检测HER2基因突变的特异性引物、液相芯片试剂盒和方法技术

本发明专利技术提供了一种检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其包括有：根据HER2基因的各种突变类型及野生型所设计的延伸引物对，所述延伸引物由5’端tag序列和3’端针对目的基因突变位点所设计的特异性引物序列组成，具有不同anti‑tag序列包被的、具有不同颜色编码的磁珠；扩增引物。本发明专利技术所提供的HER2基因突变检测液相芯片试剂盒可对7种突变型进行联合检测并分型，单次操作即可对96个样本的7个突变位点单独或者同时进行准确分析，检测灵敏度高，其检测结果与测序法结果高度吻合，一致率高达100％，且检测效率远高于常用的测序技术，符合实际应用需求。

Specific primers, liquid chip kits and methods for detection of HER2 gene mutations

The present invention provides a liquid chip kit for detecting HER2 gene mutation, which includes: a pair of extended primers designed according to various mutation types of HER2 gene and wild type. The extended primers consist of 5'tag sequence and 3' tag sequence designed for target gene mutation site, and have different anti tag sequence encapsulated and different color coding. Code beads; amplified primers. The HER2 gene mutation detection liquid chip kit provided by the invention can detect and classify seven mutants jointly. Seven mutant sites of 96 samples can be accurately analyzed individually or simultaneously by a single operation, and the detection sensitivity is high. The detection results are highly consistent with the results of sequencing method, and the coincidence rate is as high as 100%, and the detection efficiency is much higher than that of common sequencing technology. It meets the needs of practical application.

【技术实现步骤摘要】
检测HER2基因突变的特异性引物、液相芯片试剂盒和方法
本专利技术属于分子生物学领域，涉及医学及生物技术，具体的是涉及一种检测HER2基因突变的特异性引物、液相芯片试剂盒和方法。
技术介绍
HER2基因，又被称为表皮生长因子受体2(EGFR2)，ERBB-2或NEU，定位于染色体17q21，全长28515bp，转录4624nt的mRNA，编码的蛋白质是具有酪氨酸蛋白激酶活性的跨膜蛋白，分子质量约为185ku，长度为1255个氨基酸，前653个氨基酸为胞外区，654-675个氨基酸的区域为穿膜区，676-1255个氨基酸区域为胞内区。HER2是ERBB受体酪氨酸激酶家族的成员之一，该家族还包括其它3个成员，分别为EGFR(HER1/ERBB1)，HER3(ERBB3)和HER4(ERBB4)，所以HER2与人表皮生长因子受体(EGFR)癌基因有很高的同源序列。配体能与EGFR、HER3、HER4的细胞外结构域结合，诱导这些受体形成同源或异源二聚体，催化激活与细胞增殖、分化和迁移相关的细胞内信号通路级联反应。这些反应是由细胞质信号转换因子如PLC-γ1，Ras-Raf-MEK-MAPKs，磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)，Src等(信号转导和转录激活因子，STATs)所诱导的。HER2无已知的配体，通常被erbB家族的其它成员通过同型或异型二聚化作用激活。在静止的状态下，这些细胞表面受体以皱褶的单体形式存在，即所谓“关闭状态”，无活性的构象阻止二聚化作用。当配体结合到胞外域时，构象的重排导致其处于“打开状态”，暴露二聚化作用的界面，胞外二聚物结构导致胞内酪氨酸激酶部分受体的反式激活。HER2突变可以使HER2基因激活，导致酪氨酸激酶结构域构象改变，ATP结合袋缩小，激酶活性增加，受体和下游AKT和MEK通路的激活，从而使多种细胞发生恶性转化或者细胞恶性程度增加，更为有效地激活信号传导、磷酸化EGFR、诱导肿瘤的形成和扩散。研究表明HER2突变(HER2YVMA)能够诱导不依赖于配体的磷酸根转移，较HER2野生型具有更强能力与介导细胞增殖、能动、生存的信号转换因子关联，HER2YVMA能够在缺乏ERBB配体以及EGFR激酶活性的情况下激活EGFR。阿法替尼是EGFR和HER2酪氨酸激酶的强效、不可逆双重抑制剂。研究表明，HER2突变的非小细胞肺癌患者可从药物阿法替尼中获益，HER2基因突变也因有望成为新靶点而备受关注。截至目前，市场上检测HER2基因突变的试剂盒也非常少，其检测技术主要为荧光定量PCR及高通量测序，荧光定量PCR检测技术无法做到单管多个基因同时检测分型，通量相对较低；高通量测序检测技术设备投资要求高，操作较繁琐，数据较难处理。液相芯片检测技术有一定的优势，设备成本相对较低、特异性强、检测结果准确、可重复性好、通量高等优点。要实现该技术的优势，引物和探针设计、磁珠选择及反应体系优化都是至关重要的。
技术实现思路
本专利技术的目的之一是提供HER2基因突变检测的液相芯片试剂盒，该试剂盒可用于HER2基因外显子20及外显子19上七种常见基因型的单位点或多位点联合检测。七种突变基因型分别为：2325-2336ins(YVMA776-779ins)、2326-2337ins(YVMA776-779ins)、2327-2339ins(G776V，Cins)、2340-2348ins(GSP781-783ins)、2331-2336ins(CG778-779ins)、2326G>T(G776C)和2264T>C(L755S)，前六种类型位于外显子20，最后一种类型位于外显子19上。实现上述目的的技术方案如下。一种检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，包括有：(A).根据HER2基因的各种突变类型及野生型所设计的延伸引物延伸引物由5’端tag序列和3’端针对目的基因突变位点所设计的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列选自以下描述中的一对：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.11、针对2326-2337ins(YVMA776-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.12、针对2327-2339ins(G776V,Cins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.13、针对2340-2348ins(GSP781-783ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.14、针对2331-2336ins(CG778-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.15、针对2326G>T(G776C)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.16、针对2264T>C(L755S)位点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18所述tag序列选自SEQIDNO.1～SEQIDNO.9；(B).具有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的磁珠，anti-tag序列与磁珠连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQIDNO.19～SEQIDNO.27，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).扩增引物：是针对不同的突变位点所设计的具有特异性的正反向引物对，用于扩增出待检测的目标序列，包含所述延伸引物所能检测的相应突变位点。在其中一个实施例中，所述扩增引物为：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)、2326-2337ins(YVMA776-779ins)、2327-2339ins(G776V,Cins)、2340-2348ins(GSP781-783ins)、2331-2336ins(CG778-779ins)、2326G>T(G776C)位点的SEQIDNO.28及SEQIDNO.29，针对2264T>C(L755S)位点的SEQIDNO.30及SEQIDNO.31。在其中一个实施例中，所述延伸引物为：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.11组成的序列，针对2326-2337ins(YVMA776-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.3和SEQIDNO.12组成的序列，针对2327-2339ins(G776V,Cins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.13组成的序列，针对2340-2348ins(GSP781-783ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.5和SEQIDNO.14组成的序列，针对2331-2336ins(CG778-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.15组成的序列，和针对2326G>T(G776C)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.7和SEQIDNO.16组成的序列，和/或本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其特征在于，包括有：(A).根据HER2基因的各种突变类型及野生型所设计的延伸引物对，所述延伸引物由5’端tag序列和3’端针对目的基因突变位点所设计的特异性引物序列组成。针对不同类型的所述特异性引物序列选自以下描述中的至少一对：针对2325‑2336ins(YVMA776‑779ins)位点的SEQ ID NO.10及SEQ IDNO.11、针对2326‑2337ins(YVMA776‑779ins)位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.12、针对2327‑2339ins(G776V,Cins)位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.13、针对2340‑2348ins(GSP 781‑783ins)位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.14、针对2331‑2336ins(CG 778‑779ins)位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.15、针对2326G>T(G776C)位点的SEQ ID NO.10及SEQ ID NO.16、针对2264T>C(L755S)位点的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18所述tag序列选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.9；(B).具有不同anti‑tag序列包被的、具有不同颜色编码的磁珠，anti‑tag序列与磁珠连接中间还设有间隔臂序列；所述anti‑tag序列选自SEQ ID NO.19～SEQ IDNO.27，且所述anti‑tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).扩增引物：是针对不同的突变位点所设计的具有特异性的正反向引物对，用于扩增出待检测的目标序列，包含所述延伸引物所能检测的相应突变位点。...

【技术特征摘要】
1.一种检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其特征在于，包括有：(A).根据HER2基因的各种突变类型及野生型所设计的延伸引物对，所述延伸引物由5’端tag序列和3’端针对目的基因突变位点所设计的特异性引物序列组成。针对不同类型的所述特异性引物序列选自以下描述中的至少一对：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.11、针对2326-2337ins(YVMA776-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.12、针对2327-2339ins(G776V,Cins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.13、针对2340-2348ins(GSP781-783ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.14、针对2331-2336ins(CG778-779ins)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.15、针对2326G>T(G776C)位点的SEQIDNO.10及SEQIDNO.16、针对2264T>C(L755S)位点的SEQIDNO.17及SEQIDNO.18所述tag序列选自SEQIDNO.1～SEQIDNO.9；(B).具有不同anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的磁珠，anti-tag序列与磁珠连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQIDNO.19～SEQIDNO.27，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).扩增引物：是针对不同的突变位点所设计的具有特异性的正反向引物对，用于扩增出待检测的目标序列，包含所述延伸引物所能检测的相应突变位点。2.根据权利要求1所述的检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其特征在于，所述扩增引物为：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)、2326-2337ins(YVMA776-779ins)、2327-2339ins(G776V,Cins)、2340-2348ins(GSP781-783ins)、2331-2336ins(CG778-779ins)、2326G>T(G776C)位点的SEQIDNO.28及SEQIDNO.29和/或针对2264T>C(L755S)位点的SEQIDNO.30及SEQIDNO.31。3.根据权利要求1或2所述的检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其特征在于，所述延伸引物对选自以下中的至少一对：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.2和SEQIDNO.11组成的序列，针对2326-2337ins(YVMA776-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.3和SEQIDNO.12组成的序列，针对2327-2339ins(G776V,Cins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.4和SEQIDNO.13组成的序列，针对2340-2348ins(GSP781-783ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.5和SEQIDNO.14组成的序列，针对2331-2336ins(CG778-779ins)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.6和SEQIDNO.15组成的序列，和针对2326G>T(G776C)位点的由SEQIDNO.1和SEQIDNO.10组成的序列及由SEQIDNO.7和SEQIDNO.16组成的序列，和针对2264T>C(L755S)位点的由SEQIDNO.8和SEQIDNO.17组成的序列及由SEQIDNO.9和SEQIDNO.18组成的序列。4.根据权利要求1-3任一项所述的检测HER2基因突变的液相芯片试剂盒，其特征在于，(A).根据HER2基因的各种突变类型及野生型所设计的延伸引物对，所述延伸引物对为：针对2325-2336ins(YVMA776-779ins)...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓天发，刘志明，吴诗扬，许嘉森，
申请(专利权)人：益善生物技术股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广东,44