重组核酸片段RecCR010161及其检测引物与应用制造技术

本发明专利技术涉及分子生物学，具体公开了一种水稻抗稻瘟病重组核酸片段RecCR010161及其检测引物与应用。本发明专利技术还提供一种基于全基因组选择育种技术选育含有抗稻瘟病基因组重组核酸片段的水稻植株的方法，将目标基因组片段导入受体材料，并同时实现背景的回复。本发明专利技术改良的受体材料为‘泸香618B’，为具有中低直链淀粉含量的香型不育系‘泸香618A’配套的保持系。利用上述方法，可以在保留‘泸香618B’原有优点的情况下大幅度提高其稻瘟病抗性。进一步的，通过配组实现杂交种稻瘟病抗性的大幅度提高。本发明专利技术提供的基因组重组核酸片段与稻瘟病抗性紧密相关，可作为抗性资源应用于其他品种的培育。

Recombinant nucleic acid fragment RecCR010161 and its detection primers and Applications

The present invention relates to molecular biology, and specifically discloses a recombinant nucleic acid fragment RecCR010161 for rice blast resistance, and its detection primers and applications. The invention also provides a method for rice genome selection breeding and selection of rice blast resistant genomic DNA containing fragments based on target genomic fragments into the receptor materials, and to achieve the background response at the same time. The present invention improved receptor materials for \lineluxiang 618B\, as the aromatic sterile lines' have low amylose content lineluxiang 618A 'supporting maintainer. Using the above method, can retain the \lineluxiang 618B\ under the condition of the original advantages greatly improve the blast resistance. Further, the implementation of hybrid rice blast resistance group significantly improved. The recombinant nucleic acid fragment provided by the invention is closely related to the resistance to rice blast, and can be used as a resistance resource for the cultivation of other varieties.

【技术实现步骤摘要】
重组核酸片段RecCR010161及其检测引物与应用
本专利技术涉及分子生物学，具体地说，涉及一种水稻抗稻瘟病重组核酸片段。
技术介绍
长期以来，传统育种的选择方法主要依赖于田间表现型的评价，根据育种家个人经验进行取舍，其最大的缺点在于耗时长，效率较低。要提高选择的效率，最理想的方法应是能够直接对基因型进行选择。随着分子生物技术的发展，分子标记为实现对基因型的直接选择提供了可能。近年来，已开始应用分子标记辅助选择方法来改良个别目标性状，能够显著的缩短育种年限。稻瘟病是水稻最严重的病害之一，全球每年由稻瘟病引起的水稻产量损失占11％～30％，因此稻瘟病及其抗性的研究显得尤为重要。随着对稻瘟病研究的逐步深入，许多水稻抗稻瘟病基因DNA片段相继被定位和克隆。其中，Pil及Pik簇等位基因定位于水稻第11染色体长臂近末端区域(Hua等，TheoreticalandAppliedGenetics.2012,125:1047-1055；Li等，MolecularBreeding.2007,20:179-188；Alok等，Functional&IntegrativeGenomics.2012,12:215-228；Yuan等，TheoreticalandAppliedGenetics.2011,122:1017-1028)。为了提高育种的稳定性、缩短育种过程和时间、有效利用水稻抗性资源，有必要对水稻在杂交育种中产生的稻瘟病抗性基因重组片段进行研究，为能够高效稳定的实现水稻抗性育种提供有效手段。
技术实现思路
为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术的目的是提供一种水稻抗稻瘟病重组核酸片段RecCR010161及其检测引物与应用。为了实现本专利技术目的，本专利技术的技术方案如下：第一方面，本专利技术提供一种重组核酸片段，其特征在于，其核苷酸序列包含SEQIDNO.1所示331-478bp的序列或其片段、或其变体、或其互补序列。作为优选，其核苷酸序列包含SEQIDNO.1所示的序列或其片段、或其变体、或其互补序列。SEQIDNO.1所示的序列来自于‘泸香618B’和‘华3418B’基因组区域交换产生的重组植株。一般来讲，特定核苷酸序列的变体将与该特定核苷酸序列具有至少约70％、75％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％或99.9％或更高的序列同一性，或以上的互补序列。这样的变体序列包括一个或多个核酸残基的添加、缺失或替换，从而可以导致相应的氨基酸残基的添加、移除或替换。通过本领域内已知的序列比对程序包括杂交技术确定序列同一性。实施方案的核苷酸序列变体与本专利技术的序列的差异可以少至1-15个核苷酸、少至1-10个(例如6-10个)，少至5个，少至4、3、2或甚至1个核苷酸。第二方面，本专利技术提供了用于扩增所述重组核酸片段的引物。所述引物包括本领域技术人员针对该扩增目标可设计得到的所有引物。当扩增目标为SEQIDNO.1所示序列时，所述引物可选自：(I)特异性识别SEQIDNO.1所示序列1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含：(a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO.1所示序列第1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第332-477bp区域中核苷酸序列的反向引物；(b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO.1所示序列第332-477bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(III)特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第331位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第478位核苷酸的序列的反向引物；(IV)特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第331位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(V)特异性识别SEQIDNO.1所示序列第1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第478位核苷酸的序列的反向引物。具体而言，本专利技术提供用于扩增SEQIDNO.1所示序列的引物对为：5’-TGCCGAACGGTGAATAATGTAA-3’，和5’-GCCTTGATCTAGGAGGGAATGT-3’。以及用于检测SEQIDNO.1所示序列的测序引物为：5’-TGCCGAACGGTGAATAATGTAA-3’，和5’-GCCTTGATCTAGGAGGGAATGT-3’。进一步地，本专利技术还提供含有前述引物的试剂盒。第三方面，本专利技术提供了所述重组核酸片段在抗稻瘟病水稻育种中的应用。例如，将该片段导入其他水稻植株中，以得到具有抗稻瘟病的水稻植株。第四方面，本专利技术提供了筛选含有所述重组核酸片段的水稻植株的方法。根据如前所述的重组核酸片段设计特异性引物，以待测基因组为模板进行PCR反应，并分析PCR扩增产物的步骤。具体而言，所述引物如前所述。可选择地，利用Sanger测序法分析PCR扩增产物。所述方法以待测样品基因组DNA为模板，利用上述扩增引物进行PCR扩增，然后利用上述测序引物对获得的扩增产物进行测序，若测序结果与SEQIDNO.1序列一致或互补，则待测样品中含有SEQIDNO.1所示同源重组片段。通过检测确定了待测样品中含有SEQIDNO.1所示序列的重组核酸片段，即可确定待测样品中包含含有抗性基因的重组核酸片段。作为优选，可利用前述引物或前述试剂盒，检测待测样品基因组中是否含有权利要求1所述的重组核酸片段。可以理解的是，通过所述方法筛选得到的含有本专利技术公开的重组核酸片段的水稻植株或其种子也属于本专利技术的保护范围。第五方面，本专利技术提供了含有所述重组核酸片段的水稻植株的选育方法，具体为：以‘泸香618B’为轮回亲本，‘华3418B’为供体亲本进行杂交，将所得到的杂交种与轮回亲本‘泸香618B’进行回交，再将所得到的回交种进行自交，获得含有权利要求1所述重组核酸片段的水稻植株；其中，所述杂交种、回交种和自交种需分别利用分子标记和水稻全基因组育种芯片进行前景选择和背景选择。所述分子标记为PiC11ID17、PiC11S122和PiC11S166中的一种或多种。具体而言，所述选育方法包括以下步骤：1)将轮回亲本与供体植物进行杂交，将所得到的杂交种与轮回亲本进行回交，获得回交一代，利用正向选择标记PiC11ID17和负向选择标记PiC11S122、PiC11S166对其进行抗稻瘟病基因组片段的单侧同源重组片段筛选，并利用水稻全基因组育种芯片，例如RICE6K，对其进行背景选择；2)选择背景回复较好的重组单株(此世代背景回复值超过75％)与轮回亲本再次进行回交，获得回交二代，利用正向选择标记PiC11ID17对其进行检测，选择含有抗稻瘟病基因组片段的重组单株，然后利用水稻全基因组育种芯片，例如RICE6K，对其进行背景选择；3)选择背景回复好的重组单株(本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种重组核酸片段，其特征在于，其核苷酸序列包含SEQ ID NO.1所示331‑478bp的序列、或其变体、或其互补序列。

【技术特征摘要】
1.一种重组核酸片段，其特征在于，其核苷酸序列包含SEQIDNO.1所示331-478bp的序列、或其变体、或其互补序列。2.根据权利要求1所述的重组核酸片段，其特征在于，其核苷酸序列包含SEQIDNO.1所示的序列或其片段、或其变体、或其互补序列。3.用于扩增或检测权利要求1或2所述重组核酸片段的引物。4.根据权利要求3所述的引物，其特征在于，所述引物选自：(I)特异性识别SEQIDNO.1所示序列1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含：(a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO.1所示序列第1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第332-477bp区域中核苷酸序列的反向引物；(b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO.1所示序列第332-477bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(III)特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第331位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第478位核苷酸的序列的反向引物；(IV)特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第331位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO.1所示序列第478-766bp区域中核苷酸序列的反向引物；(V)特异性识别SEQIDNO.1所示序列第1-331bp区域中核苷酸序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO.1所示序列第478位核苷酸的序列的反向引物。5.根据权利要求3所述的引物，其特征在于，所述引物为扩增或测序SEQIDNO:1所示序列的引物对：5’-TGCCGAACGGTGAATAATGTAA-3’，5’-GCCTTGATCTAGGAGGGAATGT-3’。6.含有权利要求3～5任一项所述引物的试剂盒。7.权利要求1或2所述的重组核酸片段在抗稻瘟病水稻育种中的应用。8.筛选含有权利要求1或2所述重组核酸片段的水稻植株的方法，其特征在于，利用权利要求3～5任一项所述引物或权...

【专利技术属性】
技术研发人员：周发松，喻辉辉，张学堂，邱树青，张龙雨，雷昉，姚玥，李旭，潘丽，李菁，韦懿，陈光，何予卿，陈国良，张启发，
申请(专利权)人：中国种子集团有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11