一种与儿童易感疾病相关多SNP位点的高通量检测试剂盒及其使用方法技术

本发明专利技术公开了一种与儿童易感疾病相关多SNP位点的高通量检测试剂盒及其使用方法。所述检测试剂盒包括优选出的31个SNP位点的31种PCR延伸引物，所述延伸引物的核苷酸序列为SEQ ID No.1至SEQ ID No.31。本发明专利技术通过对每组位点进行多重PCR扩增和标记延伸，通过毛细管电泳分析，同时获取所有SNP位点的基因型后进行生物信息学解读，得到更为全面的儿童基本生理信息。本发明专利技术操作简单，成本低，通量高，检测结果直接可靠，适用于各种规模的儿童基本健康信息的筛查。

A high-throughput detection kit for multiple SNP loci associated with children's susceptible diseases and its use

The present invention discloses a high-throughput detection kit for multiple SNP loci related to children's susceptible diseases and its use method. 31 PCR the detection kit includes 31 SNP loci selected extension primers, the nucleotide sequence of the primer extension for SEQ ID No.1 to SEQ ID No.31. The present invention of each loci were amplified and labeled extension of multiple PCR, analyzed by capillary electrophoresis, while obtaining the genotypes of all SNP sites after the interpretation of biological information, more comprehensive children's basic physiological information. The invention has the advantages of simple operation, low cost, high flux, direct and reliable detection results, and is suitable for the screening of children's basic health information in various scales.

【技术实现步骤摘要】
一种与儿童易感疾病相关多SNP位点的高通量检测试剂盒及其使用方法
本专利技术涉及分子生物学
中SNP分型检测，具体涉及一组与儿童健康相关SNP分型试剂盒及其使用方法。
技术介绍
儿童处于生长发育的关键阶段，是成长为一个健康个体的基础，不少成年后出现的躯体疾病、心理异常和性格行为等问题，都与儿童时期的身心健康有关，然而这个阶段缺乏自卫与自控能力，其健康易受营养、疾病和外界环境各种因素的影响，是最易受伤害的人群，因此，为保证儿童身心健康，防治各种疾病，可以在基因层面进行筛查，确定每个儿童潜在的健康风险与无限的潜能和天赋，并有针对性的进行早期预防、早期纠正和早期引导，从而确保每个儿童都拥有健康充实的人生。目前对新生儿及儿童进行的健康检查主要是生理指标的检测，包括身高体重等基本生理信息，这些指标可以确定新生儿及儿童在当前是否有存在异常，但是缺乏对每个孩子在未来生活中发挥最大潜力的指导意义。人类基因组测序计划的完成，标志着人类已步入后基因组时代，该时代以基因组中个体遗传差异的研究为重点。个体遗传差异最常见形式为单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms，SNP)，正是这些SNP的变异造成人类在身体、体型、肤色、对疾病的易感性、疾病表型和对药物治疗反应等诸多方面的差异。在众多导致疾病的基因突变、病原亚型及耐药基因突变中，单碱基突变占相当大的比例，其检测方法的探索一直是基因诊断研究中的重要课题。目前国内常规用于健康基因变异的主要检测方法是限制性片段长度多态性法(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)，其原理是当变异影响到某一限制性内切酶的酶切位点时，简单地通过酶切处理受试者的PCR产物继而电泳检测是否有变异的方法。然而，这种方法存在耗时长，操作繁琐，准确度不高等缺点；也有利用PCR结合DNA测序方法进行基因多态性位点的检测，但是这种方法在大规模人群筛查或检测多个基因多个位点的应用受到一定限制。因此有必要建立一种高通量、高效能、低成本的易感基因SNP分型检测手段和方法，以实现多样本高通量的快速检测。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述健康基因变异检测方法中存在的难题，提供一种能高效检测与儿童易感疾病相关多SNP位点的高通量检测试剂盒及其使用方法。本专利技术的目的在于提供以下方面：(1)一种多SNP位点检测试剂盒，包括对应31个SNP位点的31种PCR延伸引物，所述31种PCR延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNo.1至SEQIDNo.31所示。(2)根据上述(1)所述的多SNP位点检测试剂盒，将31个SNP位点分为3组，并将所述PCR延伸引物分为3组，其中：A组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.1至SEQIDNo.10；B组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.11至SEQIDNo.22；C组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.23至SEQIDNo.31。(3)根据上述(1)所述的多SNP位点检测试剂盒，还包括PCR反应试剂，PCR扩增引物，PCR产物纯化试剂，以及SNP位点对照标本。(4)根据上述(3)所述的多SNP位点检测试剂盒，其中，PCR反应试剂包括PCR缓冲液、dNTP、和PfuDNA聚合酶。(5)根据上述(3)所述的多SNP位点检测试剂盒，所述PCR产物纯化试剂包括核酸外切酶、虾-碱性磷酸酶，以及纯化用缓冲液。(6)根据上述(3)所述的多SNP位点检测试剂盒，所述SNP位点对照标本，包括纯合突变的阳性对照标本、杂合突变的阳性对照标本、以及阴性对照标本。(7)根据上述(1)至(6)之一所述的试剂盒的使用方法，包括以下步骤：1)提取受试对象DNA样品；2)进行多重PCR扩增、纯化PCR产物；3)进行多个SNP位点的延伸反应；4)对步骤3)中每组延伸产物进行毛细管电泳分析；5)SNP位点分析。(8)根据上述(7)所述的试剂盒的使用方法，其中，每组SNP位点的延伸引物同时进行延伸反应。(9)根据上述(1)所述的多SNP位点检测试剂盒作为儿童基本健康信息的筛查试剂的用途。(10)31个SNP位点与31种PCR延伸引物的组合用来筛查儿童基本健康信息的用途。本专利技术具有以下有益效果：1、本专利技术试剂盒使用方便，操作简单，成本低；2、本专利技术中设计的延伸引物特异性强，灵敏度高，可同时进行多个SNP位点的准确检测；3、SNP位点的同时检测，大大缩短了多个SNP位点的检测周期，具有高通量性；4、选取的SNP位点与儿童的多个健康指标密切相关，适用于各种规模儿童的基本信息的筛查。附图说明图1是实施例2中混合扩增质检电泳图。具体实施方式下面通过对本专利技术进行详细说明，本专利技术的特点和优点将随着这些说明而变得更为清楚、明确。在这里专用的词“示例性”意为“用作例子、实施例或说明性”。这里作为“示例性”所说明的任何实施例不必解释为优于或好于其它实施例。尽管在附图中示出了实施例的各种方面，但是除非特别指出，不必按比例绘制附图。本专利技术针对之前的检测方法中SNP位点单一，通量低，位点之间互联性较弱等问题，通过计算优选出多个SNP位点，涉及儿童易感疾病风险、体质特征和营养吸收等基本生理特征；对所涉及的所有SNP位点的突变优化分组，同时设计出扩增引物和延伸引物，并对每组位点进行多重PCR扩增和标记延伸，通过毛细管电泳分析，同时获取所有SNP位点的基因型后对其进行生物信息学解读，得到更为全面的儿童基本生理信息。本专利技术的目的是提供一种与儿童易感疾病相关多SNP位点的高通量检测试剂盒，包括(1)31个SNP位点的31种PCR延伸引物；(2)PCR反应试剂：包括PCR缓冲液、dNTP、PfuDNA聚合酶，SNaPshot混合液；(3)PCR扩增引物；(4)按一定浓度混合的针对各组SNP位点的PCR延伸引物；(5)PCR产物纯化试剂：包括核酸外切酶、虾-碱性磷酸酶，以及纯化用缓冲液；(6)SNP位点对照标本：包括纯合突变阳性对照标本、杂合突变阳性对照标本、阴性对照标本。其中，所述dNTP(deoxy-ribonucleotidetriphosphate)，为脱氧核糖核苷三磷酸的缩写，是包括dATP，dGTP，dTTP,dCTP，等在内的统称，N是指含氮碱基，代表变量指代A、T、G、C、U等中的一种。在生物DNA合成中，以及各种PCR(RT-PCR(reversetranscriptionPCR)、Real-timePCR)中起原料作用。所述PCR(Polymerasechainreaction)即聚合酶链式反应，是一种分子生物学技术，用于体外扩增特定的DNA片段。PCR扩增主要过程是，通过人类合成的一小断单链DNA片段(即引物)与模板DNA特定的区域特异性结合，进而以dNTP为底物，通过DNA聚合酶沿着引物和模板形成的双链部分的3’端聚合形成DNA片段实现DNA体外扩增的过程。所述SNP纯合突变阳性对照标本为含有人rs1494位点人工合成C碱基的质粒。所述SNP杂合突变阳性对照标本为rs1815739位点分别为C和T碱基的两种质粒的混合物。所述SNP阴性对照标本为人工合成的带有随机碱基的质粒。使用三种对照标本对反应体系进行质量控制，可保证检出结果的一致性。本专利技术优化组本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种多SNP位点检测试剂盒，其特征在于，包括对应31个SNP位点的31种PCR延伸引物，所述31种PCR延伸引物的核苷酸序列为SEQ ID No.1至SEQ ID No.31所示。

【技术特征摘要】
2016.03.31 CN 20161020095461.一种多SNP位点检测试剂盒，其特征在于，包括对应31个SNP位点的31种PCR延伸引物，所述31种PCR延伸引物的核苷酸序列为SEQIDNo.1至SEQIDNo.31所示。2.根据权利要求1所述的多SNP位点检测试剂盒，其特征在于，将31个SNP位点分为3组，并将所述PCR延伸引物分为3组，其中：A组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.1至SEQIDNo.10；B组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.11至SEQIDNo.22；C组延伸引物核苷酸序列包括：SEQIDNo.23至SEQIDNo.31。3.根据权利要求1所述的多SNP位点检测试剂盒，其特征在于，试剂盒包括PCR反应试剂、PCR扩增引物、PCR产物纯化试剂、以及SNP位点对照标本。4.根据权利要求3所述的多SNP位点检测试剂盒，其特征在于，所述PCR...

【专利技术属性】
技术研发人员：庄满生，
申请(专利权)人：星舰未来生物科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11