用于微生物组衍生的伴随诊断的方法和系统技术方案

用于表征药物对用户的相容性的方法，包括从个体集合收集样本集合，个体集合包括对微生物组相关病症的治疗有反应的第一个体集合和对微生物组相关病症的治疗没有反应的第二个体集合，以及基于样本集合确定一个或多个数据集。从一个或多个微生物组数据集中提取微生物组特征集合，微生物组特征有助于区分对治疗有反应的个体和无反应的个体。基于微生物组特征集合确定伴随诊断模型。使用伴随诊断模型确定药物对用户的相容性。药物对用户的相容性。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于微生物组衍生的伴随诊断的方法和系统
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求向美国专利商标局提交的以下美国临时申请的权益：2019年2月20日提交的62/807,761；2019年2月21日提交的62/808,304；以及2019年2月20日提交的62/807,760，其各自的公开内容通过引用以其整体并入本文。


[0003]本公开总体上涉及医学诊断领域，并且更具体地涉及用于医学诊断领域中微生物组衍生的诊断和治疗的新的和有用的方法和系统。

技术介绍

[0004]微生物组具有很大的潜力，可以更好地解释对药物反应的好坏、药物毒性特征，以及总体上它们将如何与人体相互作用。临床试验的成败可取决于人体微生物组如何与候选药物相互作用。

技术实现思路

[0005]在本公开的一个方面，一种治疗与HPV感染相关联的癌症相关病症的方法包括：生成疾病表征模型，该模型通过分析从具有HPV相关联病症的群体的微生物组样本获得的一个或多个微生物组特征而生成。从个体收集微生物组样本。基于来自个体的微生物组样本，生成一个或多个微生物组数据集，然后从一个或多个微生物组数据集中提取微生物组特征集合。该方法进一步包括：根据微生物组特征集合和疾病表征模型确定个体是否患有HPV相关联病症；以及在诊断出个体患有HPV相关联病症后，在受HPV相关联病症影响的区域施用基于氨基乙酰丙酸(ALA)的治疗。
[0006]在本公开的另一方面，一种治疗DNA烷基化相关联病症的方法包括：从个体获得微生物组样本。基于微生物组样本中大肠杆菌素(colibactin)或大肠杆菌素样(colibactin
‑
like)化合物中的一个的存在和/或量来检测DNA烷基化相关联病症。对个体施用大肠杆菌素抑制治疗以治疗DNA烷基化相关联病症。
[0007]在本公开的又一方面，一种用于表征药物对用户的相容性的方法包括：从个体集合收集微生物组样本集合，个体集合包括对微生物组相关病症的治疗有反应的第一个体集合和对微生物组相关病症的治疗没有反应的第二个体集合，以及基于样本集合确定一个或多个数据集。从一个或多个微生物组数据集中提取微生物组特征集合，微生物组特征有助于区分对治疗有反应的个体和无反应的个体。基于微生物组特征集合来确定伴随诊断模型。使用伴随诊断模型来确定药物对用户的相容性。
[0008]从以下详细说明中，本专利技术的其他优点对本领域技术人员来说将变得显而易见，其中仅通过说明实施本专利技术的最佳模式的方式仅示出和描述了本专利技术的优选实施方式。如将意识到的，本专利技术能够有其他和不同的实施方式，并且其若干细节能够在各种明显方面进行修改，所有这些都不背离本专利技术。因此，附图和描述在本质上被认为是说明性的，而不
是限制性的。
附图说明
[0009]图1示出了女性健康测定及其相关联健康状况所涵盖的32个细菌靶标和19个HPV靶标的矩阵。
[0010]图2A示出了根据本公开的实施方式的测定中各种细菌属的细菌靶标的健康范围。
[0011]图2B示出了根据本公开的实施方式的测定中各种细菌种类的细菌靶标的范围。
[0012]图3A示出了hrHPV扩增和基因分型与根据本公开的一个实施方式的双基因HC2 HPV测定的比较。
[0013]图3B示出了lrHPV扩增和基因分型与根据本公开的一个实施方式的双基因HC2 HPV测定的比较。
[0014]图4A示出了一项研究中hrHPV类型的分布。
[0015]图4B示出了一项研究中lrHPV类型的分布。
具体实施方式
[0016]以下对本公开技术的描述并非旨在将该技术限制于任何特定实施方式，而是为了使本领域技术人员能够制造和使用该技术。
[0017]系统和/或方法的实施方式可以包括、提供和/或使用一种或多种微生物组测试(例如，试剂盒、测试组件、测定等)，其可以输出、指示、关联、用于和/或可以以其他方式促进伴随诊断和/或确定一个或多个伴随诊断相关指标，诸如用于为一个或多个用户描述(例如，向一个或多个用户指示)是否和/或在何种程度上一种或多种药物与用户相容。在特定示例中，该方法和/或系统可以指示药物是否与用户相容。在特定示例中，可实施该方法和/或系统，以指示一个或多个用户是否应服用药物(和/或类型的药物、剂量、风险因素、药物遗传学、反应、副作用、毒性，服用药物等特性)或不应服用药物(和/或风险因素、原因等)。
[0018]方法和/或系统的实施方式可以促进药物的表征(例如，通过试验和/或验证的药物)，诸如通过分割患者群体以确定基于他们的微生物组的哪些药物对哪些患者起作用。
[0019]方法和/或系统的实施方式可以包括和/或使用基于微生物组的伴随诊断来评估药物可能在携带特定风险因素的群体子集中引起的毒性和/或副作用。实施方式可以包括伴随诊断和/或生成伴随诊断(例如，试剂盒、测试等)。在示例中，实施方式(例如，试剂盒、测试，试剂盒和/或测试的生成等)可以独立于宿主基因组信息和/或与宿主基因组信息结合来并入微生物组信息。
[0020]实施方式可以包括：配对基于微生物组的测试以确定治疗剂是否应该用于给定患者。
[0021]在一个变体中，该方法可以包括评估和/或验证特定微生物集合相对于它们对药物疗法的效果和/或贡献，诸如用于使用该信息来改进当前疗法和/或开发新疗法。
[0022]该方法的实施方式可以包括：从个体集合收集样本集合，个体集合包括对一种或多种疗法(例如，对于一种或多种微生物组相关病症；对于任何合适的病症；等)有反应(例如，积极反应；等)的第一个体集合，以及对一种或多种疗法没有反应(例如，缺乏积极反应；等)的第二个体集合；基于样本集合来确定一个或多个微生物组数据集，其中微生物组数据
集包括以下中的至少一种：微生物组分类组成数据集、微生物组功能数据集、微生物组组成多样性数据集和微生物组功能多样性数据集；从至少一个数据集中提取微生物组特征集合，其中该微生物组特征集合有助于区分对一种或多种疗法有反应的个体和无反应的个体；基于微生物组特征集合来确定伴随诊断模型(例如分类器)；和/或使用伴随诊断模型生成和/或执行伴随诊断，诸如用于区分与一种或多种疗法相关的反应者与非反应者。然而，任何合适的个体都可用于样本；任何合适的微生物组数据都可用于确定特征；可以生成任何合适类型的模型以促进伴随诊断；以及伴随诊断模型可用于任何合适的目的。
[0023]该方法的实施方式可以包括：从个体集合收集样本集合，个体集合包括对一种或多种疗法(例如，对于一种或多种微生物组相关病症；对于任何合适的病症；等)有反应(例如，积极反应；等)但呈现副作用(例如，副作用症状等)的第一个体集合，以及对一种或多种疗法有反应(例如，积极反应；等)但不呈现副作用的第二个体集合；基于样本集合确定一个或多个微生物组数据集，其中微生物组数据集包括以下中的至少一种：微生物组分类组成数据集、微生物组功能数据集、微生物组组成多样性数据集和微生物组功能多样性数据集本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.治疗与HPV感染相关联的癌症相关病症的方法，所述方法包括：生成疾病表征模型，所述模型通过分析从具有所述HPV相关联病症的群体的微生物组样本获得的一个或多个微生物组特征而生成；从个体收集微生物组样本；基于来自所述个体的微生物组样本，生成一个或多个微生物组数据集，并且从所述一个或多个微生物组数据集中提取微生物组特征集合；根据所述微生物组特征集合和所述疾病表征模型来确定所述个体是否患有所述HPV相关联病症；以及在诊断出所述个体患有所述HPV相关联病症后，在受所述HPV相关联病症影响的区域施用基于氨基乙酰丙酸(ALA)的治疗。2.如权利要求1所述的方法，其中施用基于ALA的治疗包括在所述ALA或其类似物转变为荧光化合物的设定时间之后照射所述区域，所述照射的特征在于在所述被照射区域中产生活性氧。3.如权利要求1所述的方法，其进一步包括在施用基于ALA的治疗后表征所述HPV相关联病症以确定是否需要后续基于ALA的治疗。4.如权利要求3所述的方法，其中在确定需要后续基于ALA的治疗后，在预定时间段后在所述区域施用第二剂ALA或其类似物，并在所述ALA或其所述类似物转变为荧光化合物的设定时间之后照射所述区域，所述照射的特征在于在所述被照射区域中产生活性氧。5.如权利要求1所述的方法，其中识别所述HPV相关联病症包括分析来自所述个体的所述微生物组样本中的预定细菌靶标和HPV菌株。6.如权利要求5所述的方法，其中所述HPV菌株选自：14hrHPV菌株和5lrHPV菌株。7.治疗DNA烷基化相关联病症的方法，所述方法包括：从个体获得微生物组样本；基于所述微生物组样本中大肠杆菌素或大肠杆菌素样化合物中的一种的存在和/或量来检测DNA烷基化相关联病症；以及对所述个体施用大肠杆菌素抑制治疗以治疗所述DNA烷基化相关联病症。8.如权利要求7所述的方法，其中所述治疗包括对所述个体施用大肠杆菌素抑制化合物。9.如权利要求7所述的方法，其中所述治疗包括对所述个体施用基因调节疗法，所述基因调节疗法被配置为删除与产生大肠杆菌素相关的基因或阻断与产生大肠杆菌素相关的基因的转录。10.如权利要求9所述的方法，其中所述基因调节疗法选自：诱导突变、CRISPR、CR...

【专利技术属性】
技术研发人员：扎卡里，
申请(专利权)人：普梭梅根公司，
类型：发明
国别省市：