重组核苷酸片段Rec78801和Rec78802及其检测引物与应用制造技术

本发明专利技术实施例涉及分子育种领域，具体涉及利用分子育种技术选育含抗褐飞虱基因的水稻植株时获得的重组核苷酸片段Rec78801和Rec78802及其检测引物与应用。本发明专利技术实施例提供的重组核苷酸片段，其选自：包含SEQ ID NO：1所示序列430‑603位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；包含SEQ ID NO：1所示序列的序列，或其变体，或其互补序列；包含SEQ ID NO：2所示序列678‑895位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；包含SEQ ID NO：2所示序列的序列，或其变体，或其互补序列；以及以上片段的组合。所述重组核苷酸片段可以作为主效基因的特异识别标记，运用于分子标记选择育种；并可作为特异分子识别标记，用于鉴定水稻材料。

Recombinant nucleotide fragments Rec78801 and Rec78802 and their detection primers and Applications

The embodiment of the present invention relates to the field of molecular breeding, in particular to the recombinant nucleotide fragments Rec78801 and Rec78802 obtained during the breeding of rice plants containing brown planthopper resistance genes by molecular breeding technology and their detection primers and applications. The recombinant nucleotide fragment provided by the embodiment of the present invention is selected from: a sequence containing 430 603 nucleotides of the sequence shown in SEQ ID NO:1, or its variants, or their complementary sequences; a sequence containing the sequence shown in SEQ ID NO:1, or its variants, or their complementary sequences; a sequence containing 678 895 nucleotides of the sequence shown in SEQ ID NO:2, or its variants, or their complementary sequences; A sequence containing the sequence shown in SEQ ID NO:2, or its variants, or their complementary sequences; and a combination of the above fragments. The recombinant nucleotide fragment can be used as a specific identification marker for major genes, as a molecular marker for selective breeding, and as a specific molecular recognition marker for identifying rice materials.

【技术实现步骤摘要】
重组核苷酸片段Rec78801和Rec78802及其检测引物与应用
本专利技术涉及分子育种领域，具体涉及利用分子育种技术选育含抗褐飞虱基因的水稻植株时获得的重组核苷酸片段Rec78801和Rec78802及其检测引物与应用。
技术介绍
传统的水稻育种依赖于育种家对具体水稻材料在田间的表型的观察与评价，受到自然环境和个人经验的影响，其育种周期长，效率低。分子标记技术的发展为提高育种效率提供了新的手段，使得育种家可以通过检测与主效基因紧密连锁的特定核苷酸序列，即分子标记来实现对目标基因的选择，大幅度提高育种的准确度及缩短育种年限。褐飞虱是水稻最严重的虫害之一，能使水稻严重减产甚至绝收，培育抗褐飞虱水稻新品种是防治褐飞虱最经济有效的方法。随着褐飞虱抗性基因定位及克隆工作的不断深入，目前已有30多个主效基因被定位，其中12个被成功克隆。药用野生稻是重要的褐飞虱抗性基因资源材料，其位于第3号染色体长臂末端和第4号染色体短臂仅着丝粒区域的Bph14和Bph15基因已经分别被成功克隆和精细定位。已有研究表明，聚合这两个基因可以显著提高受体水稻对褐飞虱的抗性。公开该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
专利技术目的本专利技术的目的在于提供一种重组核苷酸片段Rec78801和Rec78802，以及检测上述两个重组核苷酸片段的PCR引物与方法，该重组核苷酸片段是利用分子标记辅助选择育种技术培育含抗褐飞虱基因的水稻植株时获得的。其中，重组核酸片段Rec78801的核苷酸序列包含SEQIDNo.1所示430-603bp的序列，其位于水稻植株中Bph14基因上游且与该主效基因紧密连锁；重组核酸片段Rec78802的核苷酸序列包含SEQIDNo.2所示的678-895bp的序列，其位于水稻植株中Bph15基因下游并与其紧密连锁。水稻杂交过程中，不同来源的基因组在减数分裂过程中会发生同源重组，从而产生新的DNA序列组合。由于基因组重组是随机的，所以理论上不同来源的基因组重组产生的任何一个新的核苷酸序列都是不同的，具有极高的特异性。发生在主效基因附近的重组DNA序列与其紧密连锁，只存在于选育得到的后代重组单株中，具有唯一性。因此，一方面，由于重组DNA序列与特定主效基因连锁紧密，因此可以作为该主效基因的特异识别标记，运用于分子标记选择育种；另一方面，由于该重组DNA只存在于选育得到的后代重组单株材料中，因此也可作为该材料的特异分子识别标记，通过检测待测水稻材料中是否含有该重组DNA序列，即可判断待测水稻材料是否为选育得到的重组水稻植株，或是否是利用含有该重组DNA序列的水稻植株为亲本选育而来。解决方案为实现本专利技术目的，本专利技术实施例提供了重组核苷酸片段，其选自：I)包含SEQIDNO：1所示序列430-603位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；II)包含SEQIDNO：1所示序列，或其变体，或其互补序列；III)包含SEQIDNO：2所示序列678-895位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；IV)包含SEQIDNO：2所示序列，或其变体，或其互补序列；V)I)-IV)中任意片段的组合。上述重组核苷酸片段在一种可能的实施方式中，重组核苷酸片段来源于“五山丝苗”和“HB13001-14-5”杂交后代中基因组发生同源重组的重组单株；可选地，所述重组单株的遗传背景与“五山丝苗”完全相同，仅第3号染色体第35664621-36093075bp之间的核苷酸序列和第4号染色体第6587356-7000448bp之间的核苷酸序列来源于供体亲本“HB13001-14-5”，其余基因组成分与“五山丝苗”相同。本专利技术实施例还提供了用于扩增或检测所述重组核苷酸片段的引物，所述引物包括本领域技术人员针对该扩增目标可设计得到的所有引物。上述引物在一种可能的实施方式中，当扩增目标为SEQIDNo.1所示序列时，所述引物可选自以下I-V的任一组引物组合：I)特异性识别SEQIDNO：1所示序列1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列603-833位核苷酸的序列的反向引物；II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含：a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO：1所示序列第1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第431-602位核苷酸的序列的反向引物；b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO：1所示序列第431-602位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603-833位核苷酸的序列的反向引物；III)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603位核苷酸的序列的反向引物；IV)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603-833位核苷酸的序列的反向引物；V)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603位核苷酸的序列的反向引物。上述引物在一种可能的实施方式中，当扩增目标为SEQIDNo.2所示序列时，所述引物可选自以下VI-X的任一组引物组合：VI)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；VII)以下第三组引物对与第四组引物对的组合，其包含：a)第三组引物对：特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第679-894位核苷酸的序列的反向引物；b)第四组引物对：特异性识别SEQIDNO：2所示序列第679-894位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；VIII)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895位核苷酸的序列的反向引物；IX)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；X)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895位核苷酸的序列的反向引物。上述引物在一种可能的实施方式中，所述引物选自：I)扩增或检测SEQIDNo：1所示序列的引物对为：5’-AGAGATCACATACGGTGTACT-3’，如SEQIDNO：3所示，5’-TTTCTTGTTACGACCACGAGAT-3’，如SEQIDNO：4所示；和/或，任选地，II)扩增或检测SEQIDNo：2所示序列的引物对为：5’-CCACACCTTTTTTGTGTAATTGACTA-3’，如SEQIDNO：5所示，5’-AGGAACACCGCCACATTGGG-3’，如SEQIDNO：6所示。本专利技术本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种重组核苷酸片段，其选自：I)包含SEQ ID NO：1所示序列430‑603位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；II)包含SEQ ID NO：1所示序列，或其变体，或其互补序列；III)包含SEQ ID NO：2所示序列678‑895位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；IV)包含SEQ ID NO：2所示序列，或其变体，或其互补序列；V)I)‑IV)中任意片段的组合。

【技术特征摘要】
1.一种重组核苷酸片段，其选自：I)包含SEQIDNO：1所示序列430-603位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；II)包含SEQIDNO：1所示序列，或其变体，或其互补序列；III)包含SEQIDNO：2所示序列678-895位核苷酸的序列，或其变体，或其互补序列；IV)包含SEQIDNO：2所示序列，或其变体，或其互补序列；V)I)-IV)中任意片段的组合。2.用于扩增权利要求1所述的重组核苷酸片段的引物。3.根据权利要求2所述的引物，其特征在于：当扩增目标为SEQIDNo.1所示序列时，所述引物可选自以下I-V的任一组引物组合：I)特异性识别SEQIDNO：1所示序列1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列603-833位核苷酸的序列的反向引物；II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含：a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO：1所示序列第1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第431-602位核苷酸的序列的反向引物；b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO：1所示序列第431-602位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603-833位核苷酸的序列的反向引物；III)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603位核苷酸的序列的反向引物；IV)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603-833位核苷酸的序列的反向引物；V)特异性识别SEQIDNO：1所示序列第1-430位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：1所示序列第603位核苷酸的序列的反向引物；和/或，任选地，当扩增目标为SEQIDNo.2所示序列时，所述引物可选自以下VI-X的任一组引物组合：VI)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；VII)以下第三组引物对与第四组引物对的组合，其包含：a)第三组引物对：特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第679-894位核苷酸的序列的反向引物；b)第四组引物对：特异性识别SEQIDNO：2所示序列第679-894位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；VIII)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895位核苷酸的序列的反向引物；IX)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第678位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO：2所示序列第895-1063位核苷酸的序列的反向引物；X)特异性识别SEQIDNO：2所示序列第1-678位核苷酸的序列的正向引物和特异...

【专利技术属性】
技术研发人员：王红波，牟同敏，
申请(专利权)人：华中农业大学，
类型：发明
国别省市：湖北,42