多囊性肾病的生物标志物及其用途制造技术

本文提供了用于确定患者中的多囊性肾病(PKD)的治疗功效、诊断患者中的PKD、对患者中的PKD进行分期、以及监测患者中的PKD的方法。这些方法包括确定AMBP的单个或多个水平。还提供了包含特异性结合至AMBP蛋白的抗体和特异性结合至PKD另外的标志物的至少一种抗体的试剂盒。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】多囊性肾病的生物标志物及其用途相关申请的交叉引用本申请要求申请日为2015年11月18日提交的美国临时专利申请序列号62/257,089的优先权，该申请的全部内容通过提述并入本文。
本专利技术涉及分子医药和分子生物学的方法。专利技术背景多囊性肾病(PKD)是一种常见的遗传病症，其特征为患者肾脏中随时间充有流体的上皮内衬的(epithelial-lined)囊肿的形成(Park等,BMBReports44:359-368,2011)。PKD患者中的囊肿可以在数十年内在尺寸和数量上增加，并且取代和破坏邻近的肾实质，其可以最终导致患者的终末期肾病(Chapin等,J.CellBiol.191:701-710,2010)。除了分化和极性的丧失之外，已经显示多种机制促成了PKD，包括增加的增殖和凋亡(Belibi等,Expert.Opin.Invest.Drugs19:315-328,2010)。许多终末期PKD患者依赖于移植或血液透析以减弱肾衰竭(Park等,2011；同上)。存在两种类型的PKD：常染色体显性PKD(ADPKD)和常染色体隐性PKD(ARPKD)。在2006年，在美国约500,000人被诊断为具有PKD，其中约500到1000人中有1人患ADPKD，而约20,000至40,000人中有1人患ARPKD。ADPKD是肾脏最常见的遗传病症，占美国的终末期肾病患者的～5％(Pei等,Adv.ChronicKidneyDis.17:140-152,2010)。专利技术概述本专利技术基于(至少部分基于)如下发现：α-1-微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平在包含来自具有PKD的患者的生物流体的样品(例如尿液样品)或肾脏组织(例如肾脏活组织检查样品)中是升高的，所述水平在包括来自具有较晚期PKD的患者的生物流体(例如尿液样品)或肾脏组织(例如生长活组织检查样品)的样品中与具有较早期PKD的患者中的水平相比是增加的，且所述水平在包括来自施用了治疗上有效的PKD治疗的PKD受试者的生物流体(例如尿液样品)或肾脏组织(例如肾脏活组织检查样品)的样品中是降低的。鉴于此发现，本文提供了用于确定患者中的PKD的治疗功效、诊断患者中的PKD、对患者中的PKD进行分期、以及监测患者中的PKD的方法，该方法包括确定AMBP的水平。本文提供了确定患者中的多囊性肾病(PKD)的治疗功效的方法，其包括(a)提供包含获取自PDK患者的生物流体的第一样品；(b)确定所述第一样品中的α-1-微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平；(c)对所述患者施用PKD治疗；(d)提供包含来自步骤(c)后的患者的生物流体的第二样品，并确定所述第二样品中的AMBP的水平；和(e)如果所述第二样品中的水平低于所述第一样品中的水平，则鉴定所施用的治疗为有效。在这些方法的一些实施方案中，其中所述PKD患者具有常染色体显性PKD。在这些方法的一些实施方案中，其中所述PKD患者具有常染色体隐性PKD。在这些方法的一些实施方案中，其中所述第一和第二样品包含尿液。在这些方法的一些实施方案中，PKD治疗包含葡糖基神经酰胺合酶(glucosylceramidesynthase,GCS)抑制剂。在这些方法的一些实施方案中，所述GCS抑制剂选自下组：(S)-奎宁环-3-基(2-(4'-(2-甲氧基乙氧基)-[1,1'-联苯基]-4-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；4-氟-1-(5-氟-4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；奎宁环-3-基(2-(4’-氟-[1,1’-联苯]-3-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；和氨基甲酸,N-[1-[2-(4-氟苯基)-4-噻唑基]-1-甲基乙基]-,(3S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-3-基酯。在这些方法的一些实施方案中，其进一步包括：(f)如果所述治疗被鉴定为有效，则向所述患者施用额外剂量的GCS抑制剂。在这些方法的一些实施方案中，其中所述额外剂量的GCS抑制剂包括：(S)-奎宁环-3-基(2-(4'-(2-甲氧基乙氧基)-[1,1'-联苯基]-4-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；4-氟-1-(5-氟-4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；奎宁环-3-基(2-(4’-氟-[1,1’-联苯]-3-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；或氨基甲酸,N-[1-[2-(4-氟苯基)-4-噻唑基]-1-甲基乙基]-,(3S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-3-基酯。在这些方法的一些实施方案中，其中所述PKD治疗包含CDK抑制剂(例如R-roscovitine或S-CR8)。这些方法的一些实施方案进一步本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.一种确定患者中的多囊性肾病(PKD)的治疗功效的方法，所述方法包括：(a)提供包含获取自PDK患者的生物流体的第一样品；(b)确定所述第一样品中的α‑1‑微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平；(c)对所述患者施用PKD治疗；(d)提供包含来自步骤(c)后的患者的生物流体的第二样品，并确定所述第二样品中的AMBP的水平；和(e)如果所述第二样品中的水平低于所述第一样品中的水平，则鉴定所施用的治疗为有效。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.11.18 US 62/257,0891.一种确定患者中的多囊性肾病(PKD)的治疗功效的方法，所述方法包括：(a)提供包含获取自PDK患者的生物流体的第一样品；(b)确定所述第一样品中的α-1-微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平；(c)对所述患者施用PKD治疗；(d)提供包含来自步骤(c)后的患者的生物流体的第二样品，并确定所述第二样品中的AMBP的水平；和(e)如果所述第二样品中的水平低于所述第一样品中的水平，则鉴定所施用的治疗为有效。2.权利要求1的方法，其中所述PKD患者具有常染色体显性PKD。3.权利要求1的方法，其中所述PKD患者具有常染色体隐性PKD。4.权利要求1的方法，其中所述第一和第二样品包含尿液。5.权利要求1的方法，其中所述PKD治疗包含葡糖基神经酰胺合酶(glucosylceramidesynthase,GCS)抑制剂。6.权利要求5的方法，其中所述GCS抑制剂选自下组：(S)-奎宁环-3-基(2-(4'-(2-甲氧基乙氧基)-[1,1'-联苯基]-4-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；4-氟-1-(5-氟-4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；奎宁环-3-基(2-(4’-氟-[1,1’-联苯]-3-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；和氨基甲酸,N-[1-[2-(4-氟苯基)-4-噻唑基]-1-甲基乙基]-,(3S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-3-基酯。7.权利要求5的方法，其进一步包括：(f)如果所述治疗被鉴定为有效，则向所述患者施用额外剂量的GCS抑制剂。8.权利要求7的方法，其中所述额外剂量的GCS抑制剂包含：(S)-奎宁环-3-基(2-(4'-(2-甲氧基乙氧基)-[1,1'-联苯基]-4-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；4-氟-1-(5-氟-4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-((2-甲氧基乙氧基)甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(甲氧基甲基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(3-甲基奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-甲氧基乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(奎宁环-3-基)哌啶-4-甲酰胺；4-氟-1-(4-(4-(2-氟乙氧基)苯基)嘧啶-2-基)-N-(4-甲基-1-氮杂双环[3.2.2]壬-4-基)哌啶-4-甲酰胺；奎宁环-3-基(2-(4’-氟-[1,1’-联苯]-3-基)丙-2-基)氨基甲酸酯；或氨基甲酸,N-[1-[2-(4-氟苯基)-4-噻唑基]-1-甲基乙基]-,(3S)-1-氮杂双环[2.2.2]辛-3-基酯。9.权利要求1的方法，其中所述PKD治疗包含CDK抑制剂。10.权利要求9的方法，其中所述CDK抑制剂是R-roscovitine或S-CR8。11.权利要求9的方法，其进一步包括：(f)如果所述治疗被鉴定为有效，则向所述患者施用额外剂量的GCS抑制剂。12.权利要求11的方法，其中所述额外剂量的CDK抑制剂包含R-roscovitine或S-CR8。13.权利要求1的方法，其中在(b)和(d)中确定AMBP的水平包括确定AMBP蛋白的水平。14.权利要求13的方法，其中(b)和(d)包括使所述样品与特异性结合至AMBP蛋白的抗体接触。15.一种确定患者中的多囊性肾病(PKD)的分期的方法，其包括：(a)提供包含来自被怀疑具有PKD或被鉴定为具有PKD的患者的生物流体的样品；(b)确定所述样品中的α-1-微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平；和(c)由所述水平确定所述患者中的PKD的分期。16.权利要求15的方法，其中所述PKD是常染色体显性PKD。17.权利要求15的方法，其中所述PKD是常染色体隐性PKD。18.权利要求15的方法，其中所述样品包含尿液。19.权利要求15的方法，其进一步包括：(d)向被鉴定为具有I期、II期、III期、IV期或V期PKD的患者分别施用针对I期、II期、III期、IV期或V期PKD的治疗。20.权利要求19的方法，其进一步包括：(d)在(c)后对所述患者中的一个或两个肾脏进行成像以确认所述患者中的PKD的分期。21.权利要求15的方法，其中在(b)中确定AMBP的水平包括确定AMBP蛋白的水平。22.权利要求21的方法，其中(b)包括使所述样品与特异性结合至AMBP蛋白的抗体接触。23.一种确定患者中的多囊性肾病(PKD)的分期的方法，其包括：(a)提供包含来自被怀疑具有PKD或被鉴定为具有PKD的患者的肾脏组织的样品；(b)确定所述样品中的α-1-微球蛋白/bikunin前体(AMBP)的水平；和(c)由所述水平确定所述患者中的PKD的分期。24.权利要求23的方法，其中所述PKD是常染色体显性PKD。25.权利要求23的方法，其中所述PKD是常染色体隐性PKD。26.权利要求23的方法，其进一步包括：(d)向被鉴定为具有I期、II期、III期、IV期或V期PKD的患者分别施用针对I期、II期、III期、IV期或V期PKD的治疗。27.权利要求23的方法，其进一步包括：(d)在(c)后对所述患者中的一个或两个肾脏进行成像以确认所述患者中的PKD的分期。28.权利要求23的方法，其中在(b)中确定AMBP的水平包括确定AMBP蛋白的水平。29.权利要求28的方法，其中(b)包括使所述样品与特异性...

【专利技术属性】
技术研发人员：N·布卡诺夫，S·莫雷诺，T·E·威登，
申请(专利权)人：建新公司，
类型：发明
国别省市：美国,US