新表位的迭代发现及其适应性免疫疗法和方法技术

考虑的癌症治疗包括从治疗后或连续轮的免疫治疗和/或化疗之间患者的各种活检部位进行患者特异性、癌症特异性和位置特异性新表位的递归分析以通知进一步的免疫治疗。递归分析优选包括各种新表位属性至如此鉴定治疗相关新表位。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】新表位的迭代发现及其适应性免疫疗法和方法本申请要求于2015年10月12日提交的序列号为62/240482的美国临时申请的优先权，其通过引用并入本文。
本专利技术的领域是肿瘤疾病的免疫治疗性治疗，特别是转移性癌症的免疫治疗性治疗。
技术介绍
背景描述包括对理解本专利技术可能有用的信息。其并不是承认本文提供的任何信息是现有技术或与当前要求保护的专利技术相关，或者明确或暗示引用的任何出版物是现有技术。本文中的所有出版物通过引用并入本文，就如同每个单独的出版物或专利申请被具体地和单独地指出通过引用并入。当并入的参考文献中的术语的定义或使用与本文提供的术语的定义不一致或相反时，本文提供的该术语的定义适用并且该参考文献中对该术语的定义不适用。癌症治疗，特别是个性化的癌症治疗已经越来越成为许多患者的可行选择。然而，尽管治疗方法得到了改善，复发仍然没有得到成功管理，可能导致预期结果不尽如人意。除了其他原因，肿瘤异质性(参见例如WO2015/164560)显著减少会导致治疗成功的合适抗原选择的机会。此外，如WO2014/058987中所述，许多肿瘤随着时间克隆发展不同转移并因此可以不被免疫治疗所靶向。更进一步，用其他非免疫治疗药物治疗将在大多数情况下会与免疫治疗性药物治疗发生干扰。因此，尽管本领域已知用于免疫治疗的各种癌症治疗选择，但仍然需要有助于改善癌症免疫治疗中治疗结果的系统和方法。
技术实现思路
专利技术人已经发现，通过来自多个部位并且优选不同时间点的新表位分析引导的癌症的递归治疗显著更可能抑制或甚至消除癌症的复发。在特别优选的方面，从患者的原发肿瘤、淋巴结和转移灶取得活检，并且对这些样品中的每一个进行组学分析以获得适用于用免疫学组合物(例如抗体、synbody、修饰的NK细胞、T细胞、重组病毒等)治疗的新表位的患者特异性、肿瘤特异性和位置特异性信息。然后使患者进行免疫治疗和任选(低剂量)化疗，并且后续进一步从相同和/或新部位取得活检以监测携带或展示这些表位的癌细胞的存在、或增加或降低以及鉴定这些部位的新的新表位。然后调整免疫和/或化疗治疗以进一步治疗患者。在本专利技术主题的一个方面，专利技术人考虑了对诊断患有肿瘤的患者进行引导免疫治疗的方法。在特别优选的方法中，接收患者第一位置和第二位置的肿瘤细胞的组学数据，并且组学数据用于分别确定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的新表位。在另一步骤中，使用组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和/或途径属性中的至少一个(或至少两个、或至少三个、或至少四个)来鉴定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的治疗相关新表位。使用治疗相关的新表位产生免疫治疗组合物，然后将免疫治疗组合物施用于患者。尽管在某些方面患者可以是从未经历治疗的患者，患者也可以先前接收用初始免疫治疗组合物的治疗，所述初始免疫治疗组合物可以与所产生的免疫治疗组合物不同也可以不与所产生的免疫治疗组合物不同。最典型地，第一位置将是原发肿瘤而第二位置可以是局部区域(locoregional)转移、远处转移、淋巴结或循环系统(例如，其中肿瘤细胞是循环肿瘤细胞)。进一步通常优选的是，通过针对匹配的正常组学数据进行过滤和/或针对患者的HLA型过滤来确定相应的新表位。关于组属性，可以考虑这样的属性可以是独特新表位、共有新表位和/或克隆性状态，位置属性可以是原发肿瘤位置、转移位置和/或循环系统，以及功能属性可能是司机突变或乘客突变。代谢属性可以是药物耐受或增加的糖酵解，并且途径属性可以是生长信号传导途径中的突变、细胞凋亡信号传导途径中的突变、激素信号传导途径中的突变和/或信号传导途径使用中的漂移。此外，考虑了合适的免疫治疗组合物包括编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体以及用治疗相关的新表位离体激活的白细胞。为了继续靶向新的新表位，进一步考虑了以下步骤：(a)接收第一位置和第二位置的肿瘤细胞的组学数据，(b)使用组学数据确定各自的新表位，(c)鉴定治疗相关新表位，以及(d)使用治疗相关新表位产生免疫治疗组合物，可反复进行以由此产生升级的免疫治疗组合物。因此，并且从不同的角度来看，本专利技术人还考虑了针对患有癌症的患者优化免疫治疗的方法，其包括接收第一位置和第二位置中的至少一个的肿瘤细胞的治疗前新表位序列信息的步骤，以及接收第一位置和第二位置中的至少一个位置的肿瘤细胞的治疗后新表位序列信息的另一步骤。如上所述，治疗前和治疗后新表位序列信息中的每一个优选具有组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和/或途径属性；在又一步骤中,基于治疗前和治疗后新表位序列信息的组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和/或途径属性鉴定升级的治疗相关新表位。然后使用升级的治疗相关新表位产生升级的免疫治疗组合物，并将该升级的免疫治疗组合物施用于患者。最典型地，第一位置是原发肿瘤，第二位置局部区域转移、远处转移、淋巴结或循环系统。例如，前和后新表位序列信息来自第一位置和第二位置的肿瘤细胞，并且升级的治疗相关新表位可以基于治疗前和后新表位序列信息的组属性、位置属性和功能属性中的至少两个。如上所述，通常优选组属性可以是独特新表位、共有新表位或克隆性状态，位置属性可以是原发肿瘤位置、转移位置或循环系统，并且功能属性可以是司机突变、乘客突变、生长信号传导途径中的突变、细胞凋亡信号传导途径中的突变或激素信号传导途径中的突变。同样，通常优选免疫治疗组合物可以是编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体或用治疗相关的新表位离体激活的白细胞群体。因此，本专利技术人还考虑了对诊断患有肿瘤的患者改善治疗的方法。优选方法包括接收患者的肿瘤细胞的多个第一组学数据的步骤，其中从至少两个不同位置的肿瘤细胞获得第一组学数据。在进一步的步骤中，从第一组学数据确定升级的患者特异性、癌症特异性和位置特异性新表位，各自具有组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个，和这些新表位后续用于产生患者特异性免疫治疗组合物。在又一步骤中，接收患者的肿瘤细胞的多个第二组学数据，其中从至少两个不同位置的肿瘤细胞获得第二组学数据，并且其中在用患者特异性免疫治疗组合物治疗患者之后获得第二组学数据。再一次，从第二组学数据确定升级的患者特异性、癌症特异性和位置特异性新表位，各自具有组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和/或途径属性中的至少一个，和这些升级的新表位用于产生升级的患者特异性免疫治疗组合物。关于第一位置和第二位置、属性和患者特异性免疫治疗组合物，应用与上面提供的相同的考虑。此外，通常考虑了患者特异性免疫治疗组合物和升级的患者特异性免疫治疗组合物是选自由编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体以及用治疗相关的新表位离体激活的白细胞群体组成的组的不同实体。本专利技术主题的各种目的、特征、方面和优点将从以下对优选实施方案的详述以及附图中变得更加明显，附图中相同的附图标记表示相同的组分。附本文档来自技高网...

【技术保护点】
1.对诊断患有肿瘤的患者进行引导免疫治疗的方法，包括：接收患者第一位置的肿瘤细胞的组学数据，并接收患者第二位置的肿瘤细胞组学数据；使用组学数据确定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的各自的新表位；使用组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个来鉴定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的治疗相关新表位；和使用治疗相关新表位产生免疫治疗组合物，并将该免疫治疗组合物施用于患者。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2015.10.12 US 62/240,4821.对诊断患有肿瘤的患者进行引导免疫治疗的方法，包括：接收患者第一位置的肿瘤细胞的组学数据，并接收患者第二位置的肿瘤细胞组学数据；使用组学数据确定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的各自的新表位；使用组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个来鉴定第一位置和第二位置的肿瘤细胞中的治疗相关新表位；和使用治疗相关新表位产生免疫治疗组合物，并将该免疫治疗组合物施用于患者。2.根据权利要求1所述的方法，其中诊断患有肿瘤的患者先前用不同于所产生的免疫治疗组合物的初始免疫治疗组合物治疗。3.根据权利要求1所述的方法，其中第一位置是原发肿瘤，第二位置选自由局部区域转移、远处转移、淋巴结和循环系统组成的组。4.根据权利要求1所述的方法，其中通过针对患者的匹配的正常组学数据过滤来确定各自的新表位。5.根据权利要求4所述的方法，其中通过针对患者的HLA型进一步过滤来确定各自的新表位。6.根据权利要求1所述的方法，其中组属性选自由独特新表位、共有新表位、倍性状态和克隆性状态组成的组，其中位置属性选自由原发肿瘤位置、转移位置和循环系统组成的组，其中功能属性选自由司机突变、乘客突变和甲基化状态组成的组，其中代谢属性选自由药物耐受和增加的糖酵解组成的组，和其中途径属性选自由生长信号传导途径中的突变、细胞凋亡信号传导途径中的突变、激素信号传导途径中的突变和信号传导途径使用中的漂移组成的组。7.根据权利要求1所述的方法，其中免疫治疗组合物选自由编码治疗相关新表位的重组病毒表达系统、表达治疗相关新表位的重组免疫潜能细胞、表达用于治疗相关新表位的受体的重组免疫潜能细胞、用于结合与治疗有关的新表位的合成抗体以及用治疗相关的新表位离体激活的白细胞群体组成的组。8.根据权利要求1所述的方法，其还包括向患者施用免疫治疗组合物的步骤并且然后重复以下步骤：(a)接收第一位置和第二位置的肿瘤细胞的组学数据，(b)使用组学数据确定各自的新表位，(c)鉴定治疗相关新表位，以及(d)使用治疗相关新表位产生免疫治疗组合物以由此产生升级的免疫治疗组合物。9.对患有癌症的患者进行优化免疫治疗的方法，包括：接收第一位置和第二位置中的至少一个的肿瘤细胞的治疗前新表位序列信息；接收第一位置和第二位置中的至少一个的肿瘤细胞的治疗后新表位序列信息；其中治疗前和治疗后新表位序列信息中的每一个具有组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个；基于治疗前和治疗后新表位序列信息的组属性、位置属性、功能属性、代谢属性和途径属性中的至少一个鉴定升级的治疗相关新表位；和使用升级的治疗相关新表位产生升级的免疫治疗组合物，并将该免疫治疗组合物施用于患者。10.根据权利要求9所述的方法，其中第一位置是原发肿瘤，第二位置选自由局部区域转移、远处转移、淋巴结和循环系统组成的组。11.根据权利要求9所述的方法，其中处理前新表位序列信息来自第一位置和第二位置的肿瘤细胞，并且其中处理后新表位序列信息来自第一位置和第二位置的肿瘤细胞。12.根据权利要求9所述的方法，其中鉴定升级的治疗相关新表位的步骤基于治...

【专利技术属性】
技术研发人员：S·C·奔驰，K·尼亚齐，P·宋世宗，A·阮，
申请(专利权)人：南托米克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国,US