要求1所述的方法，其中，确定所述参考微生物丰度参数集合包括：
基于所述第一处理操作、使用所述第一对照样品子集，确定个体参考微生物丰度参数集合；以及
基于所述个体参考微生物丰度参数集合确定平均参考微生物丰度参数集合，
其中，确定所述变异性参数包括基于所述对照样品表征和所述平均参考微生物丰度参数集合、确定所述变异性参数。


3.根据权利要求2所述的方法，其中，确定所述参考微生物丰度参数集合包括，基于所述平均参考微生物丰度参数集合、确定参考微生物丰度范围集合；并且其中，确定所述变异性参数包括，基于所述对照样品表征和所述参考微生物丰度范围集合之间的比较、确定所述变异性参数。


4.根据权利要求3所述的方法，其中，确定所述参考微生物丰度范围集合包括针对验证器微生物分类群集合确定参考微生物丰度范围集合；其中，所述对照样品表征包括针对所述验证器微生物分类群集合的微生物丰度参数集合；并且其中，确定所述变异性参数包括，针对所述验证器微生物分类群集合的各分类单元，确定所述微生物丰度参数集合的相应微生物丰度参数是否在所述参考微生物丰度范围集合的相应参考微生物丰度范围中。


5.根据权利要求4所述的方法，其中，确定所述变异性参数包括：
基于一些分类群、使用所述相应参考微生物丰度范围中的相应微生物丰度参数，确定分类群相关分值；以及
基于所述分类群相关分值和分类群相关分值阈值之间的比较，确定所述变异性参数。


6.根据权利要求5所述的方法，其还包括，基于与对照样品通过率的最大化和非对照样品通过率的最小化相关联的标准集合，确定所述分类群相关分值阈值。


7.根据权利要求3所述的方法，其中，所述参考微生物丰度范围集合包括参考微生物相对丰度范围集合；其中，所述对照样品表征包括微生物相对丰度参数集合；并且其中，确定所述变异性参数包括基于所述微生物相对丰度参数集合与所述参考微生物相对丰度范围集合之间的比较、确定所述变异性参数。


8.根据权利要求1所述的方法，其还包括：
基于所述微生物相关表征过程的所述变异性参数，为所述用户确定针对微生物相关状况的疗法；和
促进所述疗法向所述用户的提供。


9.根据权利要求8所述的方法，其中，促进所述疗法的提供包括将所述疗法提供给所述用户。


10.根据权利要求1所述的方法，其中，所述微生物相关表征过程包括与微生物相关状况的诊断相关联的微生物组试验；并且其中，确定所述变异性参数包括针对所述微生物组试验确定所述变异性参数。


11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述微生物组试验对应于微生物组试验类型；其中，所述第一处理操作包括对应于所述微生物组试验类型的、并使用所述第一对照样品子集执行的验证微生物组试验集合...

【专利技术属性】
技术研发人员：扎迦利·阿普特，杰西卡·里奇曼，丹尼尔·阿尔莫纳西德，帕特里夏·维拉，伊丽莎白·M·比克，阿曼达·莫顿，托马斯·诺兰贝纳，罗德里戈·奥蒂兹，
申请(专利权)人：普梭梅根公司，
类型：发明
国别省市：美国;US