抗体DNA缀合物及HPV检测与治疗制造技术

本公开涉及使用抗体DNA缀合物和包含新的多肽的药物组合物检测分子的方法及其用途。多肽的药物组合物检测分子的方法及其用途。多肽的药物组合物检测分子的方法及其用途。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】抗体DNA缀合物及HPV检测与治疗
相关申请的交叉引用
[0001]本申请要求2019年1月25日递交的标题为“Beyond Nucleic Acid Detection:DNA
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LISA”的第62/797,165号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope
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Based Approach For A HPV6 Treatment And Detection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,167号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope
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Based Approach For A HPV11 Treatment And Detection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,171号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope
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Based Approach For A HPV16 Treatment And Detection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,173号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope
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Based Approach For A HPV18 Treatment And Detection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,175号美国临时专利申请、2019年1月31日递交的标题为“TMA Explorer”的第62/799,294号美国临时专利申请的权益，其均通过引用整体并入本文中。

技术介绍

[0002]生物样品中大范围的分子的定量检测对于疾病的诊断、监测和个性化治疗至关重要。目前，多种技术如ELISA(酶联免疫吸附测定)、免疫组织化学、流式细胞术、分光光度法、气体和质谱法被用于检测样品中的分子。尽管这些技术已经被开发和完善为精确和灵敏性的，但它们在其可扩展性、高成本和其同时检测多种靶标的能力方面可能受到限制。
[0003]DNA是一种多功能分子，可用于存储多种信息，从编码蛋白质的序列到合成确定的编码数字数据文件的序列。由此，合成的DNA可以附接到目标大分子上，并且这些缀合的复合物随后可以进行传统的DNA操作技术，如聚合酶链反应(PCR)、qPCR和测序。例如，免疫
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PCR是一种将结合特异性靶标的抗体与确定的DNA寡核苷酸分子缀合，并且随后对被抗体
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DNA缀合物目标结合的靶分子进行常规PCR或qPCR的技术。
[0004]NGS平台已有爆炸性的发展，其允许大大降低每个处理样本的成本，而且允许并行查询多个靶标。抗体
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DNA寡聚缀合物及其与靶分子的相互作用随后可以进行NGS测序，从而为当前的免疫
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PCR技术提供提高的灵敏度和多功能性的输出。
[0005]下一代测序(NGS)的当前进步已允许极大地降低DNA测序的成本，并推动了基因组和转录组学领域的多项进步，现在允许进行详细分析，这仅在最近数年来都是成本过高的。这也允许使得基因检测能够被广泛的用户使用，跨越研究实验室的障碍，进入普通人的家中。相比之下，其他非DNA靶标的检测和鉴定仍处于不发达阶段，主要由高度专业化的实验室完成，受其成本和可扩展性低的限制。
[0006]用于治疗来源于过敏原和病原体(如病毒、细菌等)的疾病的产品通常利用疫苗的经典概念，疫苗已被开发为类似于天然病原体。一些组合物包括一些选定的病原体典型的抗原组分，例如病毒衣壳蛋白。在其他情况下，疫苗模拟弱致病组分，其通过杀伤、灭活或减弱原始过敏原或病原体获得。
[0007]另一方面，基于表位的疫苗旨在通过来自病原体或过敏原的不同蛋白质触发免疫反应，并且专注于一些特定的短氨基酸序列，可以对其进行分离以进行合理修饰。合理修饰计算机工具瞄准的表位序列的能力可以导致那些表位的活性增加，在其他情况下其不会触发最佳免疫反应。在这方面，表位可以是来源于抗原的片段，其可以被抗体或免疫细胞如B和T细胞识别。蛋白质抗原的表位可分为构象表位或线性表位。构象表位由不连续的蛋白质部分组成，而线性表位则由来自抗原的连续的氨基酸序列形成。因此，针对疫苗开发的基于表位的方法作为影响免疫系统的疾病、作为过敏或感染性疾病的潜在预防方法出现。然而，除了疫苗之外，其他载体已被用作递送方法、编码肽(表位)的DNA载体、纳米粒子的使用、基于聚合物的方法等。
[0008]人乳头瘤病毒(HPV)是世界上最常见的性传播感染，也是宫颈癌(CC)的主要病原体，其中其已在99％的病例中发现。另外，已在93％的肛门癌、40％的阴道癌、40％的阴茎癌和51％的外阴癌病例中发现了HPV。HPV基因组由三个参与转录和病毒复制的调控基因(E1、E2、E4)、三个致癌基因(E5、E6、E7)和两个构成病毒衣壳的基因(L1、L2)组成。
[0009]超过40种HPV类型可以通过阴道性交、肛交和口交的直接性接触获得。HPV类型6、11、32、40、42、43、44、54、55、61、62、64、70、71、72、74、81、83、84、87、89和91(低风险)已被描述为与癌症无关，但可能与生殖器疣有关，而HPV类型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和68(高风险)是导致大多数HPV癌症的原因。由于HPV感染的迅速传播，在癌症进展之前进行预防性治疗是必不可少的。
[0010]目前，美国有数种HPV检测已获得上市前批准，是目前经由帕帕尼科拉乌(Pap)试验筛查宫颈癌的标准方法。其他测试基于HPV核酸筛查，其可在半定量测量中鉴定多种病毒类型，提供是否存在高风险或低风险毒株，以及病毒载量的评估。这些HPV检测的敏感性和特异性通常高于PAP涂片检测在识别(前期)癌症方面的敏感性和特异性。例如，digene HC2 HPV DNA检测是一种具有信号的体外核酸杂交测定，其能够通过化学发光定性检测宫颈标本中的5种低危型和13种高危型HPV DNA。
[0011]为了预防HPV感染，FDA批准了三种市售的HPV预防疫苗：来自Merck的和以及来自GlaxoSmithKline的Gardasil(也称为重组人乳头瘤病毒四价疫苗)是一种用于预防由16型和18型HPV引起的肛门癌、宫颈癌、外阴癌和阴道癌，以及由6型和11型HPV引起的生殖器疣的疫苗。另一方面，Gardasil 9(也称为重组人乳头瘤病毒九价疫苗)可预防由16、18、31、33、45、52和58型HPV引起的肛门癌、宫颈癌、外阴癌和阴道癌，以及由6型和11型HPV引起的生殖器疣。最后，Cervarix(也称为重组人乳头瘤病毒二价疫苗)是一种用于预防由16型和18型HPV引起的宫颈癌的疫苗。这些疫苗本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.检测靶分子的方法，所述方法包括以下步骤：a)将抗体的DNA寡核苷酸与所述靶分子缀合，以形成抗体
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DNA寡核苷酸缀合物；b)固定所述靶分子；c)将所述靶分子与所述抗体
‑
DNA寡核苷酸缀合物结合；d)扩增并检测所述抗体
‑
DNA寡核苷酸缀合物中的DNA序列。2.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：5
’
R
‑
间隔子
‑
UPST.适配子
‑
确定的标识符序列
‑
DWNST.适配子
‑3’
。3.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：5
’
R
‑
间隔子
‑
UPST.适配子
‑
确定的标识符序列
‑
桥接_左3
’
。4.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：5
’
桥接_右
‑
确定的标识符序列
‑
DWNST.适配子
‑
间隔子
‑
R
‑3’
。5.如权利要求2、3或4中任一项所述的方法，其中R是选自以下的活性基团：硫醇、叠氮化物、NHS
‑
酯、胺、醛、肼、己炔基、辛二炔基dU、丙烯酸亚磷酰胺和巯基。6.如权利要求1所述的方法，其中在所述缀合步骤a)中使用交联子试剂。7.如权利要求6所述的方法，其中所述交联子试剂是SMCC或磺基
‑
SMCC。8.如权利要求1所述的方法，其中在所述缀合步骤a)中使用还原剂。9.如权利要求8所述的方法，其中所述还原剂是DTT或β
‑
巯基乙醇。10.如权利要求1所述的方法，其中所述扩增是聚合酶链反应(PCR)扩增。11.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。12.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：X1是I、A、E、H或V；X2是G或Y；X3是A或S；X4是R、Y、A、L、F、H或P；X5是I、N、D、A、T或Y；X6是H或O；X7是Y；X8是F或P；X9是Y。13.如权利要求12所述的多肽，其中所述多肽具有序列IGARIHYFY。14.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；X3是F；X4是I；X5是T或P；X6是G、P、A或C；X7是S、W、Q、F、P；X8是D或W；X9是F或W。15.如权利要求14所述的多肽，其中所述多肽具有序列PVFITGSDF。16.治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求11、12、13、14或15中任一项所述的多肽的药物组合物。17.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。18.多肽，其包含与X
10
X
11
X
12
X13X
14
X
15
...

【专利技术属性】
技术研发人员：扎卡里，
申请(专利权)人：普梭梅根公司，
类型：发明
国别省市：