重组核酸片段RecCR010169及其检测方法技术

本申请提供了重组核酸片段及其检测方法。本申请还提供了含有重组核酸片段的水稻植株的选育方法，利用分子标记对重组植株进行前景选择和背景选择，获得了含有重组核酸片段的水稻植株。

Recombinant nucleic acid fragment RecCR010169 and its detection method

The present application provides recombinant nucleic acid fragments and their detection methods. The selection of rice plants containing recombinant nucleic acid fragments was also carried out. Molecular markers were used for foreground selection and background selection of recombinant plants, and rice plants containing recombinant nucleic acid fragments were obtained.

【技术实现步骤摘要】
重组核酸片段RecCR010169及其检测方法
本申请涉及全基因组选择育种技术。具体而言，本申请涉及利用全基因组选择育种技术选育含有重组核酸片段的水稻植株，以及由此而获得的重组核酸片段及其检测方法。
技术介绍
长期以来，传统育种的选择方法主要依赖于田间表现型的评价，根据育种家个人经验进行取舍，其最大的缺点在于耗时长，效率较低。要提高选择的效率，最理想的方法应是能够直接对基因型进行选择。随着分子生物技术的发展，分子标记为实现对基因型的直接选择提供了可能。近年来，已开始应用分子标记辅助选择方法来改良个别目标性状，能够显著的缩短育种年限。稻瘟病是水稻最严重的病害之一，全球每年由稻瘟病引起的水稻产量损失占11％～30％，因此稻瘟病及其抗性的研究显得尤为重要。随着对稻瘟病研究的逐步深入，许多水稻抗稻瘟病基因DNA片段相继被定位和克隆。其中，水稻第6染色体的Pi2区间被定位和克隆了很多稻瘟病抗性基因，如Pi2、Piz-t、Pi9、Pigm、Pi50，该区间包含一个稻瘟病抗性基因的基因簇(Qu等，Genetics.2006,172:1901-1914；Wang等，Phytopathology.2012,102:779-786；Xiao等，MolBreeding.2012,30:1715-1726；Liu等，MolGenetGenomics.2002,267:472-480；Jiang等，Rice.2012,5:29-35；Zhu等，TheorApplGenet.2012,124:1295-1304；Deng等，TheorApplGenet.2006,113:705-713)。
技术实现思路
一方面，本申请提供了重组核酸片段，其选自：i)包含SEQIDNO:1所示序列375-560位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQIDNO:1所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQIDNO:2所示序列913-1082位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iv)包含SEQIDNO:2所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；以及以上片段的组合。在一实施方案中，所述重组核酸片段为基因组重组核酸片段。此外，本申请提供了检测所述重组核酸片段的引物，其选自：(I)特异性识别SEQIDNO:1所示序列1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含(a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO:1所示序列第1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第376-559位核苷酸的序列的反向引物；和(b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO:1所示序列第376-559位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(III)特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第560位核苷酸的序列的反向引物；(IV)特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(V)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第560位核苷酸的序列的反向引物；和/或任选地，(VI)特异性识别SEQIDNO:2所示序列1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(VII)以下第三组引物对与第四组引物对的组合，其包含(c)第三组引物对：特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第914-1081位核苷酸的序列的反向引物；和(d)第四组引物对：特异性识别SEQIDNO:2所示序列第914-1081位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(VIII)特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第1082位核苷酸的序列的反向引物；(IX)特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(X)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第1082位核苷酸的序列的反向引物。在一实施方案中，用于扩增SEQIDNO:1所示序列的引物对为，例如，5’-AGGACAGCAGCAAGCAGGTA-3’，和5’-TTTGGTCAAACTCCTCCAGATC-3’。用于检测SEQIDNO:1所示序列的测序引物为，例如，5’-AGGACAGCAGCAAGCAGGTA-3’，5’-CAGTTGGAGAAACCCGAGAC-3’，和5’-ATTTCTGGCACTAGGCAGTT-3’。在另一实施方案中，用于扩增SEQIDNO:2所示序列的引物对为，例如，5’-GCGAATGAGGGAGGACCGAAGT-3’，和5’-TGCGGATTTATCTGTGGTCGTA-3’。用于检测SEQIDNO:2所示序列的测序引物为，例如，5’-CTGCCAGAAACAGTGAAGAT-3’，5’-ATGAACCAATGCGACACGAT-3’，5’-AACTAGGCATACTACCCACG-3’，和5’-GTTGAATTAGCCAGCCTCT-3’。另一方面，本申请提供了选育含有重组核酸片段的水稻植株的方法，其包括以不含目的基因组片段的水稻受体植物亲本作为轮回亲本，将其与含有目的基因组片段的水稻供体植物进行杂交，然后将所得到的杂交种与轮回亲本进行回交，再将所得到的回交种进行自交的步骤，其中利用分子标记对重组植株进行前景选择和背景选择。例如，所述重组核酸片段如前所述。在上述方法中，用于所述前景选择的分子标记选自Pi31、Pi2S67和RM7311中的一种或多种；和/或利用水稻全基因组育种芯片进行所述背景选择。在一实施方案中，本申请提供的选育含有抗稻瘟病基因组重组核酸片段的水稻植株的方法，其包括以下步骤：1)将轮回亲本与供体植物进行杂交，将所得到的杂交种与轮回亲本进行回交，获得回交一代，利用正向选择标记Pi31和负向选择标记Pi2S67、RM7311对其进行抗稻瘟病基因组片段的单侧同源重组片段筛选，并利用水稻全基因组育种芯片，例如RICE6K，对其进行背景选择；2)选择背景回复较好的重组单株(此世代背景回复值超过75％)与轮回亲本再次进行回交，获得回交二代，利用正向选择标记Pi31对其进行检测，选择含有抗稻瘟病基因组片段的重组单株，然后利用水稻全基因组育种芯片，例如RICE6K，对其进行背景选择；3)选择背景回复好的重组单株(此世代背景回复值超过87.5％)与轮回亲本又一本文档来自技高网...

【技术保护点】
重组核酸片段，其选自：i)包含SEQ ID NO:1所示序列375‑560位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQ ID NO:1所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQ ID NO:2所示序列913‑1082位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iv)包含SEQ ID NO:2所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；以及以上片段的组合。

【技术特征摘要】
1.重组核酸片段，其选自：i)包含SEQIDNO:1所示序列375-560位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；ii)包含SEQIDNO:1所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；iii)包含SEQIDNO:2所示序列913-1082位核苷酸的序列或其片段或其变体或其互补序列；iv)包含SEQIDNO:2所示序列的序列或其片段或其变体或其互补序列；以及以上片段的组合。2.检测权利要求1所述片段的引物，其中所述引物选自：(I)特异性识别SEQIDNO:1所示序列1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(II)以下第一组引物对与第二组引物对的组合，其包含(a)第一组引物对：特异性识别SEQIDNO:1所示序列第1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第376-559位核苷酸的序列的反向引物；和(b)第二组引物对：特异性识别SEQIDNO:1所示序列第376-559位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(III)特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第560位核苷酸的序列的反向引物；(IV)特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:1所示序列第560-1217位核苷酸的序列的反向引物；(V)特异性识别SEQIDNO:1所示序列第1-375位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:1所示序列第560位核苷酸的序列的反向引物；和/或任选地，(VI)特异性识别SEQIDNO:2所示序列1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(VII)以下第三组引物对与第四组引物对的组合，其包含(c)第三组引物对：特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第914-1081位核苷酸的序列的反向引物；和(d)第四组引物对：特异性识别SEQIDNO:2所示序列第914-1081位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(VIII)特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第1082位核苷酸的序列的反向引物；(IX)特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1082-1359位核苷酸的序列的反向引物；(X)特异性识别SEQIDNO:2所示序列第1-913位核苷酸的序列的正向引物和特异性识别包含SEQIDNO:2所示序列第1082位核苷酸的序列的反向引物。3.检测权利要求1所述片段的引物，其中所述引物选自：(I)扩增SEQIDNO:1所示序列的引物对5’-AGGACAGCAGCAAGCAGGTA-3’，5’-TTTGGTCAAACTCCTCCAGATC-3’；以及(II)测序SEQIDNO:1所示序列的引物5’-AGGACAGCAGCAAGCAGGTA-3’，5’-CAGTTGGAGAAACCCGAGAC-3’，5’-ATTTCTGGCACTAGGCAGTT-3’；和/或任选地...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱树青，周发松，江峥，喻辉辉，孔会利，雷昉，姚玥，冯芳，潘丽，李菁，韦懿，陈光，牟同敏，张启发，
申请(专利权)人：中国种子集团有限公司，
类型：发明
国别省市：北京,11